はてなキーワード: 微生物とは
まあ生物の厳密な定義は難しくて、それこそ専門家の間でも意見が割れるようなことなんだろうけど
(そもそも分類って行為自体が、人間の認識の有りようを反映してるだけで、自然界そのものの状態を表すもんではなかろう)
今回のコロナ騒ぎで、
「細菌は食べ物にくっついたら増えるから長時間置いた食べ物がヤバいけど、ウイルスは体外では増えないから時間を置けばじわじわ減るんだな」と気付いて
なるほどこういう所がウイルスの生き物っぽくない所か、と何か腑に落ちた
人間ってさウイルスと細菌と細胞の塊じゃん?他の動物も植物も微生物もそうじゃん?
ウイルスも第4のドメインとか言われてるけどたぶん生き物じゃん?
『生き物と無生物を分ける意味はない』と言う増田もいたが、生き物は能動的だから無生物とは違うじゃん?
でも、無生物は能動的では無いって言い放つと今度は『自己組織化する分子』ってのが出てくるじゃん?
[academist Journal] 無生物から生物を産み出す自己組織化 – フラーレンからマイクロサイコロを作る、触角を生やす。
https://academist-cf.com/journal/?p=5873
▼ 自己組織化
雪の結晶は、自己組織化により六角形を基本とした似たような形が作られるが、湿度や温度のわずかな違いによって無数のパターンを作る
2005年の動画でだいぶ古いけど科学技術振興機構(JST)の運営する jstsciencechannel のこの動画がわかりやすいよ
未来を創る科学者達 (60)自然の作るデザインが未来を描く! ~自己組織化によるナノテクノロジー~
化学進化についてはこの動画がわかりやすいよ。英語だけど字幕もつけられるよ
What is Chemical Evolution?
そもそも能動的ってなんだよ人間の自由な意識とかある?とかいうと無いじゃん?
すべては反応で気のせいじゃん?
自由意志を担保するには物理から精神が派生しているのではなくその逆とするしかないじゃん?
でも増田に書き込む反応ってなんだよってなるじゃん?
日本生物物理学会も “材料的には生命と非生命の物質の間に本質的な違いはありません.それでは,「生命」と「物質」の違いはどこにあるのでしょうか?“ とか言っている
だが、増田にもよく現れがちな ”生きる意味について考える” については結論がでた
それは即ち、『自己組織化や分子の振る舞いや目的を考えること』 である
ふぇぇぇ、日本のナノテクノロジーやバイオテクノロジーは無双しそう
<関連増田>
twitterで検査しているのは技師なんだ!って動画がバズりました。著作権の問題はあるけど、あるあるが詰まってて面白かったです。臨床検査技師が少し注目されたので、公開されている情報を元に新型コロナウイルスの検査キャパが増えたにも関わらず検査数があまり増えていない理由を主に「国がどうやって検査キャパ数を増やしたか」を中心に推察していきます。
みなさんが思っている論点と違っててタイトルで釣ったと思われる方がいたらすみません。
タイトルを「国が〜」とかにすると政治的な意図があると思われそうだからやめました。
前提として全数把握をしない理由は、様々な先生方がおっしゃっている通りだと思っています。現在、陽性者は軽症・重症にかかわらず原則入院の措置がとられています。(病床数の都合で一部は違うみたい)軽症のコロナ患者に感染症病床をとられてしまうと、空気感染するような麻疹や結核などの感染力の強い感染症の患者を隔離できなくなってしまうことが危惧されます。
あまり身近には感じないかもしれませんが、結核患者数は年間1万5千人を超えており死亡率は20%弱(平成28年)です。麻疹に至ってはワクチンがあるにも関わらず未だにゼロにできていません。
この病床数の点については、この先新型コロナの感染者数がもっともっと増えてくれば、軽症患者は自宅隔離の処置がとられると個人的には予想しています。
さて、本題です。
ここでは以下の4点を踏まえて検査キャパ数に比較して検査数が伸びない訳を推察していきます。
1. 増田について
1. 増田について
臨床検査技師。一般市中病院の微生物検査に数年、病理検査に十数年いた中堅技師。病理検査はフラジャイルをご存知の方であればわかるかも。森井君と同じ仕事をしていました。ちなみに大学の卒業研修はTaqManプローブリアルタイムPCRを使った、ガン遺伝子の定量(身バレ防止でざっくりすぎ)。今は事情があって退職し主婦をしています。
