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はてなキーワード: 系統樹とは
「たい焼き」は「さかな焼き」「ぶり焼き」「まぐろ焼き」みたいに各地で別の名前で呼ばれることはない
もちろんこれらにも別称はあるけれど「回転焼き」ほど多くの別名を持たない
何故「回転焼き」だけあんなにもいろんな名前で呼ばれたのだろう
不思議だ
「何故別称が多いのか？」という疑問はわかる
そりゃそうだ、なんだよな
じゃあ「何故他のお菓子は別称が多くないのか？」という話になる
いろいろぐぐってみたが、納得するためには日本の焼き菓子の歴史を紐解かないといけない雰囲気が出てきた
今時点の自分の中のこうなんじゃないかな～という仮説をメモしておこう
真似して売りやすいということ
他の和菓子はある程度技術と設備が必要なので真似されなかった、なので別名は増えない
……いや、違う気がするなこれ
大外れではないが芯を食っていない気がする
「饅頭」の別名が少ないのは逆にとても古いお菓子だからだろうな
「回転焼き」は最初「今川焼き」というローカルな地名がついた名前だったのが大きいのではないか
それぞれの地方が「は？今川って何？」と思ったから、それぞれ別の名前が付けられた
ということは例えば関西で「回転焼き」と呼ばれたなら、それ以西は「回転焼き」の名前で広まっているのでは？
と思ったが確かに関西と九州では「回転焼き」だが、「太鼓饅頭」とか「二重焼き」とも呼ばれているのか……
いや、でもこの説はもうちょっと考えたい
もし海路の方が速いのであれば違う名称の飛び地が出来ていても不思議じゃない
先行研究があるはず、本を探して読もう
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何故他のお菓子の名称は地域差が少ないのに、「回転焼き」だけあんなにもいろんな名前で呼ばれたのか
これに納得するためには回転焼きの歴史だけでなく、他のお菓子の歴史までひも解く必要がある
ここらへんの本か……？
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「元々は他のお菓子の名前も地域差が大きかったが、一部の呼び名を残して淘汰された」説もありえる
その場合は何故回転焼き系列の呼び名は淘汰されず群雄割拠が維持されているのかに答える必要がある
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まあこれはそれぞれの地域で主に流通している商品名の違いだろうけれど
しかし読む本が変わってくるかもしれない
しれないが……検索するとっかかりが無いな、しばらくこの疑問は寝かすか
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検索キーワードを思いついた
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回転焼き系列のあの丸い焼き菓子は、見た目も味もほぼ同一のものが各地域で呼び名が違う点が特殊
実際たい焼きの亜種はそこそこある
例えば福岡にはムツゴロウを模したたい焼きの亜種を出す店がある
しかしそれはたい焼きの亜種ではあるが、タイではなくムツゴロウの見た目をしていて……
たい焼き亜種で例えばまぐろ焼きがあったとしても、それはタイの見た目をしておらずマグロを模したものになるだろう
回転焼き系列はそうではなく「これは要は今川焼きだよね」「いや、回転焼きだよ」と意見が統一されない
なんかここの考えがまとまっていないな 要再検討
そうか、今川焼って亜種がないのか？
なんか焼き菓子がどのように発展したかの系統樹を見ると何かヒントが得られるかも
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「連載 たい焼き誕生史一覧」を読むと、明治30年代に、様々な形の焼き菓子ブームが起きたとある
ここらへんを調べると何かありそうだ
あと焼く金型とか焼き機の流通の流れがわかれば……これは滅茶苦茶調べる難易度高そう
地道な作業になるな……
この方の本どれか読んでみるか
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「今川焼き」「大判焼き」「御座候」の起源はある程度はっきりしているのに、「回転焼き」の呼び名の起源だけどうもはっきりしない
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回転焼き系列のあの丸いお菓子がどのように広まったかが詳しく書かれているサイトをやっと見つけた
場所によるものの呼び方の違い、日本列島あちこち、方言アレコレ｜第1回｜「今川焼き」の呼び方、その違いを探る!｜岸江信介 | 未草
愛媛県松山市にある菓子を製造する機械メーカーの松山丸三という会社が昭和30年初めにこの菓子を製造する（焼く）器具を販売した[4]。昭和31年-33年に大ヒットした獅子文六の連載小説「大番」（週刊『朝日』に連載、1957年に映画化、のち1962年にテレビドラマ化）にちなみ、この機械で製造した菓子を「大判焼き」（当初は「大番焼き」で売り出そうとしたが、「大判」に変えたとのこと）と名付けた。この機器だけではなく、小麦粉や餡などの原料の「大判焼の素」も一緒にして売り出したところ、大ヒットした。松山丸三のホームページの説明（注2参照）によると「大判焼の素をあわせたセットは、素人でもすぐ店が開けるということからみるみる間に、四国、中国地方から全国へと広がった」とある。祭りや盆踊り、縁日などに全国各地で販売されたのであろう。同ホームページには当時の器具の写真が掲載されているが、この器具の上や下に「大判焼」と書かれた暖簾がかけられ、器具とともにこの暖簾もセットだったことがわかる。そして露天での販売は、いつもこの暖簾が掲げられていたに違いない。あとで述べる他の呼び方についても一般的に言えることだが、この菓子を販売しているところではほぼ例外がないくらい、この名称を暖簾やのぼりなどに記し、掲示している。各地で呼び名が異なるため、「回転焼き」であったり「おやき」であったり「あじまん」であったり「七なな越こし焼き」といった名称を店のそばを通る通行人の目のつきやすいところに掲げるのである。実はこの暖簾やのぼりに記載された名称が、各地でこの呼び名が定着する大きな要因の一つとなっている。例えば「回転焼き」と呼ばれてきた地域に「御座候」の暖簾を掲げた店が新しく現れると、客だけではなく地元の人々からも次第に「御座候」と呼ばれるようになるのである。「大判焼き」の呼び方が全国に広がった理由はここにある[5]。
[5] たこ焼きやお好み焼きという名称が広がったのも、「大判焼き」と同様に露天商が暖簾やのぼりを掲げて全国各地の盆踊りや祭り、縁日の折に売ったことが大きいと思われる。
この菓子の呼び方が各地で定着した背景には、新しく店を出した時に新たな呼び名をつけたケースがあるほか、客が店の屋号を呼び名として採用したケースがあるなど、さまざまである。例えば、「たこ焼き」「お好み焼き」「鯛焼き」には方言が少ないのに対し、この菓子にはこれまでみたように多くの呼び名があるのも興味深い。
「大判焼き」を例にみたように、暖簾やのぼりなどに書かれた商品名のインパクトは大きい。この菓子を焼いてもらうのを待っている時間、どうしてもこの暖簾やのぼりに目がいく。そして、この結果、新しい呼び方が定着するという現象が各地で起きてきたのだろう。一時代前までは「御座候」は姫路およびその周辺の呼び方だったが、現在は大阪をはじめ、各地のデパ地下に進出し、「御座候」の文字を目にすることが増えたため、大阪の若者の呼び方として定着するようになっている。
この記事の内容を読むことでとりあえず納得し満足した
なぜ「たこ焼き」「お好み焼き」「鯛焼き」には方言が少ないのか？という点は追加で調査が必要ではある
「お好み焼き」は名前から姿形をイメージできないから、方言がぼこぼこ生まれてもおかしくない気がするんだが……
いや、自分が知らなかっただけでお好み焼きのバリアント結構いろいろあるのか、じゃあ納得だわ
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自分用まとめ
・もともと全国各地に丸い焼き饅頭は広まっておりそれぞれのローカルネームで呼ばれていた
・戦後にプロパンガスが普及し始めて、屋台の調理器具もプロパンガスを使用するものが開発され販売された
・あの丸い焼き饅頭の焼き機も開発され、その際に「大判焼き」の名称で販売された焼き機が一番普及した
・しかし元々各地に広まっていたせいでローカルネームが根強く名称が統一されなかった プラス 焼き機が普及したので各地域でいろんな屋号と商品名が生まれそちらも定着した
