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はてなキーワード: PCRとは

2017-04-03

bread with PCR

bread with partially cracked rice

partially cracked rice=PCR

newly discovered fact

水に浸した米粒は簡単砕けた

これなら乾燥プロセス不要やな。

そのあとPCRフライパン炊飯した。

シェーピング時にあんこ饅頭に充填するような要領で

PCRを混ぜたが、局在するので

やっぱりテキスチャーが悪い。

PCR mix before shooting to polybag

まばらに混ぜたい。もしくは表面に出てくるようにしたい。

As Mr Wilson does, better to include PCR into partly

glutendevelopped dough before polybag insertion?

ライスミルクならハンドブレンダーで粒感覚なくなるまで

砕けるので、ディレクト法でやってみるか?

ライスミルク+小麦粉+イースト+塩を最初にミックスして

バルク発酵

2016-10-31

CRISPR-Cas9に驚いた

増田コメント欄にて、「CRISPR-Cas9っていう技術改革最近医学発展したよ」ってのを見た。

医者なんだけど。

しかも、5年前にまさに遺伝子改変の研究してたんだけど(遺伝子組み換えガン細胞に、治療してみて効果判定する程度のお遊びレベルだが)。

この技術知らなかった。

PCRっていう方法で、遺伝子増幅させたりして、遺伝子いじったり、ノックアウトマウスっていう遺伝子欠損させたマウス使って実験したり。そういうことをやってたんだけど。(ちょうどそのころ、国際ノックアウトマウスプロジェクトっていうので、ノックアウトマウス世界共有で利用できるようになったぞ!みたいなのがたぶんネイチャーにのって、わくわくしていたものだ)

  

おいおい!!!このCRISPR-Cas9って2013年から出だしたらしいけど、すごすぎねえか?

遺伝子のどの部分でも切ったりはったりできるの???

いやいや、俺が何時間もかけて、並列で遺伝子実験してたあの膨大な時間がいらなくなったってこと?

  

いやいや、ちょっともう技術的に古い話かもしれないけど、もうさあ。俺が生まれ時代なんて、30年前なんだけど。

遺伝子が増幅できるようになったらしいぜ」っていうの聞いただけで、もう超絶未来感じてたんですね。

  

で、大学研究室に出入りしていた時も、

遺伝子組み換えて、挿入したりして、新しい細胞とか作りたいです」っていったら、教授から「そういうのはうちよりもっとすごい研究所がすんげー頑張ってやってるところだからねえ、うちはアイディア勝負からねえ」って感じだった。

それが、もう、高校生でもできるっていうのがCRISPR-Cas9ってやつらしいな!

いやーびっくりしたわ。

これって、ようするに、並列で遺伝子を組み替えたやつを何千パターンも作って、同時並行で実験できるんでしょ?

俺がやってたのなんて、だいたい、3パターンくらいの遺伝子変更の奴を、1日かけて治療して、で、治療がうまくいったら光るようにしてから顕微鏡で光ったか確認。みたいなのを、1日かけてようやくだった。

しかし、それが、何千パターンとかできるってことでしょ?

おいおい。技術レベル革新ってレベルじゃねーぞ!!!

  

びっくりした。

多分、俺が1年間でやった実験数を2,3日でやれるようになるんじゃねーのこれ。

しかも今はいい感じで人工知能発展してるし、人間よりはるか効率よく遺伝子実験やるんだろうね。

  

いやいや。今日は凄いは。

IPSの時くらい腰抜かした。PCRの衝撃超えてすごいかもしれない。

びっくりした。

これは革命だわ。

2015-09-18

なるほど、ザ、この感覚

俺は、なぜ努力ってか、夢がってか、情熱がなくなったかからなかったんだけど。

「世の中、俺がなんかしなくても、勝手に発展する」ってことを得心したってことだと思う。

  

俺は、学歴厨で、ガリガ勉強して、世の中をよりよくして人類を次のステップに~みたいなことを子供の頃から考えていた。

で、医学部に入った。

ってのも、多分、『NIGHT HEAD』みたいな小説の影響もあった。中二の全盛の頃に読んだんだけど、超能力を手に入れた奴らが人類を次のステップへ~みたいな小説なんだけど。

