物語の流れは原作に沿いつつも、最も大きな違いが発生するのはシリウス・ブラックとピーター・ペティグリューを追い詰めた後のシーンです。ルーピンが狼人間に変身した際、彼は自らを制御できず、ハリーを誤って噛んでしまいます。ハリーは重傷を負いながらも、一命を取り留めますが、その体内に狼人間の呪いが宿ることに気づきません。

時間が経つにつれて、ハリーは自分の中に異常を感じ始めます。夜になると異常に鋭くなる感覚、満月の前の数日間に感じる体の重さとイライラ。彼はすぐに自分が狼人間になったことを知りますが、友人たちに告げる勇気がなく、恐怖と不安の中で一人苦しみます。

ルーピンは自らの行動を深く後悔し、彼の責任としてハリーを守ろうと決心します。ルーピンは、ハリーに狼人間の呪いを抑制する「ウルフズベイン・ポーション」を飲ませるために、スネイプに協力を頼みます。しかし、この薬には副作用があり、長期的には狼人間の苦しみを増す可能性があることが判明します。この「脱狼薬問題」は物語の鍵となり、ハリーの身体的・精神的な苦悩が深まっていきます。

スネイプ教授は、表面上はハリーを嫌悪し続けますが、内心では彼をひそかに守ろうとしています。スネイプはウルフズベイン・ポーションを調合する際に、ハリーの体に危害を加えることなく、彼を守るための最善策を探りますが、自らの感情と過去の憎しみに縛られているため、冷静な判断が揺らぎます。

スネイプはハリーの父ジェームズとの確執から抜け出せず、彼がジェームズの息子を救うことにためらいを感じる一方、ダンブルドアからの信頼や「命の借り」というスネイプ自身の強い倫理観が彼を葛藤させます。この一連の過程で、スネイプはポーションに関して危険な選択肢を考え始めます。

ハリーは満月の夜、初めて狼人間に変身します。彼はウルフズベイン・ポーションのおかげである程度の理性を保っていますが、内なる狼の本能が彼の意志を蝕み、凶暴化する寸前の状態に陥ります。この時、ピーター・ペティグリューが現れ、ハリーをヴォルデモート側に引き入れようとします。彼は「お前はすでに怪物だ。闇の力こそがお前に自由を与える」と誘惑します。

ハリーは自分の内なる闇と向き合わなければならなくなり、自分が父親と同じように「正義の味方」になれるかどうかに疑念を抱きます。彼は狼人間である自分を受け入れることができず、自己嫌悪に苦しみます。友人たちからも徐々に距離を置くようになり、孤立感を深めていきます。

ついに、シリウス、ルーピン、そしてハリーはピーター・ペティグリューとの最終対決に挑みます。ペティグリューは、狼人間としてのハリーの力を暴走させ、彼を操ろうとしますが、ハリーは内なる狼と対峙し、「怪物」である自分を受け入れることで、強さと理性を取り戻します。彼は自らの力を使ってペティグリューに立ち向かい、正義の側に立つことを選びます。