・何故もともと全国各地に丸い焼き饅頭は広まっていたか？おそらく作るのが簡単だから 材料は小麦粉と餡子だからどこでも仕入れやすく形もシンプルな円盤
・何故大判焼き以前にもローカルネームがたくさんあったのか？ここは不明 作るのが簡単だから同時多発的に生まれた？発祥の今川焼きという名前が直感的ではなかった？これの傍証は呼ばれ始めた時期が不明のある程度製法由来の名前で直感的な回転焼きという名称がそこそこメジャーであること
確認のためには各地のローカルネームが大判焼き以前か大判焼き以後か調べる必要がある 大判焼き以降に生まれた店の屋号や商品名がその地域でメジャーという可能性は普通にある 分類が必要だ
少なくとも御座候と蜂楽饅頭は大判焼きと同時期（おそらく以後か）、回転焼きと太鼓饅頭は大判焼き以前
年表作るか…… いや、先行研究のサイトにある程度記述があるか 全て網羅は不可能だ 単に「まんじゅう」と呼ぶ人もいるらしいのに
例えばたこ焼きは誕生してからしばらくの間、主に関西のみで広まっていたようだ
それはおそらく、生鮮食品の流通が容易にならないとタコは簡単に入手できないから他所の地域だと作れなかったのかも（未調査）
たこ焼きはその実物とともに名前が全国に広まったので方言が生まれる余地が少なかったのだろう
wikipediaによると東京で暮らした文筆家がしばしば作中にたい焼きを登場させていたようだ 名称固定に一役買ったかもしれない
江戸～明治～大正～昭和前半くらいまでに全国レベルで普及していたのに各地でローカルネームで呼ばれていたお菓子……ってのがかなりレア
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レファレンス協同データベース|今川焼はいつどこで誰が考案したか知りたい。
レファレンス協同データベース|関西では今川焼のことを「御座候」と呼ぶと聞いたがなぜか。また、他にどのような呼び名があるのかも知りたい。
マイ大阪ガス|関西のギモン、調べます！炎の探偵社|御座候？大判焼？地域で違う「回転焼」の呼び名のナゾ
１位大判焼き、2位今川焼き、3位回転焼き :: 同志社女子大学
【目で見る方言】「大判焼き」名称問題を深掘り レアな呼び名や派生品も：中日新聞Web
場所によるものの呼び方の違い、日本列島あちこち、方言アレコレ｜第1回｜「今川焼き」の呼び方、その違いを探る!｜岸江信介 | 未草
まあ、同字なのでどっちでもいいんだが、ちょっと前は西洋風のドラゴンは竜、東洋風のドラゴンは龍みたいなのがあったと思うが、最近、龍が上位種、竜が下位種みたいな使われかたがラノベでない？
こういう使い分けってどこあたりから？私が知る限りだと、たしか皇国の守護者が、龍が大協約の立役者で、竜は知性がない飛竜みたいな扱いだったけど、これが９０年代末かな？それ以前にこういのあった？
＞モンハン
そういえばレウスレイアは飛竜とかで、老山龍とか古龍は「龍」だったけ？
＞それはまじで作品の世界設定次第で変わっちゃうんで、時代とかそういう話ではない。
ん？例えばエルフやダークエルフなんかロードス島戦記の影響が強くて、その前提としてD＆Dや指輪物語があるというのが通説だと思うけど。そういうフィクションにおける元ネタというかミームの系統樹的なお話だよ？
しかし、この使い分け中国あたりならできるけど、それ以外の言語だとどうすんだろ？英語で言う、Dragon と Drake みたくするんかな？
「『日本語の原郷』についての論文を読んでみた」（anond:20211121124146）を書いた増田です。思ったより多くの反応があって嬉しいので、調子に乗ってはてブの反応に対して補足説明みたいなのをしてみます。
そもそも言語学では分かりようがないところを考古学と遺伝学の視点からも補正したっていうのがあの論文の眼目だと思うので、言語学の面だけ否定しても…
こういう意見がみられましたが、少なくとも考古学や遺伝学の成果からは言語については何もわからない、ということを強調しておきます。
極端な例を挙げると、100年前にアメリカに移住した日本人の子孫で、ご家庭でも英語しか使っていない日系アメリカ人のことを考えましょう。彼もしくは彼女は遺伝的には日本列島に遡ることができます（おうちを探すと日本列島由来の品が出てくるかもしれません）。では言語的には？ 彼もしくは彼女が話しているのは英語であり、英語というのは印欧語族ゲルマン語派西ゲルマン語群アングロ・フリジア諸語に分類されるイングランド発祥の言語であるわけです。どれだけ遡っても日本列島には行き着かない。「この人は遺伝的には日本列島の出身なのだから、英語の起源も日本列島にあるんだ！」なんて話はおかしいでしょ？
古代にどのような人口の変動があったのかはわかっていません。移民や同化が起きたのかもしれない。婚姻によって遺伝子が混ざりあった可能性もある。その場合、遺伝子の伝播と言語の伝播が異なるルートである可能性もあります。遺伝子はヒトの移動について詳しく教えてくれるけど言語の移動についてはなんも教えてくれないんですよ。せいぜい傍証になるだけ（「言語学の観点からは○○語は××地域あたりが原郷だと思われるが、遺伝学で調べてみたら××地域からの大規模な人の移住があったっぽいので、このときに言語も広まったんだと思われる」みたいな）。
様々な仮説があるのはいいけど、定説化とか定説がエビデンスによって覆されたとか以外はニュースバリュー無いと思うんだが、なぜ報道されたのか。
いやー、Natureにマックス・プランク研究所の研究者が載せた日本に関する斬新な論説をニュースにするな、という方が無茶じゃないでしょうか……
正直、これメディアを責められないと思うんですよね。実は著者のロベーツさん、去年オックスフォード大学出版会から『オックスフォード版トランスユーラシア語族ガイドブック』なんて本を出してるんですよ（Robbeets and Savelyev 2020）。天下のオックスフォードUPから『～語族ガイドブック』なんて出てたらその語族の実在は学界の定説になってるって勘違いしちゃうのも当然っていうか……これ、今回は日琉語だから気づけたけど、パプアニューギニアの言語とかでやられたら引っかからない自信ないです。
なおその『ガイドブック』には辛辣な書評が出てます（Vovin 2021）。掻い摘んで批判の内容を紹介すると、「分析されてるのが現代語ばっかりやんけ」「系統関係があるって言うなら明確な対照表を示してみろや」「中期朝鮮語の再建がおかしいけどちゃんと韓国語の先行研究読んどるんか？」「“leading international scholars”が書いたガイドブックって謳ってるけど著者のうち6人は院生じゃねーか」みたいな感じです。さらには、
We move now from the bad quality of research to the realm of science fiction in Table 39.1 that is supposed to present core Koro-Japonic etymologies. But there is at least one mistake and/or data fabrication on every line. (Vovin 2021: 126)
これは元増田でも書きましたが、大野晋は、少なくとも日本語の起源という点については完全にトンデモです。
タミル語はドラヴィダ語族というインド南部の語族に属する言語ですが、大野は「日琉語族とドラヴィダ語族はより大きな語族に内包される」というありえそうな穏健な主張ではなく「日本語の起源はタミル語である」という主張をしています。しかし「なぜドラヴィダ語族全体ではなくタミル語と比較するのか」「ドラヴィダ語史がまったく考慮されていない」「語義の解釈がおかしい」「サンスクリット語からの借用語に気づいていない」などのツッコミに対して有効な反論ができていない上、ツッコミを受けた箇所をしれっと書き換えたりツッコミを入れた人たちに人格攻撃を加えたりしています（長田 1998；児玉 1996；山下 1996; 1998）。やり口がもうきちんとした学者のそれではありません。
大野の語源論が誤っている一例として、amarar「不死なる者」という単語について挙げておきます。大野はこれを日本語「あま」と関連付けて「天上界の人」の意だと解釈するのですが、これはサンスクリット語amara「不死の」からの借用語です。これはさらにa-maraと分解でき、a-は否定の接頭辞、そしてmaraの語根mrは英語murderやmortalとも関連しています（つまり、印欧祖語に遡る語ということであり、どう考えてもタミル語起源の単語ではない）（山下 1996: 204–205）。
日本祖語から琉球語、もう片方の枝が本土語と八丈島語に分かれた系統図を覚えてたんだが、あれからずいぶん研究が進んでるんだなあ。/20年前に既にずいぶん版を重ねた本で得た知識だから当然か…。
