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https://www.itmedia.co.jp/makoto/articles/1305/17/news007_4.html
そして「貨物鉄道輸送の将来ビジョンに関する懇談会」の報告書には、荷主からのもっとも大きい要望が反映されていない。荷主にとってもっとも関心の高い項目は、環境問題ではない。運賃である。鉄道貨物は「輸送コストを下げたい」という要望に応えていない。これでは、いくら設備投資をしたって荷主は鉄道を使わない。使わないものに対する投資は無駄になる。そのコスト負担はJR貨物の経営を圧迫するし、国からの税金による設備投資や運賃の補助金などもきりがない。
鉄道貨物は効率の良さが特長のはずが、輸送料金面でトラックに負けてしまう。具体的な数字は見つけられなかったが、前ページにあるように「トラックから鉄道輸送に切り替えた場合に国が差額の半分を補助する制度」が必要なほど、鉄道貨物料金は高い。そのもっとも大きな理由は、JR貨物がJR旅客会社、第三セクター鉄道などへ支払う線路使用料である。
トラックは高速料金こそ支払っているものの、一般道の道路使用料は払っていない（自動車税や重量税などで間接的に払っているとも言える）。一方の貨物列車は、通過する線路の持ち主に対して線路使用料を払っている。これは旅客列車とバス、飛行機との比較と同じだ。鉄道だけがインフラの経費をすべて負担する必要があり、これが料金に反映される。
その不公平感を解消するために、旅客鉄道の場合は上下分離という仕組みが考えだされた。線路設備は自治体などが保有し、鉄道会社は使用料を支払う仕組みだ。JR貨物も上下分離と同じ構造である。しかし、JR貨物が支払う相手は自治体ではなく、JR旅客各社や第三セクターなどローカル鉄道である。線路が自治体保有だったら、自治体は鉄道会社支援のために線路使用料を下げたり、無料にもできる。
JR貨物の場合も、いっそ線路使用料を無料にしたら輸送料金を下げられ、トラックと競争できる。JR旅客会社ならマケてくれるかもしれない。しかし、赤字に悩む並行在来線やローカル鉄道会社の場合、JR貨物からの線路使用料が重要な収入源になっている。
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