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この世界の宇宙にある星の生態系は絶えず新陳代謝（リセット）を繰り返していて「泡」という集合体はそのリセットさせるプログラムみたいなもん
「泡」には自我は無く、宇宙全体をランダムにクロールし生態系を見つけたらリセットをするだけの存在
自我は無いのだけど「泡」同士連携を取るために共鳴音（歌？）を出しているのね。でもその音は生物たちには聴こえない……
んで話は劇中の5年前
今回地球がリセット対象に選ばれ地球の生物を消し去ろうと、「泡」が世界中に降り注いだ！！
そんなとき「泡」の一部が「ヒビキ」という「泡」の共鳴音（歌？）が聴こえるイレギュラーに出会ってしまいバグが発生
当然ウタはヒビキとヒビキのいる世界を壊したくないと思うのよ（これはラブストーリーのオキテだから深くは考えるな。一目惚れってやつさ）
よく知らんがバグ「ウタ」は他の泡より強い権限を持っていて、その権限を使い世界崩壊を食い止めるべく世界中に降る泡を一箇所に集めて封印したのよ
なんで東京に集めたんだってツッコミはするなよ集まっちゃったんだよ。そんでなんか知らんが大爆発。東京沈没だよ。めっちゃ迷惑やん
ヒビキ少年はその爆発に巻き込まれ死にかけるんだけどウタが守った。それが終盤近くにある過去回想、東京タワー辺りのシーンね
そして劇中の時間に戻って
5年経って「泡」の封印が弱まってしまい、終盤のように再び地球を滅ぼそうと暴走し始めたのね
その暴走を食い止めるため「泡」に戻り、自分の持ってる強い権限を使用して地球をリセットしようとしていた「泡」のプログラムを書き換えたの
終盤「泡」が赤→青に変化していったシーンね（赤い泡が地球破壊プログラム、青がウタ）
身を挺して愛する人とその人が生きる世界を守った切ないラブストーリーさ
https://medaka.5ch.net/test/read.cgi/animovie/1652184109/585
ナウシカで怒りに我を忘れたオームの赤い目が、青く変わっていくシーンへのオマージュなんですね。
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