何を論理的思考するかによるが、プログラムのバグの切り分けみたいなものであれば、根拠(起こっている事実)を客観視して、類推(事象の原因たり得るものの分類や優先度分け)して、ひとつひとつの原因を潰していくような地道なプロセスだったりする。
根拠は入り口でしかなく、過去の経験や様々な外部情報をもとに類推、推察することが本領とも言える。
論理的思考が弱い、という場合、起こっている事実をありのまま受け入れずに、自分の都合の良い方向に解釈したり、事実は理解しているものの、経験や外部情報が少ないことにより、間違った類推を進めてしまったりする。
経験や情報が積み重ねられた人は、思考のプロセスをジャンプするので、第三者からみると「直感」に見える場合もある。
積み重ねられた思考プロセスは、直感に近づくのかもしれない。(ただ、この経験による直感を過信すると、これまた間違った類推を生む。プログラマが他分野に対して、てんで薄っぺらいコメントをするような。)