  |
はてなキーワード: ゲノムとは
うーん
https://news.yahoo.co.jp/articles/5de82663454a455916a42062eceb0b0db615241f
ひろゆき氏は「男性が京大では無く、別の国立大卒で、既婚者だったことが良くないらしいです。精子提供なら既婚者かどうかは関係ないし、子育てをせずに児童福祉施設に入れちゃってるし、子供をブランド品のように選別する考えは如何かな、、と。あと、遺伝情報に国籍は無いです」と私見を述べた。
遺伝情報に国籍はない、というと一見それらしく聞こえるが、遺伝情報はある程度明確な集団に分かれます。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2561928/figure/fig2/
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2790583/figure/fig1/
韓国人も分かれる（これは北朝鮮のゲノムデータがないからかもしれない）し、
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7385432/figure/F2/
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2561928/figure/fig3/
そしてこれらは、たまたま、ある程度国籍とも大体一致します（ただし一対一ではありませんし、ゲノム研究が国ごとに行われ、一般に周辺部よりも中心にありがちな首都周辺でのサンプリングが多いかもしれないためサンプリングによる分離が見られている面もあるかもしれません）。
が、もちろんそれらは優劣を意味しません。集団に分かれるというだけです。
つまり、遺伝情報によって国籍らしきものが分かれるが、しかしそれは優劣を意味せず、それを理由に精子を選別すると言うことをしてはいけないと言うのが本質だと思います。
原告側は遺伝的差別をすることができなかったと主張しているのであって、そんな権利を認めるべきではないと考えます。
結果としてはひろゆきの言っていることとそう大きくは違いませんが、そもそもそんなものはない、と言う誤ったことを言うよりも、遺伝情報は集団として分かれはするものの、それは優劣を意味するものではなく、それをもとに精子を選別するような優生主義的行動を取るべきではない、と主張するべきです。
三浦瑠麗氏 オミクロン株の市中感染確認に「で、いつ意味のない外国人入国禁止措置をやめるんですか」
国際政治学者の三浦瑠麗氏（41）が23日、自身のツイッターを更新。新型コロナウイルスのオミクロン株の市中感染に言及した。
厚生労働省と大阪府は22日、海外への渡航歴がない大阪府の教員とその家族、計3人が新型コロナウイルスのオミクロン株に感染したのを確認したと発表。国内で市中感染が報告されるのは初めてで、岸田文雄首相は「国として市中感染の事例として受け止め、対策を徹底する」と記者団に述べている。現在は、感染経路を特定し拡大のペースを遅らせるため、新型コロナの新規感染者全員を対象に、オミクロン株感染を確定するウイルスのゲノム（全遺伝情報）解析。また、濃厚接触者にも指定の施設で14日間の待機を要請するなどしている。
三浦氏は「自然感染の広がりがわかりにくいってことは、ほとんど無症状ということですね。オミクロン株が軽症や無症状の人ばかりでよかったですね。ワクチン打ったあとできることは病床確保くらいしかないと思いますけどね」と持論を述べた上で「で、いつ意味のない外国人入国禁止措置をやめるんですか。せっかく海外ゲストを招いて自由にコンサートや演劇やスポーツなどができる国だったのに評判はダダ下がりです。WHOも日本はおかしいと言っていますよ。はやく元に戻しましょう。無症状か軽症で自然感染が広がる日本に極端な措置は合いません」と、外国人の入国制限措置を続ける政府の措置に疑問を呈した。
そろそろこの中国人黙らせろよ
https://www.washingtonpost.com/health/2021/12/04/omicron-coronavirus-transmissible-cold-variant/
オミクロンは風邪のコロナウイルスと遺伝子を共有、より感染力が強い可能性
新しい予備的研究によると、オミクロンの変異体は、ヒトの風邪を引き起こす別のウイルスから遺伝物質を拾った可能性が高いとされている。
マサチューセッツ州ケンブリッジに拠点を置き、生物医学情報の分析を行っているNference社の研究者がオミクロンの塩基配列を調べたところ、風邪を引き起こすウイルスにも存在する遺伝コードの断片が見つかった。この突然変異は、新型コロナウイルスとして知られるSARS-CoV-2と、風邪の原因となるコロナウイルスHCOV-229Eに同時に感染した宿主に発生した可能性があるという。HCoV-229Eとの遺伝子コードの共有は、他の新型コロナウイルスの亜種では検出されていないという。
本研究を共同執筆した生物工学者のVenky Soundarajan氏は、オミクロンとHCOV-229Eの「驚くべき」類似性により、オミクロンは「よりヒトの宿主に慣れて」おり、免疫系の反応を回避できる可能性があると述べている。
「Omicronがこの挿入を採用したということは、本質的に季節性コロナウイルスのページを参考にしているということであり、人間といかに効率的に生活し、感染するかを説明している」と述べている。
研究者たちは、COVID19の原因であるSARS-CoV-2が、他のコロナウイルスに罹患している患者にも感染する可能性があることを立証した。Soundararajan氏によると、肺や消化器系の細胞が2種類のウイルスを宿す可能性があり、遺伝物質の交換が行われる可能性があるという。
米国疾病予防管理センターによると、医療専門家は、患者がコビドと他の呼吸器系の病気を同時に患う頻度を調査しているという。
オミクロンについてはまだ不明な点が多いが、医療専門家は、デルタなどの変異型よりもはるかに感染力が強いのではないかと心配している。南アフリカでは、国立感染症研究所が水曜日に発表したところによると、11月にはオミクロンが他のウイルスの亜種を追い抜き、先月配列が決定されたゲノムの74％を占めたという。
