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はてなキーワード: ゲノム解析とは

2021-04-16

大阪府コロナ資料ダメ出し&感染爆発を防げなかった理由 その1

★★★注意★★★

本稿はかなり長いため、 まとめ・結論 https://anond.hatelabo.jp/20210417004340 から読む事をお勧めします。

■■■本文■■■

現在大阪では重症病床数を上回る重症患者が出ており、医療崩壊を疑う余地が全くない。重症患者を溢れさせないというのはどうしても死守するべきラインで、これまで日本でこんな規模では起きてなかったはずだ。(起きてたらごめんなさい)

どうしてここまでの事態に至ってしまったのか、その理由大阪府の専門家会議資料に求めてみた。前提条件として、変異株の特性と発表資料、そして大阪府が毎日発表しているcovid-19陽性者数、検査数などの資料についてのダメ出しをしてから専門家会議資料考察うつりたいと思う。分からなければ戻って確認するのであれば、そこ(その3)まで読み飛ばしてもいいかもしれない。

なお、筆者は理系大出ではあるものの、医療系ではないし、統計もいくつかの分野で実際に使用はしていたが専門的に学んだわけではない。というわけで、高校レベル知識があれば分かる事しか書けない。明らかな誤りや誤認などがあれば、ぜひ指摘していただきたい。可能な限り修正はする予定だ。

変異株について

変異株の特性
2/7 新型コロナ変異株と再感染リスクワクチン効果との関係 現時点で分かっていること

https://news.yahoo.co.jp/byline/kutsunasatoshi/20210207-00221408/

従来株と比べた感染性の強さ 56~75%増加、重症リスク 高くなる?(詳細不明

4/5 日本国内で報告された新規変異症例疫学分析(第1報)

https://www.niid.go.jp/niid/ja/diseases/ka/corona-virus/2019-ncov/10279-covid19-40.html

VOC-202012/01(注: イギリス変異株)の実効再生産数は従来株に比べて一貫して高く、平均で1.32倍であった

4/8 尾身会長指摘 大阪感染拡大「変異型でなく行動」

https://news.tv-asahi.co.jp/news_society/articles/000212350.html

4/9 アメリカも“イギリス変異ウイルス”が主流に 30~40代重症化ケース増 専門家既存ワクチン有効 広く接種を」

https://news.yahoo.co.jp/articles/01cf9b723a7ef4dcaed50dfaa53f2c6c2ef541e1

国外からの報告でで25~40%程度、感染伝播の力が強いと報告されている。イギリスでは10万人を超えるデータを解析した結果、従来のウイルスと比べて60歳未満の方たちで致死率が60%程度上昇する可能性というのが示唆されている。

以上のように、イギリス変異株では従来型と比べて高い感染性が報告されており、日本でのデータでもそれは裏付けられている。また、重症化や死亡リスクの高さも懸念されてる。

変異株についてのデータ

神戸市

https://www.city.kobe.lg.jp/a97852/552275383937.html

神戸市では、PC検査の精度管理クラスター事例の事後検証などのため、市内医療機関の協力を得て、陽性検体を神戸市健康科学研究所収集、保管し、自らゲノム解析しています。直近では全陽性検体の約7割を神戸市健康科学研究所に集約しています

変異割合が期間ごとに、7割という調査率により比較的高い精度で出ていると思われる

大阪

http://www.pref.osaka.lg.jp/iryo/osakakansensho/happyo.html

報道発表資料として、変異スクリーニング検査の結果を公表しているが、その内容が陽性が判明した件数と、その年代性別発症日別などの集計だけ。検査数が分からないので、これだけ見ても類推出来る事はほぼない。専門家会議資料検査総数等含めた集計が見られるのだが、そちらにもそちらで問題が。

