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https://www.mhlw.go.jp/shingi/2010/06/dl/s0616-3p.pdf
１． いわゆる水際作戦・学校閉鎖等、感染症拡大防止対策の効果の限界と実行可能性を考慮し、感染力だけでなく致死率等健康へのインパクト等を総合的に勘案して複数の対策の選択肢を予め用意し、状況に応じて的確に判断し、どの対策を講じるのかを柔軟に決定するシステムとすべきである。ただし、流行の初期においては、病原性や感染力等疫学情報が不明又は不確かな場合が多いので、万が一病原性が高かった場合を想定し、最大限の措置を選択せざるを得ないことに留意が必要である。こうした観点に立ち、今後新たに新型インフルエンザが発生した際に、速やかに、かつ、円滑に行動できるよう、行動計画やガイドラインについて、現行をベースとして見直す必要がある。
２． 迅速かつ的確に状況を分析、判断し、決断していく必要があることから、国における意思決定プロセスと責任主体を明確化するとともに、医療現場や地方自治体などの現場の実情や専門家の意見を的確に把握し、迅速かつ合理的に意思決定のできるシステムとすべきである。また、可能な限り議論の過程をオープンにすることも重要である。
３． 地方自治体も含め、関係者が多岐にわたることから、発生前の段階から関係者間で対処方針の検討や実践的な訓練を重ねるなどの準備を進めることが必要である。また、パブリックコメントなどを通じて広く国民の意見を聴きながら、事前に決めておけることはできる限り決めておくとともに、地方がどこまで裁量を持つかなどの役割分担についても、できるだけ確認をしておくことが必要である。
４． 発生前の段階からの情報収集・情報提供体制の構築や収集した情報の公開、発生時の対応を一層強化することが必要であり、このため、厚生労働省のみならず、国立感染症研究所（感染症情報センターやインフルエンザウイルス研究センターを中心に）や、検疫所などの機関、地方自治体の保健所や地方衛生研究所を含めた感染症対策に関わる危機管理を専門に担う組織や人員体制の大幅な強化、人材の育成を進めるとともに、関係機関のあり方や相互の役割分担、関係の明確化等が必要である。特に国立感染症研究所については、米国ＣＤＣ（疾病予防管理センター）を始め各国の感染症を担当する機関を参考にして、より良い組織や人員体制を構築すべきである。なお、厚生労働省における感染症対策に関わる危機管理を担う組織においては、感染症に関する専門的知識を有し、かつコミュケーション能力やマネージメント能力といった行政能力を備えた人材を養成し、登用、維持すべきである。
【法整備】
５． 対策の実効性を確保するため、感染症対策全般のあり方（感染症の類型、医療機関のあり方など）について、国際保健規則や地方自治体、関係学会等の意見も踏まえながら、必要に応じて感染症法や予防接種法の見直しを行う等、各種対策の法的根拠の明確化を図る。
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