同国ではこれまでデルタが主流だったが、ここ4日間で1日の感染者数が約4倍になっている。米国の感染症専門家であるアンソニー・S・ファウチ氏は、金曜日のブルームバーグTVで、南アフリカの感染者数の急激な増加の後に、それに匹敵するような入院者数の増加がまだ見られないことについて、「慰めにはなるが決定的ではない」と述べ、タイムラグがある可能性があると付け加えた。
Nferenceの研究者たちは、昨年、新型コロナウイルスの塩基配列を決定し、その遺伝情報の一部が人体の塩分や水分のバランスを調整するタンパク質を「模倣」していることを発見した。この発見は、ウイルスの感染に対抗する薬の設計に役立つものだった。
Soundararajan氏は、ウイルスが進化して感染力が高まると、一般的に重篤な症状を引き起こす可能性の高い形質が「失われる」と述べている。しかし、決定的な判断を下すためには、さらに多くのデータとオミクロンの分析が必要であるとし、さらに、世界的にワクチンが不均等に配布されていることが、コロナウイルスのさらなる変異につながる可能性があると述べた。
アメリカでは「絶対に......地域的な広がりがある」とファウチ氏が金曜日に警告したのに対し、バイデン大統領は、アメリカはコロナウイルスの広がりを止めるための世界的な努力、特に新しい変異体の出現を支援しなければならないと述べ、「国内でCOVID19を打ち負かすために」と語った。
「何が起こったかを見てください。我々は真の意味で前進し始めているのに、別の型があることがわかったんだ」とバイデンは付け加え、彼の政権は必要としている人々のために何百万ものワクチンを世界中に発送したと述べた。
これはある程度同意します。比較言語学で遡るのが可能なのはせいぜい数千年のスパンに過ぎず、それを過ぎると言語の変化が大きすぎて文献が残っていない限り系統の推定は困難になる。したがって日琉祖語がどこから来たのかという問題に完全な決着をつけるのは難しい。
だから、わからんならわからんでブラックボックスにしときゃいいんじゃねって思うんですよね。無理に「トランスユーラシア語族」とかでっち上げずとも、遺伝的な系統がわかればそれで十分じゃんって思うんですが。繰り返すように、血縁と言語の系統関係が一致するとは限らないわけで。そして後者は今のところ文系的な方法論でしか探索できない。
テュルク語族を見ればわかりますよね。トルコ人は中東っぽい彫りの深い顔立ちで、クルグズ人は日本人そっくりの平たい顔族ですけど、言語としてはトルコ語とアラビア語、クルグズ語と日本語より、トルコ語とクルグズ語の方が近い。それはゲノムではわからんから言語学の手法で解き明かすほかないわけですよ。
https://anond.hatelabo.jp/20211111231157 で紹介した文章ですが、以下のように国内の言語学者たちもゲノム研究を軸に研究を進めているのが現状だと思います。
うーん、「軸に」ではないと思いますよ。あくまで言語学というベースがあって、それでも説明できないところをゲノムでどう説明できるか、みたいなことを喋ってるんじゃないでしょうか。この座談会は全体として伝統的な言語学研究の話をメインに据えた上でちょこっとゲノムにも触れた、みたいな感じに読めました。
たとえばそこで言及されてる伊藤英人氏の研究は、元増田でも「蛇足だけど」の項で引用しましたけど、基本的にオーソドックスな文献学的研究ですし、木部暢子氏の研究も伝統的な方言研究ですよね（彼女が取りまとめた報告書はけっこうウェブに上がってます）。「国内の言語学者たちもゲノム研究を軸に研究を進めている」というのは言い過ぎでしょう。
ゲノムよりも重要なのは、個人的には、きちんと「日琉語族」内部の系統推定をすることですわ。きちんとした比較言語学の手法に基づく従来の方言分類の見直しが急務でしょう。琉球語群内部の系統についてはローレンス氏が沖縄語や与那国語、八重山語、喜界語といった諸言語の系統的位置についていくつも論文を書いていて（どれも日本語です。うち2本は元増田の参考文献に挙げました）、従来言われてきた系統樹を再確認したり修正したりしてますし、もっと大きいやつだと五十嵐氏による日琉語族の分類の見直しとか、そういった成果が出てきています。
これすごい重要で、琉球語が本土日本語の姉妹群なのか（五十嵐氏がいうように）九州語の内系統なのかで話が違ってきますからね。たとえば、Aという語が長崎と宮古島でみられ、東日本ではまったくみられず、大陸などからの借用語ではないとした場合、仮に琉球語が日本語の姉妹群なら「Aという語は日琉祖語に遡る祖型である」といえるんですが、琉球語が九州語の内系統なら「Aという語は九州語を特徴づける改新である」ということになるので、祖語の再構にものすごい影響するんですよ。だから本土の言葉と琉球の言葉を比較しようとしたらまず系統をきちんと推定した上ででなければ危ういと思うんですがそのへんの危機感があまり感じられないような……（まあ、これは門外漢による感想に過ぎませんが）
"Origins of the Japanese Language(2013)"
“From Koguryo to Tamna: Slowly riding to the South with speakers of Proto-Korean(2013)”
ヴォヴィン氏はアメリカ人ではなくロシア人ですが（それとももう帰化してるんでしたっけ？）、それはさておき、この2本は元増田でも（「蛇足だけど」の項で）言及してあるはずですが……？ 既に言及済みの文献を改めてご提示いただくのは少々困惑します。
でもって、「高句麗から耽羅へ」ってそういう論文でしたっけ？ 改めて読み返してみましたけど、日琉語が朝鮮半島の原住民の言語であり、朝鮮語は内陸アジアから南下して朝鮮半島に入り、日琉語を駆逐した、ということを主張している論文であって、日本語の原郷については触れてないように思うんですが……「日本語の諸起源」も遼河流域について触れてなくないです？ むしろ、元増田で引用したようにアルタイ説を強烈にdisってるような。
っていうか、元増田への追記で書きましたけど、ヴォヴィン氏は最新の論文でオーストロアジア語族が起源である可能性を論じているわけで（以前からオーストロアジア語族への目配せはありましたよね）、遼河流域仮説を支持するなら一番持ち出しちゃいけない人物だと思うんですが……
他の論文や本はまだ読めてないんでノーコメントということで。色々教えてくださってありがとうございます。
niwaradi 門外から議論を眺めたが対象のスケールが違うのでは。素粒子実験物理の人が、基礎理論物理の人に観測もされてない粒子いっぱい持ち出して胡散臭いと言う話のように思えた。実験第一だが限界もある。