から思っていたイメージが、この小説でカッチリ固まっちゃったってか。

  

でも、医学部に俺が入学したあたりから、状況が変わった。

IPSだのってのはもちろんだし、コンピューターエライ進歩した。

PCRとか、ソフト化とかもガンガン進んで、ドンドン医学は進んでいるみたいだ。

実際に医者とかも見てると、皆こんなマジメなんかってくらい仕事してる。

  

こりゃー俺の出る幕は無いねって思った。

いや~。将棋とかも、今ドンドン定跡が進化してるらしいじゃん。

プログラムとかもすごいんでしょ。

  

ネット将棋をやれるとか、当たり前だもんね。

予想もしなかったよ、子供の頃は。

   

もう人類、次のステップどころじゃないよね。

3段飛ばし進化してるじゃん。

  

これが、俺が情熱失った理由だと思う。

もう、俺がやりたかったことは世の中がやってくれそうな感じだし。

俺は自由怠惰に生きていいよねーって感じてる。

  

もう一度選びなおせるなら、俺は、CPUとかの開発とかやりてえなあ。

医学は、マジで安心して勤勉な秀才達にまかせられるわw

2015-08-13

http://anond.hatelabo.jp/20150813065652

再現性とかの話じゃなくてさw

「力任せにしらみつぶしにやれば絶対結果出る」って分野がたくさんあるから、それをやってるのが大勢科学者

将棋の定跡とかでも、とりあえず素人でもやれば結果でるだろ?そのレベルなんですわ。

PCRっていう遺伝子増幅法が確立されたら、じゃあ、ひたすら遺伝子解析でいくらでも結果でるじゃん、とかそういうレベル。これが知的労働とは言いがたい。

昔みたいに、アインシュタインニュートンや、数学みたいな綺麗なものは5%くらいじゃないの?95%は、結果だけでるし、社会にも役立つし、IFも取れるけど、誰がやっても同じような研究ばかり。個性が無い。

2014-06-09

http://anond.hatelabo.jp/20140609201527

生物におけるハードワークってわかんねーかな。

たとえば、同時並行にPCRとか遺伝子発現とかをやるんだよ。ノックアウトマウス作ったり。

それで物療作戦でひたすらやればなんらか結果は出るんだよ、だって遺伝子から

論理的にというが、生物系って緑色発光タンパク質(GFP)が特定細胞に光った光らないとかだから画像修正とかフォトショでなんとなく結果が変わるんだよ。(今回の小保方も緑の部分が光った光らないだっただろ?)

したら、結果がでたってなる。論理関係無いイメージの問題になる。

そしてそれは、まあ見間違えとかコンタミかいくらでも理屈ついちゃう

現実知らずに妄想語りすぎだろあんた。

2014-04-10

STAP細胞存在に決着が着く最短の道のり

理研STAP細胞検証チーム丹羽氏ら)が検証実験を行うことを、先日の会見で発表している。

私は、この検証は案外早く決着が着くのではないかと思っている。完全な決着には1年を要するだろうが…。

1. 酸処理により、GFPの発現は、おそらく起こる。

これは、自家蛍光かもしれないし、死に際の断末魔でOCT4-GFPが発現するのかもしれない。しかしとにかく、蛍光は発すると思う。

小保方氏が200回以上見たというのは、この蛍光であろう。

(参照:http://blog.livedoor.jp/kazu_fujisawa/archives/52007102.html

蛍光が起こることが確認できれば、コツが要ると言われている酸処理の手技自体クリアされたことになる。

2. しかし、他の未分化マーカー遺伝子の発現は起こらないだろう。

検証チームは、酸処理後に他の未分化マーカー (Nanog, Sox2など)の発現をRT-PCRなどで調べると言っている。

Nature論文でも見ているが、はっきりいって信用出来ない)

3. ほかの未分化マーカーの発現がなければ、全能性を有する可能性は極めて薄い。

十分確認するためには、キメラマウスを作る必要があるが、ほとんど消化試合と言って良い。

とすれば、「STAP細胞存在しまぁす」という小保方氏の主張は、OCT4-GFPの発現のみを根拠とした「誤認」に基いていたことになる。

以上が、小保方氏の解釈は誤認でありSTAP細胞存在する可能性は低い、という結論に達する道のりで、これに至るのは意外と早いと想像する。

2014-03-17

小保方問題雑感

現場教育方法に問題?

