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2012-06-17

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やっぱりくだらない事をしてくれたもんだなあと思う。

2011-08-17

完全放置バイオロジー研究室在学中の皆様へ

自分が完全放置研究室所属していた時に知っておくと、もう少し楽だったろうなぁと思うツールを単に列挙

よって内容に偏りあり。

初心者向け便利なホームページ

プライマー設計がしたい

Prime設計について

タカラリアルタイムPCRでのプライマー設計指針を書いてくれている。

通常のPCRでも基本的にこれに従えばOK

http://catalog.takara-bio.co.jp/product/basic_info.asp?unitid=U100004425

Sigma DNA Calculator

http://www.sigma-genosys.com/calc/DNACalc.asp

シグマ社が提供しているPrimerの計算ソフト

Primerの長さ、分子量、TmGC含量、2次構造の作りやすさ、Primer Dimerの有無などを複数のサンプルに対して計算してくれる。

*異なるPrimer間でのDimer形成に関してのデータは無い

設計してみた配列を入れ使えそうか考える。


知らないタンパク質が出てきた

○UniProt

http://www.uniprot.org/

タンパク質についてのデータが簡単に手に入る。知らないタンパク質名があったら取り敢えずココで検索

アミノ酸配列

・糖鎖付加部位

・S-Sの部位

・報告されている変異の場所

・関連性の高い論文へのリンク などなど多数の基本情報が記されている

○Compute pI/Mw tool

http://web.expasy.org/compute_pi/

タンパク質配列からpI値と分子量を計算してくれる。

使用頻度は低いけれど、無いと困るソフト


DNA配列からアミノ酸配列を知りたい

○Translate tool

http://web.expasy.org/translate/

DNA配列からアミノ酸配列翻訳してくれるソフト

ドンフレームがズレていても、逆向きの配列でも全てのパターン翻訳してくれる。(フレームのズレ3種×向き2種=Total6パターン)

表示も3文字表記と1文字表記があり、翻訳後のコピ-&ペーストに便利



公開されているVectorDNA配列を知りたい。

Vector Database

https://www.lablife.org/g?a=vdb

報告されている様々なベクター情報が見られるページ

配列マップも表示され、新しいベクターを作製する場合何かと便利



系統樹を描いて配列比較したい

○ClustalW2 - Multiple Sequence Alignment

http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/

系統樹を描いてくれるソフトホモログなんかを比較する時にも便利。

使い方の簡単な説明がYouTubeに載っています

http://www.youtube.com/watch?v=r2cG1SzDdBA

YouTubeでもある通り、ホームページ内でも系統樹を見る事が出来ますが、オフラインデータを見たい場合

TreeView Xを使えばできます

http://darwin.zoology.gla.ac.uk/~rpage/treeviewx/download.html


論文を読むのが苦しい人へおオススメ

アドオン(firefox)

ライフサイエンス辞書ツール

マウスオーバー単語意味が表示される。ライフサイエンスに特化しているのためマニアック単語もいける。

英辞郎 on the web

ライフサイエンス辞書ツールのようにマウスオーバーではないが、検索ボックスコピー&ペーストしなくても検索が可能なので、とても楽。

ライフサイエンスに特化していないが、かなり広い範囲の単語が登録されているのほとんどの単語、述語の意味が分かる。

検索

ライフサイエンス辞書オンラインサービス

英語共起表現

http://lsd.pharm.kyoto-u.ac.jp/ja/service/weblsd/conc.html?c

上記したライフサイエンス辞書ツールを開発しているホームページ

単語にたいしての共起表現検索してくれる。分からない単語の訳の予想や、論文を描く時の助詞検討する時に便利

とりあえずの便利ツールでした。

2010-10-08

http://anond.hatelabo.jp/20101008195837

Sigma ツマンナイことを覚えて試験でいい点を取るスキルは、一生役に立つ。試験を受けることは大学受験で終わりじゃないから。

これはちょっとどうかと思うけどな…。

2010-03-19

ttp://home.att.ne.jp/sigma/satoh/diary.html#20100310

標準化は他社には見せない技術、つまりブラックボックス化した技術とは組み合わさってはじめて儲けにつながります。GoogleAppleMicrosoft標準化をすすめる同時に、GoogleWeb検索を含むインフラ側を徹底的に隠していますし、Appleコンテンツ販売の部分は徹底的に隠しています。日本企業はこのあたりがお人好しというのか、前述のように標準化というと日本では非営利な崇高な作業と思っているのか、ブラックボックス化した技術をもたずに標準化をすすめるので、標準化がうまくいっても、儲かる部分がないということになります。