五十嵐（2021）の説は発表されたばかりなので「定説」といえるほどではないですが、きちんとした分岐学的手法に基づいて系統解析してるんで個人的には信用してます。
で、従来説における八丈語の位置づけですが、正確には、「上代東国語の唯一の生き残りが八丈語」というものです。つまり、「本土日本語派」がまず上代日本語（OJ、奈良など当時の首都で使われていた言語）と上代東国語（『万葉集』の東歌と防人歌に痕跡が残る）に分かれ、後者が八丈島（＆青ヶ島）以外では滅んだ（＝上代日本語に同化された）ため、現代では八丈語が日本語と対立するひとつの語派を形作っているということです。
系統樹にするとこんな感じ（樹形図をどう書けばいいのかわからないんでとりあえず「うんこするの？」の樹形図からコピってきたんですが、見づらかったらすみません）。
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この樹形図から絶滅した言語を取っ払って現代語にのみ注目するとこうなります。
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├─八丈語
それに対して、五十嵐（2021）は、上代東国語は滅びたわけではなく、表面上は関西からの影響を受け続けたものの、現代の関東・東北地方の方言として生き延びていると主張しています。つまりこういうことです。
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八丈語が際立って特殊に見えるのは、この言語が失われた東国語の唯一の生き残りだからではなく、他の東国語の末裔（茨城弁とか）と比べて中央からの影響が少なかったため東国語の特徴が保たれたおかげだ、とするのが五十嵐説です。
要するに、「東国語は滅んだ（＝東国語話者が完全に同化された）」のか（従来説）、それとも「東国語は生き残っている（＝東国語話者は中央からの影響を受けたけど完全に同化されはしなかった）」のか（五十嵐説）、という違いです。個人的には後者が妥当じゃないかなーと思うんですが、どうでしょうか（だってそんな大々的な言語置き換えはどうやって起きたの？ ってなりません？）。
なお、五十嵐（2021）だけでなく、元増田でも言及したローレンス（2013）も、八丈語には他の東日本の諸方言と共有される要素が見つかり、それは西日本の諸方言には見られず、したがって八丈語は東日本の諸方言の内に位置づけられる（＝八丈語と本土日本語が対立する系統であるとする旧来説は誤り）と主張しています。
”日本語に興味のある&研究手法を学んだ”素人には、この論文の言語部分はとても怪しい。増田の指摘以外に日本語の粟を他言語の大麦の借用としたり、味噌(未醤)を漢語ではなく朝鮮祖語からの借用にしたりしてる。
実は増田もそれを見たとき「えっ……？」って思ったんですが、否定できるほどの根拠を持ってないので書きませんでした。確かに先行研究では意外な言葉が朝鮮語からの借用語だとされてることがありしょっちゅう驚いているので（たとえば「つち」とか）、「味噌」が朝鮮祖語からの借用というのをありえないと即断することはできないんですが……。
いちおうここで論文の内容を紹介しておくと、『鶏林類事』に[mitsu]という語があって、そこから朝鮮祖語*micuを導き、平城京の木簡にみえる「末醤」から上代日本語の*misoあるいは*misəを再建し、それは朝鮮祖語*micoもしくはその交替形*micʌからの借用である、という議論になってます。これだけじゃ門外漢の増田には当否がわからんのですが国語学的にはどうなんです？
なお、該当箇所に、
...This fragment preserves the following inscription: 御末醤一石二斗, i.e. HON-“bean paste” reads as miso. The Wamyoshō, a Chinese to Middle Japanese dictionary compiled in the mid Heian period has the same kanji (末醤) glossed as miso (美蘇)...
とあるのですが、「一石二斗」の部分いらなくね？ とか、転写するならWamyōshōじゃね？ とかはケアレスミスの範疇だろうから突っ込まない方がいいのかな……
マイルCS、グランアレグリアが有終の美を飾ってくれて最高でしたね……あとはコントレイルがジャパンCで有終の美を飾ってくれれば……実はまだ「三冠馬が勝つ」ところを見たことがないので、一度は見ときたいなぁと（にわかですいません）。
本当に素人なんだけど何でみんな信じてくれないんです……？
これはある程度同意します。比較言語学で遡るのが可能なのはせいぜい数千年のスパンに過ぎず、それを過ぎると言語の変化が大きすぎて文献が残っていない限り系統の推定は困難になる。したがって日琉祖語がどこから来たのかという問題に完全な決着をつけるのは難しい。
だから、わからんならわからんでブラックボックスにしときゃいいんじゃねって思うんですよね。無理に「トランスユーラシア語族」とかでっち上げずとも、遺伝的な系統がわかればそれで十分じゃんって思うんですが。繰り返すように、血縁と言語の系統関係が一致するとは限らないわけで。そして後者は今のところ文系的な方法論でしか探索できない。
テュルク語族を見ればわかりますよね。トルコ人は中東っぽい彫りの深い顔立ちで、クルグズ人は日本人そっくりの平たい顔族ですけど、言語としてはトルコ語とアラビア語、クルグズ語と日本語より、トルコ語とクルグズ語の方が近い。それはゲノムではわからんから言語学の手法で解き明かすほかないわけですよ。
https://anond.hatelabo.jp/20211111231157 で紹介した文章ですが、以下のように国内の言語学者たちもゲノム研究を軸に研究を進めているのが現状だと思います。
うーん、「軸に」ではないと思いますよ。あくまで言語学というベースがあって、それでも説明できないところをゲノムでどう説明できるか、みたいなことを喋ってるんじゃないでしょうか。この座談会は全体として伝統的な言語学研究の話をメインに据えた上でちょこっとゲノムにも触れた、みたいな感じに読めました。
たとえばそこで言及されてる伊藤英人氏の研究は、元増田でも「蛇足だけど」の項で引用しましたけど、基本的にオーソドックスな文献学的研究ですし、木部暢子氏の研究も伝統的な方言研究ですよね（彼女が取りまとめた報告書はけっこうウェブに上がってます）。「国内の言語学者たちもゲノム研究を軸に研究を進めている」というのは言い過ぎでしょう。
ゲノムよりも重要なのは、個人的には、きちんと「日琉語族」内部の系統推定をすることですわ。きちんとした比較言語学の手法に基づく従来の方言分類の見直しが急務でしょう。琉球語群内部の系統についてはローレンス氏が沖縄語や与那国語、八重山語、喜界語といった諸言語の系統的位置についていくつも論文を書いていて（どれも日本語です。うち2本は元増田の参考文献に挙げました）、従来言われてきた系統樹を再確認したり修正したりしてますし、もっと大きいやつだと五十嵐氏による日琉語族の分類の見直しとか、そういった成果が出てきています。
これすごい重要で、琉球語が本土日本語の姉妹群なのか（五十嵐氏がいうように）九州語の内系統なのかで話が違ってきますからね。たとえば、Aという語が長崎と宮古島でみられ、東日本ではまったくみられず、大陸などからの借用語ではないとした場合、仮に琉球語が日本語の姉妹群なら「Aという語は日琉祖語に遡る祖型である」といえるんですが、琉球語が九州語の内系統なら「Aという語は九州語を特徴づける改新である」ということになるので、祖語の再構にものすごい影響するんですよ。だから本土の言葉と琉球の言葉を比較しようとしたらまず系統をきちんと推定した上ででなければ危ういと思うんですがそのへんの危機感があまり感じられないような……（まあ、これは門外漢による感想に過ぎませんが）
"Origins of the Japanese Language(2013)"
“From Koguryo to Tamna: Slowly riding to the South with speakers of Proto-Korean(2013)”
ヴォヴィン氏はアメリカ人ではなくロシア人ですが（それとももう帰化してるんでしたっけ？）、それはさておき、この2本は元増田でも（「蛇足だけど」の項で）言及してあるはずですが……？ 既に言及済みの文献を改めてご提示いただくのは少々困惑します。