一理ある。何故コピペD論が有り得るのか甚だ疑問。修論博論は何度もボス教授なりメンター(助教とか)に修正されまくって、最初自分で書いた原型は留めない、というのはある意味研究者に共通のネタでもある。程度の違いはあるにせよ。

コピペ多用とデータ使い回しは全く別問題

仮に論文本体内でのコピペや嘘っぱちリファレンスリストを許容したとする。しかデータの使い回しは有り得ない。例えばPCR画像使い回しなんて完全に黒。余談だが、修論提出締切に間に合わなくて先輩のリファレンスリストコピペして審査員に提出する"裏技"というのは聞いたことがある。しかし当然減点対象になりうるし正本では直すのが普通

データ取り違え?

三年前のデータと?そんなん有り得るか。理論科学と違って実験の面倒なことは再現性をとるためとか綺麗なデータをとるために何度も同じ実験を繰り返さなきゃいけないこと。投稿論文への掲載に値するデータを取るのにいくつもパイロット実験があったりする。で、そうゆう膨大な下積みデータってフォルダファイル名に日付を入れて管理する。細かな作法は人それぞれだけど、日付の他に、実験名前とか、株の名前対象遺伝子タンパク名前データ管理に使う情報。どうやって数年前のデータと取り違えるのか理解し難い。

http://anond.hatelabo.jp/20140317015734

実験は大得意だけどそれをまとめるのは好きじゃないっていう人、実際に結構いる

わからんでもないが。実験詰め込み過ぎてノート書くの一週間放置とかデータ整理二週間さぼるとか。でも最低限どの条件で実験したとかはメモ書きしておく(そうじゃなきゃ後で困るのは自分)。しかしそれ以前に、自分データしかもうまくいったデータって覚えてないもんか?というのが本質的に疑問。まして顕微鏡写真なんか、DNAの泳動写真に比べたら憶えやすいのは。視野内の細胞の配置とかで。顕微鏡に関しては確かに膨大な数の写真を撮るけれど、「これ!」というデータはそのあと研究室内での発表とか学会発表で繰り返し見ることになるから自分どころか教授が憶えてたりするぐらい。

作為的じゃなかったらそれこそ狂気

コピペや泳動写真の切り貼りがいけないことだとは知らなかった、は理研ユニットリーダーとしては有り得ない発言だと思うが、これまでの研究教育環境が悪かったことも否めなくはない。しかし既に書いた通り一つのデータを「異なる実験」と言って使い回すのは単なる嘘偽り。研究教育以前の人としての問題。二月中旬だか下旬頃に「いま必至に追試・再現性の確認を行っている」と発表されていた気がするが、そもそもきちんと実験されていないもの存在しないかもしれない現象に再現性もくそもあるかい。いったい真実は何なんだ、おぼちゃんよ。

2014-03-13

リケジョではない、あるアホな女の話

STAP細胞の騒動を見ていて、自分大学時代を色々と思い出して死にたくなったからここに吐き出す。

個人的なろくでもない思い出話なので、騒動の新たな情報を得たいとか、アホな人間の話にイライラする人はそっ閉じしてください。

私は小保方さんとほぼ同世代で、あの頃はバイオ学科が雨後のタケノコのようにポコポコ新設されていて、私もそのひとつ入学した。私の入った大学では1・2年が基礎課程で、それが終わると研究室に配属される。大学院に進学しなければ、3・4年の2年間、研究に取り組むことになる。

配属された研究室指導教官合理的な人だった。入室後の面談でまず、進学と就職のどちらを希望するのかを聞かれた。公務員志望だと答えると曰く、2年じゃ大した研究はできない、まして就活が忙しい時期はほとんど学校に来られないだろう、だからあなたにはまぁ厳しくしないよ、とおっしゃる事実、2年間で叱られた記憶ほとんどない(何度か呆れた顔はされた)。一方で、進学する同級生は、かなり厳しくしごかれていたように思う。

