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199X年。世界は核の炎に包まれた。海は枯れ、地は裂け、全ての生物が死滅したかのように見えた。だが、(ここまで書いた。以下全てAI)
しかし人類はその極小数のみ生き残った！ そして彼らは知ったのだ！この地球にはまだまだたくさんの資源が残されていることを！ 20XX年、人類はこの地球を蘇らせるため大規模な復興計画を実行に移す。だがそれは決して平坦な道ではなかった。多くの犠牲を払いながらも、彼らは少しずつ歩みを進めていったのだ。その一歩ずつが人類の希望への確かな道程だったのだから……
2115年。
人々は復興を果たし新たな文明を築きつつあった。だがそこに立ち塞がる影があった。それは人型兵器「機兵」とそれに随伴する「魔獣」「幻獣」と呼ばれる異界の存在たちである。
機兵はかつての超技術により生み出されたものらしくその戦闘力は非常に高く、人類の手に余るものとなっていた。そのため、魔獣・幻獣に対抗できるのは人類側で作られた対機兵の切り札「魔導機士」だけとなる。
機兵を操り戦場をかける「魔導騎士」に憧れを抱いた少年・カイ=セイリュウは幼馴染の少女とともに、訓練生となったばかりの16歳のある日。突如出現した魔獣との戦闘に巻き込まれたことで人生を変えることになる。
戦いの中でカイが得た「魔力炉心（エーテルリアクター）」と呼ばれる超高密度の魔力エネルギーを発生させる心臓部、それによって得られる強力な魔法「魔術」、そして機兵との交戦で得られた戦闘データをフィードバックさせた最新型試作機兵「エクスシア」を駆って魔獣の討伐を行うようになる。そうして戦い続けるうちに彼はいつしか人々から「勇者様」と呼ばれるようになり、「機聖騎士」の称号を与えられていく。そんな中で彼は幼馴染であり同じく訓練生であった女性少女メイリィと共に絆を深め合いながら成長していき……
「それは何？」
メイリィはカイに話しかける。ここはとある町の路地裏にある酒場の前だ。まだ昼間だというのにも関わらず、酒を飲む者たちの姿がある。
二人は先日行われた実地試験で見事合格した新米機兵使いとして登録するため、訓練所へ報告をしに向かっていたところだ。その途中で、カイはあるものを見つけた。それが今二人が持っているものである。一見すればただの小石かと思うほどの大きさしかないものだが、よく見ると何か文字のような模様が描かれていることがわかる。しかも妙に輝いているようにも見えて不思議だった。
疑問を抱くカイであったが、その答えはすぐに出た。「うわぁっ！」
思わず声が出る。なんと突然その石が光を放ち出したからだ。そして光が収まったときには……目の前に一人の美しい少女が現れていた。
肩口までの金髪ロングヘア、白を基調としたドレス風の衣装を纏い、手にはレイピアのようなものを握っている。年齢は14歳くらいだろうか？透き通るような肌にくりっとした碧眼が特徴の顔つきはまるで妖精のように整っており可憐そのもの。
「え！？君は一体……？」
驚きつつも返事をするカイ。そんな彼に少女は告げた。
「あ……」
（どこかで聞いたことがあるような……確か最近話題になった童話の登場人物と同じ名前のはずだけど）記憶をたどる。
「ああそうだ！『アリス』だよね？でもどうして君がここに？」
「お願いがあるんです。私を助けてください」と。
突然の申し出。意味がわからずカイは聞き返す。「助けてくれって何を言っているんだい？」
すると彼女は答える。自分が伝説の魔導機騎士の一人だということ。この国の姫でもあること。魔獣の襲撃で国が崩壊し危機に陥っていることなどを説明された。そして助けを求めてきたのだ。だが……当然のことながら事情を知らないカイは戸惑い困惑するしかなかった。そこでメイリィが助け船を出すかのように会話に加わった。
