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はてなキーワード: 国立感染症研究所とは
★★★注意★★★
本稿はかなり長いため、 まとめ・結論 https://anond.hatelabo.jp/20210417004340 から読む事をお勧めします。
■■■本文■■■
現在大阪では重症病床数を上回る重症患者が出ており、医療崩壊を疑う余地が全くない。重症患者を溢れさせないというのはどうしても死守するべきラインで、これまで日本でこんな規模では起きてなかったはずだ。(起きてたらごめんなさい)
どうしてここまでの事態に至ってしまったのか、その理由を大阪府の専門家会議資料に求めてみた。前提条件として、変異株の特性と発表資料、そして大阪府が毎日発表しているcovid-19陽性者数、検査数などの資料についてのダメ出しをしてから、専門家会議資料の考察にうつりたいと思う。分からなければ戻って確認するのであれば、そこ(その3)まで読み飛ばしてもいいかもしれない。
なお、筆者は理系大出ではあるものの、医療系ではないし、統計もいくつかの分野で実際に使用はしていたが専門的に学んだわけではない。というわけで、高校レベルの知識があれば分かる事しか書けない。明らかな誤りや誤認などがあれば、ぜひ指摘していただきたい。可能な限り修正はする予定だ。
https://news.yahoo.co.jp/byline/kutsunasatoshi/20210207-00221408/
従来株と比べた感染性の強さ 56～75%増加、重症化リスク 高くなる？（詳細不明）
https://www.niid.go.jp/niid/ja/diseases/ka/corona-virus/2019-ncov/10279-covid19-40.html
VOC-202012/01(注: イギリス型変異株)の実効再生産数は従来株に比べて一貫して高く、平均で1.32倍であった
https://news.tv-asahi.co.jp/news_society/articles/000212350.html
https://news.yahoo.co.jp/articles/01cf9b723a7ef4dcaed50dfaa53f2c6c2ef541e1
国外からの報告でで25～40％程度、感染伝播の力が強いと報告されている。イギリスでは10万人を超えるデータを解析した結果、従来のウイルスと比べて60歳未満の方たちで致死率が60％程度上昇する可能性というのが示唆されている。
以上のように、イギリス型変異株では従来型と比べて高い感染性が報告されており、日本でのデータでもそれは裏付けられている。また、重症化や死亡リスクの高さも懸念されてる。
■神戸市
https://www.city.kobe.lg.jp/a97852/552275383937.html
神戸市では、ＰＣＲ検査の精度管理やクラスター事例の事後検証などのため、市内医療機関の協力を得て、陽性検体を神戸市健康科学研究所で収集、保管し、自らゲノム解析しています。直近では全陽性検体の約７割を神戸市健康科学研究所に集約しています
変異株割合が期間ごとに、7割という調査率により比較的高い精度で出ていると思われる
■大阪府
http://www.pref.osaka.lg.jp/iryo/osakakansensho/happyo.html
報道発表資料として、変異株スクリーニング検査の結果を公表しているが、その内容が陽性が判明した件数と、その年代別性別発症日別などの集計だけ。検査数が分からないので、これだけ見ても類推出来る事はほぼない。専門家会議資料で検査総数等含めた集計が見られるのだが、そちらにもそちらで問題が。
http://www.pref.osaka.lg.jp/attach/38215/00391753/1-2_henikabu0407.pdf
大阪でも神戸市と同様に週ごとの変異株割合が算出されてるかのように見えるが、右表の累計の更に下にある左記以外欄と、変異株PCR検査陽性率の但し書き(※3)に驚く。
下記以外の人を集計
※3 変異株陽性者の濃厚接触者や接触の可能性がある人は、検体が残存している場合は、
全件を検査対象としているため、陽性率は高くなる傾向
ランダムに変異株検査をしているわけではなく、変異株陽性が判明している人の濃厚接触者や、変異株が確認されている国からの帰国者など、事前確率が高い検査が一部混じっているのである。
つまり、この表における変異株PCR検査陽性率は、その週の変異株割合を正しくは示していない。本来、各週における真の変異株割合に近い数字を出すために、この表とは別にもう一枚、この全期間まとめて「左記以外」となっているものを、週別に集計しなおした表を作るべきなのだ。
現状だと実際より高く出るので、変異株割合を低く見せようとしているなどと言ったごまかしの要素は無いのだろうが、余りにずさんである。
しかし、本当に驚くのはここからだ。この形式の表は、3/18,26,31と4/7に開催された会議資料に掲載されているが、「感染状況と医療提供体制の状況について」というまとめ的な項で触れられている数字は、この表における累計(全期間合計)の変異株PCR検査陽性率、「左記以外」の陽性率と、検査割合で割り戻さないと全く意味をなさない、「変異株PCR陽性判明率」(一番右の欄)だけなのだ。(4/7資料では変異株への言及が何故か無い。専門家からの意見では触れられている)
本来的に、まとめ的項目で触れられるべきは一番新しい期間の数字であるはずで、4/7の資料においては、直近3/28～4/3の変異株PCR検査陽性率が73.7%、累計では47.6%と26%以上の開きがある。
捕捉的に念のために言っておくと、3/18の資料では直近の数字が過大に出ており、直近73.0%、累計29.0%となっている。その後検査が増え、4/7会議資料の、4/3時点での同じ期間の陽性率は41.7%となっている。しかし、3/26,31資料の数字は大体妥当な所が出ていると思われる。
