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という質問をヤフー知恵袋で見つけて回答が足りなかったので補足。
国が訴えられた場合、法令により「法務大臣が指定した職員」が国側の指定代理人として訴訟に参加することになります。
個人や民間企業と違って、弁護士ではなく法曹資格のない事務職員が代理人になることができます。
（もちろん実際には法務大臣が直接指定するのではなく法務省内部の決済により役人レベルでの選定になる）
この指定代理人について、知恵袋では「法務省の職員」「訟務検事」と回答されてましたが、回答が不足しています。
法務省の訟務部門の職員は訴訟事務については専門家ですが、たとえば国道の瑕疵について訴えられたとき、道路の知識はありません。
なので、訴えられた内容を所管する省庁の職員も指定代理人として参加します。
指定区間外国道や二級河川といった国の財産だが法定受託事務として地方自治体が管理しているものは、地方自治体の担当職員が国指定代理人として出廷します。
法務省訟務部門の職員は、国側の主張を取捨選択して整理したり、書面の形式を整えたり、相手側（原告）代理人弁護士と裁判進行についてやりとりする。いろいろ調査して準備書面の中身を作るのは各省庁の職員、というふうに役割分担してます。作曲・編曲家と作詞家みたいな関係です。
その道何十年という専門知識をもった各省庁職員が、給料をもらいながら仕事として原告に対抗するために調査して資料を作って、さらに訴訟の専門知識をもった法務職職員が仕上げをするのだから、手弁当で活動する原告の国民が勝てるわけないですね。ずるいですね。
（同じことは刑事裁判における警察・検察ＶＳ被告・弁護士にも言えますね）
私は地方自治体の職員ですが、かつて里道の時効取得について訴えられたとき、国指定代理人として法務局訟務部門の方と一緒に出廷したり証拠資料集め・現地調査したりしてました。（今は里道水路は市町村に譲与されたので国はタッチしない）
個人的には相手に同情したり、その主張するならあそこを探せば証拠があるかもしれないのに弁護士も知らないのかなぁ、と思うことがあっても、仕事なので相手には言えずつらかったです。
法曹である訟務検事は偉いさんなので、個別の裁判には出廷しません。
法務省内部で職員に指示したり書面の決済審査をしてるのでしょう。
私は３年間で３件の国相手の訴訟を担当して法務局職員とは裁判含めて３０回以上顔を合わせましたが、訟務検事は一度も顔を見たことがありません。
地方自治体が訴えられた場合も、国と同じように自治体の職員が指定代理人として参加します。
地方自治体には訟務部門はないので、法務省職員がやってた役割は顧問弁護士にお願いすることになります。
（地方自治体の職員は３年ローテで全く畑違いの担当に異動するし、顧問弁護士も行政訴訟の専門家というわけではないので、国相手の訴訟にくらべたら勝ちやすいかもしれない。）
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