4/7大阪専門家会議資料より

http://www.pref.osaka.lg.jp/attach/38215/00391753/1-2_henikabu0407.pdf

大阪でも神戸市と同様に週ごとの変異割合が算出されてるかのように見えるが、右表の累計の更に下にある左記以外欄と、変異PCR検査陽性率の但し書き(※3)に驚く。

下記以外の人を集計

変異株陽性者の濃厚接触者や接触可能性がある人

変異株が確認されている国・地域への渡航歴がある人

※3 変異株陽性者の濃厚接触者や接触可能性がある人は、検体が残存している場合は、

全件を検査対象としているため、陽性率は高くなる傾向

ランダム変異検査をしているわけではなく、変異株陽性が判明している人の濃厚接触者や、変異株が確認されている国から帰国者など、事前確率が高い検査が一部混じっているのである

まり、この表における変異PCR検査陽性率は、その週の変異割合を正しくは示していない。本来、各週における真の変異割合に近い数字を出すために、この表とは別にもう一枚、この全期間まとめて「左記以外」となっているものを、週別に集計しなおした表を作るべきなのだ

現状だと実際より高く出るので、変異割合を低く見せようとしているなどと言ったごまかしの要素は無いのだろうが、余りにずさんである


しかし、本当に驚くのはここからだ。この形式の表は、3/18,26,31と4/7に開催された会議資料掲載されているが、「感染状況と医療提供体制の状況について」というまとめ的な項で触れられている数字は、この表における累計(全期間合計)の変異PCR検査陽性率、「左記以外」の陽性率と、検査割合で割り戻さないと全く意味をなさない、「変異PCR陽性判明率」(一番右の欄)だけなのだ。(4/7資料では変異株への言及が何故か無い。専門家から意見では触れられている)

本来的に、まとめ的項目で触れられるべきは一番新しい期間の数字であるはずで、4/7の資料においては、直近3/284/3変異PCR検査陽性率が73.7%、累計では47.6%と26%以上の開きがある。

捕捉的に念のために言っておくと、3/18の資料では直近の数字が過大に出ており、直近73.0%、累計29.0%となっている。その後検査が増え、4/7会議資料の、4/3時点での同じ期間の陽性率は41.7%となっている。しかし、3/26,31資料数字は大体妥当な所が出ていると思われる。


これらの問題放置してる専門家にも疑問符が付く。資料数字に直接触れているのは3/26の会議で、それも1人だけではあるが、全期間合計の割合数字28.7%にしか言及せず、直近の週の数字45.2%には触れていない。この数字は傾向としては過大に出るものであるが、それにしてもこの表へのツッコミがどの専門家からも入らない状況には疑問符が付く。この時点では国立感染症研究所の報告は出ていないが、英国変異株の感染力の強さについての警鐘一般向けの記事でも散々鳴らされていた以上、脇が甘かったのではないか個人的には思う。


なお、神戸市データと、過大に出る大阪府のデータを直接比較しても、神戸市の方が変異割合の高さが先行している感がある事を付け加えておく。

その2に続く

2021-03-22

GoToトラベル感染拡大に影響とか無関係とかのブコメ

[B! COVID-19] 「Go Toトラベル」感染者増加に影響か 京都大学のグループ発表 | 新型コロナ 経済影響 | NHKニュース

[B! GoTo] Go To トラベルは感染拡大に無関係 国立感染研の研究者らが報告まとめる - TRAICY(トライシー)

の両方でコメントしている人のコメントを並べてみました。

naga_yamas

7月22日からの5日間って直前に発表されてまともに使えてないでしょ。単に連休の影響では?

はてなーの知りたくなかった事実

terazzo

アナウンスメント効果を含めた間接的影響まで含めればもっと大きいだろう。

アホな政策発表には国民危機感を抱いて行動抑制するアナウンスメント効果があるってこと?

a1682

岩田健太郎GoTo関係アリアリです」 https://b.hatena.ne.jp/entry/s/twitter.com/georgebest1969/status/1353186823229476867

はい解散→「査読(他の研究者らによる評価検証など)を受けていない論文

yukatti

https://www.mdpi.com/2077-0383/10/3/398

査読待ち/“Go To トラベルの開始や終了などの報道が、一般市民感染防止の意識をよりかきたて、感染抑制寄与した可能性も示唆”?/GoTo利用者感染者数は少ないという国交省とスガ総理の主張を裏付けんとす

prna79

論文では、地域によって公開情報に差があることなから、今回の分析だけでは「Go Toトラベル」が感染拡大につながったかどうかを決めることはできないものの…影響した可能性があるとしていて…” 可能性の可能