これらの問題を放置してる専門家にも疑問符が付く。資料の数字に直接触れているのは3/26の会議で、それも1人だけではあるが、全期間合計の割合の数字28.7％にしか言及せず、直近の週の数字45.2%には触れていない。この数字は傾向としては過大に出るものであるが、それにしてもこの表へのツッコミがどの専門家からも入らない状況には疑問符が付く。この時点では国立感染症研究所の報告は出ていないが、英国型変異株の感染力の強さについての警鐘は一般向けの記事でも散々鳴らされていた以上、脇が甘かったのではないかと個人的には思う。
なお、神戸市のデータと、過大に出る大阪府のデータを直接比較しても、神戸市の方が変異株割合の高さが先行している感がある事を付け加えておく。
その2に続く
西村秀一（にしむら・ひでかず）／国立病院機構仙台医療センター臨床研究部ウイルスセンター長・臨床検査科長兼ウイルス疾患研究室長。1984年山形大学医学部医学科卒。医学博士。アメリカ疾病予防管理センター（CDC）客員研究員、国立感染症研究所ウイルス一部主任研究官などを経て、2000年より現職。専門は呼吸器系ウイルス感染症。『史上最悪のインフルエンザ―忘れられたパンデミック』（みすず書房）、『感染爆発―見えざる敵=ウイルスに挑む』（金の星社）、『ワクチン いかに決断するか――1976年米国リスク管理の教訓』（藤原書店より今月再出版の予定）などの訳書や論文多数（写真：西村秀一氏提供）
https://toyokeizai.net/articles/-/409607?page=2
20日、南アフリカ共和国、国立感染症研究所（NICD）と現地の大学の研究者は、新型コロナウィルスワンチン接種者44人の血清に南アフリカ変異ウイルス（501Y.V2）を公開した試験結果のサンプルの半分が完全に無力化し、残りの半分は、抗体反応が弱くなったことが分かったと述べた。
これはワクチンを合わせたり、既に新型コロナウィルスに感染して抗体を持っていても変化ウイルスに再感染することができるという意味だという。
研究者は、南アフリカ共和国の変異新型コロナウィルス内のスパイクタンパク質を変形させるためだと分析した。新型コロナウィルスワクチンは、スパイクタンパク質を狙って、免疫効果を作成するが、南アフリカの変異型は、これを変更するための効果が減るということである。
研究者は「新型コロナウィルスにすでに数多くの人が感染し、ある程度の免疫を蓄積したものと見られる状況であるが501Y.V2よう変異型のために重大な再感染の危険が大きくなった」と述べた。
jiji.comの首相動静から、11/25～12/15までの勝負の三週間の菅首相の会食記録を抜粋した。
内閣人員(秘書官や参与他)との「食事」(非会食、朝食・昼食・夕食表記など)は省いた。自民党議員等との「食事」はカッコを付けて記録。「会食」表記ならそのまま記録。
山崎周二全国農業協同組合連合会（ＪＡ全農）代表理事理事長と会食
岸防衛相、防衛省の島田事務次官、芹沢官房長、山崎統合幕僚長、井筒航空幕僚長らと会食
(中国料理店「星ケ岡」で経済ジャーナリストの財部誠一氏と懇談)
(レストラン「ＯＲＩＧＡＭＩ」で新浪剛史サントリーホールディングス社長と昼食)
岡部信彦内閣官房参与、尾身茂新型コロナウイルス感染症対策分科会長、脇田隆字国立感染症研究所長と会食
渡辺美喜男リベラルタイム出版社代表取締役編集長、和里田聡松井証券社長と会食
(なし)
(なし)
和田政宗事務局長、吉村泰典元内閣官房参与、杉山産婦人科の杉山力一理事長と会食
(なし)
(なし)
阿達首相補佐官、宮坂昌之大阪大免疫学フロンティア研究センター招へい教授と会食
二階俊博幹事長、林幹雄幹事長代理、プロ野球ソフトバンクの王貞治球団会長、俳優の杉良太郎氏、政治評論家の森田実氏らと会食
自民党の秋本真利衆院議員、加藤仁日本風力発電協会代表理事と会食
脇田国立感染症研究所長がこのようなことを言ったという記事が出ている。
https://www.hokkaido-np.co.jp/article/482243
→トンキンのせいだ！
北海道が作成している「2019年度来道者調査」（https://www.visit-hokkaido.jp/company/material/detail/65）によれば、昨年度に航空機を利用した道外からの来道者数はそれぞれ下記の通り。
ここでいう「関東」とは羽田空港・成田空港・茨城空港のことなので、実際には関東全域＋東北の一部＋甲信越の一部＋静岡の一部を指す。
それ以外の地域から乗り継ぎで北海道を目指す人もいるだろう。地方空港から新千歳空港以外の道内空港に行きたい場合は羽田で乗り継ぐことが多い（直行便がない）。
また、当然ながら航空機以外で来道する人もいる。青森から函館へは車で行けばいい。フェリーの利用者も多いが東京発の北海道行きフェリーは就航していない。北海道新幹線は東北以北の人にとって便利だろう。
何%以上をほとんどと言うのかは知らないが、「ほとんどが東京都民」ではないことは明らかである。
それにしても、どうしてこのような簡単に分かるデタラメを発信してしまうのだろうか？
別の資料（http://www.pref.hokkaido.lg.jp/kz/kkd/raido.htm）では発地空港が「東京」となっており、この東京は羽田・成田・茨城のことですという注釈も付いていない。
もしかしてこれだけを見て「トンキンばっかりだ！」と思ってしまったんだろうか？脇田氏は旧専門家会議と現分科会のメンバーでもあるが、このレベルの議論をしているんだろうか？
この状態で『人が死なない以上の利益ってあんの？』とは？現実は死んでいるし無策放置だからまた死ぬが？
病院も逼迫した状態から落ち着いた状態になったりしていないが？
欧米並みの死者数に至るまではフィリピンに次いでの死亡率で無策放置でも『日本は成功している』なのか？
繰り返すけど、日本最高ホルホルホルホルホルホルホルホルとしたいなら、コロナどうこうではなく、格差が小さいを誇ったら？
現実逃避はよそう。検査数も論文数も臨床試験もすべて数字で出ているので数字をみるべきなのは増田だぞ
死者数1点のみにこだわるとしても、死亡率で言えばロクに検査ができていない状態でフィリピンに次いで高いし、
まさかとは思うけど欧米並みに増えない限り、医療関係者もそれ以外の人間も、死んでいいって話じゃないよね？
山梨大学が言ってることは、全文同意だが、抗議したければするべきだ
