望まれるスキルの人を採用しないのでは、効率は落ちるので一人当たりの給与は少なくなりますね。全く当たり前のことですが。
ブラック過ぎない企業は採用か新人育成にコストをかけていると思います。ただし先の例にもあるとおり、プログラマやデザイナのように育成すれば誰でも適正があるというわけではない職種もあるので、その場合は採用にコストをかけたほうが結果はよくなるはずです。
考えを最も推し進めると、よい人材を見つけたら企業側からスカウトをかけるということになり、そのもっとも極端な例は Google でしょうか。際立った天才的な大学生に目をつけたりしてるらしいです。
そこまでいかなくても、成功している技術系ベンチャーでは、実際のスキルを確実に見極めるような採用してるところが殆どですよ。そうしないと自分の首を締めるだけですから。
リンク先のは、育ててもプログラマになりもしない人材を大量にとって、最も簡単なプログラムもかけないような人間を肩書きだけプログラマとして無理やり仕事を割り当てて運用しているという実態に対する批判ですね。
こうした問題は新卒一括採用とも重なり、プログラマに限らず様々なところにあるはずです。
新卒や中途採用という概念がここまで強いのも日本独特ですし、正規雇用の労働力の流動性が極めて低く、非正規雇用にそのワリが来るという悪循環は、ブラック化の温床だと思います。