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2020-03-28

e genome size of coronaviruses ranges from approximately 26 to 32 kilobases, the largest for an RNA virus. The name "coronavirus" is derived from the Ancient Greek 'κορώνη', meaning crown or

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antiviral drugs to prevent or treat human coronavirus infections. They are enveloped viruses with a positive-sense single-stranded RNA genome and a nucleocapsid of helical symmetry. The genome size of

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oronaviruses ranges from approximately 26 to 32 kilobases, the largest for an RNA virus. The name "coronavirus" is derived from the Ancient Greek 'κορώνη', meaning crown or halo, which refers to the characteristic appearance of the virus parti

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iarrhea. There are no vaccines or antiviral drugs to prevent or treat human coronavirus infections. They are enveloped viruses with a positive-sense single-stranded RNA genome and a nucleocapsid of helical symmetry. The genome size of coronaviruses ranges from approximately 26 to 32 kilobases, the lar

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osed of S, a second type of surface projections composed of the hemagglutinin-esterase protein. Another important structural protein is the phosphoprotein N, which is responsible for the helical symmetry of the nucleocapsid that encloses the genomic RNA.[1] Taxonomy

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naviridae is a family of enveloped, positive-sense, single-stranded RNA viruses. The viral genome is 26–32 kilobases in length. The particles are typically decorated with large (~20 nm), club- or petal-shaped surface projections (the "peplomers" or "spikes"), w

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2020-03-16

臨床検査技師が推察する新型コロナ検査数が増えない理由

twitter検査しているのは技師なんだ!って動画がバズりました。著作権問題はあるけど、あるあるが詰まってて面白かったです。臨床検査技師が少し注目されたので、公開されている情報を元に新型コロナウイルス検査キャパが増えたにも関わらず検査数があまり増えていない理由を主に「国がどうやって検査キャパ数を増やしたか」を中心に推察していきます

みなさんが思っている論点と違っててタイトルで釣ったと思われる方がいたらすみません

タイトルを「国が〜」とかにすると政治的意図があると思われそうだからやめました。


前提として全数把握をしない理由は、様々な先生方がおっしゃっている通りだと思っています現在、陽性者は軽症・重症にかかわらず原則入院措置がとられています。(病床数の都合で一部は違うみたい)軽症のコロナ患者感染症病床をとられてしまうと、空気感染するような麻疹結核などの感染力の強い感染症患者隔離できなくなってしまうことが危惧されます

まり身近には感じないかもしれませんが、結核患者数は年間1万5千人を超えており死亡率は20%弱(平成28年)です。麻疹に至ってはワクチンがあるにも関わらず未だにゼロにできていません。


この病床数の点については、この先新型コロナ感染者数がもっともっと増えてくれば、軽症患者は自宅隔離処置がとられると個人的には予想しています


さて、本題です。

ここでは以下の4点を踏まえて検査キャパ数に比較して検査数が伸びない訳を推察していきます

あくまでも私個人意見です。違ってたらすみません

1. 増田について

2. 国はどのようにして検査キャパ数を増やしたか

3. 保険適用でも検査できない?

4. PCR簡単か?

時間のない方は2と3だけでいいかも。


1. 増田について

臨床検査技師一般市中病院微生物検査に数年、病理検査に十数年いた中堅技師病理検査フラジャイルをご存知の方であればわかるかも。森井君と同じ仕事をしていました。ちなみに大学卒業研修はTaqManプロブリアルタイPCRを使った、ガン遺伝子定量身バレ防止でざっくりすぎ)。今は事情があって退職主婦をしています

現場で働いている人たちは守秘義務もあってなかなか発信しづらいし忙しいだろうから外にいる増田個人的見解をみなさんにお伝えします。


2. 国はどのようにして検査キャパを増やしたか

当初、新型コロナPCR国立感染症研究所マニュアルに基づき、一部の地方衛生研究所実施していたようですが、2月14日厚生労働省日本臨床検査技師会(日臨技:全国の臨床検査技師所属する団体)の理事長あてに協力要請を出しています。おそらく、ダイヤモンドプリンセス号の検体を大量に検査しなきゃいけなくなった頃なんじゃないだろうか。これに対し、関東圏に所属する技師が1日に数名〜10名ほど派遣されています

