端的に言えば、「やり方が変わったらミスが増えるし覚えるまでの仕事が遅くなるから」以外にないですよ。
新しいやり方になって大幅スピードアップならともかく、仕事のスピード自体はおおむね一緒だけどやり方だけは変わるってパターンの場合は現場の負担が半端ない。
現場が死ぬ気でやれば解決するわけでもなく、人員を一時的に増やした所で初心者ばかり集めては結局ミスが増える。
「リファクタリングの方が安く仕上がりると勘違いしてるから目指してるんだろうな」と思ってる人、ただのバカです。
発注側も一次請けも現場もみんな「いっそ根本から作り直したほうがシステム屋さん的には楽なんだろう」ってことは分かってる。
でも作り直してしまった場合に生じる現場の混乱とリファクタリングのコストを天秤にかけて現場のやり方を変えないことを選んでるわけ。
そこが分かってないで「まーたアホな仕様でシステム更新しようとしたんでしょー。学習しないね―」みたいなこと言ってるのいい加減見飽きたよ。