「どうせ2年でいなくなる学生」の扱いに困ったのは教官だけではなかった。研究室教員は1人しかおらず(もちろん研究員テクニシャンもいない)、学生指導は上級生が行った。私を指導してくれた先輩は、とりあえず実験をさせておこうと思ったようだ。私は、毎日言われるがままにPCRしまくり、ゲルを作りまくり電気泳動しまくっていた。特技はチップ詰めだった。

研究とはなんぞや、実験の意義とはなんぞや、データとは、統計とはなんぞや。アホで怠惰で意欲のない私は、そういったことに自ら興味を持つことはなかった。したがって、「質問には答えるけど、聞かれなければ教えない」というスタンスだった指導教官や先輩との相性はすこぶる悪かった。疑問も持たずにひたすらPCRしまくり、気がつけば4年生になった。

4年生になると、教官にはっきりと「公務員試験が終わるまで、週1回の論文ゼミ以外は来なくていい」と言われた。どこまでもアホな私は、その言葉を額面どおりに受け取って、本当に週1回しか研究室に行かなくなった(就職希望同級生でも、もう少しは行っていたように思う)。夏も終わり頃、公務員試験に全て落ちた私は研究室に戻った。その頃には、私は立派なお荷物学生となっていた。

復帰後は進学希望同級生の下に付くことになった。相も変わらず実験の意義を理解していない私は、リクルートスーツ白衣羽織り、ひたすら培地を作り、細胞の世話をし、あとPCRをした。

指導教官就職希望学生に対し、最終的に学科卒業研究発表会だけ出ればよく、卒論を書かなくてよいと言っていた(カリキュラム上、提出は必須でなかったらしい)。が、4年生の初冬、全員提出するよう方針転換された。まあ当然だろう。私は大慌てで論文を書いた、というよりも、でっちあげた。先輩の修論コピペし、よく撮れた泳動画像を使い、細胞蛍光画像からは都合のいい部分を切り抜いた。私は、論文の書き方どころか、データの取扱いすら学んでいなかった。

こんな私でも卒業が認められ、なんとか就職も決まった。もちろん研究職ではない。その後いろいろあって、今は大学で学んだこととは一切関係のない職場に勤めている。

今でも、科学の話は好きだ。科学に関する本やテレビ番組は好んで見るし、科学館のようなところも行く。自分で言うのもなんだけど、これでも学業の成績は良い方だったのだ。要は、教科書的な「おべんきょう」は好きでも、自分で何かに疑問を持ち、それを追求することの適性はまったくなかったのだろう。

小保方さんの華々しい(今となっては物悲しい)会見の後、にわかに「リケジョ」という言葉クローズアップされた。文系出身の同僚に「増田さんもリケジョだよね!」と笑顔で言われると、違うんだ、やめてくれ、と居たたまれない気持ちになった。私はただ理系学部卒業しただけで、科学作法も何も身に付けていない、ただのアホな女だ。

今回の騒動は残念だけど、これで「リケジョ」という言葉が巷で取り沙汰されなくなると思うと、少しだけホッとしている。

(念のため、この話は私というアホな女の一例であり、立派な女子学生女性研究者大勢おられます。どうか「これだから女は」と一般化しないでくださいね。)

(追記)

watapoco とても面白かったけど、学業の成績良かったら公務員試験は受かってると思った。

筆記は通ったんです(言い訳

(追記2)

rosaline やりたい事もないのに何故その学部を選んだのか、なんてツッコんじゃいけないのかな(後略)

高校生物IIで教わった内容をもっと知りたい、勉強したいと思ったのでバイオ系を選びました。

から思うと、専門の教科書に基づく授業を受けて、どんどん新しい知識を吸収できた基礎課程が一番楽しかったです。

「やりたい事」が「研究」ではなかったということなんでしょうね。

今でも生物系の話は興味ありますニュースになれば色々調べながら見ますよー。

(追記3)

話題になっている↓この記事に共感できる箇所があったので追記します。

早稲田大学の理工系におけるコピペ文化について

研究室基本的に1人しか教授がおらず、そこに多いときは1学年12人配属になる。つまり学部4年・修士課程1年、修士課程2年だけだとしても学生は30人強いる。そんなにたくさんの学生がいて、教授の目が行き届くはずがない。