でもって、「高句麗から耽羅へ」ってそういう論文でしたっけ？ 改めて読み返してみましたけど、日琉語が朝鮮半島の原住民の言語であり、朝鮮語は内陸アジアから南下して朝鮮半島に入り、日琉語を駆逐した、ということを主張している論文であって、日本語の原郷については触れてないように思うんですが……「日本語の諸起源」も遼河流域について触れてなくないです？ むしろ、元増田で引用したようにアルタイ説を強烈にdisってるような。
っていうか、元増田への追記で書きましたけど、ヴォヴィン氏は最新の論文でオーストロアジア語族が起源である可能性を論じているわけで（以前からオーストロアジア語族への目配せはありましたよね）、遼河流域仮説を支持するなら一番持ち出しちゃいけない人物だと思うんですが……
他の論文や本はまだ読めてないんでノーコメントということで。色々教えてくださってありがとうございます。
niwaradi 門外から議論を眺めたが対象のスケールが違うのでは。素粒子実験物理の人が、基礎理論物理の人に観測もされてない粒子いっぱい持ち出して胡散臭いと言う話のように思えた。実験第一だが限界もある。
理論上の粒子はヒッグス粒子のようにいずれ実験によって観測できる可能性はありますが、「血統」をどれだけ使っても「言語系統」を観測することはできません。なぜなら「血統」と「言語系統」とは別だからです。……これってそんなに難しい話です？
アメリカに移住して百年過ぎた英語ネイティヴの日系人は血統的には日本人ですが言語系統としてはゲルマン系ですよね？ ここで日系人の血統をいくら研究してもゲルマン語の原郷にはたどり着かないことは明らかですよね？ つまり、「血統がわかれば言語系統もわかったことになる」というのは端的に論理が間違っているんですよ。
歴史言語学についてはまったくの素人だけど、最近話題になった「日本語の原郷は「中国東北部の農耕民」 国際研究チームが発表 | 毎日新聞」（はてブ）っていう記事の元になったロベーツらの論文（Robbeets et al. 2021）を読んでみたよ！
トランスユーラシア大語族の系統関係、ちっとも証明されてなくね？
著者のロベーツは過去に著書（Robbeets 2015）を出版して、そちらでトランスユーラシア大語族の系統関係を証明したとしているようである。残念ながら増田はその著書を読めていないので、著書の方では厳格な比較言語学的手法で系統関係が証明されているというなら恐れ入谷の鬼子母神でシャッポを脱ぐしかないのだが、正直言ってめちゃめちゃ怪しく見えるよ……この論文では農業関係の語に絞って借用も含めた系統が論じられているんだけど、正直かなり無謀な気がするし、なんでこれでトランスユーラシア大語族が証明された扱いになってるのかちっともわからん。さすがに著書の方では基礎語彙の対応に基づいた議論してるんだよね？ うーん……
細かいツッコミになるけど、論文のSupplementary Informationで、お米を表す「まい」という語について論じている。著者らは琉球祖語に*maïを再建するんだけど、そこから派生した語形として与論語のmai、沖縄語のmeeやmeと並んで奄美語のmisiやmiisɨを挙げている。いやいやどう考えても後者は「めし」の転訛だろ（標準日本語のエ段に対応する母音は琉球諸語だとしばしばイ段になる）。まさかとは思うけど「まい」と「めし」の区別がつかないで日琉語の系統を論じてるの？
（追記：「それそもそも呉音じゃね？」というid:nagaichiさんの指摘を受けて追記。この論文ではちゃんと「The Chinese loan morpheme is also found in Sino-Japanese mai and entered Proto-Ryukyuan as *maï ‘rice’」と書かれていて、漢語からの借用語であることは前提になってます。これは日本語の「早稲（わせ）」が朝鮮祖語*pʌsalから来てるんじゃね？ っていうことを説明してるパートに付け足された部分で、借用語であることが誰の目にも明らかな「まい」に言及するのは蛇足じゃねーのと思うんですが……）
っていうか日琉祖語や琉球祖語の「土」が*mutaになってるけど何これ？ *mitaじゃないの？ 日本語の方言形にmutaがあるから*mutaを再構したのかな？ でも先行研究（ヴォヴィン 2009: 11）で指摘されてるように祖語形は*mitaだよね……（cf. 八丈語mizya）（なお標準語「つち」は先行研究によれば朝鮮語からの借用語）
さらに、著者は3年前の論文の中でトランスユーラシア大語族の系統を推定しているが、その系統樹では、南琉球語群（先島諸島の諸方言）のうち、まず八重山語が分岐して、次に宮古語と与那国語が分かれたということになっている（Robbeets and Bouckaert 2018: 158）。……なんていうか地図見ておかしいと思わないのかな。もちろんそんな分岐は絶対にありえないと言うことはできないけど、こんな分岐はこれまでの琉球語研究で提唱されたこともない。もっと言えば、ウェイン・ローレンス（2000; 2006）の言語学的な研究によって、宮古語には見られない改新を与那国語と八重山諸語が共有していることが明らかにされている（つまり南琉球祖語がまず宮古と八重山に分かれ、八重山祖語から与那国語が分岐したと推定される）。大丈夫？ 日本語の先行研究ちゃんと読んでる？
余談。本論文はやたらと琉球諸語から例を引っ張ってきてるけど、個人的には「本土日本語」は側系統であって琉球諸語は薩隅方言と姉妹関係にある南日本語派の一分岐だという五十嵐陽介（2021）の分析が妥当だと思うので、根本的に日本語と琉球語を姉妹群とするかのような系統樹には納得できないんだよな（ちなみに五十嵐の研究は活字になったのは今年だけど5年ほど前から活発にあちこちで発表されててレジュメはresearchmapで誰でも読める状態だった。まあプレプリント以前の発表原稿の段階のものを引用しろというのは酷だと思うのでロベーツが参照してないのは仕方ない）。考古学的・人類学的証拠からは、琉球列島へのヒトや言語の流入が比較的遅いことが推測されるけど、その頃にはとっくに日琉語は複数の系統に分岐してるはずなんだから（cf. 『万葉集』の東国語）、琉球語が日琉祖語まで遡る古い系統か？ っていうとどう考えても違うわけで。
ロベーツらの研究が依拠しているソースの1つに、セルゲイ・スタロスチンというロシアの研究者による語源辞典がある。しかしこのスタロスチンという研究者は、日本語が「アルタイ語族」に属すという証明のために色々と強引な当てはめをやっているのだ。アレクサンドル・ヴォヴィンは、スタロスチンがいかにテキトーなことを書いているか検討している（Vovin 2005; ボビン 2003: 19–26）。たとえば、スタロスチンは日本語に基づいてアルタイ祖語に*u「卵」を再構するのだが、これはどう見ても「卯」と「卵」の取り違えである。また、スタロスチンは日本祖語に*situ「湿っぽい」を再構するが、「湿」をシツと読むのは音読み（＝漢語からの借用）であることは説明するまでもないだろう。こんないい加減な「語源辞典」を使って日琉語の系統を論じるってかなり勇者だと思わない？
（っていうか、スタロスチンをはじめとする「アルタイ語族」説の支持者、与那国語で標準語のyにdが対応する（cf. duru「夜」；dama「山」）のを祖語形の残存だと主張してるのか（Vovin 2010: 40）。思ってた以上にやべーな）
案の定、ロベーツの著書も他の研究者からボロクソ言われているようだ。ホセ・アロンソ・デ・ラ・フエンテは、彼女の著書に対する書評で、「Throughout the book there are inconsistencies which may stem from a lack of familiarity with the languages involved and their scholarly traditions」（Alonso de la Fuente 2016: 535）として、彼女の満洲語転写が実にテキトーであることを指摘している。前述のヴォヴィンはさらに辛辣なことを書いている（Vovin 2017。出典表記は省略）。
The recent attempts to prove that Japanese is related not only to Korean, but also to the “Altaic” languages fare even worse. In spite of the devastating critique that has been leveled at these quasischolarly publications, they [Starostin and Robbeets] still continue to sprout like mushrooms after the rain, greeted, of course, by yet another round of devastating critique...
