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今なら http://blog.livedoor.jp/omaenoteki/archives/20313246.html にも全部回答できる気がするので回答してみる。
ネタバレありなので読みたくない人は読まないでおきましょう。
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はじめに断っておきますが、「アンパンマンはなぜ動力もなしに空を飛べるのか」という問に対し、「そういうものだから」と返すような回答が多いです。
1. エヴァ2機を宇宙に打ち出した技術、設備はどのようにもたらされた？
ジオフロント開発やエヴァシリーズ開発やMAGI開発なんかを手がけた科学力によってじゃないですかね。
使徒かそれに準ずるものでしょう。ニアサードインパクトによって変異した人類とか、エヴァの失敗作とか、ナンバリングされてない使徒とか。
3. 新プラグスーツではLCL内に大量の気泡が発生。その意味は？
4. 初号機はなぜ一瞬覚醒したのか？
アスカの呼びかけに応えた、としておくのが妥当な態度だと思います。TV版ゼルエル戦とかでもそんな感じだし。
5. 「検体番号」ということは、ヴィレは他にも検体をもっているのか？
ニアサードインパクトの爆心地近くに居た生き残りをミサトさんが「検体として」保護していたんでは。
アスカも早く目覚めただけで元検体だったのかもしれません。
6. 葛城「大佐」ということは、ヴィレには上部組織が存在するのか？
どっちでもいいんじゃないでしょうか。ヴィレ発足前の階級がそのまま呼称として定着してるだけかもしれませんし。
7. なぜヴィレのメンバーは全員がサードインパクトとシンジの関係を知っているのか？
14年の間に調査なり情報伝達なりが行われた結果でしょう。反ネルフな組織ですから構成員が知ってても不思議ではないです。
8. 戦艦「AAAヴンダー」の補給は空路であるが、なぜこのような極地に大規模な空輸が可能なのか？
TV版でロンギヌスの槍を投げたら宇宙空間のアラエルに当たって倒せたことに比べれば些細なことでは。
1と同様、科学力の賜物でしょう。
9. そもそもヴンダーのような超兵器を建造したのは誰？何処で？どのように？
技術面ではエヴァ開発者かつMAGI担当だったリツコじゃないですかね。資金面では加持さんかなんかが動いたとか。
10. なぜ宇宙からの降下ポイントとして氷の張った極地を選んだのか？
巡洋艦しか手配できなかったので海限定だけど他に着陸できそうなポイントがなかったとか。
ポカ波を取り込んで変質したとか、14年の間に初号機内部で変化があったとか、シンクロ率0%がそもそも嘘だとか。
本当に「再生」されたのか、たまたま現場で拾ったのをミサトの命令で修理したのをそういって渡したんじゃないのか、と思っています。
13. ヴンダーが戦った敵の正体は？
2に同じ
14. ヴンダーと敵の交戦中、なぜ他の艦隊は射撃しないのか？
A.T.フィールドを持ってるらしいので通常兵器では意味がないからでは。N2兵器も効かないのに巡洋艦程度の火力でどうにかできるとも思えません。
15. 「初号機を主機に」とはどういうことか？
文字通りというか、初号機を動力源あるいはメインモジュールとして、ということでしょう。
軍艦部分は乗員用の飾りなんでしょう。
16. 2号機が行った槍での点火活動は何を意味するのか？
使徒でいうところのコアへの攻撃じゃないでしょうか。
初号機の力を使ってるのでは。
18. N2爆雷でも破壊できないATフィールドを容易く粉砕するヴンダーの主砲とは？
17に同じ。あるいはA.T.フィールドを中和したあとなら通常兵器でも攻撃が届く。
19. ヴンダーが浮遊すると周囲の艦隊まで浮遊するのはなぜ？
