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はてなキーワード: PubMedとは

2015-04-10

意識低い系論文調査

  1. 収集

タイトルは読むけどアブストさえ読まない。迷ったら取り敢えずいつも読むジャーナルを引く。

1-1 一番最近まともに読んだ文献を思い出す。それを引用している他文献(Pubmedで言うところCited byPubMed Central articles)のうち、出版時期が一年以内のもの且つ変なジャーナルでないところを引く

1-2 ReadcubeのRecommendationをあたる。


2. PDFを入手

母艦はMendelayを使用する。「指定フォルダ常時監視して文献データを同期する機能」と「同期したPDFファイル名を編集して再保存する機能」を使って手間を省く。

2-1. Pubmedから引く場合、「Save to Mendelay」のブックマークを利用してPDFダウンロードする(たまにできないときもあるのでそのときは手動でやる)。

2-2. Readcubeの場合PDFはワンクリック自動ダウンロードしてくれるので、そのダウンロード先をMendelayの同期参照フォルダに設定しておく。


3. Reviewが混ざっているのでそれを弾く

分かりやすタイトルの文献ってたいていReviewなのよね(こなみかん)。


4. pdfファイルFireFoxで読み込んでAbstractを訳す

ライフサイエンス辞書ツールが便利、これはみんな知ってるね。

これにより辞書を引く手間を省く。


5. 読めそうなものだけ本文も読んでAbstract訳を多少味付けする。


以上、必要がなければ一ヶ月に1本も文献を読まない意識低い系の人間が抄読会用の論文を7本ほど急遽収集するさいの、特に勉強にはならないけど取り敢えず用意はできる意識の低い楽なやり方をお示ししましたのでご確認ください。