こんなこと書かれたら僕だったら泣いちゃうな……
なおこの論文、朝鮮祖語の再建にも問題があるらしい。以下の連ツイを参照＞https://twitter.com/ian_joo_korea/status/1458706979870838788。
増田は素人なので確信を持って間違いだと言い切ることはできないけど、論文全体から信頼できない香りがプンプン漂ってきてる。
考古学とかそういう方向からの考察は知らんけど、言語学的な根拠については賭けろと言われたら間違ってる方に賭けるね。
（追記：こっちの増田→anond:20211121201022も見てね）
このへんの言語史については、古代の朝鮮半島には幅広く日琉語（大陸倭語；Penninsular Japonic）が分布してたんだけど、北方から朝鮮語話者が進入してきて言語が置き換わった、という説（Vovin 2013）が個人的には面白いなぁと思う（大陸倭語については、Vovin 2017; 伊藤 2019; 2021も参照）。いや、素人の考えだからひょっとしたら大間違いかもしれないけど。ただ、仮に大陸倭語の存在を認めるなら、日琉語の故地（Urheimat）が列島の外にある可能性もあるわけで、故地をめぐる議論どうしようかっていう議論は生まれてくるところだと思う。
あと、この増田で「標準語」って言葉を使ってるのにツッコミが入るかもしれないけど、国が言語の規範を決め全国に普及させているというのを無視して「共通語」と呼ぶのは国家による言語政策の権力性を覆い隠すから良くないと思うので「標準語」と呼ぶ派です。
著者のRobbeetsさんの名字を「ロッベエツ」と書いてる新聞があったけど、日本語表記するなら「ロベーツ」じゃない？ ベルギーの研究者らしいけど、bが重なってるのは詰まって読むこと（促音）を示してるんじゃなくて、その前にある母音が短母音である（「ローベーツ」ではない）ことを示すためのものでしょ、オランダ語的に考えて……。
それにしてもマンチュリア（いわゆる満州）を「中国東北部」と呼ぶの、ヤウンモシㇼを「日本北部」と呼ぶようなもので、先住民族である満洲人の存在を透明化し漢人の入植を自明のものとする植民地主義的な用法だから政治的に正しくないと思うんだよな。ちゃんとマンチュリア or 満州と呼ぶべきでは。
A. スプリンターズSではダノンスマッシュ、秋華賞ではユーバーレーベン、菊花賞ではステラヴェローチェ、天皇賞（秋）ではコントレイル、エリザベス女王杯ではアカイトリノムスメの勝利を予想していました。マイルCSではグランアレグリアに賭けてます。ジャパンカップは今度こそコントレイルが勝つはず。
niwaradi そもそも著者が多く日本の大学の学者が共著者に10人以上いてNature編集部とレビュワーも賛同したはずなので学会で揉めてる分野なのかな？日本語朝鮮語の共通祖先はどこかにあると思うが。
共著者が多いのは、色んな分野にまたがって調査してる理系の論文だとよくあることだと思います。Natureは基本的に理系の雑誌なんで言語学みたいな文系領域の事情にはあんまり明るくなかったんじゃないでしょうか。ちなみにその「日本語朝鮮語の共通祖先はある」って考え方にめっちゃ反対してるのが本文で言及したヴォヴィンです。最新の論文（Vovin 2021）では日本語の起源は「アルタイ語族」じゃなくてオーストロアジア語族だーって気炎を上げてます（ほんとかよ）。
大野晋の日本語タミル語起源説はただのトンデモです。結論どうこうじゃなくて方法論の時点でおかしい。詳しくは長田（1998）や山下（1998）を参照してください。
c_shiika 令和の騎馬民族征服王朝説だったか…… ／ ウマ増田さんはウマの記事もちゃんと増田に投稿するべきだと思うの
手持ちのジュエルを全部つぎ込んだけどメジロドーベル引けませんでした！！１！（代わりにすり抜けでナリタタイシンが来た）
はてなブックマークには色々なコメントが寄せられる。凡庸なものもあれば、ひと味違うものもある。
凡庸なコメントとは、誰もが考えそうなありふれた意見のことだ。もちろんそういうコメントも否定はしない。同じような意見がたくさん集まることによって人々の平均的な考え方が見えてくるし、賛否の分かれる話題ならば優勢と劣勢が判断できる。みんなと同じ考え方だということに安らぎをおぼえる人もいるだろう。
だが、《その他大勢》の中に埋ずもれ、星のひとつもいただけず、コメント件数にただ１を加えるだけの存在ではつまらない。何かちょっとひと味違うことを書きたいけれど、その「ひと味違うコメント」がなかなか思いつかない。いつもそんな風に思っている人もいるのではないだろうか。
まず、ひと味違うコメントを書きたい時にやってはいけないことは「逆張り」だ。わざと正論や多数派とは反対の意見を書けば、当然ながら周囲とは異質なものになる。だが、往々にして正論や多数意見は実際に正しいことも多いので、「逆張りのための逆張り」は「変なことを言っているあまのじゃく」で終わるのが関の山だ。コペルニクス的に斬新な着眼点を見つけられるような非凡な人以外はやらないがよろしい。
では、頭は凡庸だけどひと味違うコメントを書くにはどうすればよいか。
タイトルにも書いたけれど、レイヤーを１、２枚上げるのがよろしい。レイヤーとは概念の層のことだ。たとえば、
といったように、ひとつふたつ上の概念にさかのぼってみるのだ。ここではレイヤーという言葉を使っているけれど、情報粒度（りゅうど）を上げるとか抽象度を上げると考えてもらえば結構だ。
ちなみに概念の系統樹は色んな方向にさかのぼれるので、同じトマトでも
といった具合に、同じトマトでも概念を上位へ上位へとたどっていくルートは色々ある。いずれにしても、コツは「ちょっと上から書くこと」だ。上から目線のことではないよ。概念としてちょっと上の層。本題からあまりかけ離れると、それはそれで本題との関連性がよくわからない意見になってしまう。１、２枚くらい上のレイヤーにしておくと「広い視野を持ってる感じ」が出せるのでおすすめだ。
ここまで理解できたら、あらためてブックマークに書き込まれているコメントを見てみよう。多くの人が本題と同じレイヤーでしか物事を見ておらず、俯瞰的な視点を持てていないことがわかると思う。また、人気コメントに選ばれているコメントはやはりどこか「ひと味違う」ものであることもわかると思う。ひと味違うコメントは一層か二層上のレイヤーから本題を眺めているのだ。一層上のレイヤーから物事を見ると、トマトの話題にトマトのコメントではなくピーマンのコメントを書けるようになる。君に必要なのは八百屋や農協の視点なのだ。
もちろん、これをすればすぐさま君のコメントに星がずらりと並ぶと言っているのではない。けれど、少なくとも思考のレベルが一段階上であることは示せるし、たまたまそのコメントが人々に新たな視点をもたらすかもしれない。自分のコメントをきっかけにそこから後のコメントの空気が変わったりすると星をもらうより気持ち良いこともある。ぜひ試してみてほしい。
ナショナルジオグラフィックスの今日の記事、ライオンの種の一つが他と交雑せず単一種として保存されていたという話、もう一つGIGAZINEで腸内細菌を必要としない生物がおり、共生は必ずしも必要としないという記事。両方共同じような容姿を持つのに内部構造や進化過程が違うのでは、と思わせる記事だった。そこからタイトルを思いつくのにそう時間はかからなかった。人間は同じものに見えて、別のものから系統樹を作り、同じものに適応進化したのではないかと。