理論上の粒子はヒッグス粒子のようにいずれ実験によって観測できる可能性はありますが、「血統」をどれだけ使っても「言語系統」を観測することはできません。なぜなら「血統」と「言語系統」とは別だからです。……これってそんなに難しい話です？
アメリカに移住して百年過ぎた英語ネイティヴの日系人は血統的には日本人ですが言語系統としてはゲルマン系ですよね？ ここで日系人の血統をいくら研究してもゲルマン語の原郷にはたどり着かないことは明らかですよね？ つまり、「血統がわかれば言語系統もわかったことになる」というのは端的に論理が間違っているんですよ。
劣っているのにこの世に生まれてきたって不幸なだけだろ。
綺麗事抜かすなよ。
前に有名ミュージシャンが「優れた遺伝子を持っている人は国家が配偶者を見つけるべき」ってSNSで発言して炎上したり、自称メンタリストが「ホームレスの命はどうでもいい」ってYouTubeで発言して炎上したけど何が問題なんだ。
みんなこっそり思ってることだろ。
東大生に裕福な奴が多いことに文句言うやつがいるか？キモくて金のないおっさんが後ろ指さされることに文句言うやつがいるか？
みんな当然だと思ってんじゃん。
じゃあ不幸な奴を一人でも減らして優れた奴を沢山作った方が国のためだろ。
VOC＝懸念される変異株（アルファ株、ベータ株、ガンマ株、デルタ株）
VOI＝注目すべき変異株
発生の動向を注視する変異株←ラムダ株はここに位置付けられていた
7月20日 羽田空港へ到着した30代女性から国内で初めて検出
7月25日 遅くともこの日までに、国立感染症研究所が解析でラムダ株と同定
7月26日 国立感染症研究所は国際的なウイルスゲノムデータベースであるGISAIDのシステムに速やかに変異株の配列を登録
7月31日 現在、日本ではまだラムダ型変異ウイルスは見つかっていません（忽那賢志・大阪大学医学部感染制御学）
8月 6日 米DB紙の繰り返しの問合せの末、厚生労働省が回答し公表
8月13日 この女性は五輪関係者だと明らかになった（共同通信）
政府・与党関係者は、問い合わせがなかったから公表しなかっただけだと供述している。
感染症対策の研究者にも情報共有されていなかったことまで、これで説明がつくだろうか。
また仮に供述どおりだとして、国民に感染防止策の重要性をアナウンスして意識づける気があると言えるか。
やはり疑問である。
https://dot.asahi.com/dot/2021081300059.html
https://news.yahoo.co.jp/byline/kutsunasatoshi/20210801-00249724
NewsWeek日本版によると、インドで新型コロナウイルスの新たな変異株「デルタプラス」が「懸念される変異株」に指定されたそうだ。
https://www.newsweekjapan.jp/stories/world/2021/06/post-96559.php
かつてインド株と呼称されていた変異株がデルタ株であることは把握している方も多いであろうが、デルタプラス株とは何かNewsWeekの記事では説明されていない。
調べてみると、インドで2番目に発行部数が多いという地元英字新聞のザ・ヒンドゥーには既に3日前にデルタプラス株の解説記事が出ていたようだ。
ザ・ヒンドゥーによれば、デルタプラスはAY.1またはB.1.617.2.1と呼ばれていたもので、デルタ株(B.1.617.2)の変異株だそうで、これまでに143のゲノムがAY.1としてラベル付けされ、インド以外にもネパール、ポルトガル、スイス、ポーランド、日本、ロシア、トルコ、イギリス、フランス、アメリカ、カナダからも報告されているそうだ。
つまりネーミングから察せられた通り、デルタプラス株はデルタ株の変種であり、既に日本を含む多くの国で確認されていることになる。
(ここまで普通の内容)今後の状況推移が気がかりであるが、既存事例を参考に占ってみよう。(以降、大喜利)
●事例1「ラブプラス」
「ラブプラス」は恋愛ゲームとして異例の20万本を超えるヒット作となり、その後各種シリーズが製作された。
最新作となる「ラブプラス EVERY」は当初は2017年冬の配信を予定していたがクオリティアップを理由に遅延を重ね、2019年10月31日に配信開始された直後、不具合により一か月以上のサービス停止が発生したようだ。そして、配信開始から1年も持たずに、2020年8月5日にサービス終了となった。
この事例に則れば、デルタプラスも20万以上の患者数が発生する可能性がある一方で、1年以内に収束する希望が持てると言えるかもしれない。
●事例2「C++」
C言語の発展形としてオブジェクト指向が導入されたプログラム言語である。
ベースとなったC言語そのものも含め、多くの場面で現在も利用されている。さらにC#のような発展形も存在する一方で、JavaやPythonなども広く利用されており、開発言語として支配的な立場を維持し続けているわけではない。
この事例に則れば、デルタ株もデルタプラス株も長期にわたって相当数の患者を生むことになるだろう。加えて、デルタシャープのようなさらなる変種が一定の猛威を振るうリスクにも備える必要があるだろう。
●事例3「ラプラス」
多くの理系学問の基礎理論を支えるラプラス変換やラプラス方程式の人気はいまいちであるが、ラプラスの悪魔はシュレディンガーの猫と並び中二病患者に人気である。
このような背景を踏まえると、理系出身者は一定程度の抵抗力を有する可能性、または逆に親和性が高い可能性のいずれも否定できない。中二病患者が罹患した場合の重症化リスクも不明である。
これは元々mRNAワクチンの懸念事項として挙げられていた話だったが、最近コロナのRNAの断片が感染者のDNAに逆転写されていることがわかって、再度盛り上がりを見せているようだ。
コロナの遺伝子配列はゲノム中からも見つかるし、HIV1やLINEエレメントの逆転写酵素で逆転写されゲノムに組み込まれるし、LINE1はコロナに感染されると発現誘導される
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.12.12.422516v1
↑の噛み砕いた解説
しかし、この懸念はワクチンの構想段階からわかることだし、実際に逆転写されるかどうかは被験者のDNAを確認してみればわかるだろうし、治験の試験項目になっていないのだろうかと素人ながらに思うのだが、どうもそのような試験が行われたという話が見つからない。