査読(他の研究者らによる評価検証など)を受けていない論文”ということなので,朗報ではあるけど続報を待とう。

augsUK

論文アブストにもあるようにこの分析期間の直後には第二波自体が減少に転じるのだけど、増加中の5日間(7/22~26)のみを主要な分析対象にした意味はなんだろう?//MDPIがNHKを飾るのは、研究業界的には世も末感があるな

西浦論文みたいに、査読機能してるか正直怪しいmdpiを狙う場合もあるので、内容の妥当検証も大切。

X-key

影響あるのは素人でも想像つくけど、裏付けがでるのは大事GoToについては、始めるのが早すぎ(収束しきる前 )、中止決断判断が甘すぎ遅すぎが感染拡大に大いに寄与したのではないかと。コロナ舐めすぎ

移動中はマスクしてるからね。無症候感染者や発症直前の人がどのくらいトラベルして移動中やトラベル先でどういう行動をしたかだろう

cooking_kawasaki

統計屋に立証は無理かな。確実なゲノム解析待ちだが、感染から政府不都合な事実は出てこない可能性あり。脇田所長が「北海道東京由来、10月からGOTO再開で」とは言ってたが。https://www.hokkaido-np.co.jp/article/482231

感染者数の増加」の寄与度は低いのだろうが、0を1にする「感染地域の拡大」には関与しているのでは(脇田所長がゲノム解析北海道流行Goto再開後の東京由来と発言)。DNAリンク証拠論文を書くべきでは。

fu-wa

発症前に会食した人/会食者と接触した人、発症前に満員電車を利用した人/利用者接触した人、発症前にイベントに参加した人/参加者接触した人と比べ突出して多くない限りこれが原因と言い切るのは科学的にムリ

単純な数値を見てもほぼ明らかだからねえ。外を歩いてるときマスク要らないとかもそうだけど、もうそういうことは言っちゃいけない空気からほぼ戦時体制世論はこうやって戦争に突き進みましたとさ、みたいな。

maemuki

GoToひとり旅札幌大阪ビジネスホテルに泊まりサイクリングなどで街をフラフラしました 酒は呑めなく夜の店にも行かず しかしその後に両市で感染拡大…自分のせいでしょうか(泣)

GoToひとりトラベル感染とは完全に無関係です 今すぐ再開しなさい!

nil0303

収束してからやる」という大前提覆して強行すればこうもなるよね、という感想しかない。割と抑え込んでたのに自分から感染拡大させた無能政府というのが全世界に公開されたわけだ。

旅行って普段一緒にいる人としか行かないだろうから、変な広がり方って少ないと思う。追跡もまだできそう。それより飲食の場で喋ってる方がよっぽど危ない。個人的に思うリスクは、飲食の場で喋る>>>>季節>>旅行

samu_i

感染抑制経済活動回復バランスが取れた政策を探るためにもさら科学的な証拠必要だとしています。” 大事なのはこれだと思う。

Go To トラベル感染拡大に無関係 ” 人間活動感染を拡大させてるので、この文章は誤解を招く。

yamada_k

影響はあるに決まっているので、実施するならどの程度まで許容するかを決めて、まともにモニタリングをすべきだった。エビデンスがないからやめない、という政府の態度がひどかった。

感染拡大に寄与した多くの要素のうちの1つ、ということでは。人々の移動と気候以外にもいろいろな要因があるので、個々の要因との相関が見えなくても不思議ではない。/ 感染研なのに首都圏由来か型で判定していない

doroyamada

7月8月の話を今このように報道すると、多くの人は秋冬のことと思うよね。 / gotoトラベルを続けて利用者が増えていた中で第2波が減速したのは説明できるんだろうか?

