■完全放置系バイオロジー研究室在学中の皆様へ

自分が完全放置系研究室に所属していた時に知っておくと、もう少し楽だったろうなぁと思うツールを単に列挙

よって内容に偏りあり。

初心者向け便利なホームページ

プライマーの設計がしたい

○Prime設計について

タカラがリアルタイムPCRでのプライマーの設計指針を書いてくれている。

通常のPCRでも基本的にこれに従えばOK

http://catalog.takara-bio.co.jp/product/basic_info.asp?unitid=U100004425

○Sigma DNA Calculator

http://www.sigma-genosys.com/calc/DNACalc.asp

シグマ社が提供しているPrimerの計算ソフト

Primerの長さ、分子量、Tm、GC含量、2次構造の作りやすさ、Primer Dimerの有無などを複数のサンプルに対して計算してくれる。

＊異なるPrimer間でのDimer形成に関してのデータは無い

設計してみた配列を入れ使えそうか考える。

知らないタンパク質が出てきた

○UniProt

http://www.uniprot.org/

タンパク質についてのデータが簡単に手に入る。知らないタンパク質名があったら取り敢えずココで検索

・アミノ酸配列

・糖鎖付加部位

・S-Sの部位

・報告されている変異の場所

・関連性の高い論文へのリンク　などなど多数の基本情報が記されている

○Compute pI/Mw tool

http://web.expasy.org/compute_pi/

タンパク質の配列からpI値と分子量を計算してくれる。

使用頻度は低いけれど、無いと困るソフト

DNA配列からアミノ酸配列を知りたい

○Translate tool

http://web.expasy.org/translate/

DNA配列からアミノ酸配列に翻訳してくれるソフト

コドンのフレームがズレていても、逆向きの配列でも全てのパターンで翻訳してくれる。(フレームのズレ3種×向き2種＝Total6パターン)

表示も3文字表記と1文字表記があり、翻訳後のコピ-&ペーストに便利

公開されているVectorのDNA配列を知りたい。

○Vector Database

https://www.lablife.org/g?a=vdb

報告されている様々なベクター情報が見られるページ

配列とマップも表示され、新しいベクターを作製する場合何かと便利

系統樹を描いて配列を比較したい

○ClustalW2 - Multiple Sequence Alignment

http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/

系統樹を描いてくれるソフト。ホモログなんかを比較する時にも便利。

使い方の簡単な説明がYouTubeに載っています。

http://www.youtube.com/watch?v=r2cG1SzDdBA

YouTubeでもある通り、ホームページ内でも系統樹を見る事が出来ますが、オフラインでデータを見たい場合は

TreeView Xを使えばできます。

http://darwin.zoology.gla.ac.uk/~rpage/treeviewx/download.html

論文を読むのが苦しい人へおオススメ

○アドオン(firefox)

ライフサイエンス辞書ツール

マウスオーバーで単語の意味が表示される。ライフサイエンスに特化しているのためマニアックな単語もいける。

英辞郎 on the web

ライフサイエンス辞書ツールのようにマウスオーバーではないが、検索ボックスにコピー&ペーストしなくても検索が可能なので、とても楽。

ライフサイエンスに特化していないが、かなり広い範囲の単語が登録されているのほとんどの単語、述語の意味が分かる。

○検索

ライフサイエンス辞書オンラインサービス

英語共起表現

http://lsd.pharm.kyoto-u.ac.jp/ja/service/weblsd/conc.html?c

上記したライフサイエンス辞書ツールを開発しているホームページ

単語にたいしての共起表現を検索してくれる。分からない単語の訳の予想や、論文を描く時の助詞を検討する時に便利

とりあえずの便利ツールでした。

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