*1 新型コロナウイルスに関連した感染症対策における協力要請について

http://www.jamt.or.jp/information/tuuchi/asset/pdf/yosei-3.pdf

*2 派遣の状況

https://www.jamt.or.jp/covid-19/

派遣された技師がどこで何をしたかは把握できませんが、タイミング的には検体採取後のように思えるので新型コロナ検査に関わっていたものと予想されます


また、*1のPDFを読むと、2月17日には日本生検査所協会(全国の検査受託会社所属する団体)宛てに厚労省から検査協力の要請がなされています

ざっくり内容をみると、「検査試薬をお試し分だけ提供するから欲しい人は言ってね。検査できそうだったらどれくらいできそうか教えてね。」ということが書かれています

それに対し、SRLやBMLLSIといった大手をはじめ複数検査受託会社がうちはこれくらいやれますよと協力を表明したようです。

どの会社がどれくらいかはわからないけど。自社のホームページ公表している会社もあります


これにより1日に検査できる数を増やし検査可能件数が約7000件と見積もられたものと予想されます


ここまでがキャパが増えた経緯。

そして、ここから検査が増えない訳。


*1には協力要請とともに

感染者が増えてきたら、地方生検査所は疫学調査クラスター接触者追跡のための検査をするから診療必要検査検査受託会社検査お願いね。」といった意味にとれる文があります

まずこの文章から現在症状は無いし感染者との接触も明らかでないけれども不安から調べたいという人の窓口は無い、ということがわかります

ある程度検査を重ねて陽性例・陰性例が積み上がってきた中で、やっぱり海外渡航歴のある人や換気が不十分な部屋にいた集団、それらの濃厚接触者に陽性者が多いみたいだとわかってきた。だから保健所を通した地方生検査所は、濃厚接触者を中心に検査をしてクラスターを追っていきたいという意図がみてとれる。それを踏まえてtwitter検査拒否された人のツイートをみてみると地方生検査所は接触歴のない人の検査お断りしている可能性がある。

繰り返しになるけど、接触歴の明らかでない風邪っぽい人(=診療必要検査)は病院から検査受託会社検査に出すことを想定しているから。

実際はどうかわからないけど。


では、症状があるのに調べて貰えないのはなぜか?次に続きます


3. 保険適用でも検査できない?


症状のない人に対して病院では検査ができないのは皆さんご存知の通りです。保険診療対象にならないからです。なので上で述べたとおり、症状のない人の窓口は無いに等しいです。

では、症状があれば検査してもらえるのか。おそらく簡単には検査してもらえないと思っています。ここからはかなり個人的な推測が強くなります。訂正してくださる医師の方お待ちしています

*3 検査料の点数の取り扱いについて

http://www.hospital.or.jp/pdf/14_20200304_01.pdf

ここには、新型コロナPCR検査保険適用になった旨を通知する内容がかかれています

難しいことがたくさん書かれていますが、重要な部分をかいつまむと、「認可された検査施設で認可された試薬を使って検査してね。検査するときは明細書に検査必要だと判断した医学的根拠を書いてね。」という意味だと思います。(保険診療の但し書きはいつも解釈が難しいです)

まり医学的根拠のない人は簡単には検査してもらえないようなのです。

医学的根拠が具体的にどんなことをさすのか技師の私にはわかりません。すみません

しかしながら、日本環境感染学会から出ている医療機関における新型コロナウイルス感染症への対応ガイド

*4 医療機関における新型コロナウイルス感染症への対応ガイド 第 2 版改訂版 (ver.2.1)

http://www.kankyokansen.org/uploads/uploads/files/jsipc/COVID-19_taioguide2.1.pdf

を読むと、肺炎存在証明されないケースは感染リスクがなければ積極的検査すべき対象とは言えないと書かれています。(今のところ感染リスクがある人=濃厚接触者は保健所対応

また、新型コロナウイルス感染症に特異的な症状や所見がないと書かれていることからも、まずはコロナ以外の肺炎の除外が先になります

ということは、新型コロナ検査適応になる人は、胸部X線CT採血、喀痰培養(数日かかる)、迅速キットなどで細菌性・マイコプラズマインフルエンザなどなどによる肺炎が除外された原因のわからない肺炎にかかった人ということになるのではなかろうかと個人的には思うのです。おそらくあんまり多くない。

*5 市中肺炎入院症例の年齢別・重症度別原因微生物予後

http://www.jrs.or.jp/quicklink/journal/nopass_pdf/044120906j.pdf

*6 肺炎予防のために 知っておきたいこと

http://www.saitama-med.ac.jp/hospital/division/25respiratory_medicine/images/kanazawa02.pdf

診療方針については専門外なので検査から電カルをみてた経験から想像すみません。もしかしたら、いや別にもっと簡単コロナ検査出せるよと言われれば、あ、そうなんだ。って感じです。


あと、個人的には検査は適切な治療を行うための一つの手段だと思っています。今の状況をみていると、医療従事者側は患者治療目的なのに対して、患者側は新型コロナ検査を受けることが目的となってることによる混乱なのかなと思っています

国や病院側の方針患者目的果たしてくれるようなものでは今の所ないです。たぶん。しらんけど。


患者コロナかもと言い出すと病院にかかることすらもできなくなっていることも検査数が少ない原因の1つかもしれません。これは余談だけど、重症化しちゃったらコロナかどうか調べて貰えないことよりも、肺炎(もしくはそれ以外の病気)の治療をしてもらえないことの方が困るので、接触した覚えがなくて自宅療養してたけどつらいってなったら、保健所コロナかもって電話するより病院接触者じゃないことをきちんと伝えて周りに移さな対策をとりつつ普通に診察してもらって通常の検査受けた方がいいんじゃないだろうか?確率的にはコロナ以外の方が高いし、除外されればコロナ検査正規ルート?でたどり着く。のか???