北半球の多くの国で日本と同じようなカーブを描いとるもんな。

TakamoriTarou

直接的な話もそれなりに関係あると思うけど、それよりも政府広報手法がまずかったのがもっと大きいと思うんだよな…。当初から域内限定しろかいろいろ言われていたわけで。

大本営発表だ。オリンピック前には勝利宣言するに違いない

grizzly1

8割先生の発表。まあ、GoToが感染に影響があるのは最初から判っている。肝要なのは経済活性化において許容範囲内かどうかって所だよなぁ。それを決めるのが政治ゼロでなければいけないって人は論外な。

闇雲に騒いでGoToを止めさせたマスコミ野党はどうするの。まあ都合の悪いことは直ぐ忘れるしな。

ichiken7

一人旅家族旅行、一人外食、家族外食OKって見解なのに、なぜ9時だの8時だのの自粛要請になるのか、その辺の矛盾がなぁ

いや、トラベルする事で、イートするんだから無関係ってことはないでしょうよ。トゥギャザーすんじゃねぇよ

Euterpe2

はてなー必死に重箱の隅をつついたり詭弁を弄したトコで(岩田氏と違い)西浦氏はとっくにそんなの想定済みだから

まとめ:ベンチがアホなので選手国民)が頑張った

redreborn

ほとんどが元論読まず「科学的だから」と盲信してるように見えるがそれは貴方否定する非科学的態度そのものです。科学方法論に基づく"論文"は科学的な方法批判されるべきもの普通は著者もそれを望んでいます

査読前なら論文ではなく作文とか言ってる馬鹿論文をなんだと思ってるんだろうな。査読後でも作文だし査読前でも論文だ。

gryphon

これと全く同じ手法で『鬼滅の刃が空前の観客動員だったこと(映画のために外出すること)と感染拡大の関係』も計算してほしい。無関係だと証明となれば、それはそれで成果だし。

次は『鬼滅の刃』『エヴァンゲリオン』が動員した観客と感染拡大の関係調査を(マジな話、無関係なら無関係エビデンスほしい)

north_god

イービル政治淡々根拠を並べていく

政府に都合の良いストーリー展開のために非科学的な論文を書くと、学会からは誰からも見向きもされないけど御用学者ポジを狙える経済効果

ahomakotom

記事の中身を読んでないコメントだらけ

査読前だから」と信頼性に疑問を持つブコメと、全く信頼性のない素人考えのご開陳が並んでいるのは笑える。

anus3710223

関係あるのはわかってるけど、知りたいのは経済とのバランスなんだよ。

GOTOトラベル自体はそうだと思う。やっぱりイートが不味かったのでは?イート開始から2週間後に綺麗に増加に転じていたもの

kokosoko

バカは脳が1ビットしかないので、影響が1ミリでもあった→GoToを完全に止めるべきだ みたいな論理を平気で展開します ここのブコメにもたくさんいるね!

みんなもここのコメント比較してみようね! https://b.hatena.ne.jp/entry/s/www3.nhk.or.jp/news/html/20210125/k10012831381000.html

Windfola

Go Toトラベルが第三波の原因となったとする根拠はないが、無関係とは言えない』くらいが正しい態度かな。人によっては「規模に比してはっきり悪影響ださなかったんだから成功だ」まで言えそう。

結果論として旅行者と宿は頑張ったね、ラッキーだったね。というだけの話な気はするが。致命バグだらけなのにユーザ回避能力高くてインシデント0とか普通によくある。

jmako

何故、MDPIのハゲタカジャーナル投稿するのか疑問??京大注意喚起してないの?せめてオープンアクセスならプロスシリーズとかあったのでは。あっ、そこも通らなかったとか?察し

見てみると結構ちゃんとした論文だった。結構いいところに通る可能性ありと見た。ただ、統計的な点について不適切な点ありとコメントが書いてあった。

ROYGB

移動中や移動先で他者との接触機会が増えるから感染確率が増えるのもあたりまえのような気がするけど、どの程度という数値を明らかにするにはこういう調査必要になる。

GoToイート再開の宮城県 感染者急増で独自宣言”|テレ朝news-テレビ朝日ニュースサイトhttps://news.tv-asahi.co.jp/news_society/articles/000210395.html

tettekete37564

この期に及んで経済効果有効性を重視してる奴ら、分かってんのか?人が死んでんだぞ?

