物語中、唯一の癒やし成分として登場するカヨコ（石原さとみ）による情報で、ゴジラは60年前に米国が杜撰に海中投棄していた核廃棄物が謎の古代生物の生き残りに作用して発生した新生物である可能性が示唆される。そのレポートをまとめたのが牧教授。超重要なのに、セリフの中にしか出てこず、回想シーンすらない人物である。

セリフの中にしか出てこないということは、セリフの中に出てくる説明や推測がそのまま牧教授の人物像の設定と考えていい。

ざっくりと箇条書きにすると

と、こんな感じ。

冒頭の無人ボートに残された「私は好きにした。あとはお前たちが好きにしろ」（だったっけ？）という捨て鉢なメッセージ。揃えて脱がれてあった黒い革靴。牧教授はあのボートから海に飛び込んで自殺したことは間違いない。ではなんのために？

パンフレットによると、映像には映らなかったが東京湾に出現した時点の第1形態はしっぽの長いオタマジャクシ型らしい。

出現時の順序は、次のようになっていた。

高温は急激な形態変化の副産物なので、最初の「謎の高温」は、形態変化が爆発的に開始したタイミングと考えられる。

ということは、当然それ以前、オタマジャクシ型の「前」があるはずだ。

両生類←オタマジャクシ←（？）

物語の途中、米軍の攻撃により地表に落ちたゴジラの体液がなにやら生物っぽく増殖している映像がサクッと挟まれる。これにより、ゴジラが無生殖で増殖する可能性が示唆され、国連が東京に核攻撃を行うきっかけになる。
ラストシーンの尻尾のアップ。尻尾の先の方になるほど、クジラのような骨格や、人の手の骨のようなものがむき出しになっていく。
ゴジラの遺伝子の情報量は人間の4倍である
パンフレットによれば尻尾の先は「人の顔のようなもの」
ゴジラVSビオランテ以降、ゴジラの細胞は「G細胞」と呼ばれ、ゴジラ以外の生物が摂取すると体を乗っ取られてゴジラ化してしまう公式設定がある。

これらのことに、古今の漫画的な「お約束」を加えると、ゴジラが他の生物を「取り込んで」成長することは明らかだ。

尻尾の先にあった別の生物らしき骨格は、ゴジラが吸収して未消化の（あるいは完全生物であるゴジラにとって不要と判断された）パーツと考えられる。

さて、ここから大きくハネてみる。

米国の沿岸で発生したゴジラ。これが「わざわざ」東京湾までやってきて爆発的に成長を始める。そして「なぜか」東京の中心（日本の中心）だけを執拗に狙う。

ここに「日本を憎んでいて、最近米国から日本に移動したマッドサイエンティスト牧教授」というピースを当てはめるとすべてがしっくり来るストーリーが作れる。

牧教授は調査中米国沿岸の海底で入手したゴジラ第0形態（卵型）を日本に持ち帰り、東京湾に身投げしつつ摂取した、あるいは取り込ませた。
人間はゴジラにとって初めて取り込む知的生命体だったため、ゴジラには原始的な自我が生まれ、その意識は牧教授の怨念ともいえる「日本を滅ぼす」一色で塗りつぶされていた。
牧教授の脳から地理的な知識も取り込んでおり、東京の中心（皇居、霞が関、都庁等）の方角を間違えずまっすぐに進んでいった。
放熱が上手く行かないためクレバーな判断で一旦太平洋に引き返したあと、クジラ等大型海棲生物を取り込みつつじっくり完全体（第4形態）となり、再度鎌倉から上陸して東京を目指した。

こうなっていたとすると、ラストシーンの尻尾→ゴジラが他の生物を取り込む設定→冒頭の無人ボートの謎が解けることになり、物語がきちんと閉じて気持ちいい。

この説に直接関係はないが、牧教授の遺書「君たちが好きにしろ」というのを深読みすると、牧教授が憎んだのは日本のすべてではなく、自分の研究をきちんと評価しなかった学会や官僚主義といったものだったかもしれない。現在の日本はどうしようもないから滅んだほうがいいが、ゴジラを乗り越えられるような日本に生まれ変われるのなら、それもまた良しといったメッセージのようにも思える。

こうしてみると、これを思い出さないだろうか。場所も鎌倉と芦ノ湖で近いし。

あっ、作者が同じだ！偶然だね！

ドラえもん「にまんえーん」

まだ観てないんだけど、どうやらイケメンで学力も体力も交友関係も充実したリア充（ただし貧乏）が、田舎の美少女女子高生と意識が入れ替わるうちに仲良くなって友達以上恋人未満な関係になるけど、いつのまにか寝取られて風味絶佳キメる（注：沢尻エリカを寝取られた柳楽優弥が、線路沿いの道を自転車で暴走するもバランスを崩して転び、咽び泣くの意）って話じゃなさそうなので観に行くか迷う。