やってないんだろうか。
「研究所流出説」を甦らせた素人ネット調査団、新型コロナの始祖ウイルスを「発見」！｜ニューズウィーク日本版 オフィシャルサイト
武漢研究所は長年、危険なコロナウイルスの機能獲得実験を行っていた｜ニューズウィーク日本版 オフィシャルサイト
ニューズウィークが新型コロナウィルス(SARS-CoV-2)の武漢ウィルス研究所(WIV)起源説をぶち上げているがひどくお粗末だ。
なぜお粗末かと言うと、ほぼデバンク済みの『コロナウィルス人工説』である上にその中でも完全に粉砕されている『RaTG13起源説』を提唱しているからである。
RaTG13は新型コロナウィルス(SARS-CoV-2)と最も近縁だが、これをいじってSARS-CoV-2を作ったという主張は既に反証済みなのだ。
詳しく説明しよう。
SARS-CoV-2とRaTG13のゲノムの相同性は約96%。しかしそれでは遠すぎる。
SARS-CoV-2の最も近い親類は、武漢ウイルス学研究所に保管されていたRaTG13という名前のコウモリウイルスです。このウイルスがSARS-CoV-2の起源であるという根拠のない憶測がいくつかあります。
ただし、
(i) RaTG13はCOVID-19が最初に発生した武漢(湖北省)とは別の省(雲南省)からサンプリングされました。
(ii) SARS-CoV-2とRaTG13の間のゲノム配列の相違のレベルは、平均50年(少なくとも20年)の進化的距離に相当します。
実際、Boni et al. (2020)の推定ではSARS-CoV-2とRaTG13が共通祖先から分岐したのは約39～71年前であった。さらに言えばSARS-CoV-2とRaTG13は祖先と子孫ではなく同じ祖先をもつ兄弟である。
研究室でRaTG13を培養して進化させてもSARS-CoV-2にはならないし、仮になり得るとしてもそれにはうん十年かかる。
WIVがRaTG13を見つける前、何なら研究所設立前から培養してなきゃいけないねえ。
Gain-of-Function research (GOF，機能獲得研究)には培養だけでなくゲノムを切り貼りしたキメラウィルスを作製する方法がある。これだ！
ゲノムを組み替えてキメラウィルスを作った場合、組み替えた部分だけ違っていて他のゲノム領域はほぼ同一になる。仮に組み換え後に培養を経ても変異の分布に痕跡が残る。
しかし、RaTG13とSARS-CoV-2の相違(変異)はゲノム全域にわたりほぼ均等に分布している(Zhou et al., 2020)。これはRaTG13のゲノムを組み替えてSARS-CoV-2を作ったとする主張の決定的な反証である。
これはRaTG13に限った話じゃないが、SARS-CoV-2は近縁のコロナウィルス(CoV)が持っていない特徴をいくつも持っている。
やつのスパイクたんぱくのRBD配列は2019年時点では他に類似の配列を持つものがいなかったし、フューリン多塩基切断部位とO-結合型グリカンも近縁のCoVでは見られなかった。
仮にSARS-CoV-2を研究室で作製するなら、これらの当時未知だった特徴をどうやって組み込んだのか説明できない。
意図的に組み込んだのではなく、培養中に進化して偶然できたと答えようにも、2020年に野生動物(センザンコウ)から発見されたCoVのもつRBD配列はSARS-CoV-2とほぼ同じだったという事実が立ちふさがる。
研究室の選択圧のもと進化した配列が、自然環境下で進化してできたそれと偶然一致するのはまずあり得ない。
あり得たとしても、『自然環境にはSARS-CoV-2に類似した特徴を持つ未知のCoVが色々いる』可能性の方がはるかに高い。
以上から、RaTG13に限らず当時の地球においてSARS-CoV-2を人工的に生み出すためのバックボーンウィルスを人類は持っておらず、このウィルスは自然環境下で進化したものだと考えるのが妥当である(Andersen et al., 2020)、と言うわけだ。
『RaTG13起源説』は科学的に完膚なきまでに粉砕されている陰謀論である。
“証拠がない”ではなく“否定する証拠がある”レベルの仮説である。WIV起源説に好意的な研究者ですら肯定していない。
ニューズウィークの記事の前編のタイトルは『「研究所流出説」を甦らせた素人ネット調査団、新型コロナの始祖ウイルスを「発見」！』であるが、『RaTG13はSARS-CoV-2の始祖ウィルスではない』という科学的事実の前には滑稽と言うしかない。
“「研究所流出説」を甦らせた”と言うのも嘘で、最近のWIVへの追及は『研究所経由説』とでも呼ぶべき新しい(本当は古いけど陰謀論に隠れて無視されてた)説による。
ニューズウィークの記事の前編も後編も、あれが怪しいこれが怪しいと疑惑をてんこ盛りにしていたが、その怪しさを全部『RaTG13起源説』に紐づけしたせいで、台無し。
過激な陰謀論がピックアップされてしまえば、類似のしかし陰謀論とはとても言えない“あり得る仮説”でさえ、十把一絡げに陰謀論扱いされてしまうという危機感を持ってほしい。
『RaTG13起源説』みたいな糞陰謀論で『研究所経由説』をつぶそうとするのはやめてくれ。
Andersen et al. (2020)やLiu et al. (2020)、Hakim (2021)など、SARS-CoV-2を研究室内で作り出すのは合理的に考えれば不可能であることがわかり、初期の雑い陰謀論(含『RaTG13起源説』)はだいたい駆逐された。
そのおかげで『ウィルスは自然起源だが拡散にはWIVが関わっているかもしれない』という元々あった穏当な仮説が台頭してきた。
SARS-CoV-2は野生動物に起源をもつが、WIVの研究員がそれを武漢に持って来たかもしれないと言う説です。厳密に言えば研究所起源の説ではありません。
最近の、WIVを追求する流れは主にこの説が念頭に置かれています。
SARS-CoV-2の起源に関する現在の最有力な仮説は以下ですが、
宿主(起源)：祖先ウィルスの宿主。人との接触が少ない野生動物。コウモリが有力。
↓
中間宿主：人との接触が頻繁な動物。ウィルスを媒介するほか、感染中にウィルスが進化する場合も。SARSの時はハクビシン(有力)、MERSの時はラクダ(確信)、COVID-19では……？
↓
ヒト集団
中間宿主のポジションあるいは中間宿主とヒト集団の間のポジションに“研究員/研究所”を置いたのが研究所経由説です。