2009-11-26

うーん。

別にプロじゃないからなんでもいいのかもしれんけど、

’たくき よしみつ’って人のデジカメ関連の本がまったく良くない本なのに高評価を受けている事がまったくもって腑に落ちない。

2chスレ

”鐸木は浅知恵の変質的クレーマー。”って書いてあったけど、

そこまで言うつもりはないけれど、ほんとに内容がひどいとおもう。

支持するやつもひどいとおもう。

たぶん理屈としては

昔からの銀塩ユーザーが、’うんうん、わかるよ?そうだよねそうだよね。’っていって同情ににた感情で読んでるのか

良く知らないユーザーが、’あれ!?新聞に載ってる?!しかも@@新聞だ!すごい!’っていってよくわからんけどすごそうだから鵜呑み系

な、だけなんだと思う。

その新聞社自体がクソだっつー話もさておいて、Amazon上の評価がまったく参考にならないってのもおもしろい状態だなと。

くそつまらん、っていって書いても、★が5つになっていれば”参考になりました。”ってなるとか。。。

大体にして綺麗に撮るっていう事に対して、画質が重要だって自分で言ってる癖に、

画素機がいらないってのはどういうことなんだと。

受光面積が小さくなるから受光量が減るとかいってるぐらいだったらそもそもメーカーF値自体鵜呑みにしなきゃいいのに。

っていうかレンズサイズと枚数とコーティングの違いだってあるじゃん

わかりやすくする工夫はいいことなのかもしれんけど、テーマゴリ押しするために誤った知識を初心者に教えるなよ。

常識を疑う、とかいうのを売りにしてるみたいなんだけど、

そんなこというなら国外メーカーハイエンド機が何故あるのに、日本だと知名度がないのかとか

そこら辺掘り下げたらいいのに。(あとはSIGMAとかさ)

たんなる小遣い稼ぎ程度に書いてみたってことにしか見えないし。

こんなクソな本を出すからKGは精神病棟だとか言われちゃうんだよ。

新書マジレスかっこ悪い、、かなあ。

2008-06-07

http://anond.hatelabo.jp/20080607005607

この増田は偏差と偏差値の違いを知らないのだろうか。

知っていて正確に「偏差」が60だったとして、その模試の平均点や満点がいくらなのか、何人が受けた模試なのか、という情報抜きに60という数字をどう評価していいかと言われても、それは分からない。

仮に偏差値のことを間違えて、あるいは違いが分からずに偏差と書いているとして、偏差値60を「凄い頭いい子」というのが分からない。

http://ja.wikipedia.org/wiki/%E5%81%8F%E5%B7%AE%E5%80%A4

http://ja.wikipedia.org/wiki/%E5%AD%A6%E5%8A%9B%E5%81%8F%E5%B7%AE%E5%80%A4

偏差値60以上は正規分布と仮定して(大規模模試ならこれは問題ない仮定)16%弱もいるのだから、その程度は「凄い頭いい」とは言わない。

というか、標準偏差の範囲の一番上でしかないわけだし。

「凄い」というと、6 sigma クラスなのではないかと産業界に身をおくと思うのだが、しかし、そんな偏差はマークシート式になるような大規模模試ではまずないだろう。何故って、満点も零点もそれぞれそこそこいるのでそんなに大きな偏差にならないし、満点の偏差値が100を越えてしまうような大学受験模試があるとしたら、それは問題の作り方が間違っていることになるだろう。そんなテスト予備校の講師は用意しない。

でもまぁ、「凄い頭いい」というなら、せめて偏差値80オーバーを言うのではないだろうか。

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