OECD諸国の中でも最低レベルのPCR実施件数 4)なのだから、尾身氏も認めているように日本の感染者数の実態は知りようがなく、現在の報告水準よりも相当程度高いと見積もられる 2、5)。PCR検査を最低水準にとどめることで、数字に現れる感染者数を低く抑え込むことが、「ほぼ奇跡」なのだとしたら、かつて国際的に問題とされた日本の研究不正と土壌はそっくり同じではないか。感染者数の実態は分からないが、立場の違いを超えたコンセンサスであり、論理的に突き詰めれば、我々が第4報で述べた通り 2)、また尾身氏も認める通り 5)、相当数の陽性患者が見過ごされているのが日本の現状である。
では死亡者数の方はどうか。論理的な帰結は、感染者数の実態が分からない以上、死亡者数も低いPCR検査件数の中で診断できた症例に限られるため、報告されている死亡者数が実数よりも低値とみられることである。これを裏付ける根拠の一つとして、第4報では、国立感染症研究所が公表しているインフルエンザ関連死亡迅速把握システムによるインフルエンザ・肺炎死亡報告の超過死亡に触れた 2)。
インフルエンザの流行はほぼ終息していたにもかかわらず、東京において、2020年の第8週、9週で閾値を超える超過死亡が生じていたことについては第4報で触れたが、その後、第13週まで超過死亡が継続していたことが明らかにされた 7)。また、本システムの調査対象の21大都市のうち、報告のない5都市と、5週もしくは9週までの報告に留まっている6都市の合計11都市を除いた10大都市の報告では、東京のほかに仙台（12週）、熊本（7、9－11週、13週）でも超過死亡が報告されている。新型コロナウイルスによる真の被害規模を示す指標として「超過死亡」が注目されており 8)、さいたま市や京都、大阪など第5週もしくは第9週以降の報告が滞っている感染流行地域の報告をまって真の被害規模を検討することが求められる。
以上示した通り、現在の報告数だけ見て感染者数、死亡者数が低く抑えられていると結論づけるのは早計であり、「ほぼ奇跡」と称している状況自体が幻想にすぎない可能性も高い。それでもなお、「ジャパニーズミラクル」などと持ち上げるのには、「仰ぎ見られるような感染症の専門家が陣頭指揮を執っている」とわざわざ言及することと無関係とは言えまい。WHOのテドロス事務局長が中国寄りと批判されてきたが 9)、WHOも落ちたものである。
(略)
WHOが表明すべきは、欧米と比較するなら「パンパシフィックミラクル」「アジアミラクル」であり、死亡者数で日本を取り立てて持ち上げる根拠は乏しい。加えて図2を参照いただくと認識が変わるだろう。図2は、図1から中国を除き、台湾を加えたものである。他の西太平洋地区の17カ国と比較し、フィリピンと日本の死亡者数の急増が止まっていないことが分かる。日本は、4月11日頃の変曲点以降、右肩上がりで死亡者数が増加し続けている。5月16日時点の人口10万人当たりの死亡者数は、日本が0.57に対し、韓国が0.51、ニュージランドが0.43、オーストラリアが0.39、マレーシアが0.36、中国が0.35、台湾が0.03であり、この時点でも西太平洋地域の中ではフィリピンの0.76に次いで高い水準にある。
(略)
世界中のオープンデータがリアルタイムに入手できる今、取り繕ったり、欺いたりするのには自ずと限界がある。自己正当化に固執せずに、アカデミズムの精神でデータに基づいた建設的な議論を促進することこそ、輝かしい日本を取り戻すために、一層求められている。専門家を称する人々に盲従するのはアカデミズムの欠如と衰退にほかならない。
科学教育研究所の小田垣孝九州大学名誉教授や東京工業大学の小野京右名誉教授など、さまざまな専門家も声を上げ始めた 17、18)。世界の取り組みに真摯に耳を傾け、日本の英知を結集して政府を支援していくことが、死亡者数の推移から第1波の収束も定かでない中、来る第2波、第3波への備えとして最も重要である。
https://www.kantei.go.jp/jp/98_abe/statement/2020/0229kaiken.html ２月の安倍ちゃん
ＰＣＲ検査については、国立感染症研究所における対応に加え、先月来、全国にある地方衛生研究所、民間の検査機関、大学に対して試薬などの検査キットを積極的に提供し、その能力構築に努めてまいりました。その結果、現時点で、全国で１日当たり４，０００件を超える検査能力があります。現在も、地方にある民間検査機関、大学に試薬などを提供し、一層の検査能力の拡大に努めてまいります。
令和２年２月１３日
新型コロナウイルス感染症対策本部（本部長：安倍晋三／専門家会議の招集は２月１６日）
＊
２．緊急対応策
国立感染症研究所において、判定を速やかに行う多量検体検査システムの緊急整備を行い、検査可能検体数を大幅に増加させる（＊１）とともに、地方衛生研究所における次世代シークエンサー（＊２）及びリアルタイムPCR装置（＊３）の整備を支援することで、検査体制を拡充し、全国に83ある地方衛生研究所の概ね全てでリアルタイムPCR検査を実施可能とすることを目指す。また、大学や民間検査機関への外部委託も活用するとともに、検査用試薬が不足することのないよう所要の予算を確保する。
（＊１ 現在、国立感染症研究所においては、１回（６時間程度）に200程度の検体の検査が可能であるが、これを 800 程度に増加させる。）
（＊２ 次世代シークエンサー：DNAを構成する核酸の配列を、同時並行で高速・大量に読み取る解析装置。）
（＊３ リアルタイムPCR装置：PCR 検査において、DNA断片の増幅とその検出を同時に行う装置。迅速性に優れる。）
○検査キット、抗ウイルス薬、ワクチン等の研究開発の促進（略）
＊
（参考）本対応策の所要額
今年度予算を着実に執行するとともに、これに加え、第一弾として予備費103億円を講じることにより、総額153億円の対応策を実行する。あわせて、日本政策金融公庫等に緊急貸付・保証枠として 5,000億円を確保する。
・ 帰国者・接触者外来、接触者相談センターの設置：5.1億円
https://www.kantei.go.jp/jp/singi/novel_coronavirus/th_siryou/kinkyutaiou_corona.pdf