実際どのくらいの検査が行われているのか、どのくらい増えているのか、は私が調べた範囲ではわかりませんでした。もしかしたらどこかにあるかも。先に書いた通り、病院からの検体は保健所を通さずに検査受託会社に回されるので、情報収集に時間がかかるのかも?


ちなみに、新型コロナ検査料は都道府県負担をするそうなので、PCR検査料の患者負担はないようです。他の検査処置料はかかるよ。

下のサイト解説が優しい。

*7 新型コロナウイルス検出のためのPCR検査3月6日から保険適用

https://gemmed.ghc-j.com/?p=32688


4. PCR簡単か?


上記理由から検査数が増えていないと思っているので、PCR簡単かそうでないかはあまり関係ないと思っていますが参考まで。

PCRにもいろいろあって、手順が簡易化されたものや細かい濃度調整や設定が必要ものがあります一般の市中病院内で行われているPCRは大体がメーカーがキット化した簡易的なものです。おそらく皆さんが想像してるのはこういうやつ?

*8 LAMP法を使った 結核迅速診断キット

https://jata.or.jp/rit/rj/339p11.pdf

正確にはLAMP法はPCR法とは異なります。ちょうどいいPCR資料が探せなかった。PCRはもうちょっと複雑になるけど院内でやれるPCRのざっくりしたイメージはこのくらい。リヴァイ班いなくてもできそう。うん。緊急度の高い結核PCR検査頻度の高い淋菌・クラミジアPCRあたりが実施されています

一方で、新型コロナのような新しい項目でキット化されていないもの検査頻度の低い項目は、採算性や精度管理などの点から多くの病院検査室では実施せず、検査受託会社外注されているのが現状です。


ではPCRの何が難しいのか?

国立感染症研究所ホームページ新型コロナウイルスPCRプロトコルが公開されています

*9 病原体検出マニュアル 2019-nCoV Ver.2.8

https://www.niid.go.jp/niid/images/lab-manual/2019-nCoV20200304v2.pdf

キット化されていないというのはこういうことです。読むだけでしんどいです。

DNAに比べRNAの扱いはシビアです。すぐ壊れる。手順がすごく多くて扱う試薬も多い。機械自動でやってくれるのは7ページの3)の部分あるいは11ページの7)の部分。あぁ、疲れてきた。

手順や試薬が多いとミスが起こります。1で増田卒業研究PCRやっていたと書きましたが、例にもれずコンタミネーションを起こし、ある一定の時期からネガティブコントロールに弱い反応が出続けるという地獄をみました。

おそらくピペットチップを交換し忘れ、共通試薬ターゲットを混入させるとかいう超凡ミスやらかしたのだと思います

逆に共通試薬を入れ忘れれば全て陰性になってやり直し。ぴえん。

あとで原因がわかればまだましで、間違った結果を出してしまうと最悪です。しかもこんなに手間暇かけて一生懸命やっても感度はそんなに高くない。感染にも配慮しなきゃいけない。

このプロトコルをひたすらやっている姿を想像するとつらくなっちゃます

臨床検査技師であっても大学講義・実習でちょろっとやっただけの人がほとんどです。ご年配の技師の中にはPCR原理説明できない人もたくさんいます。本格的なPCRが精度よくできるのは研究所大学病院クラスの大きな病院研究熱心な一部の病院検査受託会社担当者くらいです。なので、いきなりマニュアル見てやってねと連れてこられても結構難しい。


検査受託会社がどうやって検査枠を増やしたのかはわからないけれど、検体検査資格を問わないので、もともと理学部卒とか農学部卒とかも多いし集めやすいのかも。(病院検査室は採血とか他の業務もあるし資格のない人を採用しているところは少ないです)


感度・特異度の高い簡易キットが開発されて検査する人の負担が少なくなるといいね



最後


ここまで読んでもらえると、ネットで騒がれている

病院検査室は忙しい、だから新型コロナ検査はしない。という状況ではない

ということはわかっていただけたかと思います

多くの検査検査受託会社が請け負うので、病院検査室が忙しいのはまた別問題

おそらく大変なのは検査対象でない患者対応に追われてる保健所と濃厚接触者の検体を受け入れてる地方生検査所とか。

検査数がみんなが思っているより少ないのは、あくま国内感染コントロール方針治療方針によるものである個人的には思います

もう少し気軽に検査出せるようになってもいいと思うけど。まあ外注だしすぐに結果わかるわけじゃないか微妙か。


ここまで言っといてばかすか検査されてたらウケる

急激に増えてきたのがわかったらしれっと消します。


検査はすでに増えてるのかもしれないし、言っていることが矛盾していたり、誤字脱字があったりするかもしれませんが、臨床検査技師なんてただの凡人ですし、わたしリヴァイ班でもありませんのでご容赦ください。

間違っていることがあればご指摘いただけると幸いです。

長々とまとまりのない文章を、ここまで読んでいただいた方、ありがとうございました。


症状あるのに仕事風邪なんかで休めない!

