ご自身で自覚されている通り、VTuber憎しの感情がかなり先行しているなーという印象です。
まず絵柄が似ているから「当社もしくは当社ゲームの公式や公認と詐称しての活動、またはそのように誤認するおそれのある表示、外観、状況を利用している」と判断するのはかなり乱暴だと思います。
あんスタの商標を使っているわけでも、ハピエレの名前を出しているわけでもない、知らない誰かが上げたあんスタ風の絵(しかもあんスタのキャラでもない)を見て「あんスタ風の絵だ」ではなく「あんスタの公式画像だ!」とは一般的にはならないでしょう。
と「そういう人もいる」形で書かれているあたり分かっているのだと思いますが、件の動画は誰がどう見てもあんスタ公式に見えるというものでは断じてなく、当然公式との誤認を狙った悪質なコンテンツに対する条項には当てはまらないものと考えます。
また、オマージュとしても問題であるという主張については論点がよくわかりません。
一次創作として出しているのにオマージュだから?動画はVTuberにとって商品で金銭を得ることになるから?
オマージュのある一次創作なんて世に山ほどあるし、一次創作で金銭を得ることの何が問題なのか。
これは逆にVTuberの立場になって考えてみてほしいのですが、彼女らがどういう声明を出せるかと言ったら、なにも出せないんです。
なぜなら、問題点で述べた通り、あなたを含めあんスタオタクたちは極めて薄弱な根拠で彼女たちを非難しているからです。(自分の主張が完全に正しいとは言いませんが、議論の余地がある程度には明らかな落ち度がないということです)
VTuberの立ち回りにもうどう考えてもまずい点というのはなくて、せいぜいハピエレの判断待ち。ただあんスタオタクの神経はすごく逆撫でしてしまった状態。
この状態でまず謝罪はできません。問題点が確定していないので、あんスタオタクを不快にさせたことへの謝罪くらいがぎりぎりできる範囲ですが、これも厳しい。
「不快にさせてごめん、でも問題ないっぽいから動画は残すよ」では火に油だし、逆に動画を削除するのは譲歩しすぎです。
そしてあなたの言う「調査中です」もかなり難しいと思います。これは、問題なかった場合にハピエレに迷惑がかかるからです。
削除されたとはいえ世界観のつながりまで言及された動画について、ハピエレが問題ないと明言するのはかなりリスクのある行動です。
もちろん世界観のつながりは許容されなかったわけですが、オタクとしてはそれでも動画自体がセーフとなれば許容されたかのように感じるものだと思います。
そういう「ハピエレのオタクに対する裏切り」を避けるためには件の動画への判断の明言を避けるしかなく、そうなるとVTuberがハピエレに判断を求めたという情報自体伏せる必要が生まれます。