初号機のA.T.フィールドによるものか、科学力によるものじゃないでしょうか。
14年間で色々あったのにそのあいだずっと寝てただけのシンジにムカついたとか、クライマックスでの「私は助けてくれないのね」に繋がるものなのか、幅のある解釈をできる場面ですね。殴ってスッキリした、とのことなので前者っぽいですけど。
21. 隔離室のガラスにヒビを入れるアスカパンチの異常な攻撃力は？（笑）
隔離室のガラスがそもそもそんなに強度がないんじゃないでしょうか。
22. アスカのボロボロのプラグスーツ（後半は新品同様）はなぜ？
3に同じく老朽化したんではないかと。後半で新品同様になるのは予備が届いたとか。
23. シンジは何故周囲のクルーに現在の状況を尋ねないのか？
トウジの妹に何回かきいてませんでしたっけ。あと作戦行動中だったりして忙しく働いてるわけですから、その手を止めるのは気が引けて後でミサトさんに確認しようと考えてもおかしくはありません。
黒波とのシンクロ率が高いとかでは、というかああいう演出はエヴァに限らずちょくちょくあります。
25. なぜレイは巨大なヴンダーの中で、ピンポイントにシンジのいる場所を発見できたのか？
26. なぜ零号機改は首をふっとばされても活動し続けられる？
そういう改造をされたからでは。というか元々エヴァは首が飛ぶと活動停止するっていう仕様は特になかったような。
27. ヴンダーに張り付いた零号機を撃ちまくる戦艦たちは何故全く誤射を恐れないのか？（笑）
誤射より零号機破壊を優先したんでしょう。人命軽視がミサトの常らしいですし。
28. また先程とはうって変わった好戦性の理由は？
これが何を意味するのかちょっと前後を思い出せません。ミサトのシンジに対する態度でしょうか？
であれば、艦長として危険因子が敵に渡りそうな場面ですから凄まざるをえないところでしょう。
29. シンジはなぜ全く考えなしに、しかも首輪爆弾を全く恐れず零号機に身を委ねたのか？
よくわからない、ちゃんと説明もしてくれないヴィラよりは慣れ親しんだポカ波のところに行ってみようと考えても特に不思議はないです。
首輪爆弾についても、「エヴァに乗ると死ぬ」とは理解していたようですが、まだあまり緊張感がない様子で、いきなりリモートで爆破されると理解してるようには見えませんでした。
30. ネルフ本部はほとんど完全に無人のようだが、エヴァの開発や整備は誰がしてるのか？
綾波クローンでも居るんじゃないですかね。それより電力源のほうが気になるところです。
ゼーレから送り込まれたって言ってましたよ。
32. ゲンドウの異常なそっけなさはなんなの？
変に情が移るとめんどくさいからじゃないですかね。大事の前の小事だし。
33. あのライト、上で冬月副司令がつけたり消したりしてるの？（笑）
好意的に解釈するなら何かに反応して自動でついたり消えたりしてるのかも。
まだ生成されたばっかりで自我も固まってないのでは。
たぶん3人目だから
36. プラグスーツと裸との往復だろうに、なぜ学校の制服が脱ぎ捨ててある？
常にプラグスーツを着て生活してますかね。カヲル君もシンジ君も制服で生活してたし、黒波もそうだと考えるのが自然では。
37. シンジと相対するレイ、左目の焦点が明らかに狂っている。何故？
作画の荒れか、普通の人間ではないよう意図的に「狂っている」ように描いたかでしょう。
38. レイが試験管っぽいのの中でゴボってた最中現れた制服を着たレイの正体は？
36のように制服を着て生活してる黒波が綾波シリーズの製造現場の近くに居たってだけでは。
30に同じで。
40. 配給される衣服。鈴原トウジの名前。彼の生死は？つーか洗濯システムは？
30に同じで。
41. カヲルくんの異様なシンジへの思慕には何か理由があるのか？
