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行政法学において、許可、認可などは明確に別のものとして定義されてるけど、実際の法律では許可、認許、特許、免許、承認、認証などなどの語が出てきて、厳密に使い分けられてはいないから勘違いしちゃったのかな？
勘違いしてない。党派性もまったく入っていない。行政手続法の立法経緯の議論と極めて分断化された建付けをちゃんと確認していないのは皆さんの方でしょう。（あなたが一番知識がありそうなので、代表してあなたに回答しておきます）
処分とは、公権力の主体たる国・地方公共団体が行う行為のうち、その行為によって直接国民の権利義務を形成し、またはその範囲を確定することが法律上認められているものをいう。法令上、許可、認可、免許その他名称の如何を問わない実質概念である。
ただし、この先が細かい。今回の議論に関係しそうな部分だけ指摘すると、
要するに行政手続法は行政手続の一般法ではない。対象を極めて限定している。もっとも、一般原則としての適正手続の要請に配慮して、行政主体が自発的に審査基準（法5条）や標準処理期間（法6条）を事前に定めることが禁止されるわけではない。したがって、実務の運用で審査基準、標準処理期間を定めている例があるから、行政手続法の対象になるはずという逆推知は機能しない。（長野県のくだりに対する回答）
これらを踏まえて、宗教法人法について考える。申請はそれに続く認証に利益を付与する処分としての性格が認められなければ、行政手続法にいう「申請」には該当しない。そこで規則の認証の性格が問題となる。認証それ自体は、一定の行為や文書の成立・記載が正当な手続によってなされたこと（事実）を行政が確認する行為に過ぎない。直接国民の権利義務を形成し、またはその範囲を確定するわけではない。したがって、原則として処分には該当しない。
もっとも設立手続の認証（宗教法人法12条1項）は、法人として権利能力が認められるのに事実上必須の手続といえるから、直接権利を形成すると評価し得るかもしれない。一方、名称の変更の認証（宗教法人法26条1項）は、宗教法人の権利義務を直接形成するわけではない。また、いずれも処分性があると評価し得るとしても、申請に対する拒否処分に過ぎないと考えるなら、適用対象外とされる。
以上より、宗教法人の名称変更の認証が、行政手続法にいう処分に該当するとは考えにくい。もちろん終局的には裁判所の判断を仰がなければ、誰にも断定できないわけですが。(註2)
行政手続の透明性という利益だけに着目すれば、文化庁のやり方が好ましいものとはいえない。実際、1997年の時点で統一教会が不受理を違法として裁判を起こしていたら、（抗告訴訟か国賠訴訟かという問題もあるが）国の不受理は違法と判断された可能性もあると思う。そこを強調するのもひとつの「リーガルマインド」だろう。
しかし、悪徳商法まがいの献金集めで多数のトラブルを起こしている宗教法人が、その悪名を隠すために名称変更をしようとしている場合、国民をさらなる被害の拡大から守る必要性がある。名称変更申請の不受理が一義的に違法とまではいえず、他に阻止する手段が存在しない。このような必要性と許容性が認められる条件下で、統一教会の名称変更の利益と国民が霊感商法から守られる利益を比較衡量して考える。これだってひとつの「リーガルマインド」じゃないかな。
以上、細かい知識は大切だと思います。「リーガルマインド」などという薄いマジックワードに頼る論証では、学部の定期試験すら厳しいのではないだろうか。頑張ってね。
註1 適用除外の場合でも、行政運営における公正の確保と透明性の向上を図るため必要な措置を講ずる努力義務が規定されている（法46条）。しかし、法が適用除外とした趣旨から、法を下回るレベルの手続条例が定められても、当然に違法となるわけではない。その意味で手続法は、いわゆるナショナルミニマムを定めたものではない。（塩野宏）
註2 仮に違法と判断されるとしても、その根拠が、行政手続法、憲法、法の一般原理いずれに違反すると考えるかは論点となる。元官僚を名乗る元増田は、行政手続法違反と主張している。
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