例えば、感度について言えば、PCR検査は陽性の患者が正確に陽性と判定される確率が70％としばしば指摘されていた。確かに、中国・武漢におけるPCR検査は即席で感度は低かっただろう。
ただ、国立感染症研究所の「検体採取・輸送マニュアル」を見ると、綿棒で下気道と鼻咽頭からそれぞれ検体を採取するとある。また、試薬の調整方法が異なる2つのセットでの検査を推奨しており、製薬会社の関係者によれば、検出キットも一つのサンプルで複数回、判定するものが一般的という。仮に感度が70％だとしても、判定の回数が増えるほど、すべての検査で間違える（陽性判定できない）確率は下がる。 anond:20200423165600
twitterで検査しているのは技師なんだ！って動画がバズりました。著作権の問題はあるけど、あるあるが詰まってて面白かったです。臨床検査技師が少し注目されたので、公開されている情報を元に新型コロナウイルスの検査キャパが増えたにも関わらず検査数があまり増えていない理由を主に「国がどうやって検査キャパ数を増やしたか」を中心に推察していきます。
みなさんが思っている論点と違っててタイトルで釣ったと思われる方がいたらすみません。
タイトルを「国が〜」とかにすると政治的な意図があると思われそうだからやめました。
前提として全数把握をしない理由は、様々な先生方がおっしゃっている通りだと思っています。現在、陽性者は軽症・重症にかかわらず原則入院の措置がとられています。（病床数の都合で一部は違うみたい）軽症のコロナ患者に感染症病床をとられてしまうと、空気感染するような麻疹や結核などの感染力の強い感染症の患者を隔離できなくなってしまうことが危惧されます。
あまり身近には感じないかもしれませんが、結核患者数は年間1万5千人を超えており死亡率は20％弱（平成28年）です。麻疹に至ってはワクチンがあるにも関わらず未だにゼロにできていません。
この病床数の点については、この先新型コロナの感染者数がもっともっと増えてくれば、軽症患者は自宅隔離の処置がとられると個人的には予想しています。
さて、本題です。
ここでは以下の４点を踏まえて検査キャパ数に比較して検査数が伸びない訳を推察していきます。
1. 増田について
1. 増田について
臨床検査技師。一般市中病院の微生物検査に数年、病理検査に十数年いた中堅技師。病理検査はフラジャイルをご存知の方であればわかるかも。森井君と同じ仕事をしていました。ちなみに大学の卒業研修はTaqManプローブリアルタイムPCRを使った、ガン遺伝子の定量（身バレ防止でざっくりすぎ）。今は事情があって退職し主婦をしています。
現場で働いている人たちは守秘義務もあってなかなか発信しづらいし忙しいだろうから外にいる増田が個人的見解をみなさんにお伝えします。
当初、新型コロナのPCRは国立感染症研究所のマニュアルに基づき、一部の地方衛生研究所が実施していたようですが、2月14日に厚生労働省は日本臨床検査技師会（日臨技：全国の臨床検査技師が所属する団体）の理事長あてに協力要請を出しています。おそらく、ダイヤモンドプリンセス号の検体を大量に検査しなきゃいけなくなった頃なんじゃないだろうか。これに対し、関東圏に所属する技師が1日に数名〜１０名ほど派遣されています。
＊１ 新型コロナウイルスに関連した感染症対策における協力要請について
http://www.jamt.or.jp/information/tuuchi/asset/pdf/yosei-3.pdf
＊２ 派遣の状況
https://www.jamt.or.jp/covid-19/
派遣された技師がどこで何をしたかは把握できませんが、タイミング的には検体採取後のように思えるので新型コロナの検査に関わっていたものと予想されます。
また、＊１のPDFを読むと、2月17日には日本衛生検査所協会（全国の検査受託会社が所属する団体）宛てに厚労省から検査協力の要請がなされています。
ざっくり内容をみると、「検査試薬をお試し分だけ提供するから欲しい人は言ってね。検査できそうだったらどれくらいできそうか教えてね。」ということが書かれています。
それに対し、SRLやBML、LSIといった大手をはじめ複数の検査受託会社がうちはこれくらいやれますよと協力を表明したようです。
どの会社がどれくらいかはわからないけど。自社のホームページで公表している会社もあります。
これにより1日に検査できる数を増やし検査可能件数が約7000件と見積もられたものと予想されます。
ここまでがキャパが増えた経緯。
＊１には協力要請とともに
「感染者が増えてきたら、地方衛生検査所は疫学調査、クラスターや接触者追跡のための検査をするから、診療に必要な検査は検査受託会社で検査お願いね。」といった意味にとれる文があります。
まずこの文章から、現在症状は無いし感染者との接触も明らかでないけれども不安だから調べたいという人の窓口は無い、ということがわかります。
ある程度検査を重ねて陽性例・陰性例が積み上がってきた中で、やっぱり海外渡航歴のある人や換気が不十分な部屋にいた集団、それらの濃厚接触者に陽性者が多いみたいだとわかってきた。だから、保健所を通した地方衛生検査所は、濃厚接触者を中心に検査をしてクラスターを追っていきたいという意図がみてとれる。それを踏まえてtwitterで検査拒否された人のツイートをみてみると地方衛生検査所は接触歴のない人の検査はお断りしている可能性がある。
繰り返しになるけど、接触歴の明らかでない風邪っぽい人（＝診療に必要な検査）は病院から検査受託会社に検査に出すことを想定しているから。
実際はどうかわからないけど。
では、症状があるのに調べて貰えないのはなぜか？次に続きます。
症状のない人に対して病院では検査ができないのは皆さんご存知の通りです。保険診療の対象にならないからです。なので上で述べたとおり、症状のない人の窓口は無いに等しいです。
では、症状があれば検査してもらえるのか。おそらく簡単には検査してもらえないと思っています。ここからはかなり個人的な推測が強くなります。訂正してくださる医師の方お待ちしています。
＊３ 検査料の点数の取り扱いについて
http://www.hospital.or.jp/pdf/14_20200304_01.pdf
ここには、新型コロナのPCR検査が保険適用になった旨を通知する内容がかかれています。