送り込んだゼーレなら知ってるかもしれません。カヲル君の存在自体が謎なので、思慕だけ取り上げても仕方ないと思います。
42. 赤い大地、アパートから腕を突き出す巨人、「人類の強制的な進化」、前作とは全く異なる人類補完計画とは？
43. リリンの呪いとのことだが、命令されて世界を守るためにエヴァに乗り戦ったシンジ君が責められ、それを命令する立場にあったミサトやヴィレの面々が被害者面してるのは何か理由があるの？
破で世界がどうなってもいいから綾波を助ける、と息巻いていたシンジ君ですからその結果世界がどうにかなったことを責めても別におかしくはないのでは。ニアサードインパクトで様々な被害を被っただろうし、目の前にその張本人が居ればヴィレメンバーにもそういうこともあるでしょう。ミサトさんはそのヴィレの長ですから親しくするのもどうかと思いますし。
44. 外壁に降りる時は耐圧スーツを着るのに、吹き抜けのピアノスペースでは全く無事なシンジ君。何故？
45. カシウスの槍とは？
ロンギヌスの槍と同じく謎です。
監督が設定忘れてたとか、冬月が耄碌したとか、旧版とは別の世界なんだよという観客へのメッセージとか、そのへんでしょう。
47. 電源が不安定なようだが、ほんとマジ、どういう理屈で動いてるんですかこの本部？
30で先送りにしてきましたが、描かれてない部分に発電設備があるとかじゃないですかね。14年の間にS2機関の開発or奪取に成功したのならエネルギー問題は解決です。
48. シンジを抱くユイの傍らに立つ マリによく似た人物の正体は？
よく似た無関係の人かもしれませんし、マリ本人かもしれませんし、マリの存在が謎なので写真の人物だけを気にしても仕方ないのでは。
そもそも誰かが後ろから手をのばせば解錠する仕組みなのかもしれません。着けられた本人は外せないけど他の誰かなら誰でも外せるし、ヴィレに居る限りシンジ君の首輪を外そうとする人も居ないのでこの仕組みで充分かと。
50. 「2本の槍を抜けば全てが元に戻る」意味がわからないですが？どういう理屈？
実際に抜かれていればわかることだったから説明を省略したんでしょう。
51. 「さすがカヲルくんだね」シンジくん、立場には同情するがもう少し脳みそを使わないか？
見知った人間全員に冷たい態度を取られたあとのことなので依存するのもまあ仕方ないのでは。
52. ダブルエントリーシステムとのことだが、搭乗者とシンクロするエヴァの仕組み的に無理があるのでは？
53. 槍を持ち帰るために魂が２つとのことだがどういう意味？
言葉通りの意味でしょう。槍は魂とやらに共鳴して初めて意味をなす何かだとか。
54. というかシンジ君、さっきシンクロ率ゼロとか言われてましたが、あれは嘘だったんですか？
初号機とのシンクロ率と13号機とのシンクロ率は別計算でしょう。例えばアスカと初号機のシンクロ率は弐号機のそれとは別になります。
55. かなりの時間が経っているのに零号機の頭部はなぜ修復されなかったのか？
予算がなかったとか、どうせもう用済みだから放置したとか、どうせ使徒に乗っ取らせる予定だし頭部はそれほど重要じゃないとか。
56. そもそもあの鎌みたいな実用性皆無っぽい武器はなんなの？理由があるの？
57. 意気揚々と現れて速攻電池切れするアスカと2号機。やる気あるんですか？
あそこにたどり着くまでに結構時間食ったんじゃないですかね。旧型っぽいし、フル充電して作戦開始してもああなるけど電池切れても予備があるわけだし、他に手はないのでまあいいかみたいな。
58. アダムスの器ってなに？
ガフの扉とか死海文書とかと同じくペダントリーの一種でしょう。
59. 槍を目前にして13号機が暴走した理由は？
初号機がよく暴走したのと同じくシンジ君がやる気になったせいで13号機もテンション上がったとかでは。
60. 「とっておき」の虎の子弾。ダメージを与えるどころか腕が増えたんですけどなんで？
