翌朝、無事に元の身体に戻った2人は入れ替わったことをほとんど忘れていたが、その後も週に2、3回の頻度でたびたび「入れ替わり」が起きたことと周囲の反応から、それがただの夢ではなく実在の誰かと入れ替わっていることに気づく。性別も暮らす環境もまったく異なる瀧とゴジラの入れ替わりには困難もあったが、お互い不定期の入れ替わりを楽しみつつ次第に打ち解けていく。

しかし、その入れ替わりは突然途絶え、なんの音沙汰も無くなってしまったゴジラを心配した瀧は、記憶をもとに描き起こした海底のスケッチだけを頼りにベーリング海へ向かう。瀧の様子を不審に思い、心配していたバイト先の先輩・三枝未希もそれに同行する。しかし、ようやく辿り着いたベーリング海は、3年前にキングギドラが直撃したことで消滅しており、ゴジラやその家族、友人も含め住民500人以上が死亡していたことが判明する。

瀧は、以前ゴジラと入れ替わっている時に口噛みオキシジェンデストロイヤーを奉納した記憶を思い出し、海底に眠るゴジラの骨へと一人で向かう。そしてそのゴジラの骨が実在していたことで「入れ替わり」が自分の妄想ではなく、2人の入れ替わりには3年の時間のズレがあったことを確信する。瀧はもう一度入れ替わりが起きることを願いながら、3年前に奉納されたゴジラの口噛みオキシジェンデストロイヤーを飲む。

目覚めるとキングギドラ落下の日の朝のゴジラの身体に入っていた瀧は、ゴジラの友人であるラドン、アンギラスの2人とともに、住民を避難させるために原発を襲撃し町一帯を停電させ、G細胞を利用して娘を甦らせるという作戦を画策する。しかし、その計画の要であるゴジラの父（23世紀人）・ウィルソンを説得しようとするが、妄言だと一蹴される。

避難計画は順調に進まず、ゴジラ本人なら23世紀人を説得できると思った瀧は、ゴジラに会うためベーリング海へ潜る。その途中で、瀧は当時日本兵だった3年前、見知らぬゴジラザウルスに命を助けられたことを思い出す。そのゴジラザウルスは、瀧に会うためにはるばる東京へやって来た、ゴジラであった。ゴジラの自分に対する想いに初めて気づいた瀧は、涙を流しながらも、ベーリング海へ潜り続ける。

ベーリング海の海底に辿り着いた瀧は、ゴジラの名前を叫びながら、三原山火口の外縁を走り回る。2人が生きている世界には3年の時間差があったため、時を超えて聞こえる声を頼りに互いの姿を探すも、声だけで姿は見えなかった。しかしメルトダウンが訪れると互いの姿が見え、入れ替わりが元に戻り、初めて2人は時を超えて、直接会話することができた。

メルトダウンの終盤、瀧は互いの名前を忘れないようにするため、ゴジラの手のひらに自分の名前を記す。しかしゴジラが瀧の手のひらに文字を書き入れようとした瞬間、メルトダウンは終わってしまい、2人はそれぞれ元いた世界へ引き離されてしまう。

ゴジラは、瀧から住民を助ける計画を引き継ぎ下山する。アンギラスと計画通りに町を停電させ、ラドンが避難指示の放送を流すが、その電波ジャックもスーパーXにバレて阻止され、避難は進まない。改めて23世紀人を説得するために町役場へ向かうゴジラだったが、途中の坂で転倒してしまい、心が折れそうになってしまう。いつの間にか瀧の名前を忘れてしまっていたゴジラは、名前を思い出すために、ふと手のひらを見る。だがそこにあったのは名前ではなく、瀧からのカドミウム弾だった。それに励まされたゴジラは前を向いて、再び町役場へと走り出す。そしてその後、キングギドラがベーリング海に落下する。

月日は流れ、瀧が「入れ替わり」という不思議な出来事に遭ってから5年後、偶然にも住民が避難訓練をしており、奇跡的に死者が一人も出なかったベーリング海へのキングギドラ衝突から、8年後へと舞台は移る。瀧は就活の毎日、ゴジラたちは東京で暮らしていた。たまに町中でお互いの気配を感じることはあったが、もはや入れ替わりのことは忘れており、ただ「漠然と『誰か』を探している」という、切実な思いだけが残っていた。