ていう人。いるよね。私もそうだった。

休むのが一番だけど、どうしてもいかないと死ぬときは、なるべく喋らない、距離とってしゃべる、食事時間ずらす、会社で共有してる電話PC自販機券売機食器・文具などなどは触らない、触ったら消毒か洗う。

くらいはしてもらえると少しは違うかも?

逆にそれらの共有物は汚染されてると思った方がいいです。

飛沫感染よりも手についたウイルスが目鼻口から入る接触感染の方が多いっていわれてるから目鼻口の周りを触るときには必ず手洗いしてね。

食事、化粧直し、間食、たばこの前とかちゃんと手洗ってる?

あと、すれ違っただけなら感染しないよ。

もつば顔に吹きかけられたらするかも。

それと咳したときにグーの手とかで受け止めるのはほんとやめてよそのウイルスコロナに限らず)の付いた手どーすんの?すぐ洗えんの?!

anond:20200316121825

欧米でも認可されて一般使用可能になるまでどんなに早くても2年はかかるよ。

一番乗りの米Moderna Therapeutics&NIAIDによるRNAワクチンフェーズ1の治験の結果が出るのは来年6月

そこから1年程度のフェーズ2の治験を経てようやく認可が下りる。しかも実際に効果あるかまだ分からんしね。

2020-03-14

PCR検査偽陽性偽陰性バーコード理解すると判りやすい件

未だに偽陽性偽陰性の違いが判らずに「偽陽性医療崩壊」と言ってる阿呆ブクマカがたくさんいるので説明するよ~

 

PCR検査遺伝子検査だけど全部は調べない。

DNARNA(新型コロナRNA)の一部を拡大する薬剤処理をして光学的か電子的に読めるようにする。

次にその塩基配列の一部がウィルス塩基配列と一致するか?を見るテストなのな。

で、この読み取りってバーコードの読み取りに似てるわけよ。

バーコード記号って黒太線、黒細線、白太線、白細線で4つ。

DNA場合はアデニン、グアニン、チミン、シトシンなんだが、RNAウィルス場合はチミンが無くて代わりにウラシルが入るので4元素。なっ?バーコードそっくりだろ?

 

ここでバーコードリーダーエラーについて考えよう。

偽陰性に該当するエラーっていうのは

 

レーザーバーコードに当たっていない。

→これは検体中にウィルスが含まれて居ないのに相当する。ウィルスが増殖してる箇所から取らないで免疫反応で出てるだけの鼻水や痰を採っちゃったってケース。一番多い。

 

レーザーが斜めに当たって半分しか読めてない

→これはRNA目標箇所の真ん中で切れてしまったケース。採取された細胞から漏出したアミラーゼウィルスRNAを切断した、免疫細胞ウィルスと戦って破壊した、薬剤処理の失敗など。

 

リーダーの焦点位置に合ってない

→薬剤処理で上手く増幅されなかったケースにあたる。

 

バーコード読み取りでこれらはエラー音すらしない。単に読めないだけ。でも一番多いのがこのエラー音無エラーだよな。

 

 

では偽陽性に当たるエラーってなんだろうか?

 

・赤ランプが付いてピピピ!とビープ音がなる。

→これは読み取った数値が化けてしまったケースだ。12345の数字が12245とかに読み取りされた。DNAならGACTTがGCATTになってるようなモノだ。

バーコードの一番後ろはパリティコードになってて数値の和の下一桁などが記述されている。簡易計算してパリティーと合わないので「数値が化けてる」とエラーが出る。

 

それじゃこれが偽陽性なのか?

いや、これも偽陰性だ。

偽陽性って言うのは「カルビーかっぱえびせん85G」のバーコードとの照合を行っている時にこのエラーが起きて、その数値化けの結果が「カルビーかっぱえびせん85G」と一致する状態だ。

こんな事滅多にある訳無いって判るだろ。

スーパーで違う商品買った事になってた事って一度だってあるか?