現場で働いている人たちは守秘義務もあってなかなか発信しづらいし忙しいだろうから外にいる増田が個人的見解をみなさんにお伝えします。
当初、新型コロナのPCRは国立感染症研究所のマニュアルに基づき、一部の地方衛生研究所が実施していたようですが、2月14日に厚生労働省は日本臨床検査技師会(日臨技:全国の臨床検査技師が所属する団体)の理事長あてに協力要請を出しています。おそらく、ダイヤモンドプリンセス号の検体を大量に検査しなきゃいけなくなった頃なんじゃないだろうか。これに対し、関東圏に所属する技師が1日に数名〜10名ほど派遣されています。
*1 新型コロナウイルスに関連した感染症対策における協力要請について
http://www.jamt.or.jp/information/tuuchi/asset/pdf/yosei-3.pdf
*2 派遣の状況
https://www.jamt.or.jp/covid-19/
派遣された技師がどこで何をしたかは把握できませんが、タイミング的には検体採取後のように思えるので新型コロナの検査に関わっていたものと予想されます。
また、*1のPDFを読むと、2月17日には日本衛生検査所協会(全国の検査受託会社が所属する団体)宛てに厚労省から検査協力の要請がなされています。
ざっくり内容をみると、「検査試薬をお試し分だけ提供するから欲しい人は言ってね。検査できそうだったらどれくらいできそうか教えてね。」ということが書かれています。
それに対し、SRLやBML、LSIといった大手をはじめ複数の検査受託会社がうちはこれくらいやれますよと協力を表明したようです。
どの会社がどれくらいかはわからないけど。自社のホームページで公表している会社もあります。
これにより1日に検査できる数を増やし検査可能件数が約7000件と見積もられたものと予想されます。
ここまでがキャパが増えた経緯。
*1には協力要請とともに
「感染者が増えてきたら、地方衛生検査所は疫学調査、クラスターや接触者追跡のための検査をするから、診療に必要な検査は検査受託会社で検査お願いね。」といった意味にとれる文があります。
まずこの文章から、現在症状は無いし感染者との接触も明らかでないけれども不安だから調べたいという人の窓口は無い、ということがわかります。
ある程度検査を重ねて陽性例・陰性例が積み上がってきた中で、やっぱり海外渡航歴のある人や換気が不十分な部屋にいた集団、それらの濃厚接触者に陽性者が多いみたいだとわかってきた。だから、保健所を通した地方衛生検査所は、濃厚接触者を中心に検査をしてクラスターを追っていきたいという意図がみてとれる。それを踏まえてtwitterで検査拒否された人のツイートをみてみると地方衛生検査所は接触歴のない人の検査はお断りしている可能性がある。
繰り返しになるけど、接触歴の明らかでない風邪っぽい人(=診療に必要な検査)は病院から検査受託会社に検査に出すことを想定しているから。
実際はどうかわからないけど。
では、症状があるのに調べて貰えないのはなぜか?次に続きます。
症状のない人に対して病院では検査ができないのは皆さんご存知の通りです。保険診療の対象にならないからです。なので上で述べたとおり、症状のない人の窓口は無いに等しいです。
では、症状があれば検査してもらえるのか。おそらく簡単には検査してもらえないと思っています。ここからはかなり個人的な推測が強くなります。訂正してくださる医師の方お待ちしています。
*3 検査料の点数の取り扱いについて
http://www.hospital.or.jp/pdf/14_20200304_01.pdf
ここには、新型コロナのPCR検査が保険適用になった旨を通知する内容がかかれています。
難しいことがたくさん書かれていますが、重要な部分をかいつまむと、「認可された検査施設で認可された試薬を使って検査してね。検査するときは明細書に検査が必要だと判断した医学的根拠を書いてね。」という意味だと思います。(保険診療の但し書きはいつも解釈が難しいです)
つまり、医学的根拠のない人は簡単には検査してもらえないようなのです。
医学的根拠が具体的にどんなことをさすのか技師の私にはわかりません。すみません。
しかしながら、日本環境感染学会から出ている医療機関における新型コロナウイルス感染症への対応ガイド