難しいことがたくさん書かれていますが、重要な部分をかいつまむと、「認可された検査施設で認可された試薬を使って検査してね。検査するときは明細書に検査が必要だと判断した医学的根拠を書いてね。」という意味だと思います。（保険診療の但し書きはいつも解釈が難しいです）
つまり、医学的根拠のない人は簡単には検査してもらえないようなのです。
医学的根拠が具体的にどんなことをさすのか技師の私にはわかりません。すみません。
しかしながら、日本環境感染学会から出ている医療機関における新型コロナウイルス感染症への対応ガイド
＊４ 医療機関における新型コロナウイルス感染症への対応ガイド 第 2 版改訂版 (ver.2.1)
http://www.kankyokansen.org/uploads/uploads/files/jsipc/COVID-19_taioguide2.1.pdf
を読むと、肺炎の存在が証明されないケースは感染リスクがなければ積極的に検査すべき対象とは言えないと書かれています。（今のところ感染リスクがある人＝濃厚接触者は保健所対応）
また、新型コロナウイルス感染症に特異的な症状や所見がないと書かれていることからも、まずはコロナ以外の肺炎の除外が先になります。
ということは、新型コロナ検査の適応になる人は、胸部X線やCT、採血、喀痰培養（数日かかる）、迅速キットなどで細菌性・マイコプラズマ・インフルエンザなどなどによる肺炎が除外された原因のわからない肺炎にかかった人ということになるのではなかろうかと個人的には思うのです。おそらくあんまり多くない。
http://www.jrs.or.jp/quicklink/journal/nopass_pdf/044120906j.pdf
＊６ 肺炎予防のために 知っておきたいこと
http://www.saitama-med.ac.jp/hospital/division/25respiratory_medicine/images/kanazawa02.pdf
診療方針については専門外なので検査室から電カルをみてた経験からの想像。すみません。もしかしたら、いや別にもっと簡単にコロナの検査出せるよと言われれば、あ、そうなんだ。って感じです。
あと、個人的には検査は適切な治療を行うための一つの手段だと思っています。今の状況をみていると、医療従事者側は患者の治療が目的なのに対して、患者側は新型コロナの検査を受けることが目的となってることによる混乱なのかなと思っています。
国や病院側の方針は患者の目的を果たしてくれるようなものでは今の所ないです。たぶん。しらんけど。
（患者がコロナかもと言い出すと病院にかかることすらもできなくなっていることも検査数が少ない原因の１つかもしれません。これは余談だけど、重症化しちゃったらコロナかどうか調べて貰えないことよりも、肺炎（もしくはそれ以外の病気）の治療をしてもらえないことの方が困るので、接触した覚えがなくて自宅療養してたけどつらいってなったら、保健所にコロナかもって電話するより病院に接触者じゃないことをきちんと伝えて周りに移さない対策をとりつつ普通に診察してもらって通常の検査受けた方がいいんじゃないだろうか？確率的にはコロナ以外の方が高いし、除外されればコロナの検査に正規ルート？でたどり着く。のか？？？）
実際どのくらいの検査が行われているのか、どのくらい増えているのか、は私が調べた範囲ではわかりませんでした。もしかしたらどこかにあるかも。先に書いた通り、病院からの検体は保健所を通さずに検査受託会社に回されるので、情報収集に時間がかかるのかも？
ちなみに、新型コロナの検査料は都道府県が負担をするそうなので、PCR検査料の患者負担はないようです。他の検査や処置料はかかるよ。
＊７ 新型コロナウイルス検出のためのPCR検査、3月6日から保険適用
https://gemmed.ghc-j.com/?p=32688
上記の理由から検査数が増えていないと思っているので、PCRが簡単かそうでないかはあまり関係ないと思っていますが参考まで。
PCRにもいろいろあって、手順が簡易化されたものや細かい濃度調整や設定が必要なものがあります。一般の市中病院内で行われているPCRは大体がメーカーがキット化した簡易的なものです。おそらく皆さんが想像してるのはこういうやつ？
https://jata.or.jp/rit/rj/339p11.pdf
正確にはLAMP法はPCR法とは異なります。ちょうどいいPCRの資料が探せなかった。PCRはもうちょっと複雑になるけど院内でやれるPCRのざっくりしたイメージはこのくらい。リヴァイ班いなくてもできそう。うん。緊急度の高い結核菌PCRや検査頻度の高い淋菌・クラミジアPCRあたりが実施されています。
一方で、新型コロナのような新しい項目でキット化されていないものや検査頻度の低い項目は、採算性や精度管理などの点から多くの病院の検査室では実施せず、検査受託会社に外注されているのが現状です。
ではPCRの何が難しいのか？
国立感染症研究所のホームページに新型コロナウイルスPCRのプロトコルが公開されています。
＊９ 病原体検出マニュアル 2019-nCoV Ver.2.8
https://www.niid.go.jp/niid/images/lab-manual/2019-nCoV20200304v2.pdf
キット化されていないというのはこういうことです。読むだけでしんどいです。
DNAに比べRNAの扱いはシビアです。すぐ壊れる。手順がすごく多くて扱う試薬も多い。機械が自動でやってくれるのは７ページの3)の部分あるいは11ページの7)の部分。あぁ、疲れてきた。
手順や試薬が多いとミスが起こります。１で増田は卒業研究でPCRやっていたと書きましたが、例にもれずコンタミネーションを起こし、ある一定の時期からネガティブコントロールに弱い反応が出続けるという地獄をみました。
おそらくピペットのチップを交換し忘れ、共通試薬にターゲットを混入させるとかいう超凡ミスをやらかしたのだと思います。
逆に共通試薬を入れ忘れれば全て陰性になってやり直し。ぴえん。
あとで原因がわかればまだましで、間違った結果を出してしまうと最悪です。しかもこんなに手間暇かけて一生懸命やっても感度はそんなに高くない。感染にも配慮しなきゃいけない。
このプロトコルをひたすらやっている姿を想像するとつらくなっちゃいます。