『ウィルス探してフィールドワーク。コウモリひしめく洞窟で、SARS-CoV-2に感染して武漢に帰ってきました』と言うわけです。亜種として『サンプルをラボに持ち込んでから流出しちゃった』バージョンもありますが大意は変わりません。
この説の利点は『まったく無理がない』ことです。ウィルス学的なエビデンスと競合することもなければ未知のウィルスをでっちあげる必要もない。
ウィルスに感染しているかもしれない動物やウィルスを含んでいるかもしれないサンプルを採取する立場の人が、その途上でウィルスに感染したかもしれないと言うのは非常に合理的な考えです。
もちろん、食卓に並ぶべく中国各地で採集された野生動物たちによって武漢の生鮮市場にウィルスが持ち込まれた可能性も当然あります。
あるいはミンクなどの家畜の群れでウィルスがサーキュレートしていたかもしれません。
たまたま山歩きをしていた市民がコウモリとバッティング(激うまギャグ)して感染した可能性もあるでしょう。
重要なのは、これが“あり得る仮説”であり、検証が可能であることです。
そう、検証が可能なのです。中国側が研究所職員・学生の血液サンプルや、武漢の血液銀行のサンプル(19年12月より古いやつ)を提供してくれれば、非常に多くのことがわかるはずです。
WIVの職員が皆陰性であれば、選択肢が一つ消え、他の仮説がより確からしくなります。
陽性であれば、その陽性者の行動を追跡することでわかることが多々あります。野外採集には行かず生鮮市場を訪れていれば、感染源は市場かも知れません。野外採集に行っていれば、その行先に祖先ウィルスがいるかもしれません。
あるいはWIVとは関係なく12月よりずっと前からCOVID-19が蔓延していたことが明るみに出るかもしれません。
WHOは19年12月よりずっと前に武漢でCOVID-19のような症状を出した人を見つけました。それも90人以上。
アメリカはWIVの職員3人が11月にCOVID-19のような症状で入院したのを明らかにしました。バイデン大統領は継続調査を求めました。
今、中国やWIVに対しての批判とはつまり、検証への非協力への非難であるともいえましょう。
何故データを出さないのか？出しさえすれば否定できる仮説に対して、何故データを出さずに否定しようとするのか？何を隠しているんだ？HEY！！
『研究所経由説を選択肢から外しはしない』という各国の研究者やWHOの声明は、ほっかむりは許さんぞという宣言なのです。
野生動物起源一本やり(WIVの関与は無視)にすると、どうしたって武漢の血液データへの追及は弱まりますからね。
親愛なるブックマーカー諸氏におきましては、同じラベルでも中身は違いますので糞(『RaTG13起源説』等)も味噌も一緒くたにしてしまわないようお願いいたします。
"SARS-CoV-2研究所起源説"が盛り上がっているけれど、詳しい人は少なさそうなので説明しよう！
SARS-CoV-2: COVID-19の原因ウィルス。COVID-19は病気の名前で、SARS-CoV-2はウィルスの名前である。SARSの原因ウィルスであるSARS-CoVと一応は近縁なので-2がついた。
RaTG13: コウモリ由来のコロナウィルス。2013年の中国雲南のサンプルから発見された。ゲノムベースではSARS-CoV-2に発見当時もっとも近縁で、96%以上が相同であるとされる。後に日本、タイ、カンボジアのコウモリ試料からも類似のウィルスが検出されている。
ACE2受容体: 動物側の細胞膜上の受容体の一つ。SARS-CoV-2などのコロナウィルスの感染では、ここにウィルス側の受容体結合ドメイン(receptor-binding domain, RBD)が結合することで、細胞内に侵入(融合)できるようになる。ACE2受容体(に限らないが)の構造は宿主動物の種によって違うため、ウィルスのRBDの構造によって宿主への感染し易さが違う。
SARS-CoV-2は人工的に合成されたという説がある。生物兵器説と呼ばれることも。
これはSARS-CoV-2がユニーク過ぎて、ゲノムを切り貼りして作成するのがまず無理ということで否定された。新規ウィルス作成にはコピペが必須だがそのコピペ元が無いというわけだ。
主な根拠はACE2受容体のRBDの構造。2019年時点でSARS-CoV-2のRBD配列は他の既知のウィルスとは全く異なり、仮にコンピュータで構造解析してゼロから生み出そうにも計算上"理想的ではない"ため難しい。
その上、2020年に初めて発見されたセンザンコウ由来のコロナウィルスのRBD配列がSARS-CoV-2と共通していた。
人工合成したと仮定するなら、既知のウィルスを参考にしたわけでもなければ構造解析の結果から導いたわけでもないSARS-CoV-2のRBD配列が、ウィルス合成時点で世界中の誰一人その存在を知らない野生ウィルスのそれと一致するという、あり得ないレベルの偶然を想定しなければならない。
それ以外にも、SARS-CoV-2はフーリン多塩基切断部位とO-結合型グリカンを持つが、当時既知だった近縁のコロナウィルスにそれは無かった。一方で2020年に見つかったコロナウィルスRmYN02とSARS-CoV-2はフーリン多塩基切断部位を持っている。合成時にコピペ元が無いのに何故かフーリン多塩基切断部位を組み込んで、実は偶然にもウィルス合成時点で世界中の誰一人その存在を知らない野生ウィルスがそれを持っていましたと考えるのはちょっとね。
故にこの説は否定され、今では頭にアルミホイル被ってる人くらいしか取り沙汰していない。
人工的に作ったんじゃなくて「野生のコロナウィルスを培養・研究してたらSARS-CoV-2ができちゃった。そいで漏れちゃった」or「野生のSARS-CoV-2をこっそり研究してたら漏れちゃった」という説。
「証拠は無いけどなんか怪しいにゃー」くらいの立ち位置。対抗馬(野生動物起源説)が強すぎるけど、一蹴するのは時期尚早、的な？
① 武漢ウィルス研究所はコロナウィルスの研究が盛んで、コウモリのSARS様コロナウィルスを切り貼りしてキメラウィルスを作ったり、新たな機能を獲得させるような研究を行うなどしていた。
② SARS-CoV-2に近縁なRaTG13というコロナウィルスを発見したのはこの研究所。
③ 2019年12月に研究所の研究室(武漢CDCラボ)の移転があり、その際に漏洩があり得たのではという疑惑。
④ 2019年11月に職員3名がCOVID-19感染症ともとれる症状で入院。 ←New!
