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己の魂を論文に変えて戦う現代の魔法使い研究者（リサーチャー）が存在する世界で、その養成課程である博士課程に通っている少年黒鉄一輝。しかし、彼は研究者としての能力値が低すぎて学位が取れずに留年してしまい、周囲の人間からは落第博士（オーバードクター）と呼ばれていた。
新年度が始まる直前に研究室に戻ろうとした所、十年に一人の逸材である学生Aランク博士（学振DC1）で科研費の皇女と呼ばれる入学直前の異国の皇女ステラ・ヴァーミリオンと鉢合わせしてしまい、結果的に一輝は討論を挑まれて勝利してしまう。一輝は論文の代わりに討論を極めた異端の実力者だったのだ。
互いに切磋琢磨し、強さを高めあううちに惹かれてゆく一輝とステラ。そして博士課程学生の頂点を争う戦いの中、落第博士は学生の頂点の候補の一人、業績皆無の学生（ペーパーワン）としてすべての博士課程学生から注目されるようになってゆく。
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