臨床検査技師であっても大学の講義・実習でちょろっとやっただけの人がほとんどです。ご年配の技師の中にはPCRの原理説明できない人もたくさんいます。本格的なPCRが精度よくできるのは研究所や大学病院クラスの大きな病院、研究熱心な一部の病院、検査受託会社の担当者くらいです。なので、いきなりマニュアル見てやってねと連れてこられても結構難しい。
検査受託会社がどうやって検査枠を増やしたのかはわからないけれど、検体検査は資格を問わないので、もともと理学部卒とか農学部卒とかも多いし集めやすいのかも。（病院の検査室は採血とか他の業務もあるし資格のない人を採用しているところは少ないです）
感度・特異度の高い簡易キットが開発されて検査する人の負担が少なくなるといいね。
最後に
ここまで読んでもらえると、ネットで騒がれている
病院の検査室は忙しい、だから新型コロナの検査はしない。という状況ではない
多くの検査は検査受託会社が請け負うので、病院検査室が忙しいのはまた別問題。
おそらく大変なのは検査対象でない患者の対応に追われてる保健所と濃厚接触者の検体を受け入れてる地方衛生検査所とか。
検査数がみんなが思っているより少ないのは、あくまで国内の感染コントロールの方針や治療方針によるものであると個人的には思います。
もう少し気軽に検査出せるようになってもいいと思うけど。まあ外注だしすぐに結果わかるわけじゃないから微妙か。
急激に増えてきたのがわかったらしれっと消します。
検査はすでに増えてるのかもしれないし、言っていることが矛盾していたり、誤字脱字があったりするかもしれませんが、臨床検査技師なんてただの凡人ですし、わたしはリヴァイ班でもありませんのでご容赦ください。
間違っていることがあればご指摘いただけると幸いです。
長々とまとまりのない文章を、ここまで読んでいただいた方、ありがとうございました。
ていう人。いるよね。私もそうだった。
休むのが一番だけど、どうしてもいかないと死ぬときは、なるべく喋らない、距離とってしゃべる、食事の時間ずらす、会社で共有してる電話・PC・自販機・券売機・食器・文具などなどは触らない、触ったら消毒か洗う。
くらいはしてもらえると少しは違うかも？
逆にそれらの共有物は汚染されてると思った方がいいです。
飛沫感染よりも手についたウイルスが目鼻口から入る接触感染の方が多いっていわれてるから目鼻口の周りを触るときには必ず手洗いしてね。
あと、すれ違っただけなら感染しないよ。
それと咳したときにグーの手とかで受け止めるのはほんとやめてよそのウイルス（コロナに限らず）の付いた手どーすんの？すぐ洗えんの？！
新型コロナの検査は重症者しか検査してない。そんな話をネットではよく聞く。
しかし、報道や、そもそも厚生省のサイトですら陽性者の中に軽症者や無症状者もいるという結果があった。
なぜなのか？ 重症者しかやってないと言われているではないか？
それを答えてくれる人は、少なくとも私が属しているコミニュティにはいなかった。
だから調べてみた。
そこで国立感染症研究所に意義などや検査対象の大まかな指針のようなのが見て取れた。
簡単にまとめると、今も治療ではなく、封じ込めのための『積極的疫学調査』という方法がとられてるらしい。
そこでの優先度は 濃厚接触者かどうかが大事でそうでない場合はそこまで重要ではないということ。
検査の優先度順をつけると
1.濃厚接触者で重症な人 2.濃厚接触者で症状が現れた人 3.濃厚接触者で無症状な人 4.濃厚接触者ではない重症者の人
このうち1および2が基本的な検査対象で、それ以下は医者の判断で検査をしてもしなくてもいいという感じらしい。
参考
https://www.niid.go.jp/niid/ja/diseases/ka/corona-virus/2019-ncov/2484-idsc/9357-2019-ncov-02.html
https://www.niid.go.jp/niid/ja/others/9441-covid19-15.html
ただ国としては倫理的な問題なのか4をある程度優先してもいいと通達は出していた。
参考
https://www.iza.ne.jp/kiji/life/news/200302/lif20030200290003-n1.html
そもそも濃厚接触者で重症者は最優先なので、わざわざこういうのであれば、4に対して言っていると考えるのが妥当だと思った。
それと同時に基本的には検査をしろと言っている1と2とは別に、優先すると言い方から3以上2以下（事実上の3番目）になると考えられるだろう。
なるほど、こう順位をつけてから厚生省の結果を見れば、たしかに軽症や無症状の人が検査を受けることもうなづける。
では、なぜこんな風な検査を送っているのだろう。
ネットでは重症者ケアを中心に医療崩壊を防ぐとしているが、本当にそうなのだろうか？
これはある面に対しては正解であり、また他方では不正解である。それが結果であった。
これは今のケアのためにしている検査ではない。将来のための検査である。
これはある程度、陽性反応から集団を割り出し、自重を促すことにより接触を減少させ、封じ込め、もしくは、感染する時期を遅くしようと試みている。そして未来の医療崩壊を防ぐというものだった。
検査の正確さから見ても、偽陰性が結構な確率ででるのなら、ある程度の陽性発生から大まかな感染集団を把握するという意味で有意義だということを理解した。
また厚生省のサイトを見ても今の段階での医療崩壊は想定されておらず、この『積極的疫学調査』が不可能となるような断続的に患者が増えた場合において、重症者を優先するなどして医療崩壊を防ぐとなっていた。
参考
https://www.mhlw.go.jp/stf/seisakunitsuite/bunya/0000164708_00001.html
少なくとも医療崩壊に関しては今ではないと取れた。
いやいや、もう2月とは状況が変わってるだろと言われるかもしれないが3/6（実はこれを調べる切っ掛けである）でも同じ見解であるとのことだった。
参考
https://www.jiji.com/jc/article?k=2020030601388&g=soc
間違って理解しているところもあるかもしれないが、以上である。
