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チククとチャルカは飛行ガメで彼女を探して粘菌の合流地点へ向かう。そこで彼らはナウシカのメーヴェを手に入れた蟲使いの大群に出会う。蟲使いたちは森の人の呼びかけに応じ、新たに広がった「腐海」の領有権を確認しに来たのだ。チャルカたちはユパを救った森の人の青年セルムに導かれ、奬液に包まれたナウシカを回収する、彼女は心を閉ざして眠り続けていた。
ナウシカを保護して難民終結地へ戻る途中、彼らは皇兄の乗る旗艦に出会うが、そこに肉体を失った皇弟の霊が取り付いており、ナウシカを発見した皇弟はセルムのガードをかわしてナウシカの無防備な心に入り込んでしまう。
他方、旗艦はチャルカが難民救出のために収集した船団に皇弟と僧会の失権を通告し、指揮権を強奪した。新たな混乱を予感したチャルカはナウシカをセルムとチククに託し、戦火の再燃を食い止めるべく、死を覚悟して単身難民終結地へと戻る。
眠るナウシカにセルムはテレパシーで呼びかけ、森の人の秘密、腐海の中の最も古い土地、その浄化作用が一巡して昔の汚染されていない生態系が回復した「青き清浄の地」へと案内する。ナウシカの仮説は正しく、しかもそれは部分的にであれ現実のものとなっているのである。皇弟の霊はこの「青き清浄の地」成仏する。しかし森になろうとしたはずのナウシカはそうしない。
「もどろうね 自分達の世界へ この世界を汚しちゃいけないから・・・・ 土の毒や瘴気に脅かされないで皆とここに住めたらどんなにいいだろう でも今の人間が知ったら また 自分達が 世界の主人だと思い始める たちまち生まれたばかりのこのひよわな土地を食べつくして又同じことの繰り返し １０００年かもっとたって あなたがもっと広くつよくなって 私たちが滅びずもう少しかしこくなっていたら その時こそあなたの元にやってきます」
そして希望を取り戻して目覚めたナウシカは、「私と一緒に森に来てくれませんか」と誘うセルムにも「人間の汚したたそがれの世界で私は生きていきます」と応え、ついに彼女の元に到着した従者や彼女を女神と慕ってきた蟲使いの若者とともに、難民終結地へと向かう。
終結地では皇兄による粛清の嵐が吹き荒れ、チャルカもまた処刑されようとしていた。間一髪でまにあったナウシカはチククのテレパシーを通じて民衆に呼びかけ、皇帝の言いなりになってトルメキアに侵攻するのをやめるように説得する。
「土鬼の地がすべて失われたわけではありません。腐海のほとりに住みそこで生きましょう 腐海は私たちの業苦です でも敵ではありません 苦しみを分かち合って生きる方法を私の一族は知っています。 皆さんに教えられます 苦しみより友愛を 王蟲の心を・・・」
ナウシカの説得は功を奏するが、頭上には巨神兵が到着していた。ナウシカはガンシップで輸送艦ごと巨神兵を撃墜しようとするが、巨神兵本体を破壊することはできず、かえってそれを目覚めさせただけであった。マニ族を説得して駆けつけたアスベルから託された秘石を持って、土鬼旗艦上で巨神兵と対峙したナウシカの前で、巨神兵は自我を生じ、彼女にママと呼びかける。呼びかけに応じたナウシカは、この巨神兵を伴って、シュワの墓所を封印すべく飛び立つ。
土壇場でのクシャナの反乱もあってすべてを失った皇兄は「俺はもう生き飽きた なにをやっても墓所の主の言うとおりにしかならん あとはあの小娘が背負って立てばいい」と言い残し（ここまで単行本６巻
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