早大ではない某私大でしたが、この人数比はおおよそ似たようなものでした。全体にもうちょい少なめ。旧帝大出身の人から研究室あたりの学生数が2~3人/年だったと聞いて驚いたのを覚えています(向こうも驚いていた)。

今となっては、そりゃ圧倒的にリソースが足りないんだから先生だって進学/就職スクリーニングするわな…としか思えません(ちなみに、進学はさらに内部進学/外部進学でスクリーニングされます。これも仕方ない)。

ブクマたくさんありがとうございます同意くださる方がいらして少しホッとしました。

同時に、じゃあ私たち(と言ってしまます)のような「理系テーマの『お勉強』がしたい」高校生は、どんな大学の、どんな学部を目指せばいいんでしょうね? 放送大学ぐらいしか思いつきません。

2011-08-17

完全放置バイオロジー研究室在学中の皆様へ

自分が完全放置研究室所属していた時に知っておくと、もう少し楽だったろうなぁと思うツールを単に列挙

よって内容に偏りあり。

初心者向け便利なホームページ

プライマー設計がしたい

Prime設計について

タカラリアルタイムPCRでのプライマー設計指針を書いてくれている。

通常のPCRでも基本的にこれに従えばOK

http://catalog.takara-bio.co.jp/product/basic_info.asp?unitid=U100004425

Sigma DNA Calculator

http://www.sigma-genosys.com/calc/DNACalc.asp

シグマ社が提供しているPrimerの計算ソフト

Primerの長さ、分子量、TmGC含量、2次構造の作りやすさ、Primer Dimerの有無などを複数のサンプルに対して計算してくれる。

*異なるPrimer間でのDimer形成に関してのデータは無い

設計してみた配列を入れ使えそうか考える。


知らないタンパク質が出てきた

○UniProt

http://www.uniprot.org/

タンパク質についてのデータが簡単に手に入る。知らないタンパク質名があったら取り敢えずココで検索

アミノ酸配列

・糖鎖付加部位

・S-Sの部位

・報告されている変異の場所

・関連性の高い論文へのリンク などなど多数の基本情報が記されている

○Compute pI/Mw tool

http://web.expasy.org/compute_pi/

タンパク質配列からpI値と分子量を計算してくれる。

使用頻度は低いけれど、無いと困るソフト


DNA配列からアミノ酸配列を知りたい

○Translate tool

http://web.expasy.org/translate/

DNA配列からアミノ酸配列翻訳してくれるソフト

ドンフレームがズレていても、逆向きの配列でも全てのパターン翻訳してくれる。(フレームのズレ3種×向き2種=Total6パターン)

表示も3文字表記と1文字表記があり、翻訳後のコピ-&ペーストに便利



公開されているVectorDNA配列を知りたい。

Vector Database

https://www.lablife.org/g?a=vdb

報告されている様々なベクター情報が見られるページ

配列マップも表示され、新しいベクターを作製する場合何かと便利



系統樹を描いて配列比較したい

○ClustalW2 - Multiple Sequence Alignment

http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/

系統樹を描いてくれるソフトホモログなんかを比較する時にも便利。

使い方の簡単な説明がYouTubeに載っています

http://www.youtube.com/watch?v=r2cG1SzDdBA

YouTubeでもある通り、ホームページ内でも系統樹を見る事が出来ますが、オフラインデータを見たい場合

TreeView Xを使えばできます

http://darwin.zoology.gla.ac.uk/~rpage/treeviewx/download.html


論文を読むのが苦しい人へおオススメ

アドオン(firefox)

ライフサイエンス辞書ツール

マウスオーバー単語意味が表示される。ライフサイエンスに特化しているのためマニアック単語もいける。

英辞郎 on the web

ライフサイエンス辞書ツールのようにマウスオーバーではないが、検索ボックスコピー&ペーストしなくても検索が可能なので、とても楽。

ライフサイエンスに特化していないが、かなり広い範囲の単語が登録されているのほとんどの単語、述語の意味が分かる。

検索

ライフサイエンス辞書オンラインサービス

英語共起表現

http://lsd.pharm.kyoto-u.ac.jp/ja/service/weblsd/conc.html?c

上記したライフサイエンス辞書ツールを開発しているホームページ

単語にたいしての共起表現検索してくれる。分からない単語の訳の予想や、論文を描く時の助詞検討する時に便利

とりあえずの便利ツールでした。

2010-05-19

口蹄疫について思ったこと

ぱらっとWikipedia動物衛生研究所、その他いろいろと口蹄疫の診断法について調べてみたんだが、動物衛生研究所まで検体を搬送して検査を待つってシステムが非効率的だと思うんだけど。