「待ってください！私たちだっていきなりの話で混乱しています。詳しい話を聞かせてもらえませんか？」
こうして彼女たちは町の中へ移動し喫茶店で落ち着くことに。注文を終え席に着く二人。改めてカイが訊ねようとするより先にアリスと名乗った彼女が自己紹介を始めた。
「改めましてご挨拶させていただきます。私の名はアリスティア・ド・ラ・リュゼ・ヴァンピール。ヴァンピール王国第三王女にして王位継承者です」
「なっ！」驚くカイとメイリィ。だが彼女は構わず続ける。「驚かせてしまい申し訳ありません。ですがどうしてもあなたたちに力になってもらいたいのです」頭を下げる彼女。
「あのー失礼ですが……どういった理由で我々に依頼をなさるのか伺ってもよろしいでしょうか？」遠慮がちにカイが尋ねる。
事の経緯を語り始めるアリス。それによると彼女は魔獣に襲われた際に偶然にも魔導機士が近くにいたらしく、その者に救われたことで魔導騎士への憧れを抱き自らも魔導機士になることを決意して訓練所へ通うようになったのだという。しかし現実はそれほど甘くはなく、思うように強くなれていないのが実情らしい。それでもあきらめずに頑張っていたがある日突然ある事実を知ってしまったという。それは自分の命を狙う暗殺集団の存在である。彼らは魔獣襲撃の混乱に乗じて自分を亡きものにしようとした。その刺客たちから守ってほしいというのが今回の願いなのだ。
話を聞き終えたカイとメイリィはしばらく考え込んでいたがすぐに顔を上げて彼女に告げた。「わかりました。お引き受け致します」と。「本当に良いのですか！？」驚く彼女だったが続けて言う。「こちらとしてもぜひお願いしたいと思っていたところです。どうか私たちと一緒に戦ってください」と頭を下げた。「やったねカイ！」笑顔のメイリィに背中を叩かれるカイ。だが当の本人はあまり浮かない表情をしていた。理由は明白だった。彼は不安だった。自分は機聖騎士であるとはいえまだ実戦の経験がない。
「うわああああ！！」
唐突に街中から叫び声が聞こえてきた。何が起こったのか確認しようと外に出るとそこには巨大な蜘蛛の姿があった。その外見はさながら悪夢に出てきそうな感じで、とてもではないが正視できるものではなかった。しかもその数はかなり多いようで辺り一面を徘徊している。
「くそっ！こんな時に」カイたちは急いで逃げようとしたが運悪く一匹に見つかってしまう。
カイはエクスシアを構える。同時にエクスシアも変形を開始させるがその時だった。突然アリスが目の前を塞ぐように飛び出た。
「ここは私がなんとかします。早く行って！」叫ぶと彼女は魔剣を構え、そのまま突っ込んでいく。
二人の呼びかけも虚しくアリスはそのまま巨大蜘蛛の腹下に入り込む。そして次の瞬間には彼女はその体を貫いていた。巨大蜘蛛が悲鳴をあげる中、カイたちの元へ戻ってくるアリス。返り血で赤く染まった彼女の姿に二人は恐怖を覚える。
「私はまだ弱い……でも強くなります。だから……お願い……助けて……」
泣き出しそうになる彼女を見てカイは思った。（この子は俺なんかよりよっぽど強い）と。だからこそ決意した。彼女を絶対に死なせないと。
これから待ち受ける戦いはおそらく想像を絶するものになるはずだから。
「私も行くよ！」と。彼女はこう続けた。
「アリスちゃんの話を聞いて私も何か力になりたいと思ったんだ。でも今の私にはカイほど戦う力はない。だけどアリスさんを守ってあげられるくらいの力は身につけてみせるから一緒に連れていって欲しい」と。
その申し出に驚いたカイだが……やがて「うんわかった」とうなずいて承諾する。
するとメイリィは言った。「それじゃあ決まりだね。よろしくね」
こうしてカイたちは三人で魔獣との戦いに挑むことにしたのであった。
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