「改ざん」は、良好な結果を示すデータが存在しないにも関わらず、良好な結果を示すデータが存在するように見せかけるために、データについて変更や省略を行うものである。
〜中略
　そのため、「改ざん」が行われた場合、良好な結果を示すデータは実在しておらず、現に存在するデータは架空のものである。言い換えれば、良好な結果を示す架空のデータを作出することに「改ざん」の本質がある。
　ところが、本件では、良好な結果を示すデータが現に存在するのである。
〜後略

問題の図は、"TCR再構成を示す電気泳動パターンが同一アガロースゲル上で得られた"という架空の結果を示している（同一アガロースゲル上で、というのがポイント）。

従って、良好な結果を示すデータが存在するか否かに関わらず、架空のデータが作出されたと認定されうる。

参考までに、多くの専門誌では、同じアガロースゲル上での結果であれば、切り貼りして良いことになっている。（ただし元の写真を提出すること、切り貼り箇所は明確にわかるように線引きされることが条件）

問題の図は、異なるゲル上での結果を切り貼りしている上、線引きもされていない。

論文１に掲載するにあたり、画像を見やすいように、このゲル１写真、ゲル２写真に操作を加えたからといって（ポジティブコントロールを見やすいものにする操作を加えたからといって）、この「ＤＮＡが短くなった、すなわち、Ｔ細胞受容体再構成がおこった細胞が含まれているという結果」自体は、何らの影響も受けない。
事実は事実として厳然と存在するのである。

ポジティブコントロールを見やすいように操作を加えるという行為は、「改ざん」にほかならない。

なぜなら、「ポジティブコントロールが見にくい」という結果もまた、事実として提示されねばならないからである。

そのことを隠すために切り貼りした行為は「改ざん」にあたる。

すなわち、掲載すべきであった画像Ｂ（脾臓の造血系細胞から作製したＳＴＡＰ細胞を用いた画像）と異なる画像Ａ２（骨髄の造血系細胞から作製したＳＴＡＰ細胞を用いた画像）が、論文１に掲載された。
掲載すべき画像Ｂは、現に存在しており、調査委員会に提出されている。
〜中略
本件では、掲載すべき画像Ｂが存在している以上、「事実でない事を事実のようにこしらえ」る行為はなく、「存在しないデータや研究結果を作り上げ」た行為も存在しないことは明らかである。それゆえ、申立人が、論文掲載にあたり、画像の取り違えがあったことは、本来的に「捏造」にあたるものではない。

掲載すべきであった画像が存在する、と主張するからには、その画像の正当性（正しい実験で得られたデータか）を証明する必要がある。しかし、実験ノートが不十分であるため、この主張は採用できない。

正当なデータが認められないのであれば、「存在しないデータや研究結果を作り上げ」る行為「捏造」と判断する以外ない。

主に〈１〉実験条件の違いを認識していたはずであること、〈２〉学位論文と似た配置の図から切り取った跡が見えること、を根拠に「小保方氏によってなされた行為はデータの信頼性を根本から壊すものであり、その危険性を認識しながらなされたものであると言わざるを得ない。よって、捏造に当たる研究不正と判断した（７頁の下から７行目）」としている。
しかし、〈１〉については、申立人は、実験条件の違いを勘違いしたのではなく、画像そのものについて勘違いしたのであって、勘違いの対象がずれている。
また、〈２〉については、先に述べたように、申立人は、ラボミーティング用のパワーポイント資料の画像を、誤って、使用したのであり、論文１の掲載にあたり、学位論文の画像を切り貼りしたことはない。

小保方氏側の説明が真であるとするならば、小保方氏はそのパワーポイント資料を作成する段階で、博士論文の画像を切り取ってきたことになる。（画像が博士論文から切り取られたことは、委員会の解析により明らかである）

Nature 論文作成時には「勘違い」であった可能性は否めないが、結局、パワーポイント作成時に実験条件の違いを認識しながら切り貼り行為を行っていたことになる。

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