査読通ってない論文オーサー肩書きを後光効果にするの、不誠実だなあ

travel_jarna

そりゃ影響はある。1、2名で慎重に動く人もいれば、6〜30人で無防備に動く人も見た。そして感染拡大の場は飲食歓談。見てみぬふりした旅館飲食店も同罪。なお規制すべきは飲食歓談。移動抑制はその手段

トラベルでなく食事が主要因。もっと言えば、飲食歓談する人が主要因。

masadasu

GDP統計をとるのを止めた事でGDPが上がっているか下がっているかからなくなって、一方は下がってるから統計を止めたんだろと言い、一方は下がってるか分からないので指摘は間違っているという。これいかに

無関係というより、データが少なすぎてどちらともいえないが正解だろ。よって論文無効時間無駄

natu3kan

まだ相関関係の域だろうけど、地方観光地感染者が増えたのってGo Toの影響は多少ありそう。旭川北海道有数の観光地だし。無症状感染者は積極的検査しないと判らないから、関係性が出にくいのはありそう。

地方に広がったのと観光との関連性を調べた訳ではないと。Go Toなくても都市部蔓延して総数は変わらない可能性があると。感染者にいつGo To使ったか旅行先で会食したかすらヒアリングなしだしデータ取る気はなさげ

h5dhn9k

流石は西浦博教授もっとも、常識的に考えれば当然の結果だが……。結構から西浦教授言及されていたが。今回、論文の形に仕上がったのね。https://www.m3.com/open/iryoIshin/article/845371/

事実なら遠慮なくGotoを再開すれば良いが……。海外での同様の政策感染拡大に影響したとの論文が出ていた筈……。

nomitori

影響のありなし以前に、影響を測る仕組みなしでこれやっちゃうのがもう信用できない

Go To トラベルの開始や終了などの報道が、一般市民感染防止の意識をよりかきたて、感染抑制寄与した可能性も示唆旅行する人を見て自粛組がより自粛たから、かえって抑制になったってことか?なんじゃそ

bml

普通観光バスクラスター出してるからな。まぁ感染者増加しないならなんで辞めたの?ぅてなるけどw

旅行バスクラスター発生したからなぁ。バスクラスターなら日本パニックよ。黙って一人旅ならGoToも無関係になるが。

primedesignworks

稀代の失策・稀代の悪代官しか思ってない。

一般市民感染防止の意識をよりかきたて」よし、ならば禁酒令を出そう。花見前に。

mike47

そらそうよ

GOTOだけのせいじゃないだろうが、確実にGOTOでコロナを全国に運んが部分はあると思うけどね

neogratche

誰も鬼滅映画感染者増加に影響したかどうか研究調査もしてない。これも所詮政治

みんな安倍ちんの政策が大失敗したというストーリーが欲しかっただけだよね

charun

止めても拡大した。家でまでマスクし、しっかり染った誰かさんも。移動/会食が主犯と決めつけはガセ!!「倍々増える」ホラ吹きですっけ😠例えば男女関係なくても測ると差異出る"goto陽性計36万人のみhttps://bit.ly/2YdUy0Q "

ですよね。😷義務化、LD、衛生的な国・・ほど拡大しないわけでもなかったし。なぜGoTo止めた→メディアが煽って愚民鵜呑みにして、叩いたからだけ。

noho-sibe

自分は、GoToは害悪派だけど、東京にとってはGoToは悪くないかもしれない。都民の密が減って、都内感染が減る可能性がある。実際東京追加後都内新規感染者は微減し、停止後は年末もあって激増した。国としては害。