ウイルス分離はたしかにいろんなところじゃできない。

細胞培養が出来る設備がいるし、ウイルスを増やす危険性を考えると一箇所でしか出来ないのは頷ける。

中和試験も同じく。

生のウイルスがないとできない試験だから無理。

でも、PCRELISAはどこでも出来ると思うんだが。

むやみに診断施設を増やして誤診がでる恐れがあるのはわかるんだが、圏内全頭処分とか全頭買取とかいってる事態でそういう心配は後回しにすべきだと思うんだが。

PCRELISAもそう最新の技術でもないはずで。

日本に数台しかマシンがないならわかるが、PCRだぞ?ELISAだぞ?

でも農水省だからなぁ・・・

2010-05-10

宮崎口蹄疫時系列確認

宮崎県で発生している口蹄疫に関して、2ちゃんねるまとめサイトなどで見るまとめと、現実に対策にあたられている官僚の人のTwitterでのツイートをそれぞれ時系列にまとめてみました。一部、新聞記事で報道されている情報も追加(*の項目)。あと、ソースがないから信頼できないというコメントがあったので表の下に追記しました(5/13)。

日付まとめサイト等でよく見られる事態の進展とりあえず現実に進んでいた事態
4/20口蹄疫日本国内で発生。政府は小委員レベルのまま放置プレイCR検査での陽性なので、確定診断にうつる。疑似患畜の段階。当該農場の移動を自粛。輸出証明発行を止めさせる。*赤松農水相を本部長とする口蹄疫防疫対策本部を設置。*宮崎県東国原知事を本部長とする防疫対策本部を設置。
4/21政府から指示ないので現地で対応。消毒は現地の組合が準備したが不足。国は消毒薬を保持しない。県が持っているものを使い、購入したものは国が全額後払い。殺処分など蔓延防止措置は県知事法廷受託義務で、権限は県にある。すべて「家畜伝染病予防法」による。
同日2例目発生。消毒薬韓国に横流しして不足。2例目。PCR検査で陽性。宮崎県農水省連携して防疫措置を実施。1例目の農場のすべての飼養牛は殺処分・消却(これにより生じる補償は表の下を参照)。3例目。動物衛生研究所検査の結果、陽性を確認。国は消毒薬譲渡したことはない(上の欄参照)。
4/22農水副大臣現場の状況について今初めて聞いた」各県で防疫体制を強化。4例目。PCR検査で陽性のため疑似患畜と判断。*宮崎選出銀の外山斎・川村秀三郎・道休誠一郎の3議員赤松農水相に支援要請金融支援と風評被害に省を挙げて対策を取ると返答。
4/23 1例目についてELIZA検査の結果、O型と判明。宮崎口蹄疫に関連する対策について発表:低利融資家畜疾病経営維持資金)融資枠を20億から100億円へ。互助基金の実施。移動・搬出制限区域の農家への特別措置。
同日 5例目。PCR検査の結果、陽性。疑似患畜と判断。
4/25殺処分の対象が1000頭を突破過去100年で最悪の事態。約700頭の肥育経営で7例目。PCR検査で陽性と判定。
4/26 国から防疫専門家宮崎派遣し、助言と連絡調整。消毒作業の応援に九州政局職員も派遣。県の防疫作業を手伝うための他県からの応援獣医師も待機。
同日 疫学調査チームを送る準備。ただし蔓延防止のため、発生農場の防疫措置が終わった後でになる。発生原因はわからない。
4/27東国原知事赤松農水相谷垣自民党総裁に支援を要請 
4/28谷垣総裁宮崎を緊急訪問。政府にしたのに動かず。赤松農水相中南米に逃亡。鳩山首相は隣の熊本にいながら素通り。3例の追加確認。新たな移動制限地域を設定。熊本鹿児島県の一部も移動・搬出制限地域に。
4/29農水副大臣宮崎出張現場に入らず、生産者への面会もなし。疫学調査チームが現地入り。感染経路の究明に着手。11例目。PCR 検査で陽性を確認。陽性確認が続くうちは経営対策など次のステップへ移れない。