2014-02-24

STAP細胞(捏造)に関する広島教授の痛烈批判シリーズ

広島大学名誉教授 難波紘二先生メルマガ鹿鳴荘便りのダイジェストです。

多くの学者にとってショックな内容を含んでいるらしく、盛んに飛び交っています

マスコミが大浮かれをしてた2月2日から追求が始まります

http://blog.goo.ne.jp/motosuke_t/e/d7bb0e2bd291f629b25ea947fcdc72e9

ただ報道には不審な点もある。

 Obokataという姓でNIHPubMed検索すると、50近い論文がヒットするが、

大部分はA, J, T, Nというファーストネーム研究者

H.Obokataではたった7本しか引っかからない。

うち筆頭論文は2本だけだ。

http://blog.goo.ne.jp/motosuke_t/e/18abd4613e541518b77c4fc5dc4b6e7e

ヴァカンティ教授2001年に「生体内には強い刺激に耐え、

組織再生寄与する小さな(幹)細胞存在する」という仮説を論文として発表したが、

誰にも信用してもらえず、自分でも証明できなかった。


 「毎日」の記事では極細ガラス管の直径が「0.05ミリ」となっている。1ミリ1000ミクロンから

これでは50ミクロンとなり、ヴァカンティ教授のいう「5ミクロンより小さい」に矛盾する。

一体、ヒトの上皮細胞の直径が20ミクロンであり、赤血球の直径が8~10ミクロンであるから

小保方さんが50ミクロンの細管をマウスリンパ球にストレスを与えるのに使ったとすれば、

それはデタラメである。他方で、「科学環境部」の記者が3人も名を連ねて、50ミクロンと5ミクロンの違いがわからないとは思いたくない。

http://blog.goo.ne.jp/motosuke_t/e/298498d046d6b2de9d2dcd08019f235f

しかし、この点については論文では何も触れず「正常である」と述べるに留まっている。

恐らく産まれた子マウスをちゃんと追跡調査していないのであろう。


恐らく追試はきわめて困難だろう。山中伸弥教授記者会見してiPS細胞に関わる3つの誤解を釈明していたが、

STAP細胞の追試」について口を濁していたのは、追試で確認できなくても、「それは実験のやり方が悪い」と反論される余地があるからだろう。

http://blog.goo.ne.jp/motosuke_t/e/11a2a2dd083e3749d31549a4dcc411f7

2/2付「ボストン・グローブ」紙はキャロラインジョンソン記者によるC.ヴァカンティ医師(63)(ブリガム&婦人病院麻酔科部長)の詳しいカバー記事を報じている。

医師が「博士(Ph.D.)」の称号を持たないことや彼の「小さな芽胞様桿細胞」説は学会からは相手にされず、マサチューセッツ医大でも孤立し、それで現職に移ったこと、

彼はただ自説の正しさを証明してくれる「学生」を必要としていたことも。

 捨てるはずの失敗した幹細胞培養のペトリ皿を週明けに顕微鏡でのぞいたら、そこに幹細胞コロニーができていたという、

レミングによるペニシリン発見エピソードコピーしたとしか思えない逸話もある。

また、同医師には「まだ不確かなこと、まだ論文として報告されていないこと」を気軽に話すくせがあり、「サルでの実験成功」というのは怪しいことも書いている。

http://blog.goo.ne.jp/motosuke_t/e/44344cc46ffab49fc8323372f91f336c

 これで小保方の幹細胞にかかわる3つの論文で、写真不正使用があることがほぼ確定した。

10の他施設での追試実験が失敗に終わっているが、肝心の「酸性浴」を与えた細胞の詳細が不明だ。

小保方がいないと実験成功しないという若山教授の発言も不審だ。

http://blog.goo.ne.jp/motosuke_t/e/0f83da31266896392e8491604ce678d4

ここでは「リンパ球」のところにGLがはっきりと認められる。

が、レーン2と3は同じ画像でレーン2のGLの白いバンドは手書きで加筆したものだ、と思われる。)

http://blog.goo.ne.jp/motosuke_t/e/be7948595669704d417c1e6be8cbe427

昨年の「森口事件」、今年に入って「佐村河内事件」と相継いで大メディア詐欺師の手玉に取られており、形無しです。

一般市民メディア不信感はますます高まっており、結局、主体的ネット情報を知る方向に動いているようです。(私のところまで連絡が来るくらいです。)

http://blog.goo.ne.jp/motosuke_t/e/93ed08f9f627e2685bfafc8247e371ba

普通論文に使う写真印刷経費を削減するため決定的なもの数枚に絞り、説得力があるように大きく掲載するが、

この論文場合は質よりも量で、小さくてよくわからない写真を「これでもか、これでもか」というように多数掲載している。

2014-01-16

青い光

電車のって本読んでると踏み切りとか駅の端っこで強烈な青いひかりが射してくる

青い光って目に悪いんじゃないの?

大体青い光で自殺が防げるって誰が言い出したのよ

しかもその青い光で救われるどなたかのためにワタクシの読書に青い光線が射すとか意味からない

と思ったらPubMed論文あった

あったけど

青い光で鉄道自殺が防げるとかうさんくさいですから

って論文もあった

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24074716

ツイートしろ

2010-10-26

http://anond.hatelabo.jp/20101026214543

虚しいだけに同意。

過去の事象の説明には役立つけど、現在経済状況を適格に捉えられているかは微妙じゃん。

誰の目から見てもどんづまってる状況をあえて数字や数式で説明できるくらいだと思う。

でも、数式なんか使うまでもなくどんづまってることが丸解りの状態を、数式で説明できるようになったってさ、それ意味はどれほどあるんだ?