旅行により都民都内で密になることが減るので、増えやす都民感染者数を一時的抑制した可能性はあると思う、ただウイルス存在するエリアを拡大させた悪影響の方が大きいと思う

dgen

トラベル感染者増加よりも感染範囲を広げるのが問題だと思ってる。全国に広めることで東京への偏見相対的に減らそうとでもしてるのかと勘繰ってしまうな。

ひとつ数字を出さな面白記事だな。都合の良い部分だけ切り取ってるんだろうな。という感想GoToで感染したって記事は何度か見たか無関係ってことは絶対にない。

ikedas

出来れば同一都道府県内、せめて同一エリア内で留めていれば、ここまで非感染地域に広がることは無かったと思う。一時期、新規感染ゼロまで行ってたのだから。明らかに政治の失敗だと思うよ。

直接の影響というよりも、ウイルスを持ち込んで蔓延の種をまいたという感じだと思ってる。

Dragoonriders

当然の結果が出たまで。科学は言っている、もうGoToに予算つけるのは止せと。まず、感染の抑止をちゃんとやれ。

感染者が動くから全国にウイルスが運ばれるわけなのだが違うのか? 伝播の根本に移動があるのは確実なのに、見出しもばかげてる。結果なるものGoToトラベルやりたい政治家に餌を与えるだけで科学とはいえない。

akatibarati

政府の意に沿わない学問国民にとって大切だと分かる事例。やはり菅政権学術会議問題は悪手。学問界全体が政府の顔色を伺うようになれば、こういう発表も表に出てこなくなる。

旅行自体感染を起こすことはない」と発言した尾身氏の見解整合的。そんなら今すぐGoToトラベル再開しようや。感染拡大させないんだろ?????

alt-native

検査結果だけでここまで言えるなら、確実。検査してないキャリアのほうが多いに決まってる。無症状で感染拡大→寒くなった冬に発症仮定するのに憚られる理屈ではないよね。

感染抑制寄与した可能性も示唆” そりゃないだろ。胡散臭

2021-01-30

種痘ウイルスが牛痘ウイルス由来と勘違いするやつ多すぎ

馬痘ウイルス由来だとゲノム解析で判明してるのに

2021-01-16

anond:20210116214107

いや、日本全国で同時多発的に問題がおきた場合に備え、たとえば疫病が急激に広まって

ゲノム解析で急にプログラマー必要になった場合・・・

協力会社にですねー

とか

こう

うん。でっちあげて、なんとかしてたんですけど・・・

息してる?

2021-01-01

anond:20210101213509

PCR検査についてはかなり以前からゲノム解析とかも含め医療アルバイト代名詞になるくらいの話があって検査のもの順次拡大しているがあまりおすすめできるものではないし

検査たから予防できるというより、検査で陽性になったときにはもうおわっているから、そもそも感染防止といういみでは

検査する前にやるべきことが多すぎる

2020-06-08

anond:20200608004323

アスペ言動普通の人から奇異に映るのは遺伝子の時点で別人種以上に変異しているせいだから

普通」になろうとするのは無駄努力に終わるというかアスペルガーは基本我が強いからそれ以前に続かんと思う

処世術としてのソーシャルスキルトレーニングなんかはあるけど「普通の人に近づける」ってスタンスではないからね

自閉症スペクトラム発症には「ジャンクDNA」の突然変異が影響していた──AIによるゲノム解析で明らかに

https://wired.jp/2019/06/19/autism-spectrum-disorder-dna/

2020-04-17

コロナ(Covid-19)関連で役に立つサイトまとめ

Nextstrain

ゲノム解析データから感染経路可視化して傾向を分析している。

情報は随時更新されていて、世界でどう感染していったのかアニメーションで見ることができる。

興味深い。

https://nextstrain.org/


東洋経済

みんなすでにチェックしていると思うけど、

国内感染者・死亡者をみやすくまとめている。

https://toyokeizai.net/sp/visual/tko/covid19/


フィナンシャルタイムズ

世界の傾向をまとめている。

いろんな理由から国によって公表するデータが異なるので、

そういうのを全部考慮した上でデータをまとめて傾向分析している。

アメリカ語だけどそんなに難しくないので頑張って読め。グラフだけ見るのもいい。

https://www.ft.com/coronavirus-latest


内閣官房

国内の大きな駅とかの人口流量がどう変わったのかわかる。

8割減がんばれ

https://corona.go.jp/


都道府県感染者数のシミュレーション

数学的な予想を公開している。

https://www.fttsus.jp/covinfo/pref-simulation/


山中伸弥による新型コロナウイルス情報発信

今、何をすべきかわかりやすく書いてある。

状況に応じてやるべきことが変わるのでとてもいい。

https://covid19-yamanaka.com/index.html


在庫速報

マスク、消毒液などのオンライン在庫状況と価格を一覧で見られるサイト。今対応しているのは楽天だけ?