4/30谷垣総裁政府に対策要請を申し入れ。赤松農水相南米に逃亡。民主の仕分けで中央畜産会が仕分け。移動・搬出制限区域が拡大。朝の会見で口蹄疫の増加・発生地域拡大にともない畜産経営対策の見直しと追加対策を発表。子牛補給金制度等の登録月齢要件緩和等の対象を隣接県に拡大。搬出制限区域の生産者の養豚経営安定対策の積立金免除など。口蹄疫の発生でストップしていた香港への輸出手続きを再開できることに。
5/1自衛隊災害派遣要請をおこなう。総理は宮崎県スルー。制限区域が養豚の中核えびの市に拡大。防疫物資の不足が深刻化(韓国のせい)。13例目。PCR 検査要請確認。埋却作業のため、鳥インフルエンザ以来の自衛隊要請地域は、川南町えびの市だけに限定。川南町地区の続発を抑えるのが目標に。
5/1九州各県で飼料用輸入稲ワラ自主規制民主の主導や政策はいっさいなし。中国からの輸入稲わらは、口蹄疫が発生していない省の稲ワラを消毒施設で処理したものだけの輸入を認めている。
5/21例目のウィルスアジア地域確認されているのと近縁だと確認分離されたウィルス2010年韓国香港で分離されたものと近縁。だが、中国情報提供をしないので、韓国香港から直接来たと言えない。感染経路究明チームは調査を開始しているが、防疫対策が進まないと調査できない。蔓延防止のため。14例目と15例目を確認
5/2小沢東国原知事選挙協力要請に行くと発表。自民が対策本部。民主は何やってるの? 災害対策予備費母子加算に使っている。 *消毒薬ヨーロッパの輸入で時間がかかる。さらに輸入会社家畜の数で優先順位を割当て。(母子加算に使っているというデマに対して)それはない。家畜伝染病予防費という予算で、足りない場合予備費を使用。
5/3殺処分が9000頭を突破16例目と17例目。PCR検査で陽性を確認。他の都道府県にある牛豚飼養農場の緊急調査を実施し、全て陰性であることを確認
5/4殺処分27000頭。首相沖縄を訪問しても宮崎スルー農林水産大臣政務官デンマーク出張18例目と19例目を確認
5/51例目から70kmも離れたえびの市感染拡大。殺処分34000頭。20〜23例目を確認。制限区域内での発生が止まらない。続発しているが、拡大はしていない。発生は2カ所の半径3km以内。
5/6想像を絶する規模。「非常事態宣言も」国から25人超、他県から37人の獣医師派遣。殺処分には獣医師が必要だが、自衛隊の埋却能力に殺処分がおいつかないので。さらに追加派遣を各県と調整。
5/7パンデミック日本畜産オワタ新たに12例を確認5月確認された事例は4月20日以降の感染した可能性。つまり移動制限は奏功しているが、域内ではウィルスが動いている懸念。新たに8事例を確認
5/9原口大臣報道規制を認めた農水省プレスリリースで「現場での取材は本病のまん延を引き起こすおそれもあることから、厳に慎むよう御協力をお願いします。」と書いてある。(4/21の時点)

殺処分に対する手当金は、家畜の評価額の80%を国が支援。残りの20%は共済金から出る。県が支払う場合は特別交付税バックアップ家畜伝染病予防費という予算がある。足りない場合予備費を使用。また経営再開のために「互助事業」があり、1/2助成感染していないけど予防として自主的に処分した場合も「互助基金」がある。

追記:

表左側のタイトルを「2ちゃんねらーの見ている世界」と揶揄した表現になっていたものを改めました。はてなブックマークで指摘いただいたため。

また、まとめサイトで見られる表現について玉石混淆の「石」ばかり選んでいるとの指摘もいただきました。ただ、これらの表現タイトルで使われている、複数回登場する、同じく時系列のまとめで使われてコピペされているものだけを選びました。

新聞記事からの情報も追記していこうと思ったのですが、別に2000年2010年対応比較というのが(http://anond.hatelabo.jp/20100511231152新聞記事でまとめてあるので中止。