① 前駆ウィルスの不在：SARS-CoV-2はユニーク過ぎて、既知の近縁種を培養しても得られない。また最初から研究所がSARS-CoV-2そのものを秘匿していたと主張する場合、水掛け論にしかならない。
② 培養の困難性：SARS-CoV-2は培養細胞での培養では失われるはずの構造を持っており、マウスにも感染しにくいため実験動物による継代も困難。
③ 普通に感染した説：3人の職員の感染だが、WHOの調査では10・11月に92人コロナ様症状の患者が武漢で確認されてるので、この3人も同じように感染してたのではないか。
ウィルスを培養して研究しようにも、故意にしろ事故にしろそれを流出させるにも、元となる"モノ"が必要。
候補として人気なのはRaTG13だ。武漢ウィルス研究所は以前からコウモリコロナウィルスの研究をしてきたからだ。RaTG13を発見したのも研究所のメンバーである。
しかし、最近縁と言っても96%程度の類似度。分岐年代を計算した研究があるが、RaTG13とSARS-CoV-2は40～70年前に共通祖先から分岐したと推測されている。
この2つは既に分岐した別種で、チンパンジーが進化してホモサピエンスにならないように、RaTG13を培養してもSARS-CoV-2にはならない。
他には？SARS-CoVだろうか。猛威を振るったSARSの病原体なのでよく研究されており、中国では流出事件が起きたこともある。しかし遠縁過ぎる。これを培養したら進化してSARS-CoV-2になったというのはRaTG13以上にあり得ない。ミュウが進化してミュウツーにはならない。
「培養したら殺人ウィルスできちゃった♥」というストーリーでなければどうだろう。
最初から「SARS-CoV-2に極めて近縁な未知のウィルスかSARS-CoV-2そのもの」を研究所が秘匿して研究していたと主張するのは？
ラボでのウィルス培養は多くの場合、培養細胞を用いて行われる。
SARS-CoV-2の持つO-結合型グリカンは宿主の免疫機構への防衛機能であると知られているが、培養細胞に免疫機構は無いため、培養細胞でSARS-CoV-2を長期培養すればO-結合型グリカンは失われる。
故にSARS-CoV-2は培養細胞を用いた培養を経たウィルスではないことが示唆される。
必然、ラボで培養されていたという説に固執するなら、それは実験動物を用いた継代ということになるが、ウィルス培養・維持目的で実験動物への接種と継代が行われることはまずない。
ウィルスを保存しておきたいのに、宿主の免疫でダメになるかもしれない危険を犯すわけがない(さらに動物から取り出すときはウィルス単離の手間もかかる)。研究するうえでも不便だ。
ウィルスを動物に接種する場合はその病原性を見るためだったり、長期感染時の進化を見るためだったりするが、その場合も元のウィルス株は培養細胞などで維持する。
よしんば動物を用いたin vivoの培養を是としても、SARS-CoV-2はマウスへの感染力が低いため、他の感受性の高い動物――豚、猫、コウモリ、ヒト、センザンコウ等――を使わねばならない。
培養細胞もマウスも使わずに豚や猫やコウモリなんかを飼育してウィルス培養する理由を合理的に正当化する方法はない。
ちなみにこのSARS-CoV-2が感染しやすい動物はいずれも中国の生鮮市場に食材として並ぶものである(ヒト除く)。
COVID-19感染症の拡大が大本営発表の2019年12月より前だったというのは信憑性の高い仮説である。
WHOの3月のレポートでは、2019年10・11月の武漢でCOVID-19様の症状を呈した人が92人いたことが確認されている。臨床的にはCOVID-19ではなかったと主張されているが、WHOは生データを提供されなかったため、詳細データと患者の血清等の試料を要求している。ついでに12月以前の武漢血液バンクの試料の提供も要求している。中国側に要求は呑ませたが結局まだ提出されてはいないらしい。12月以降の試料は出してくれるのにおかしいねえ。
また中国外、例えばアメリカでは12月初旬の血液サンプルからSARS-CoV-2が検出されており、中国の発表した感染の時系列と比較しても早すぎる。フランスでは血清の抗体調査で11月に採取した試料でもSARS-CoV-2陽性が確認された。
他にも11月23日に中国ツアーをしたギタリストAndy Gillが帰国後COVID-19様の症状を呈し亡くなっている。
故に11月にCOVID-19に武漢在住の人が感染しても別におかしいことではない。中国の発表を信頼しない限りにおいては。
本当にCOVID-19の武漢での最初の発生が12月8日なら、11月の職員の感染は怪しいが、中国が嘘言ってるなら別に不思議ではない。
まあCOVID-19じゃなくて他の感染症の可能性もある(中国はそう言ってる)けどね。
現状、研究所漏洩説を肯定するなら下記のごときストーリーになる。
武漢ウィルス研究所はどこからか「SARS-CoV-2に極めて近縁な未知のコロナウィルスかSARS-CoV-2そのもの」を手に入れ、それを秘匿したまま飼育している豚か猫かコウモリかセンザンコウにウィルスを接種して感染させて維持し、それが研究所から何らかの形で漏洩して市井の人や動物に感染してパンデミックを引き起こした。
このストーリーは超えるべきハードル(エビデンスと言ってもいい)が多く、有力な仮説とは到底言えない。
仮説の直接的な証拠が皆無で核となる主張がSARS-CoV-2の特性により間接的に否定されていることも大きい。
言ってしまえば「怪しさ特化」の仮説であり、中国の信頼性の無さに依って立つ仮説と言える。
一部の科学者やWHOが認識している通り「可能性は低いが、証拠の欠如は欠如の証拠ではないので、引き続き調査が必要」という考え方が科学的には妥当である。