下記書籍を読んだ。今後のために、得られたことを整理して文字列化した。発信したくなったから匿名ダイアリーに投稿。 高木 繁治 (監修)，"脳のしくみ―脳の基本構造から記憶のあり方まで"，主婦の友社，2010． 脳 人間の生命活動を総合的に制御する重要な器官 大きく分けて 大脳 人間の知的活動にとって最も重要な，思考・知覚・記憶・言語・運動などの働きを担う 小脳 身体各部の運動が正確に行われるよう調整するのが主な役割, 平衡感覚も 脳幹 呼吸、血液循環、体温調整、代謝など、生命活動の維持 神経細胞（ニューロン）、それらをつなぐ神経線維が多数 支持・栄養補給のグリア細胞 大脳 三層 古皮質 旧皮質 新皮質 古:爬虫類の脳, 旧：旧哺乳類の脳 本能的な情動にかかわる大脳辺縁系 運動にかかわる大脳基底核 新：最も人間的な部分 大脳辺縁系 細かく見ていく 短期記憶蓄積 海馬 好き嫌いや怒りなどの感情 偏桃体 意欲に関係深い 側坐核、透明中隔 快・不快で行動意欲につなげる 帯状回 各器官をつなぐ 脳弓 食欲や性欲などの生存本能 恐怖や好き嫌いなど人間の本能的な感情 偏桃体は「情動の中枢」、好き嫌い、快不快、原始的、動物的感情を生む 左脳、右脳 小脳 身体を使って覚えたことは小脳に記憶 反復練習で正確に 脳幹 命の座 大脳、小脳、延髄をつなぐ 器官 間脳（視床、視床下部） 中脳 橋 延髄 など 心拍、呼吸、血液循環、体温調整 大脳が意識的な活動の中枢であるのに対し、脳幹は無意識的な生命活動の中枢 視床下部にぶらさがる脳下垂体 視床下部の指示のもと、ホルモン分泌 前葉 成長ホルモン 甲状腺刺激ホルモン 副腎皮質刺激ホルモン 生殖腺刺激ホルモン プロラクチン 後葉 オキシトシン バゾプレッシン その他 利き手 男女の脳 脳梁 女性のほうが太い 前交連 視床間橋も 左脳と右脳両方を連携して話す, コミュ力高 など 神経細胞, グリア細胞 情報伝達 神経細胞 大脳に140億 小脳に1000億 脳全体 千数百億 情報ネットワークを形成 構成 樹状突起, 他の神経細胞から情報を受け取る 軸索 樹状突起の一番長いもの、他の神経細胞との連絡, 神経細胞同士が結びついて情報が伝達され、新たな結びつきができることで”記憶”として蓄えられる 細胞体 心臓部 グリア細胞 接着剤 サポート 最近の研究では、グリア細胞も情報伝達に加担？ 神経細胞 情報伝達 電気信号 軸索 シナプス 神経伝達物質 電気信号の伝播 細胞膜 イオン チャンネル開閉 膜内と膜外とで電位差 電位差が隣に影響を与えそっちでも電位差 軸索を伝搬 軸索を髄鞘が覆っているかどうかで、伝搬速度も変化 情報伝達2 単一神経細胞内においては電気信号で伝達 神経細胞間のシナプス間隙では神経伝達物質で伝達 神経系 中枢神経 脳 脊髄 末梢神経 体性神経 感覚神経 運動神経 自律神経 相反する2種の拮抗でバランス ホメオスタシス 交感神経 興奮緊張 副交感神経 弛緩抑制 心 人間の心はどこにあるか 近代に入るまで：心臓 今：脳が重要 感情 人間だけがもつ特有のもの 親しみ 同情 憎しみ 羞恥心 動物的なもの 空腹が満たされたときの快感 睡眠不足の不快感 生命を脅かすものにあったときの恐怖、不安、闘争心 人間的な感情と区別して”情動”と呼ぶ 情動 視床下部 生物としての欲求、生存本能 食欲 睡眠欲 性欲 偏桃体 快 不快 怒り 恐れ 視床下部×偏桃体×海馬×外部からの情報＝情動 怒りや恐れで生理的変化 交感 増 副交感 減 情動だけでは暴走してしまう。大脳の前頭連合野で理性的に制御 感情の情報を大脳に伝える 偏桃体が喜怒哀楽などの感情を判断すると、脳内ホルモンという神経伝達物質によって、大脳皮質まで伝達 脳内ホルモンの分泌コントロール：モノアミン系 神経細胞の集合 モノアミン系 A 1-7 ノルアドレナリン 8-12 ドーパミン 6は怒りの中枢 10は人間にしかない C アドレナリン B A,Cを抑える ホルモンが脳内に伝わって、緊張や興奮などの生理的変化を身体にもたらす 感情は脳内ホルモンによって引き起こされるといってもよい 役割 ドーパミン 快感、幸福感を増幅、意欲・運動調節・ホルモン調節 ノルアドレナリン 怒り、不安、恐怖の感情、覚醒、記憶 アドレナリン 恐怖 これらにたいして抑止的に作用する神経伝達物質 セロトニン 睡眠、体温調節、生理的機能、過剰な興奮や衝動・抑うつ感の軽減 不足するとうつ状態 片頭痛の発症にも関与？ 幸福感の源 本能的な欲求が満たされたとき。動物全般にみられる ほめられる、試験合格、コンテスト優勝、新しい知識獲得 目標達成。小説が波乱万丈の末にハッピーエンド 快の感情を追求することが、まさに人間らしい幸福感であり、ひいては人類の進化につながる ドーパミンがその原動力 主な神経伝達物質 モノアミン ドーパミン ノルアドレナリン セロトニン βエンドルフィン アミノ酸 γ網の酪酸（ギャバ） グルタミン酸 アセチルコリン 神経ペプチド ストレス ホメオスタシス 病気やケガ、不快環境、トラブル、経済的不安といった原因（ストレッサー）から何らかの圧力を受けていると感じ、それに反応して心身が緊張している状態を指すのがストレス ストレスを感じると 脳内ホルモン分泌 → グルコース（身体のエネルギー源）の生成を促進 交感神経活性化 → 緊張が高まり、はたらきが活性化 ストレスから抜け出せず、長期間バランスを崩していると 睡眠障害、学習能力低下、集中力低下、感染症など 心拍数増加、血圧・血糖値の上昇、気管支拡張、思考力低下 ストレスの進行度 1. 警告期 ストレスに備えるべく活性化 2. 抵抗期 ストレスの原因と闘う時期 3. 疲労期 ストレスから抜け出せないと疲労期。糖質コルチコイドやアドレナリン、ノルアドレナリンなどが過剰に分泌されるために起こる。私たちがストレスを強く意識するのはこの時が多い ストレスは本来、外からの物理的、心理的圧力に備え、克服するための脳や身体の反応 ストレスが日常的にあっても不自然ではない ストレスのレベルが高すぎても低すぎても生産性は落ちることが証明済み 適度なストレス必要 定年後に燃え尽きてしまう人は、ストレスが少なすぎだからかも 必要なストレスでも、慢性化すると心身に変調 不安障害 強い恐怖感 動悸 息苦しさ めまい パニック障害 強迫観念へのとらわれ 強迫性障害 PTSD 人間が幸福を感じるとき、大脳辺縁系の帯状回にあるスピンドルニューロンという神経細胞が活性化し、細胞が伸長する いったん長くなると、不幸があっても縮まない 長い分だけ幸福感が持続する 幸福体験を重ねるほど伸び続ける ストレスに対しても強い抵抗力を持つ と言われている くよくよしないで前向きに考えることは脳を活性化し、免疫力を高め、病気を悪化させない効果につながる 恋愛 性欲 視床下部 第一性欲中枢 セックスを求める機能 第二性欲中枢 セックスを行うための機能 第一： 男 >> 女 第二（男）：摂食中枢のそば。空腹で生命の危機だと性欲高 第二（女）：満腹中枢のそば。失恋でやけ食いはこのため？ 人間だけがもつ感情の一つに、恋愛に関する感情 恋愛感情を起こすのは主として性欲の情動だが、それだけではない 恋愛対象としてふさわしいかを総合的に判断するのは前頭葉にある前頭連合野 言語 すべての民族に備わっている 記憶 短期記憶 作業メモリ 長期記憶 ストレージ 陳述記憶 意味記憶 一般的な知識 エピソード記憶 出来事 非陳述記憶 手続き記憶 身体で習得する記憶 プライミング記憶 無意識のうちに思い起こす記憶 エピソード記憶は、意識すれば比較的容易に思い出せる、意味記憶はきっかけがないとなかなか思い出せない 頭の中に画像を描いたり、メロディをつけたり、音読したり、語呂合わせにしたり、物語にしたてる、五感を駆使するなどすれば、意味記憶も同様に定着が可能 睡眠 体と脳の休息 夢 睡眠中に脳内で起こる仮想体験 五感 略 脳の発達・進化・老化 系統樹 魚類 両生類 爬虫類 鳥類 哺乳類 人類 大脳の神経細胞数 受精後四か月＝成人 誕生後に神経ネットワークを構築 20歳ころに完成 脳の老化は、神経細胞の変形と、脳内における密度の低下によるもの 大脳皮質の細胞数はあまり減少しない 脳幹の黒質では大きく減少、黒質は運動調節・ドーパミンを分泌、運動能力・意欲の低下 神経細胞同士をつなぐシナプスは増えることはあっても、減ることはない。記憶力や運動能力は衰えるが、思考力や判断力は衰えない 植物状態：大脳は機能停止。脳幹は機能 脳の病気 略 以上
俺も4年生になって卒研に入ってしばらくはそんな感じだったよ。読まないとならない論文はどんどん積まれて行くのにひとつひとつの論文が泥沼の中を腰までつかりながら進んで行く感覚。