https://zaiko.smoozapp.com/

2020-03-02

中国国策ゲノム解析業と冨士フィルムアビガン

インフルエンザ薬として備蓄されているアビガンコロナ19に転用する事を検討していると厚労大臣が言っている。

冨士フィルム製造するこの薬が効くと2週間以上前発見したのは中国である

この背景を説明したい。

 

実は今の中国ゲノム解析最先端である

ゲノムとは遺伝子であるDNARNA(ウィルスなど)の塩基配列の全ての事を言う。

ゲノム解析の事の起こりは人間のヒトゲノムで、1991年から開始され当時はビッグプロジェクトであった。

これは13年掛かって2003年に全部の解析が完了した。

これに刺激され、シーケンサー(塩基配列読取機)の開発競争が激化。日本企業も参入した。

だが先頭を走る米企業群の開発速度はあまりに凄まじく日本企業は軒並み脱落してしまった。

開発競争の末、今ではヒトゲノム解析は2日程度で終わるようになっている。13年は4747日程度だから約2400倍の進化でありムーアの法則どころの話ではない。業界トップ企業米国イルミナである

当然機械けが開発されているのではなく、シーケンサーを使ったゲノム解析事業が隆盛している。

そこで最大規模を誇るのが中国BGI社で、イルミナ社のシーケンサー大量購入規模の経済も生かして大規模低価格サービス提供している。スケールアウトである日本にも支社がある。

次にBGIが目指したのはお客さんから内製化とスケールアップで、M&Aで米国ナンバー2企業を買収した。

これでイルミナ社を追い抜き世界最速のシーケンサー製造を目指している。シーケンサー製造と利用の両面で覇権を握ろうと言うことである。だがイルミナ社の技術力は更に上を行っているので更なる競争激化となっている。

 

勘違いしてはいけないのは中国権威体制から軍事利用などと考えがちだが、これはオープンサービスで誰でも顧客となれるしコモディティ化覇権競争しようという後期資本主義的な活動という事だ。

まり国の体制による危険性を危惧するならば、覇権を握った後に標準化の主導権を獲得し、反倫理的ルールが入り込むのではないかと考えた方が妥当だ。

EUPC市場でのインテル地位を獲得する可能である

実際、多くのアメリカ医療研究所財団BGI提携している。

 

ヒトゲノム個人間では当然に違いがあり、差分を取る事は医薬の分野で重要だ。

Wikipediaのヒトゲノムの項には2008年より1000人ゲノムプロジェクトが始まるとの記述があるが

https://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%83%92%E3%83%88%E3%82%B2%E3%83%8E%E3%83%A0

これは最早呑気な記述で、オバマ時代アメリカでは100万人プロジェクトが開始され、その後には中国が1000万人規模の解析プロジェクトを開始している。

ゲノム解析国策でもあるという事だ。

 

そんな中国なので武漢コロナ19が発生し、初期の隠蔽を止めるとたちどころにコロナ19のRAN配列は解析終了してしまった。

コロナワクチンはまだ存在しないが中国が急遽研究者を集めて開発開始したのはこういう背景があり、ワクチン開発に成功する可能性もある。

 

同時に進められたのは既存薬の適合の確認である

塩基配列を見ながら合成される酵素などを推定し、既存薬で適合する阻害機序確認した。

一般細胞でのセントラルドグマの働きはこうである

 

捻ってあるDNA伸ばす→結合しているDNAを2つに開く→メッセンジャーRNA持ってくる→転写酵素RNADNAの該当箇所を転写する→メッセンジャーRNAタンパク質工場であるリボゾームに行く→RNA情報通りにタンパク質を合成