 

発生するとすれば参照している「カルビーかっぱえびせん85G」コードが短すぎる時だな。

例えばバーコード先頭2桁は国コード、左半分はカンパニーコードになってる。

ここで先頭2桁を参照すれば日本製品は全部「カルビーかっぱえびせん85G」と判定されるし左半分を指定すればカルビー製品は全て「かっぱえびせん85G」となってしまう。

他のウィルス細菌にも含まれる箇所を指定してしまったら起こりうるがこれは検査員がボケなだけだ。

または増幅薬剤の指定おかしくて肝心なところでのマッチングテストが出来ていない。

 

こういう訳で偽陰性は大量に起こりうる。

特に採取が上手くないとダメで、どこでウィルス繁殖するか、免疫系が殺した廃物がどこに流れるかが分かって無いといけない。

だが偽陽性は読み取りエラーの末にウィルスRNAの一部と合致するという奇跡エラーであるから滅多に起こりえない。

 

判りましたか

まぁこんな誤解してるブックバカーは一部だけどさ。ID:REVとかな。この人も劣化が激しいが15年前は斜に構えた姿勢が人気を博していたが、今本人が15年前のブクマと今の自分ブクマ比べても違いは判らんだろな。

だが15歳年下の脳が緩くなってない人間が読み比べたら如実に違いが判る。そういう状態だな。

2020-03-02

中国国策ゲノム解析業と冨士フィルムアビガン

インフルエンザ薬として備蓄されているアビガンコロナ19に転用する事を検討していると厚労大臣が言っている。

冨士フィルム製造するこの薬が効くと2週間以上前発見したのは中国である

この背景を説明したい。

 

実は今の中国ゲノム解析最先端である

ゲノムとは遺伝子であるDNARNA(ウィルスなど)の塩基配列の全ての事を言う。

ゲノム解析の事の起こりは人間のヒトゲノムで、1991年から開始され当時はビッグプロジェクトであった。

これは13年掛かって2003年に全部の解析が完了した。

これに刺激され、シーケンサー(塩基配列読取機)の開発競争が激化。日本企業も参入した。

だが先頭を走る米企業群の開発速度はあまりに凄まじく日本企業は軒並み脱落してしまった。

開発競争の末、今ではヒトゲノム解析は2日程度で終わるようになっている。13年は4747日程度だから約2400倍の進化でありムーアの法則どころの話ではない。業界トップ企業米国イルミナである

当然機械けが開発されているのではなく、シーケンサーを使ったゲノム解析事業が隆盛している。

そこで最大規模を誇るのが中国BGI社で、イルミナ社のシーケンサー大量購入規模の経済も生かして大規模低価格サービス提供している。スケールアウトである日本にも支社がある。

次にBGIが目指したのはお客さんから内製化とスケールアップで、M&Aで米国ナンバー2企業を買収した。

これでイルミナ社を追い抜き世界最速のシーケンサー製造を目指している。シーケンサー製造と利用の両面で覇権を握ろうと言うことである。だがイルミナ社の技術力は更に上を行っているので更なる競争激化となっている。

 

勘違いしてはいけないのは中国権威体制から軍事利用などと考えがちだが、これはオープンサービスで誰でも顧客となれるしコモディティ化覇権競争しようという後期資本主義的な活動という事だ。

まり国の体制による危険性を危惧するならば、覇権を握った後に標準化の主導権を獲得し、反倫理的ルールが入り込むのではないかと考えた方が妥当だ。

EUPC市場でのインテル地位を獲得する可能である

実際、多くのアメリカ医療研究所財団BGI提携している。

 

ヒトゲノム個人間では当然に違いがあり、差分を取る事は医薬の分野で重要だ。

Wikipediaのヒトゲノムの項には2008年より1000人ゲノムプロジェクトが始まるとの記述があるが

https://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%83%92%E3%83%88%E3%82%B2%E3%83%8E%E3%83%A0

これは最早呑気な記述で、オバマ時代アメリカでは100万人プロジェクトが開始され、その後には中国が1000万人規模の解析プロジェクトを開始している。

ゲノム解析国策でもあるという事だ。

 

そんな中国なので武漢コロナ19が発生し、初期の隠蔽を止めるとたちどころにコロナ19のRAN配列は解析終了してしまった。

コロナワクチンはまだ存在しないが中国が急遽研究者を集めて開発開始したのはこういう背景があり、ワクチン開発に成功する可能性もある。

 

同時に進められたのは既存薬の適合の確認である

塩基配列を見ながら合成される酵素などを推定し、既存薬で適合する阻害機序確認した。

一般細胞でのセントラルドグマの働きはこうである

 

捻ってあるDNA伸ばす→結合しているDNAを2つに開く→メッセンジャーRNA持ってくる→転写酵素RNADNAの該当箇所を転写する→メッセンジャーRNAタンパク質工場であるリボゾームに行く→RNA情報通りにタンパク質を合成

 

RNAウイルス細胞内に進入するとメッセンジャーRNA以下の工程をハックして自分RNA情報タンパク質酵素を合成させる。細胞ウィルスの複製を作ってしまう。

ウィルスRNAの複製にはやはり転写酵素が使われる。

だがここでDNAの転写と違う酵素(RNA依存RNAポリメラーゼ)が使われるのが特徴である。(作ったのはハックされたリボゾーム)

アビガン等の抗ウィルス薬はこの酵素を狙い撃ちして阻害する働きがある。DNA転写酵素と同じだったら細胞の働きも死んでしまうのだがRNAウィルスの使うRNA依存RNAポリメラーゼは違うのが幸運である。これでRNAウィルスRNA転写だけが出来なくなって増える事が出来なくなってしまう。