未来予測に関しちゃほぼ無理でしょ。

商才がつくかっていったら、経済より経営学だろうけど、それも疑問。

経営学を学べば(アメリカMBAをとれば)失敗しない、なんでもうまくいくなんてのは幻想だったし。

それより自然科学でも学んだほうが楽しいと思うよ。

五十歩百歩だけど、五十歩分だけ楽しい

例えばだ。

文系だった俺の趣味はこんなだ。

ジムに通って汗を流し、ジムでの運動を思い出しながら寝る前に運動生理学解剖学を独習してみる。

飯を食い、消化管生理学と内分泌生理学生化学を独習する。

基本は医学書、看護学科で使う本が門外漢の俺でも読みやすくて好きだ。安いし。

ときどきクラシックバレエ指導者向けの本なんかも使ってる。

それからPUBMEDってサイト論文を探して読んでる。

自分の専門外の論文を読むのは楽しい

英語力もつくし。

アマゾン星座早見盤を買って、ときどき星空を眺めに遠出する。

あと、ペットボトルロケット製作、竹とんぼ製作干物製作、まあそんなところかな。

リーマンとしては成長しないけど、趣味としてもつなら仕事とは関係ないもののほうが楽しいじゃん。

2010-09-11

研究者としての理想的な1日の過ごし方

研究者としての理想的な1日の過ごし方を考える

http://anond.hatelabo.jp/20100911012629

こういうの好きなので、考えてみた。スタイルは人それぞれだと思うけど、自分理想(と現実も少々)。

帰る前

前日の準備で、翌日の出来不出来がかなり決まってしまう。そこで、1日のスタートがここから始まると考える。

  • 翌日のスケジュールを確認。
    • 翌朝の作業に必要なものを一通りチェックしてから帰る。あれがないこれがないといった、細かな苛立ちがないとすごく効率よく作業が進められるので(でも実際には夜型の人たちがいろいろ状況を変えちまってくれるので、万事上手くいく訳でもないけど)。

帰宅してから

家に帰ると、頭のスイッチオフになってしまい、なかなか仕事勉強の気分を作れないでいる。なので、ここはもうプライベートだと割り切っている感じ

  • 情報インプットをする
    • ネットサーフィン趣味です。だから家でもこれは出来る。だらだら眺めて、和んでみたり憤ってみたり。RSSリーダー内には仕事のものも勉強のものも完全に遊びのものも混ざっていて、それをできるだけ整頓せずにざっくばらんに眺められるように配置してる。こうしておくと遊び気分のリラックスした状態でビジネスの話題にも挑めることがたまにある。これが結構心地よかったりする。

就寝前

寝る前のお作法で、朝の目覚めから違ったりする。なので、

  • 翌日の流れをざっくり逆算の要領でイメージする。
    • これで、明日は何時に起きようと思うと起きられる。不思議。でも、逆算するには作業工程の所要時間が分かっていることが前提なので、新しいこと、慣れないこと、他の人と共同作業をするなんていう場合には難しいという欠点を感じている。予定通りには進まないのが当然とよくいい聞かせつつ、でもシミュレーションって、狂った予定でも何とか着地させる効果もあると思う。

  • 同僚より早く職場へ。
    • 何をやるにしても、これは本当に気分よく始められるので効果満点。
  • 職場に着くや否や、前日に予定していた一番最初の作業に取りかかる。
    • 主に実験。なぜなら共有の装置を待たずに思う存分使えるから。
  • 段落したところで、メールチェックやらスケジュール再確認やら、新着論文チェックやら、朝のコミュニケーションやら、雑事いろいろ。
    • メールの返信は急がない。必要に応じてだけれど、返信はできるだけ夕方までとっておく。手を動かしていても頭は開いている。そこで他の作業の間にあれこれ考える余裕があると、何か閃いたり気が変わったりすることもよくある。日々のコミュニケーションは、自分自分を追い込み過ぎないためにとっても大事だと思うので、意識して人と会話するようにしている。放っておくと独りで一日中黙って過ごせるたちなので。言葉を発していないとすぐに思考回路が鈍っていく。論理的に考えて話をする、議論を深めるというコミュニケーション自分には必須のトレーニングだと痛感しているので、それを意識した会話に挑戦中。
    • 論文PubMed検索できるものが主なので、Eメールキーワード検索結果を毎日受け取るように設定してある。これは基本的に全てチェックする。RSSリーダーに登録してあるものも多いけど、そっちは気が向いた時だけ眺めてる。読み切れないことを前提に、情報を切り捨てる恐怖感を取り除くため。