*4 医療機関における新型コロナウイルス感染症への対応ガイド 第 2 版改訂版 (ver.2.1)
http://www.kankyokansen.org/uploads/uploads/files/jsipc/COVID-19_taioguide2.1.pdf
を読むと、肺炎の存在が証明されないケースは感染リスクがなければ積極的に検査すべき対象とは言えないと書かれています。(今のところ感染リスクがある人=濃厚接触者は保健所対応)
また、新型コロナウイルス感染症に特異的な症状や所見がないと書かれていることからも、まずはコロナ以外の肺炎の除外が先になります。
ということは、新型コロナ検査の適応になる人は、胸部X線やCT、採血、喀痰培養(数日かかる)、迅速キットなどで細菌性・マイコプラズマ・インフルエンザなどなどによる肺炎が除外された原因のわからない肺炎にかかった人ということになるのではなかろうかと個人的には思うのです。おそらくあんまり多くない。
http://www.jrs.or.jp/quicklink/journal/nopass_pdf/044120906j.pdf
*6 肺炎予防のために 知っておきたいこと
http://www.saitama-med.ac.jp/hospital/division/25respiratory_medicine/images/kanazawa02.pdf
診療方針については専門外なので検査室から電カルをみてた経験からの想像。すみません。もしかしたら、いや別にもっと簡単にコロナの検査出せるよと言われれば、あ、そうなんだ。って感じです。
あと、個人的には検査は適切な治療を行うための一つの手段だと思っています。今の状況をみていると、医療従事者側は患者の治療が目的なのに対して、患者側は新型コロナの検査を受けることが目的となってることによる混乱なのかなと思っています。
国や病院側の方針は患者の目的を果たしてくれるようなものでは今の所ないです。たぶん。しらんけど。
(患者がコロナかもと言い出すと病院にかかることすらもできなくなっていることも検査数が少ない原因の1つかもしれません。これは余談だけど、重症化しちゃったらコロナかどうか調べて貰えないことよりも、肺炎(もしくはそれ以外の病気)の治療をしてもらえないことの方が困るので、接触した覚えがなくて自宅療養してたけどつらいってなったら、保健所にコロナかもって電話するより病院に接触者じゃないことをきちんと伝えて周りに移さない対策をとりつつ普通に診察してもらって通常の検査受けた方がいいんじゃないだろうか?確率的にはコロナ以外の方が高いし、除外されればコロナの検査に正規ルート?でたどり着く。のか???)
実際どのくらいの検査が行われているのか、どのくらい増えているのか、は私が調べた範囲ではわかりませんでした。もしかしたらどこかにあるかも。先に書いた通り、病院からの検体は保健所を通さずに検査受託会社に回されるので、情報収集に時間がかかるのかも?
ちなみに、新型コロナの検査料は都道府県が負担をするそうなので、PCR検査料の患者負担はないようです。他の検査や処置料はかかるよ。
*7 新型コロナウイルス検出のためのPCR検査、3月6日から保険適用
https://gemmed.ghc-j.com/?p=32688
上記の理由から検査数が増えていないと思っているので、PCRが簡単かそうでないかはあまり関係ないと思っていますが参考まで。
PCRにもいろいろあって、手順が簡易化されたものや細かい濃度調整や設定が必要なものがあります。一般の市中病院内で行われているPCRは大体がメーカーがキット化した簡易的なものです。おそらく皆さんが想像してるのはこういうやつ?
https://jata.or.jp/rit/rj/339p11.pdf
正確にはLAMP法はPCR法とは異なります。ちょうどいいPCRの資料が探せなかった。PCRはもうちょっと複雑になるけど院内でやれるPCRのざっくりしたイメージはこのくらい。リヴァイ班いなくてもできそう。うん。緊急度の高い結核菌PCRや検査頻度の高い淋菌・クラミジアPCRあたりが実施されています。
一方で、新型コロナのような新しい項目でキット化されていないものや検査頻度の低い項目は、採算性や精度管理などの点から多くの病院の検査室では実施せず、検査受託会社に外注されているのが現状です。
ではPCRの何が難しいのか?