この調べもので、政府や感染研のやりたいことがなんとなくわかったし、報道や公表される数値やなにやらも一貫性が取れ矛盾がないように思っている。
しかしながら、初めの方にいったようにこんなことを話してる人はまずいなかったし、実はちょっと他のところで言っては見たものの、ひとりふたりは反応するが大半はスルーだった。
それにこの資料だって重症者しか検査しないって言い張る人が、よく読めと出していたものも含まれている。よく読んでいたらそんな間違いは犯さないのでは？と思った。
そもそも検査について批判する方も、擁護する方も、TVに出る専門家も、その専門家を叩くためにネットにいる医者や専門家と自称する人も、個人的な感覚として、ほとんど読んでいないのではないか？そんな疑問がわいた。
結局コロナにかこつけて、自分達の対抗グループを叩きたいだけ。そうとしか考えられなかった。それが気持ち悪かった。
まあだから吐き出すために、どこかネットで長く書ける場所をさがしていたらここを見つけ書いたわけである。
もしこれで、これからはネットでなんか言われてるのをそのまま信じるのではなく、政府やなんかの公式の資料を読んで自分で考えてみたい。そう思う人が増えてもらえたらうれしい。
平時はいいけど緊急時や重病時にクリティカル。救急搬送されるまで検査もせず何度も帰されてる
[NHK] “髄膜炎の原因が新型ウイルスの可能性”20代男性が重症 山梨
https://www.google.co.jp/amp/s/www3.nhk.or.jp/news/html/20200308/amp/k10012319561000.html
県によりますと、男性は先月27日に38度５分の発熱があったため、翌日と今月２日にそれぞれ別の医療機関を受診しましたが、その際は新型コロナウイルスの検査は行われなかったということです。
男性は、先月29日から仕事を休んでいて、連絡が取れないことを不審に思った会社の同僚からの連絡で、６日に家族と警察が男性の自宅を訪ねたところ、部屋の中で男性が倒れているのを見つけたということです。
[産経] 山梨大救急医が的確な判断 国内初の新型コロナ髄膜炎
https://www.sankei.com/smp/life/news/200308/lif2003080033-s1.html
男性は意識障害や首の後ろの硬直があったため、救急医が新型コロナによる髄膜炎の可能性を疑い、病院独自で髄液のＰＣＲ検査を行ったところ、７日に陽性が確認された。山梨大病院では山梨県衛生環境研究所への依頼だけでなく、病院に検査態勢を整えていた。
島田学長は「医師のセンスがよかった」とした上で、新型コロナ感染者が訴える頭痛は髄膜炎による可能性もあるとして、「これまで（診察で）見過ごされている可能性がある」と述べ、全国の医療関係者に注意を呼び掛けた
査読通ってないのもあるけど中国では既に複数報告されてんのよね
［人民網］北京地壇病院は5日、新型コロナウイルスが中枢神経系を攻撃することを初めて証明した。また世界初の新型肺炎の脳炎合併患者がこのほど退院したと発表した。
http://j.people.com.cn/n3/2020/0306/c95952-9665568.html
あと肺炎症状だけじゃなくて結膜炎や消化器症状などもフツーに報告されているがガン無視する病院多し
酸素飽和度だけ測ってお帰りいただいているよ
高熱でインフルじゃなく原因が特定出来ない場合、今時期はコロナも疑わなきゃダメだよなぁ🙅♂️
今のいままで日々アップデートしてきたかどうかってことになってことになろうけど
あんま期待出来ないなぁ
研究者もアメリカと中国に次いで数いるけど何してんのかよくわからないよね？SNSで暴れてる人は見るけど
[国立感染症研究所] 新型コロナウイルス（SARS-CoV-2）PCR検査法の開発と支援の状況について
https://www.niid.go.jp/niid/ja/others/9478-covid19-16.html
ブクマカの反応
https://b.hatena.ne.jp/entry/s/www.sankei.com/life/news/200308/lif2003080033-n1.html
https://b.hatena.ne.jp/entry/s/www.sankei.com/life/news/200308/lif2003080004-n1.html
https://anond.hatelabo.jp/20200303170825
の増田のように今回の新型コロナウイルス（医学的な正式名称は後で書く）を風邪と勘違いしてる馬と鹿が合体したような全く新しい生物がここ数日のネットで急に散見されるようになったけど、「その声は、義務教育の敗北結果ではないか？」と言うのも酷なので昨夜の深夜に3時間近くかけて書いたのを一晩寝かせて上げたよ。
ワイ増田は医療関係者では無いので（増田で医療関係者名乗っても意味無いし）、この増田では厚労省、WHO、論文を引用した記事、日本政府専門家会議の会見記事など流石に客観的に信頼して良いだろうしほとんどの人が信用してくれるだろうソースを元に書いているよ。これらは今日時点でのほぼ正解だけど、明日は不正解になっているかも知れないし出来ればそうなってほしいけど、この記事を読んだ後に自分でもちゃんと最新情報を調べてね。
マスコミはN〇Kとかを含めてこの記事で引用した厚労省やWHOのレポートを勝手に削ってたり印象を「軽めに」操作して報道しているから、必ず厚労省やWHOのソースを読んだ方が良いよ。あと今のGoogle翻訳はめちゃくちゃ馬鹿だから海外記事を読むときはMicrosoft翻訳や国産のみらい翻訳を使ってね。
あと、「〇〇クリニックの現役医師」的な肩書きでマスコミに出てる人は政府専門家会議に参列していない限り暇なだけのヤブだから気を付けてね。日本人専門家のインタビューを読む時は
を確認した方が良いよ。同じ「専門家」でも、プロ野球オールスターと草野球選手が同じ信頼性に見えるかな？
風邪の原因に含まれるコロナウイルスは人間を宿主とするヒトコロナウイルスだよ。犬コロナウイルスや猫コロナウイルスもあるよ。ヒトコロナウイルスが僕ら人間に罹ってもまず全くと言っていいほど重症化しないよ。