https://academic.oup.com/cid/advance-article/doi/10.1093/cid/ciaa1785/6012472
https://link.springer.com/article/10.1007/s10654-020-00716-2
またか。どうでもいい話だ。まあ、どうでもいいので、顕性と潜性になってもいいと思うよ。
https://b.hatena.ne.jp/entry/s/togetter.com/li/1700955
みなさんが生活上どういう場面で優性と劣性という言葉に出会うのかわからないが、仕事上日常的にこれらの用語を用いている職業がある。遺伝専門医と遺伝カウンセラーである。これらの専門家の職能集団からなる学会が、「日本人類遺伝学会」。「日本遺伝学会」ではない。わかりにくいな〜と思われると思うが、これは欧米にある同様の名前の学会の日本語訳だから（つまり優性or顕性と同じ問題だ）。
日本人類遺伝学会は、The Japan Society of Human Genetics
日本遺伝学会は、The Genetics Society of Japan
英語にしてみるとなおのこと、「顕性と潜性」に勝るとも劣らないどうでもいい違いだが、しかし所属している人間は丸々違うのである。
日本遺伝学会は静岡の三島の国立遺伝研が率いる学会であり、進化とか集団遺伝とか縄文人とか、そういったことをやっている（と思う）。生物学とか数学とか（遺伝学は割と数学が幅を効かせる学問）。世界的な遺伝学者であった故木村資生先生はこっち。一方日本人類遺伝学会は国内の遺伝病患者を診ているような医療機関（ほぼ大学病院）が持ち回りで運営している。病気寄りで、医者が中心。国際ヒトゲノム計画のときも、日本代表は日本人類遺伝学会の榊先生だった。別に取り合いになったわけではなく、国立遺伝研は「そんな労働みたいなくだらないことに研究者を参加させるわけにはいかない」とかいうわけで参加を拒否したらしい。一方、日本人類遺伝学会会員は比較的、労働的な研究を好むような気がする。次世代シーケンサーとか。
さてここで優性/劣性を、顕性/潜性と変えようとしているのが日本遺伝学会である。
日本人類遺伝学会はそうでもない。なんだかやる気のない声明文を出している。
興味深いのは、ヒトを、遺伝性疾患を診ている日本人類遺伝学会は大して興味がなく、サルとか縄文人の日本遺伝学会が必死に優性/劣性を変えようとしている、という構図である。
実務的に見ると、常染色体劣性遺伝性疾患の患者さんが、「劣性」という言葉に強いコンプレックスとか別に感じていないように思われる。
なんなら、常染色体優性遺伝性疾患の患者さんが自分は優れているだなんて鼻にかけるなど微塵もあり得るはずがない。
そうである。単純な話、常染色体劣性だろうが、常染色体優性だろうが、伴性劣性だろうが、辛いものは辛いのが遺伝病である。言葉遊びはどうでも良い。
優性だから優生思想で優遇されそうもないことは、ちょっと遺伝カウンセリングを受ければすぐわかる。
そう、優性疾患の原因バリアントは、劣性疾患よりも強い選択淘汰を受け、集団頻度が低いのである。ほとんど全ての人間が、劣性バリアントをヘテロ接合体の形でたまたま持っているが、優性バリアントをたまたま持っている非遺伝子疾患の人というのは定義上いない（浸透率の問題はあるが）。
そしてまた、優性だろうが劣性だろうが遺伝性疾患には耐え難い精神的辛さがつきまとう。なぜならそれは遺伝する病気だから。親が自分を責めずして誰を責めることができよう。そんな親に、自分を責める必要はないと伝えるのが遺伝カウンセラーや遺伝専門医の仕事である。優性とか劣性とかどーでもええわ！遺伝病そのものが差別の対象であり、取り組むべきはスティグマとしての遺伝病という見方の改善である。優性・劣性にこだわるのは実務を知らない人間たちである。私たちには他に、もっと先に、もっと多大な時間をかけて解決しなければならない問題がある。
もちろん、世の中というのは実務者というブルーワーカーとは関係なく変わっていくので、いずれみんな特に迷いもなく顕性と潜性に変わっていくだろう。精神分裂病を統合失調症と言い換える、至極どーでもいい言葉遊びがきちんと定着したのと同じように。
統合失調症になって何か変わりましたか？誰かが救われましたか？
まあどっちでもいいっすよね。
そんなことよりも実務家は、本当に深刻なことを防ぐために努力しなければならない。
うつ病になりやすい遺伝的因子を持っていたら、就業時に差別される・・・そんなことを許してはいけない。そんな社会にならないように、今すぐ動かねばいけないんです！私たちは実務家で、馬鹿だから、優性とか劣性とかいう言葉で誰が不幸になるのかよく知らない。しかし、遺伝情報差別禁止法がないために不幸になる人間は、今後きっと現れる。一刻も早く手を打つべきなんです。
くだらない言葉遊びはやめよう。本質的な意味で、今のゲノム研究の進歩は危険だ。現代のゲノム研究の進歩に基づき、社会倫理的にまずやらねばならないことは、遺伝情報差別禁止法だ。優性か劣性かの言葉遊びなんかじゃない。みんな目覚めてほしい。
現状を整理する。
院進学時に大きく分野を変えて今の研究室に進学し、3年目の終わり。
博士課程後期にも差し掛かると、研究計画から論文化まで全て自分でできるものとして放任の指導がなされる。
自分の勉強不足および実力不足で修士から今に至るまで殆ど業績はない。
半ば信じられないだろうが、D1の現在で業績は国内の学会での発表1件のみ。
それも、去年学会が中止になったので要旨を出しただけの幻の発表だ。