追追記:

ソースがないというコメントがあったので。Twitterでツイートされているのは農林水産省生産畜産畜産振興課草地整備推進室長 原田英男氏。口蹄疫に関するツイートは次のまとめで見られます。http://togetter.com/li/19383#favorite

右への反論を右にまとめていると思っている人もいましたが、ハム速などのまとめサイト時系列にしてあったり、その日によく書き込まれた文と、同じ日にツイートされたものを並べたものです(だから、タイトルも「時系列確認」)。この日に2ちゃんねるでこんなふうに書き込まれていたけど、同じ日に対策にあたっている人の1人はこんなことをツイートしてましたよという目で見てください。

2010-03-21

海外在住見習い研究者フォルダレイアウト

渡米して数年のポスドク最近やや行き詰まり気味なので、現実逃避しつつ現状把握および打開策を見つけるためにパソコン内を再構築中。時期的に興味を持たれる人もあろうかと思ったので、恐る恐る一応公開してみることに。

([]はフォルダ

[Alias] よく使うファイルにすぐアクセスするために

[Document] 文書の類は全てここに保存

  • [Draft Ongoing] 書きかけの書類
  • [Grant Proposal] 完結したもの(成否問わず)
    • [2005 Postdoc Fellowship]
    • [2005b Postdoc Fellowship]
    • [2008 Young Investigator Grant]
  • [Manuscript] 発表済みのもの
  • [Ongoing alias(Research data)] 作成中のFigにアクセスし易いように
  • [Future Plan] 思いつきや下調べ段階の覚え書きをメモ
  • [Template for Writing] 文書のフォーマットやサンプルのストック

[Lab Management] ラボ運営に関すること(財務プロトコール、共有試薬一覧表 etc

[Lecture] いずれ講義を受け持つことがあれば

[Personal] 私的な情報管理

[Reference]

[Research] 研究データは全てここに集約

[Unclassified] 分類に迷ったり時間がなかったりした場合の一時保管場所

2009-10-05

http://anond.hatelabo.jp/20091005002132

http://anond.hatelabo.jp/20091005002132

いや、相手が生物学を知ろうが知らまいが、まずは動物園

そっから生物多様性進化論、五界説、超三界説、すこし分子進化における中立説と自然選択説の対立の話を紹介して、「君はどっちを信じる?」って宿題を出してその日はそれまで。

で、次は会食でもしながら進化論の話から育種学の話。

集団遺伝から近交化の話につなげて遺伝病の話にもってく。

遺伝病の話からセントラルドグマの紹介。

んで、そっからタンパク質の話にいくんだけど、代謝マップにいくよりは生理学につなげたほうがいいかなっと。

で、ひとしきり畑違いにも楽しめる医学生理学のおもしろそうな話を紹介したところで、PCRとシーケンスの原理とかを説明したり。

あんま化学にこだわらないほうがいいと思った。

2008-04-03

http://anond.hatelabo.jp/20080403181159

・・・。

一応。ヨコレスだけど。

DNAっていうのは1分子でもあれば理論上複製可能。

ひとかけらじゃなくて分子ね。とってもちっこいやつね。

興味があればPCR法あたりでぐぐってみ。

DNA検査血液とか髪の毛だとかそんな大げさなものなんか必要ないよ。

皮脂とか唾液とか汗に混じる分泌物とかそのレベルで十分。

もちろん視認できるほど片が大きいほうが、抽出するときに他人のDNAが混じらないので検査が楽ちん。

でも、いくつもパターンがでたとしても、被害者パターンはひとつだから、それほど大変ではないよな。

被害者に手で触れたかどうかは、その被疑者の男の手を粘着シートかなんかにくっつけて、

被害者DNAが出るか否かをチェックするだけで十分なんじゃないかな。

皮脂ぐらいはつくだろうし。

何も愛液なんかが必要なわけじゃねぇってばよ。

でも痴漢DNA鑑定とは恐れ入るね。

一昔前、タカラとかが検査外注してくれてたが、いま幾らぐらいなんだろうね?

数百円で検査依頼できるようになったってことかな?

昔しも1000円行かなかった気がするし。

 
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