 

中国研究所では塩基配列から合成される酵素を見つけ出した。

それに適合する阻害薬を探したところ見つけたのがアビガン他の薬だ。それぞれ抗インフルエンザ薬、抗HIV薬と薬効は違う筈なのに作用機序が適合する事を見つけたのだ。

タイで抗HIV薬を投与して症状緩和との報道があった時にネタ扱いされていたが、ちゃん作用機序ウィルス設計図から割り出していて、その情報を元に投与したのだから当てずっぽうな人体実験ではないのである

 

また中国で発表された時に「冨士フィルムアビガン」と名前まで名指しされて出ている。

これはどうしてかと言うと、実はアビガン中国ライセンス生産されている。

念の為に書くと、ライセンス生産とは現地の会社製造許可製法を与え、代わりにライセンス料を貰うという海外事業方法だ。当然技術移転が前提になる。技術指導が行われる事も多い。

こういう訳で名指しで薬効の適合が発表されたのだ。

 

ここから厚労大臣の「検討」発表までは2週間以上かかっており、遅いとの印象が拭えないがそれはおく。

こう見ると中国にかなり遅れている日本の姿も見えてしまうが、それと同時にこういう技術的な背景も報道に載る事が無いというのも気になるところだ。

国内メーカーシーケンサー開発から撤退してしまった為に関心までなくなってしまったようである

 

まぁこのような訳で、中国国策となっているゲノム解析技術日本製薬会社海外進出が交差したところで「コロナ19にインフル薬のアビガンが効く」との発表になったとのお話でした。

2020-03-01

コロナ検査を求めるのは非科学的となじる科学的な人達

日本の新型コロナ検査数の少なさに疑問を持つ人が増えてパニック様相を呈してきたら検査を求めるのは非科学的とする派閥が盛り返してきた。

科学的な彼等は検査を受けられない事を訴える患者やその家族Twitter等に押掛け冷笑的な態度で批判して黙らせる警察活動に夢中なようだ。

治療薬が無いので検査無駄で、仮にコロナ19(韓国等で使われる通称通称として良いので以下呼称する)罹患であっても検査しなくていいのだという。

 

ところがこの科学的な人たちは対策スキームとなる感染症法を読んだ事が無いようなのである

政府1月末にコロナ19を感染症法の2類感染症指定した。

指定された感染症に掛かった患者入院費用公費負担殆どゼロになる。病院にとっては検査が無くても同じでも患者にとっては大違いだ。法に定めがあるのに検査せずに通常通りに本人請求するのは不法行為である

科学的態度の前には数十~100万程度の治療費など関係無いという事か。

 

感染症法では蔓延を防ぐ為、流行実態を把握する為に、医者に報告義務を定めている。外来パンクするのでサボタージュしてよいなんてどこにも書いてない。

検査して実数を把握するという方向だけで書かれている。これは近代国家国民常識の通りだ。

まり医者が疑わしいのに検査しないのも保健所拒否するのもサボタージュであって違法行為である

だが科学的な人らは子供検査を受けられないと騒ぐ親のアカウントに押掛けその非科学的態度を糾弾https://togetter.com/li/1474001

TV取材まで受けた末に最終的にマイコプラズマと判定した事で親の非科学性は更に糾弾されることになった。「この反動的マスコミと結託した非科学主義者クレーマー!」

因みにマイコプラズマの判定にはコロナ19と同様のPCR検査を要する。

 

科学的な人らの最近お気に入り糾弾先は和歌山県知事だ。知事は「軽症でもPCR検査する」と発表して「非科学的!医療崩壊!」と科学的人士は色めきだっている。

科学的人士らによる医療崩壊理由は「コロナ19陽性と出たら入院必要があるから」という実に科学的なものだ。例えばBuzzfeedによる聖路加の感染管理マネージャーインタビューなどでもそう言っている。

https://www.buzzfeed.com/jp/naokoiwanaga/covid-19-sakamoto

だがこれは誤りだ。

感染症法では強制入院権限知事においている。つまり知事が指示せねば必ず入院する必要はないのだ。軽症なら外来で帰しても良い。

同時に知事感染者に勤務禁止命令を出す権限がある。会社電車内で感染を広げる危険を防ぐ為だ。

何より勤務禁止命令があるって事は入院必須ではないという事である

また2類感染症場合外来費用公費負担にならないか財政も圧迫されない。

 

科学的人士らは「軽症は自家療養、重症だけ医療を受けられる」との方針あいまいさに疑問を抱かない。科学的だから自明なのであろう。

だが一般に炎症が肺に回ったら重症だ。また「重症肺炎」となったら回復の見込みは薄い。この認識齟齬は命に関わる。だが科学的人士らが気にしている様子は無い。

また科学的人士らは重症対処以外を治療しない理由として「治療法が無いので免疫頼りでしかない」という。

ところが武漢では重症の約6割が死亡し、半数が多臓器不全となっていると報告されている。

科学的人士らはなぜ多臓器不全が発生しているか判っているのだろうか?