英語力の問題とはちょっと違うと思う。ペーパーバックの小説は普通に読めてたから。
論文には論文の読み方があるんだけど、数をこなさないと読めるようにならない。まあ何ヶ月か頑張って読んでれば気づくとさくさく読めるようになるよ。
分野にもよると思うけど、うまい博士論文の序論や背景の部分は論文誌や会議予稿よりも丁寧に書かれてることが多いので、自分のやってるところの研究の流れで重要な博士論文があったらそれを見てみるのも背景を頭に入れるのに良いかもしれない。
細胞は化学平衡からかけ離れた動的化学系：自由エネルギーを取り入れ、合成反応をすすめることで維持
細胞は500以下の遺伝子で生きていける。最小のゲノム＝マイコプラズマ
古細菌：セントラルドグマは真核生物、代謝やエネルギー変換は原核生物に似ている。
真核生物：10^6-10^7bases,1000-6000genes
リボソームRNAの小さい方のユニットは全ての生物でよく保存されている。
新しい遺伝子の作り方：
３． DNA領域の混ぜあわせ
４． 水平伝播：原核生物で頻繁に起こる
パラログ：同じゲノム内での重複によってできた遺伝子。機能が分化していることもある。
有性生殖≒遺伝子の水平伝播（ただし通常同じ種間でしか起こらない）
3つの分類のいずれにも存在する普遍的な遺伝子ファミリーの大部分は翻訳、アミノ酸の代謝と輸送に関与しているものである。
真核生物の定義：DNAが書くという独立した内部区画に分離されている。
二重膜になっている核膜がある。
細胞骨格がある。
真核生物は、元々捕食者ではないかと考えられている：核膜は運動によってDNAが損傷しないように。柔らかい細胞膜と細胞骨格は運動性を持たせるため。
植物は葉緑体の取り込みによって獲物を追う必要がなくなり、食作用及び運動性を失い、細胞壁を獲得した。
植物が運動用の細胞骨格装置を持ちながら細胞膜を持つのはこのため。
菌類は葉緑体を持たないにも関わらず、硬い外壁を持つため、食作用や運動性を持たない。他の細胞の分泌物や死んだ時に放出される栄養分で生きている。細胞外に消化酵素を分泌し、必要な消化を全て細胞外で済ますことができる。
原核生物：ゲノムが小さいほど有利；真核生物：ゲノムが大きいほど有利；
真核生物は原核生物より多くの遺伝子を持つだけでなく非翻訳DNAも遥かに多く持っている。遺伝子：20倍；非翻訳DNA：10000倍；
非翻訳DNAを用いて他の遺伝子の発現を調節→複雑な多細胞生物の形成
遺伝子余剰：かつては同一だった類縁遺伝子が存在し、それらを交換しても目的の機能を果たすことができるような状態。
遺伝子余剰→ある遺伝子を欠損させたとしても、目的の機能が達成されてしまう。
自分が完全放置系研究室に所属していた時に知っておくと、もう少し楽だったろうなぁと思うツールを単に列挙
よって内容に偏りあり。
タカラがリアルタイムPCRでのプライマーの設計指針を書いてくれている。
通常のPCRでも基本的にこれに従えばOK
http://catalog.takara-bio.co.jp/product/basic_info.asp?unitid=U100004425
http://www.sigma-genosys.com/calc/DNACalc.asp
Primerの長さ、分子量、Tm、GC含量、2次構造の作りやすさ、Primer Dimerの有無などを複数のサンプルに対して計算してくれる。
＊異なるPrimer間でのDimer形成に関してのデータは無い
知らないタンパク質が出てきた
○UniProt
タンパク質についてのデータが簡単に手に入る。知らないタンパク質名があったら取り敢えずココで検索
・糖鎖付加部位
・S-Sの部位
・報告されている変異の場所
・関連性の高い論文へのリンク などなど多数の基本情報が記されている
http://web.expasy.org/compute_pi/
使用頻度は低いけれど、無いと困るソフト
○Translate tool
http://web.expasy.org/translate/
コドンのフレームがズレていても、逆向きの配列でも全てのパターンで翻訳してくれる。(フレームのズレ3種×向き2種＝Total6パターン)
表示も3文字表記と1文字表記があり、翻訳後のコピ-&ペーストに便利
○Vector Database
https://www.lablife.org/g?a=vdb
配列とマップも表示され、新しいベクターを作製する場合何かと便利
○ClustalW2 - Multiple Sequence Alignment
http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/
系統樹を描いてくれるソフト。ホモログなんかを比較する時にも便利。
http://www.youtube.com/watch?v=r2cG1SzDdBA
YouTubeでもある通り、ホームページ内でも系統樹を見る事が出来ますが、オフラインでデータを見たい場合は
TreeView Xを使えばできます。
http://darwin.zoology.gla.ac.uk/~rpage/treeviewx/download.html
マウスオーバーで単語の意味が表示される。ライフサイエンスに特化しているのためマニアックな単語もいける。
ライフサイエンス辞書ツールのようにマウスオーバーではないが、検索ボックスにコピー&ペーストしなくても検索が可能なので、とても楽。
ライフサイエンスに特化していないが、かなり広い範囲の単語が登録されているのほとんどの単語、述語の意味が分かる。
○検索
http://lsd.pharm.kyoto-u.ac.jp/ja/service/weblsd/conc.html?c
上記したライフサイエンス辞書ツールを開発しているホームページ
単語にたいしての共起表現を検索してくれる。分からない単語の訳の予想や、論文を描く時の助詞を検討する時に便利
とりあえずの便利ツールでした。
こんにちは、系統分類学を専門とするAkaike嬢（修士(理学））です。私は修士は別のテーマでしたが、博士からは系統分類を行うつもりの研究生（3年目）です。恋愛に関しては、まる2年系統解析ソフトを吟味しただけあってプロフェッショナル。今回は、モテる系統解析系女子力を磨くための4つの心をみなさんにお教えしたいと思います。
1．あえて最尤法の実行にPAUPを使用する
あえてPAUP 4.0 beta を使うようにしましょう。そして飲み会の場で好みの系統解析系男子がいたら話しかけ、わざとらしくノートPCを持ち出して相談してみましょう。そして「あ～ん！ この解析ソフト、マジでチョームカつくんですけどぉぉお～！」と言って、男に「どうしたの？」と言わせましょう。言わせたらもう大成功。「私最尤法とかうまくなくてぇ～！ ずっとPAUPで走らせてるんですけどぉ～！いつまでたっても解析が終わらないんですぅ～！ ぷんぷくり～ん（怒）」と言いましょう。だいたいの系統解析系男子は早い解析ソフトを徹底的に検証したがる習性があるので、貴女が使用しているソフトも言及してくるはずです。
そこで系統解析系男子が「OTUはどれくらい？」と言ってくるはず（言ってこない近隣結合法もできない男はその時点でガン無視OK）。そう言われたら貴女は「なんかなんかぁ～！ 最近、RAｘMLが人気なんでしょー!? あれってどうなんですかぁ？ 最尤法系統樹が欲しいんですけどよくわかんなぁ～い!! 私かわいそーなコ★」と返します。すると男は「RAxMLでしょ？かなり短時間で最尤法を終わらせることがでできるけど、基本的にGTRモデルかCATモデルでないとめんどくさいことになるみたいだよ。PhyMLとかTreefinderなんかも使われてるけど、初期樹形の探索方法に問題があって正しい樹形が得られないこともあるみたい。でどんなトポロジーが欲しいの？」という話になって、次の休みに彼が解析ソフトを手取り足取り教えてくれるというわけです。貴女の女子力が高ければ、系統解析系男子がご自慢のソフトウェアセットで描いた樹形を使ってあなたの遺伝子と単系統にしてくれるかも!?