国立感染症研究所のホームページに新型コロナウイルスPCRのプロトコルが公開されています。
*9 病原体検出マニュアル 2019-nCoV Ver.2.8
https://www.niid.go.jp/niid/images/lab-manual/2019-nCoV20200304v2.pdf
キット化されていないというのはこういうことです。読むだけでしんどいです。
DNAに比べRNAの扱いはシビアです。すぐ壊れる。手順がすごく多くて扱う試薬も多い。機械が自動でやってくれるのは7ページの3)の部分あるいは11ページの7)の部分。あぁ、疲れてきた。
手順や試薬が多いとミスが起こります。1で増田は卒業研究でPCRやっていたと書きましたが、例にもれずコンタミネーションを起こし、ある一定の時期からネガティブコントロールに弱い反応が出続けるという地獄をみました。
おそらくピペットのチップを交換し忘れ、共通試薬にターゲットを混入させるとかいう超凡ミスをやらかしたのだと思います。
逆に共通試薬を入れ忘れれば全て陰性になってやり直し。ぴえん。
あとで原因がわかればまだましで、間違った結果を出してしまうと最悪です。しかもこんなに手間暇かけて一生懸命やっても感度はそんなに高くない。感染にも配慮しなきゃいけない。
このプロトコルをひたすらやっている姿を想像するとつらくなっちゃいます。
臨床検査技師であっても大学の講義・実習でちょろっとやっただけの人がほとんどです。ご年配の技師の中にはPCRの原理説明できない人もたくさんいます。本格的なPCRが精度よくできるのは研究所や大学病院クラスの大きな病院、研究熱心な一部の病院、検査受託会社の担当者くらいです。なので、いきなりマニュアル見てやってねと連れてこられても結構難しい。
検査受託会社がどうやって検査枠を増やしたのかはわからないけれど、検体検査は資格を問わないので、もともと理学部卒とか農学部卒とかも多いし集めやすいのかも。(病院の検査室は採血とか他の業務もあるし資格のない人を採用しているところは少ないです)
感度・特異度の高い簡易キットが開発されて検査する人の負担が少なくなるといいね。
最後に
ここまで読んでもらえると、ネットで騒がれている
病院の検査室は忙しい、だから新型コロナの検査はしない。という状況ではない
多くの検査は検査受託会社が請け負うので、病院検査室が忙しいのはまた別問題。
おそらく大変なのは検査対象でない患者の対応に追われてる保健所と濃厚接触者の検体を受け入れてる地方衛生検査所とか。
検査数がみんなが思っているより少ないのは、あくまで国内の感染コントロールの方針や治療方針によるものであると個人的には思います。
もう少し気軽に検査出せるようになってもいいと思うけど。まあ外注だしすぐに結果わかるわけじゃないから微妙か。
急激に増えてきたのがわかったらしれっと消します。
検査はすでに増えてるのかもしれないし、言っていることが矛盾していたり、誤字脱字があったりするかもしれませんが、臨床検査技師なんてただの凡人ですし、わたしはリヴァイ班でもありませんのでご容赦ください。
間違っていることがあればご指摘いただけると幸いです。
長々とまとまりのない文章を、ここまで読んでいただいた方、ありがとうございました。
ていう人。いるよね。私もそうだった。
休むのが一番だけど、どうしてもいかないと死ぬときは、なるべく喋らない、距離とってしゃべる、食事の時間ずらす、会社で共有してる電話・PC・自販機・券売機・食器・文具などなどは触らない、触ったら消毒か洗う。
くらいはしてもらえると少しは違うかも?
逆にそれらの共有物は汚染されてると思った方がいいです。
飛沫感染よりも手についたウイルスが目鼻口から入る接触感染の方が多いっていわれてるから目鼻口の周りを触るときには必ず手洗いしてね。
あと、すれ違っただけなら感染しないよ。
それと咳したときにグーの手とかで受け止めるのはほんとやめてよそのウイルス(コロナに限らず)の付いた手どーすんの?すぐ洗えんの?!