ウィルスのせいじゃないよこれ。自己免疫症でこうなってるんだよ。

肺炎では免疫が亢進しやすく、免疫機構の過剰な働きで健康な臓器もボロボロになってしまう。

この為に重症では免疫抑制剤を投与する。生命維持の為に免疫を殺すのだ。

ここから導かれるのは「肺炎重症にしてはいけない」という誰でも知っている常識だ。

だが科学思考常識に優先するらしくそんな事を気にしている様子は無い。

 

科学的人士らはPCR検査偽陰性偽陽性区別せず、検査は恐ろしく意味の無いもの喧伝して回っている。

だがコンピュータ使ってたらこの二つの確率が段違いだって事ぐらい判るだろ。

PCRはヒットテストだ。

まず薬剤処理して染色体を膨張させる。検体の中の色んな細胞ウィルスDNARNAはごちゃまぜだ。

そこで見つけたいウィルス塩基配列の一部パターン検索してパターンマッチしたら陽性。

コンピュータウィルスの誤検出はパターン指定おかしい時のみ起こり得る。それと同じで偽陽性の方は原理的にはあり得なさそうという推定は出来る。

だがターゲットウィルスそもそも採取できていない場合、薬剤処理で塩基配列破壊してしまった場合偽陰性になる。

から「行動して安全ですよ」とのお墨付きにはならないから他の症状や感染経路の疑いの方を優先させろってのがPCR信頼性議論だ。

だが科学的人士らはこれを陽性意味なし論に拡大してしまう。

 

科学的人士以外でもPCR検査が浪費してはいけないなんだか凄いリソースと考えている人も居るのだが、毎日バイク便病院を回っていて検体回収している。勿論病原菌が入った検体だ。ライダー普通の人で医療資格なども持っていない。

これをまとめて検査会社に持って行っている。そもそもが大層な検査ではない。

また検査体制を整えてもエライ金額がかかる、1億検体×1万円=1兆円とか言う人も居る。https://news.yahoo.co.jp/byline/kimuramasato/20200228-00165104/

だがこんな金額にはならない。年に定常的に1億検体なら千円以下になるのでは無いか

例えばアメリカではPCRは3000円もしない。病院コロナ19検査したら数十万円とのニュースが出ているがそれはアメリカ病院おかしいのであって、PCRカジュアルな為費用が安いのだ。

から今回PCR検査が高額、市場キャパが少ない事が露呈したのなら、今後は無駄なほどPCRを使って需要を伸ばして参入と値崩れを起こすべきだろう。ソフバンに参入してもらったらどうか。

だが科学的人士らはPCR検査=悪なのでこういう改善に繋がらない。

 

この他、科学的人士らの攻撃は冨士フィルムアビガンにも向いている。

治療薬が無い」から出発して攻撃的な知的派閥を維持する為に「副作用が強い、臨床試験が不十分」などの理由が引き出されるためだ。この手の思考法は参加していると気分がいいようである

だがアビガン備蓄である。ならばなぜ大量に備蓄されているのだ?

それに科学的人士らはインフルエンザ薬のアビガンコロナ19治療薬となりうると発見されたのか、その経緯は知っているのだろうか?これは中国発見したもので、中国国策日本企業のビジネスが偶然に一致して発見された(発表で冨士フィルムアビガンと名指しされている)。知的派閥のように振舞っているが誰もそれを語っていないようだが。

 

こんな中でビジネス科学的人士とでも言うべき記事が出た。

『 新型コロナで「情報汚染」されたメディアが報じない「5つの真実」』

https://gendai.ismedia.jp/articles/-/70709

 

書いたのは松村 むつみという医療ライターだが、内容は科学的人士らの言説をまとめただけ。

一応医師らの記事インタビューを下敷きにしているが、クレジットはしていない。

これならGIGAZINE等のほうがマシだ。参照した記事クレジットリンクは入れる。

感染症法感染研のPRも読んでいない。流行っているWEB記事だけをまとめているのだ。何の知見の追加も無い。医師の名は権威付けだけに使われている。

そして「メディアが報じない真実である自分らの意見にこんな惹句が付いたら少し自戒するものだが科学的人士らは権威付けされたので満足な様である

 

なんだかどいつも菊池誠みてぇだなと思って菊池Twitterを見に行ったら盛んに「メディアが報じない真実」でフォロワーに囃し立てられ、声を上げた患者等に冷笑的な非難を浴びせかけていた。

実に科学的な態度である。侘び寂び。

2020-02-23

https://anond.hatelabo.jp/20200223013119

リアルタイムPCRを1日20検体で死ねるって、日本生産性の低さを如実に表してるとしか

機械の1ランあたりの反応数は現行機種だと96または384

https://www.thermofisher.com/jp/ja/home/life-science/pcr/real-time-pcr/real-time-pcr-instruments.html

1ランあたりの所要時間スタンダードモードで120分、fastモードで60分

https://www.thermofisher.com/jp/ja/home/life-science/pcr/real-time-pcr/real-time-pcr-reagents/one-step-real-time-rt-master-mix.html

試薬を入れる、抽出RNAを入れる、蓋してスイッチオン、それだけ。

で、どうして20限界

2000の間違いじゃ?