とっておきのあれはA.T.フィールドを中和する作用がある弾だったかと思いますが、A.T.フィールドがなぜかなかったせいでそのまま着弾してしかもそれが13号機に取り込まれた結果とか。
フォースですね。リリスの骸が消滅したのと何か関係あるのかも。
62. カヲルくんはもう少し強くシンジを止めるべきでは？やる気がないの？ねえ？
シンジ君を止めたところでその先に何かあるわけでもなし、それなら罠と薄々気づきつつもシンジ君の好きなようにさせてあげるのもいいかもしれない。少なくとも自分がどうするか選択するのではなくシンジが選択すべきことだ、みたいな感じじゃないですかね。
63. 「命令」で使徒に身体を乗っ取らせた零号機。そして使徒は覚醒間近の初号機には目もくれずヴンダーを攻撃。いつの間に飼い慣らしたの？使徒もまた自らが主導のサードインパクトを望んでいるんじゃなかったっけ？13号機止めなくていいの？
ゲンドウのみぞ知るでしょう。新劇の使徒の目的が旧劇と同じとは限りません。
64. つかあの大量の白骨とでっかいOTLはなんなんすか？リリスの死骸？あぁ？
白骨はエヴァの失敗作じゃないですかね。
65. セントラルドグマの戦闘と同期して巨大なリリス？の頭部が血を流す理由は？
ギリギリ生きてたリリスが完全に死んだっていう象徴的な描写でしょう。
66. ゼーレの望みはほとんど叶った？ではゼーレの望みとは？どのタイミングでそれが叶った？
ニアサードインパクトじゃないでしょうか。ニアだからほとんど。
ネルフ本部が一番安全だったからでは。実際あれだけ世界が真っ赤になっても無事なわけだし。
68. そして何故ゼーレの面々をこのタイミングで殺す？無害なのでは？
計画上の都合というよりゲンドウのけじめ的なものでは。
69. 全身がコアの使徒ってなんだよ…
エヴァもデュアルコアの時代だしメニーコアの使徒が居てもいいんじゃないでしょうか。それかTV版のイロウルに近いものかもしれません。
70. 2号機に、というかエヴァに自爆機能なんてあったっけ？(追記：TVシリーズ零号機にはありました。)
"改"弐号機らしいんで追加したんじゃないでしょうか。
71. あるなら「破」でレイが自爆ではなくミサイルを使った理由は？
70の理由で改弐号機にはあったけど破の零号機にはなかったんでは。
72. 自爆してもなぜ2号機は爆発四散せず原型を留めてるの？
S2機関を部分的に取り込んでいて自立再生できたりするんでは。
73. 簡単に外せるはずの首輪が原因で死ぬカヲルくん。自殺？理由は？
49の仕組みだと考えれば納得できるかと思います。
74. 「これは君の幸せではなかった」ったりめーだろ気づけよアホか。
これでも綾波シリーズよりはひとの気持ちがわかる使徒なんでやさしくしてあげてください。
75. そもそもなぜ首輪は作動した？
そもそもエヴァに乗ると勝手に作動するっていう説明があったのに搭乗したときには作動しなかった。そして12号機にはA.T.フィールドがなかった。つまりA.T.フィールドがトリガーに関係してるんでは。
76. アスカはなぜ落下地点が全く違うはずなのにシンジを探し出せたの？
がんばって探したんでは。
77. 「私は助けてくれないのね」いや破じゃお前助けるために死にかけたし、さっきはお前から襲いかかったんだが？
78. 使徒と共に殲滅されたはずのレイはなぜシンジの落下ポイントにいるの？
エントリープラグは無事だったんでしょう。バルディエルに取り込まれたトウジも肉体は別に損傷してなかったし。
他のタイプのクローンも居る、綾波タイプの他のロットもある、ということでしょう。わかってて書いてますよね。
ガイガーカウンターみたいなものでなんかを測定してたんで、放射線か何かの影響では。
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