学会発表の要旨に研究が間に合ったためしがなく、期限を過ぎてから指導教員に発表しないとだめだよと指導される。
そんなことわかっているが、正しい研究の進め方が会得できていないので、結局翌年も同じことの繰り返しになってしまう。
修士の頃から院生なのだから自分で研究できるよねと言われ続け、研究の正しい進め方などがよく理解できていないまま現在に至る。
院生なのだから当然放任指導で、研究の進め方を乞うても一からできるようになることが醍醐味だと諭されて結局何も得られていない。
指導教員に手取り足取り指導されても学位取得後どうするのだという話になるので、厳しいがこれは合理的だ。
発達障害で時間の管理が苦手で、絶望的にスケジュール調整ができない。
準備に2週間かかる実験で、結果が出るまでに少なくとも1か月はかかるので、1回の失敗が重くもう6回失敗した。
半年もデータが出ない時点で危惧して指導教員に相談したが、実りのある議論はできなかった。
何か足がかりになるデータがあるわけでもなく、このままだと3年で出られるどころか、5年かかっても出られるとは思い難い。
片親で経済状況が悪く、3年で出られないと博士後期課程を継続することは困難。
親は大丈夫というが、利子すら返せない借金がもう400万円にも膨れ上がっているのに全くもって大丈夫ではない。
最近、学振に出すためだけに業績を積もうとして指導教員と揉めた。
20万円もらえる治験に参加し、文字通り売血してまで治験協力費からゲノム解読の費用を捻出し、研究発表しようとしたからだ。
指導教員の意見としては、業績が少なすぎて通るわけないし、君は学振に出すために研究をしているわけではないということだ。
それはわかるが、昨年同じような状況でDC2の申請を蹴ったら蹴ったで指導教員に遠回しに嫌味を言われた。
飛び級して同期になった元後輩がDC2に受かったこともあり、事あるごとに嫌味を言われる現状出さないという選択肢はないのだ。
話し合いの末、指導教員の方針にそぐわない形で研究がしたいなら指導教員を変えろと言われてしまった。
同時に、学振に通らなかったら大学院を辞めるつもりでいるんだろうなとも脅された。
結局、指導教員の考えているストーリーや指導方針に忖度して研究を進める宣言をするに至った。
事実上の隷属だが、指導教員が忖度を強要したしたわけではないことは留意。
指導教員には入学時から現在に至るまでかなりお世話になっている。
研究の話をしているときは殺したいが、人柄は好きなので不思議だ。
子供の頃から昆虫博士になりたいと夢見て、アカデミアの研究者になることを志して現在に至るのだが、どうにも夢は叶いそうにない。
学部生時代から日本学生支援機構の奨学金を借り続け、博士後期課程の修了時点で1000万を超える借金の返済義務が発生する。
2年後に学位が取れなくて単位取得退学すると、29歳修士卒職歴なし借金1000万円おじさんになって人生が詰む。
学位がとれていても29歳Ph.D職歴なし借金1000万円おじさんになってしまうが、結婚しなければ細々と生きていけるだろう。
現状、どう考えても詰んでおり別の道を志して生きるべきだが、どうしても夢が捨てきれない。
アカデミアの研究者になるか自殺するか、極端な二択に追い詰められている。
アカデミアの研究者にはもうなれそうにもないので、自殺一択なのだ。
中退してから自殺すると無職の自殺になってしまうので、学籍があるうちに自殺したい。
親にはもう学位がとれなかったら学生のうちに自殺するとは通告済みで、許さないとの回答を得ている。
しかし、私が死んだ方が親の負担は確実に減るし、私が自殺すれば日本学生支援機構の奨学金も死亡時の返済免除を受けられるのでいいことづくめだ。
私には二人の兄弟がおり、残機は2つ残っているのだから、私が死んだところで2人が子孫を残せば家計も絶えない。
長男の私が死ねば弟が全ての財産を引き継げるようになるのだから、私が死んだ方が世界がよく回るのではないかとすら思えてくる。
出来損ないが一人消えた方が家計も家督も、そして研究室も最適化されるのでないだろうか。
科学を志した以上、科学に貢献できないのなら自害すべきだと思う。
幸いにして、うちは自殺者が多い大学とのイメージ通り、広大なキャンパスと大自然を持ちどこでも首が吊れる。
図書館1階のX-1書庫は地上3メートルあたりに剝き出しの梁があり、ロープをかけやすい。
しかし、問題の本質は如何に片付けが不要な死に方で死に、蘇生が不可能になった時点で速やかに発見されるかだ。
現在ではエレベーターの中で液体窒素の運搬容器をひっくり返し、酸欠空気を吸引することで自殺しようと考えている。
当研究棟のエレベーター内部には液体窒素の運搬容器と同乗する危険性を示す張り紙がある。
酸欠空気を吸えば一息で即死だと示してあり、エレベーターは昼夜を問わず利用者が多いので自殺後すぐに発見されるだろう。
死体を除去後十分に換気すればエレベーターの利用にも問題がない。
液体窒素の入手は大変容易だ。
当大学では責任者の捺印がされた専用の用紙が必要だが、研究室に捺印された用紙が大量にストックしてあって、いつでも汲みに行ける。
少しでも楽しいことがあると自殺への意思が揺らいでしまうのでできるだけ早く、また指導教員に嫌味を言われるとかで致命的な出来事が起きて欲しい。
嫌味を言われただけで死ぬなんて馬鹿げているが、あまりにも突発的に死ぬと他殺を疑われてしまう。
指導教員と揉めて、将来への不安感からかねてより病んでいた精神が崩壊し自殺に至ったというわかりやすいストーリーが重要だ。
直近ならばDC2の最後のチャンスでまた揉めて、結局申請できなくされるか、申請して落ちた後に嫌味を言われた時点で突発的に自殺できるといいな。