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エレクトリカルパレードではなくて蟻🐜さんの話やな
利他的な蟻の増える速度の方が常に速いので蟻たちは滅んでないんだってさ
琉球大学農学部の辻和希(本名・辻瑞樹)教授と日本学術振興会の土畑重人特別研究員の研究チームはこのほど、働きアリよりも、働きアリの労働にただ乗りする、働かないアリの生存率の方が高いことを突き止めた。
個々が社会の目標より自分の目標を優先してしまうことで社会をつくることができなくなるという、人間社会でもみられる「公共財ジレンマ」の実例を、人間と微生物以外で初めて発見した。研究成果は「米国科学アカデミー紀要(PNAS)」(オンライン版)に掲載される。
辻教授は「この研究成果は人間がなぜ助け合うのかを理解するのにも役立つ」と強調した。
「公共財ジレンマ」とは、協力して社会をつくれば最終的な利益が大きいにもかかわらず、他者よりも大きな利益を得るために、他者の働きにただ乗りするという事態が起こり、社会をつくることができないことを指す。
研究チームがアミメアリを使い実験したところ、労働せずに産卵ばかり行うアリが交じっていることを発見し、それらは働きアリとは遺伝的に異なる系統に属することを確認した。働かないアリは、働きアリによる助け合いの利益にただ乗りしている。
研究によると、働きアリは働かないアリの分まで巣の外に出て労働するため「過労死」し、生存率が下がる。働かないアリは働きアリよりも多く子どもを産むが、その子どもは親と同様に働かない。だが、働かないアリのみの社会では、子孫を残すことはできないという。
自由競争の下では相手からの助けにただ乗りし利益を得た方が得であるにもかかわらず、助け合いの社会が発生することについて辻教授は、自然科学と社会科学の両分野で重要なテーマと指摘。「アリ社会において助け合いがなぜ生じるかを理解することが、ヒト社会の助け合いをより深く理解することにつながる」と研究の意義を強調した。
ウイルスも第4のドメインとか言われてるけどたぶん生き物じゃん?anond:20200222220947
でも、無生物は能動的じゃないもんって言い放つと『自己組織化する分子』ってのが出てくるじゃん?
■ 無生物から生物を産み出す自己組織化 – フラーレンからマイクロサイコロを作る、触角を生やす。
https://academist-cf.com/journal/?p=5873
自己組織化・・・複数の分子や物質が時間とともに自発的に秩序化していくこと。雪の結晶は、自己組織化により六角形を基本とした似たような形が作られるが、湿度や温度のわずかな違いによって無数のパターンを作る
そもそも能動的ってなんだよ人間の自由な意識とかある?とかいうと無いじゃん?
すべては反応で気のせいじゃん?
自由意志を担保するには物理から精神が派生しているのではなくその逆とするしかないじゃん?
でも増田に書き込む反応ってなんだよってなるじゃん?
結局、生き物ってなんだろうな?何が目的なんだろうか?
WWFをはじめとする自然保護団体が、野生の生物を採取、売買しないように注意喚起しており、
多くの市民が啓蒙されている現状だが、それに対する天野尚氏(ADA創始者 2015年没)の見解が以下。
ADAは自社のギャラリーや雑誌等のメディアで数多くの水草レイアウト水槽を発表しているが、
天野氏はワイルドものに強いこだわりがあり、ネオンテトラやブラックネオンテトラ、小型バルブのような、
ほぼ安価なブリードものしか市場に出ないような魚種についても、わざわざワイルドものを使っていた。
―――熱帯魚を飼う楽しみの一つに繁殖というものがありますが、
天野 私も以前、ディスカスの繁殖をやっていたのですが、そうするとホルマリンなどの薬を水槽に入れるので、
なにか不自然な感じになるんですよ。しばらくして魚が全滅してしまって、やめてしまいました。
手を加え過ぎて、本来の野生の魅力が失われてしまったんですね。
生まれてくる個体が野生の個体と同じであればいいのですが、人工的に繁殖した魚は体色もどんどん
悪くなっているじゃないですか。繁殖はいけないということではなく、熱帯魚の楽しみとして殖やすというのも
非常に大切なことで、水槽で種を継続させるのも重要なことなんだけれど、それだけを続けていると
また、野生の魚を捕るのは自然破壊につながるからダメだという考え方もありますが、
野生の魚を捕らないと現地人は食べていけないんですよ。
皆さん、これを頭に入れてもらいたいのですが、魚を採取することが絶対に悪いことじゃないんです。
彼らは野生の魚を採取し、それで得た収入で生活しているんです。魚を捕らないと、彼らはジャングルを焼いて
作物をつくらなければならない。ジャングルが焼かれたら、今度は川が汚染されて魚が生きていけなくなるんです。
本当にジャングルを守ろうと思ったら、ただ魚を獲るなとか、植物を獲るなとか、人間を入れるなとか言うだけじゃ駄目なんです。
一番いい方法は、現地人が最低限の量の魚を採取して高い値段で売ることですよ。
また、ジャングルの自然そのものを観光資源として、観光客にお金を落とさせるようにすることで、
アマゾンの森では、樹木や低地のシダ類によって多くの雨水が保持され、その雨水が腐葉土に浸透して濾過され、