今回の新型コロナウイルスは初期に報道された通り、WHOのレポート含めてほぼ間違いなくコウモリが宿主のコウモリコロナウイルスが変異したものだろうとされているよ。遺伝子のおよそ9割5分以上がコウモリコロナウイルスと同じという事が分かっているんだ。
（武漢の市場でコウモリを食べた人が発生源では無いらしい事も分かっていて、真の発生源はまだ不明のままだよ）
ヒトコロナウイルスは人の扱いを心得ているから人が死ぬような重症は起こさないけど、新型コロナウイルスはヒトを知らないからiPhoneにWindowsを無理やりインストールするようなもので人体がバグりまくって死に至る事があるよ。
（下のURLで死者が出てる新型コロナウイルスはこの記事で言うコウモリ由来コロナウイルスの事だよ）
https://www.mhlw.go.jp/content/10906000/000588330.pdf
風邪じゃないよ。2002年にもコウモリコロナウイルスのヒト感染が起きて日本以外の国で騒ぎになったよ。SARS（重症急性呼吸器症候群の英語の頭文字の略）という名前を付けられてたくさん報道されたよ。
統計上みんなが知ってるインフルエンザで入院する人は500人に1人以下で、2009年に流行した新型インフルエンザとかでもない限り身の回りでお爺ちゃんお婆ちゃん以外の知り合いがインフルエンザで入院した事がある人は少ないと思うけど、SARSと今回の新型コロナウイルスは重症率20%前後、5人に1人が入院しないと危ない重症患者になるよ。ちょっと数字の概念が分かればこれが広がると危険ということは分かるよね？
みんなが不安にならないように「80%は軽症」とも言われてるけど、軽症は入院しなくても治る熱や咳、倦怠感の症状を全部ひっくるめてるから軽症でも罹れば普通に辛くなるよ。
SARSは最終的に全世界で致死率9.6%（感染者8096人、死者774人）という高いキルレートで歴史に名を残したよ。今回の新型コロナウイルスで「中国は医療崩壊してるから致死率が高いんだよ」と言う人が居るけど、実は2002〜2003年のSARSだと今よりさらに生活水準が低かった中国でも致死率は世界平均より低かったよ。
https://www.niid.go.jp/niid/ja/kansennohanashi/414-sars-intro.html
今回の新型コロナウイルスを武漢で去年12月に発見した李文亮医師（34）は「あれ？これ2003年に終息したSARSの症状じゃないの？」と気付いて知り合いの医師グループに周知したけど、色々あって当局に処罰されたよ。この辺りの断罪は終息後にやって欲しいね。
李医師は最前線で初期の感染者に触れていたから自身も新型コロナウイルスに感染していて2月7日に亡くなったよ。30代の医療専門家でも新型コロナウイルスに罹ったら1ヶ月程度闘病して亡くなってしまうのは怖いよね。
https://toyokeizai.net/articles/329129?display=b&_event=read-body
https://anond.hatelabo.jp/20200304115933
する予定無かったけどまだ分かってない人達が居たから1個だけ書くよ。
全くの誤解だよ。中国・韓国・イタリアとかが軽症・無症状患者も滅茶苦茶検査した上で全世界の平均致死率3.4％だよ。2月上旬はまだ2％台前半だったけど日に日に増えてるよ。
引用した国立感染症研究所の記事の中にもあるけど、SARSの時も母数が少ない発生当初の致死率は1.6％（5人/305人）しか無かったんだ。そのせいでSARSの時も中国のWHOへの報告もWHOの非常事態宣言も最初の患者発生からかなり遅れたよ。
続きの記事で書いた通り、今回のSARS-Cov-2は感染したらすぐに死ぬわけじゃなくて2～8週間程度の長い間苦しんで亡くなってるから流行終息期に本当の致死率が分かる病気だから怖いんだよ。
「検査して母数が増えさえすれば致死率は減るに決まってる」の理屈だと2月11日から今日までに全世界の感染者数が2倍以上になったのに致死率が半分どころか1.5倍に増えた説明が出来ないよ。
ちなみに中国を除いた全世界の致死率も1月末は1％未満だったのに、累計陽性患者数が12000人を超えた今日現在は1.7％にまで増えているから致死率を引き上げているのは武漢だけじゃなくて医療崩壊は関係無い増え方だよ。
だから効果的なワクチンが出来るまでは何をどう予測しても季節性インフルエンザ程度の致死率（陽性患者の0.1％以下）には残念ながら落ちてくれないよ。
落ちてくれるならどれだけ有り難いことかと思うよ。
2019年の交通事故死亡者数が3215人、2018年のインフルエンザ死亡者数が3325人。
今回はともかく、よりリスクの高いウイルスが出てこないとも限らない。
1つのウイルスならともかく、複数の未知ウイルスが同時発症する、状況を追っている間に進化変形する、人工的に作られて誰かのコントロール化に置かれるなどが想像できる。
コロナの場合では、物流は一部店舗では特定商品がなくなっているが基本問題なく工場も稼働している。
腐るものでなければ、工場をフル回転させて作りすぎた場合は政府が備蓄として買い取るとすれば、シャープのように工場転用もある。
とはいえ、これからより国内工場は少なくなっていくと予想される。
国会内に感染者が入ったらどうなるかについても、コロナの件で危ないことはわかった。
リモートワークを企業に推進しているものの、情報収集対応をする省庁がリモートワークに置き換えるという話は聞かないため、よりリスクが高い場合は心配になる。
リモートワークについても社員全員がリモートに移行したら回線が足りないという事態が起こった。
1企業だけでなく、バックボーンまで耐えられるかについて情報が出ていない。
ウイルス研究所にしても、国立感染症研究所がBSL-4で動きだしたのは、2015年。今回のコロナに間にあってよかったことの一つだ。
元々設備が整っていてもBSL-3レベルで運用していた時代が長い。
つくばにもあるが住民の反対もある。長崎大も作ろうとしている。
緊急事態だからBSL-4に上げるとなっても同意は得られないとして、政府権限の緊急事態条項で対応するそういったことも含まれる。
メディアでは政府は馬鹿っぽく取り上げられてるが、多数の制約があるから馬鹿っぽくならざるを得ないのであり、
合理的な理由付けだけで行動できるようになれば、強権を発動できる。