日中

昼飯後から能率が4割ダウン。頭脳労働はとりわけ効率が下がる。

  • その日の実験工程は、基本的に5時までで片付ける勢いで進める。
    • 実際は、周囲の目を気にしてもっと遅くまで働いたりもするけど、5時以降はオーバーワークだと認識する。じゃないと指導する立場に立ったときに要求しすぎてしまうから。それで片付かないなら、そもそも取り組み方に問題があるので見直したいところ。手を動かすよりも、徹底して頭脳労働時間を費やしてから動き出す方が目標達成率は高いと信じているので。成果をあげている同業者上司とか著名な人たちとか)のスタイルを目の当たりにして、そう考えるようになった。

夕方

集中力は落ちるけど、粘っていると閃きがあったりする時間帯。夜型の人たちが徐々にアクティブになってくる時間帯だったりもする。

データは出ているときに短期集中で出してしまう。行き詰まっている時は、とにかく人と話す。

  • 良いデータが出そうだとか、面白そうなので試したいことだとかは、この時間帯にやってみる。
    • ノッている時はとことん波に乗る。そうでないときはさっさと帰る。乗らない日が一週間も続くようなら、変化を与えてみる。ちょっとだけ居残って、だれでもいいからとっつかまえて、他愛も無いおしゃべりの相手をしてもらう。ふいに頭がすっきりして、先が開けた気分になることがある。期待はしちゃいけないけど。でもリフレッシュにはなる。

 

とりあえずざっくばらんに。

こういうことを考えてみるのもよい気分転換になるな。そもそも自分は立場的にもこの方のレベルまで到達していないので(ポスドクです)、意見なんておこがましいことは言えず。だからこれは全部、「自分は……」という話。何しろ、型にはまった生活リズムや規律がすごく苦手。早起き苦痛じゃないのに、決まった時間に起きるのは前日からすごいストレスストレスにめっぽう弱いので、ストレスフリー環境で生きるためにこの職種にいるようなもの。気分の波が大きくて、自分で操りきれていない。だからスケジュールを極力、決め事としては考えない。フレキシブルでありながら、自分の意志で効率の良いリズムを刻めるのが理想だなあ。

2009-04-22

子供DQNネームつけると、早死にする

http://blog.livedoor.jp/dqnplus/archives/1253432.html

これ読んでで思い出したんだけどね。この間のPNASに「DQNネームつけられた子供免疫機能が弱い。変な名前ストレス感じてんじゃね」っていう論文が載ってた。めんどくさいので、興味あったらpubmed検索してね。

以下コピペ

小学校の父親参観のとき、児童たちが「将来の夢」について作文読んでた。

まだ低学年ということもあり、夢いっぱいの子どもたちが

「大きくなったら中村俊輔みたいなサッカー選手になります」とか

「大きくなったら、お母さんみたいな看護婦さんになります」とか言ってる中

「大きくなったら総理大臣になります」と言う子がいた。

その子の作文の内容が

「大きくなったら総理大臣になります。

そして、子どもに変な名前をつけちゃいけないっていう法律を作ります。

変な名前だと子どもはイヤです。

大人は、子どもがイヤなことをしたらいけないと思います。

子どもに変な名前をつけた大人は罰金にします。

それから、変な名前の人はも自分で変えてもいいっていう法律を作ります」

と宣言してて、教室内がしーんと静まり返った。

作文を読み始めるまでは、教師の制止も無視してビデオ撮りまくって

「こっち向いてー。もっと大きい声で読んでー」とかやってたその子の両親が

ビデオカメラとめて無言でうつむいてるし。

その作文を読んだ子の名は「恋獅子(れんじし)」君だ。

NASはよく変な論文載せてるなー

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