各タクサの横にそのスケッチ（写真でも可）を入れると、系統解析系の男子は「本当にこの生き物が好きなんだなあ」とか「系統樹が描けて嬉しかったんだろうなあ」と思ってくれます。若干支持率の危うい樹上にもスケッチを使うことによって、系統解析系男子は貴女をブートストラップ値や事後確率の見方がわからない指導してあげたい女子だと勘違いしてくれるのです。そういうキャラクターにするとほぼ絶対にボスからもっと遺伝子領域増やせよお前と思われますが気にしないようにしましょう。
3. とりあえず男には「えー！ なにそれ!? 知りたい知りたーい♪」と言っておく
飲み会などで系統解析系男が女性に話すことといえばタクソンサンプリングや遺伝子領域の話ばかり。よって、女性にとってどうでもいい話ばかりです。でもそこで適当に「へぇーそうなんですかぁ～？」とか「よくわかんないですけどすごいんですねぇ」と返してしまうと、さすがの男も「この女本当に系統解析したことあんのか？」と気がついてしまいます。ほんとは自分でシークエンスしたこともないとバレたら終わりです。そこは無意味にテンションをあげて、「えー！ なにそれ!? 知りたい知りたーい♪」と言っておくのが正解。たとえ興味がない話題でも、テンションと積極性でその場を乗り切りましょう。積極的に話を聞いてくれる女性に男は弱いのです。
いろいろと話を聞いたあと、「〇〇は〇〇で、〇〇が〇〇なんですね！ 覚えたぞぉ！ 早速モデルテスト！」とコメントすればパーフェクト。続けて頭に指をさしてくるくる回しつつ「10000世代！ 20000世代！」と書いて、「どうしたの？」と男に言わせるのもアリ。そこで「私の脳内Mr. Bayse ver. 3.1.2でマルコフ連鎖モンテカルロ法を実行しているのでありますっ☆」と言えば系統解析系女子力アップ！ そこでまた男は「この子おもしろくてカワイイかも!?」と思ってくれます。私は系統解析を用いた学会発表歴のないの研究生（3年目）ですが、こういうテクニックを使えば業績がない私のような系統解析系女のほうがモテたりするのです。男はやたらベイズ法が好きですからね。
4.Windowsを使えない女をアピールせよ。
男と解析PC部屋に入ったら、真っ先にWindows PCを探して「あーん！ 私これ使えないんですよねぇ～（悲）」と言いましょう。するとほぼ100パーセント「どうして？ 嫌いなの？」と聞かれるので、「嫌いじゃないし使いたいけど使えないんですっ＞＜」と返答しましょう。ここでまた100パーセント「嫌いじゃないのにどうして使えないの？」と聞かれるので、うつむいて3～5秒ほど間をおいてからボソッとこう言います。「……だって、……だって、Mac Clade使えないじゃないですかぁっ！ 改行の入ったFastaファイルになっちゃうんですぅ！ まだアライメントもしてないのにぃぃ～（悲）。モデルテストすらできないんですよ……」と身を震わせて言うのです。
その瞬間、あなたの系統解析系女子力がアップします。きっと男は「なんてヒュールセンベックのようなコなんだろう！ 絶対にゲットしてやるぞ！ コイツは俺の女だ！」と心のなかで誓い、あなたに惚れ込むはずです。意中の男と付き合うことになったら、そんなことは忘れて好きなだけWindowsを使って大丈夫です。「使えないんじゃなかったっけ？」と言われたら「OSXまでだし…」とか「Bio Edit使ってる」、「MAFFTで高速アライメント」と言っておけばOKです。
こんにちは、系統分類学を専門とするAkaike嬢（修士(理学））です。私は修士は別のテーマでしたが、博士からは系統分類を行うつもりの研究生（3年目）です。恋愛に関しては、まる2年系統解析ソフトを吟味しただけあってプロフェッショナル。今回は、モテる系統解析系女子力を磨くための4つの心をみなさんにお教えしたいと思います。
1．あえて最尤法の実行にPAUPを使用する
あえてPAUP 4.0 beta を使うようにしましょう。そして飲み会の場で好みの系統解析系男子がいたら話しかけ、わざとらしくノートPCを持ち出して相談してみましょう。そして「あ～ん！ この解析ソフト、マジでチョームカつくんですけどぉぉお～！」と言って、男に「どうしたの？」と言わせましょう。言わせたらもう大成功。「私最尤法とかうまくなくてぇ～！ ずっとPAUPで走らせてるんですけどぉ～！いつまでたっても解析が終わらないんですぅ～！ ぷんぷくり～ん（怒）」と言いましょう。だいたいの系統解析系男子は早い解析ソフトを徹底的に検証したがる習性があるので、貴女が使用しているソフトも言及してくるはずです。
そこで系統解析系男子が「OTUはどれくらい？」と言ってくるはず（言ってこない近隣結合法もできない男はその時点でガン無視OK）。そう言われたら貴女は「なんかなんかぁ～！ 最近、RAｘMLが人気なんでしょー!? あれってどうなんですかぁ？ 最尤法系統樹が欲しいんですけどよくわかんなぁ～い!! 私かわいそーなコ★」と返します。すると男は「RAxMLでしょ？かなり短時間で最尤法を終わらせることがでできるけど、基本的にGTRモデルかCATモデルでないとめんどくさいことになるみたいだよ。PhyMLとかTreefinderなんかも使われてるけど、初期樹形の探索方法に問題があって正しい樹形が得られないこともあるみたい。でどんなトポロジーが欲しいの？」という話になって、次の休みに彼が解析ソフトを手取り足取り教えてくれるというわけです。貴女の女子力が高ければ、系統解析系男子がご自慢のソフトウェアセットで描いた樹形を使ってあなたの遺伝子と単系統にしてくれるかも!?
各タクサの横にそのスケッチ（写真でも可）を入れると、系統解析系の男子は「本当にこの生き物が好きなんだなあ」とか「系統樹が描けて嬉しかったんだろうなあ」と思ってくれます。若干支持率の危うい樹上にもスケッチを使うことによって、系統解析系男子は貴女をブートストラップ値や事後確率の見方がわからない指導してあげたい女子だと勘違いしてくれるのです。そういうキャラクターにするとほぼ絶対にボスからもっと遺伝子領域増やせよお前と思われますが気にしないようにしましょう。
3. とりあえず男には「えー！ なにそれ!? 知りたい知りたーい♪」と言っておく
飲み会などで系統解析系男が女性に話すことといえばタクソンサンプリングや遺伝子領域の話ばかり。よって、女性にとってどうでもいい話ばかりです。でもそこで適当に「へぇーそうなんですかぁ～？」とか「よくわかんないですけどすごいんですねぇ」と返してしまうと、さすがの男も「この女本当に系統解析したことあんのか？」と気がついてしまいます。ほんとは自分でシークエンスしたこともないとバレたら終わりです。そこは無意味にテンションをあげて、「えー！ なにそれ!? 知りたい知りたーい♪」と言っておくのが正解。たとえ興味がない話題でも、テンションと積極性でその場を乗り切りましょう。積極的に話を聞いてくれる女性に男は弱いのです。
いろいろと話を聞いたあと、「〇〇は〇〇で、〇〇が〇〇なんですね！ 覚えたぞぉ！ 早速モデルテスト！」とコメントすればパーフェクト。続けて頭に指をさしてくるくる回しつつ「10000世代！ 20000世代！」と書いて、「どうしたの？」と男に言わせるのもアリ。そこで「私の脳内Mr. Bayse ver. 3.1.2でマルコフ連鎖モンテカルロ法を実行しているのでありますっ☆」と言えば系統解析系女子力アップ！ そこでまた男は「この子おもしろくてカワイイかも!?」と思ってくれます。私は系統解析を用いた学会発表歴のないの研究生（3年目）ですが、こういうテクニックを使えば業績がない私のような系統解析系女のほうがモテたりするのです。男はやたらベイズ法が好きですからね。
4.いつでも肉を食べられない女をアピールせよ。
男とレストランに入ったら、真っ先にWindows PCを探して「あーん！ 私これ使えないんですよねぇ～（悲）」と言いましょう。するとほぼ100パーセント「どうして？ 嫌いなの？」と聞かれるので、「嫌いじゃないし使いたいけど使えないんですっ＞＜」と返答しましょう。ここでまた100パーセント「嫌いじゃないのにどうして使えないの？」と聞かれるので、うつむいて3～5秒ほど間をおいてからボソッとこう言います。「……だって、……だって、Mac Clade使えないじゃないですかぁっ！ 改行されてないFastaファイルになっちゃうんですぅ！ まだアライメントもしてないのにぃぃ～（悲）。モデルテストすらできないんですよ……」と身を震わせて言うのです。
その瞬間、あなたの系統解析系女子力がアップします。きっと男は「なんてヒュールセンベックのようなコなんだろう！ 絶対にゲットしてやるぞ！ コイツは俺の女だ！」と心のなかで誓い、あなたに惚れ込むはずです。意中の男と付き合うことになったら、そんなことは忘れて好きなだけWindowsを使って大丈夫です。「使えないんじゃなかったっけ？」と言われたら「OSXまでだし…」とか「Bio Edit使ってる」、「MAFFTで高速アライメント」と言っておけばOKです。