 

RNAウイルス細胞内に進入するとメッセンジャーRNA以下の工程をハックして自分RNA情報タンパク質酵素を合成させる。細胞ウィルスの複製を作ってしまう。

ウィルスRNAの複製にはやはり転写酵素が使われる。

だがここでDNAの転写と違う酵素(RNA依存RNAポリメラーゼ)が使われるのが特徴である。(作ったのはハックされたリボゾーム)

アビガン等の抗ウィルス薬はこの酵素を狙い撃ちして阻害する働きがある。DNA転写酵素と同じだったら細胞の働きも死んでしまうのだがRNAウィルスの使うRNA依存RNAポリメラーゼは違うのが幸運である。これでRNAウィルスRNA転写だけが出来なくなって増える事が出来なくなってしまう。

 

中国研究所では塩基配列から合成される酵素を見つけ出した。

それに適合する阻害薬を探したところ見つけたのがアビガン他の薬だ。それぞれ抗インフルエンザ薬、抗HIV薬と薬効は違う筈なのに作用機序が適合する事を見つけたのだ。

タイで抗HIV薬を投与して症状緩和との報道があった時にネタ扱いされていたが、ちゃん作用機序ウィルス設計図から割り出していて、その情報を元に投与したのだから当てずっぽうな人体実験ではないのである

 

また中国で発表された時に「冨士フィルムアビガン」と名前まで名指しされて出ている。

これはどうしてかと言うと、実はアビガン中国ライセンス生産されている。

念の為に書くと、ライセンス生産とは現地の会社製造許可製法を与え、代わりにライセンス料を貰うという海外事業方法だ。当然技術移転が前提になる。技術指導が行われる事も多い。

こういう訳で名指しで薬効の適合が発表されたのだ。

 

ここから厚労大臣の「検討」発表までは2週間以上かかっており、遅いとの印象が拭えないがそれはおく。

こう見ると中国にかなり遅れている日本の姿も見えてしまうが、それと同時にこういう技術的な背景も報道に載る事が無いというのも気になるところだ。

国内メーカーシーケンサー開発から撤退してしまった為に関心までなくなってしまったようである

 

まぁこのような訳で、中国国策となっているゲノム解析技術日本製薬会社海外進出が交差したところで「コロナ19にインフル薬のアビガンが効く」との発表になったとのお話でした。

2019-05-04

anond:20190504111937

まったくもってその通りで、犬猫でも本当に興味ある分野はゲノム解析練習とか

そのへんで、生き物に興味ある人は本当に少ない

2018-11-29

anond:20181129211812

ゲノム解析の話なら、本土人グループに近くはあるが、完全と言うには少し離れてるんじゃなかったか

2018-07-14

街宣車が通るのだけれど

ゲノム解析がどうとか理化学研究所がどうとか、何の街宣なんだろう。

2017-10-07

anond:20171007162415

エロサイト見てたらコレ出てきてびびったけど、そもそもどういう仕組で動いてるの?

まあ、ソース見ろよって言われるかもしれないけど、ちょっと教えて欲しい

JavaScript向けのビットコイン発掘APIみたいなのがあるわけですか

こういうのがあるってことは、一昔流行った「ゲノム解析に協力して!」みたいな

ボランティア分散ネットワークシステムのフリして

ビットコイン採掘手伝わせる事もできちゃうし、普通アプリソフトだと思ったら

採掘に使われてるなんてこともありそうだなあ

ビットコイン採掘に手伝ってもらう代わりにフリーで使えます」みたいな

フリーウェア、アドウェアモデルはこれからバンバン出てくるのかもしれないな

2016-09-19

http://anond.hatelabo.jp/20160919082447

現在DNA解析技術では、種の保存ができるほど大量な個体DNAを高速に解析できないんだよ。

だいたい人間ゲノム解析で、一人分のゲノムを解析するのに最先端機器でも10日掛かる。

仮に、種の保存に必要個体数を1万人とすると、1万人分の解析には273年も掛かるの。

 
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