RNA抽出律速ならわからんでもない。

例えばタカラ

http://catalog.takara-bio.co.jp/product/basic_info.php?unitid=U100006681

操作だけみると30分以内であるが、遠心機が1度に何本回せるかによる。

24本とか、ハイスループットを謳うモデルでも48本とかそんなしか1度に回せない。

1日に200検体を抽出するのはかなり訓練がいる。

いや、でも20っておかしいよ。

数百万する機械っていったってさあ、たかだか数百万こういう非常事態に捻り出さない?

ちょっと高い車1台くらいの値段だよ?

試薬代のほうがよっぽど高いわ。

それとも、消耗品無尽蔵に買えるが、設備投資はうるさいのか?

マジでクソだな。

お隣は10日で病院建てちまったんだぞ。

通常業務に加えて20検体はマジで死ねるって状況が本当なら、責任者変えたほうがいい。

2020-02-21

そのころ、東京中の町という町、家という家では、ふたり以上の人が顔をあわせさえすれば、まるでお天気のあいさつでもするように、コロナウィルスのうわさをしていました。

CoVID19というのは、毎日毎日新聞記事をにぎわしている、ふしぎなRNAウィルスあだ名です。そのウィルスは二十のまったくちがった遺伝子を持っているといわれていました。つまり生物兵器だったのです。な、なんだってー?!?

anond:20200221085849

RNA取るのも手動っぽいし、解析も手動なんやろうな

2020-02-17

鉄道会社は今すぐコロナ対策を行うべし。

全ての電車の窓を解放し、換気に努めよう。

狭い車室内にウイルス蔓延させるような環境を作ってはいけません。

暖房?今は諦めましょう。

車内の蛍光灯紫外線ランプに交換しよう。

紫外線には、ウイルスRNA破壊する消毒作用があります

( https://www.tokushima-u.ac.jp/docs/2018121200023/ )

この性質を利用して効率的に車内を消毒するのです。

2019-11-15

多数のサンプルのRNAプールする、ってどういう意味なんだ

RNA抽出したものを全部混ぜるってことか?よくわからん

2019-08-14

明日役立つ豆知識

DNAから特定塩基配列を検出する手法であるサザンロッティング、RNAから特定塩基配列を検出するノーザンブロッティング、大量のタンパク質から特定タンパク質を検出するウエスタンロッティングという手法があるのは皆さんご存じの通りですが、このうち「サザン」だけ方角ではなく人名なので"Southern"。他は"northern"、"western"と小文字で書きます

2019-01-30

anond:20190130115339

α-アマニチンの出番や。

https://ja.wikipedia.org/wiki/%CE%91-%E3%82%A2%E3%83%9E%E3%83%8B%E3%83%81%E3%83%B3

アマトキシン類は熱に対して安定であり、一般的加熱調理程度では分解されない。この毒素は遅効性を持ち、症状が現れた際には摂取した毒素の大部分が生体内に吸収されているために対処が困難になる点が危険である生体内に取り込まれたα-アマニチンはRNAポリメラーゼIIに結合し、タンパク質の合成に必要mRNAの合成反応を阻害することで細胞組織を壊死させる。なお、この毒素に対する解毒剤は存在しない。

摂取から10時間以内に報告される症状はほとんどなく、重大な症状が発現するまでに摂取24時間が経過することもしばしばである。胃洗浄は症状が現れてからでは効果が無いため、不意に摂取してしまった場合対処が困難である対処が遅れることで致命的な症状(多臓器不全)へ移行する。


下痢と痙攣が最初の症状で、次に一時的に症状が治まる偽回復期がある。その後、4–5日の間に肝臓腎臓細胞を毒素が徐々に破壊することで重篤機能障害を引き起こす。中毒者のうち約15%は、腎不全肝不全昏睡呼吸困難などが進行し約10日で死亡する。全中毒者の5割は最終的に死に至るが、それ以外の場合でも後遺症が残ることが多い。

2019-01-05

anond:20190105103124

RNAウィルスの一部はDNA必要としないけど、そういうのじゃないの?

2018-10-24

anond:20181024124729

RNA恋愛工学教徒がそういう感じで女を人間扱いしてないというのはわかるが、キズナアイやら萌え絵がモノ化というのはわからんよな

そもそもキズナアイやら萌え絵」ってモノだし...

モノ化も何もないよね

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