とりあえず両方の用例を引用する。
英語圏ではBBQ(cueがQに置き換わる)やB.B.Q.、Bar-B-Cue、Bar-B-Qと略されることがある。
(バーベキュー - Wikipediaより。A→B)
しかし、日本では河原や湿地、池沼などでは外来種が侵入し、在来種に置き換わる例が少なくない。
(帰化植物 - Wikipediaより。B→A)
軽くググった感じでは前者(A→B)が多いようである。
ニュアンスとしては「AがBに変化する」「AがBに移り変わる」に近い。
また「AをBに置き換える」はほぼ確実にA→Bであり,ここでは「Bに」が変化後を示すことからも「自然」と言えるかもしれない。
一方の後者(B→A)だが,硬めの文章に多い印象があったのでWikipediaで用例を探そうともくろんだものの,WikipediaにおいてもA→Bが圧倒的であった。
B→Aは「AがBに取って代わる」「AがBに成り代わる」に近いニュアンスが感じられる。
興味深い例はBMW・M54エンジン - Wikipediaである。
BMW M54 エンジンは「ストレート6」 、「シルキー6」と呼ばれるBMWの当時の主力エンジンであり、M52エンジンに置き換わる形で 2000年-2006年まで生産された。テクニカルアップデート (TU) 版のM54エンジンは無く、 M54エンジンは7年間にわたり同じ形式で生産された。BMW N52 エンジンが2004年に開発され、M54エンジンは徐々に後継機種に置き換わっていった。
1文目で「M54はM52に置き換わった」,3文目で「M54は後継機種に置き換わった」と言っているが,置き換わりの順序はM52→M54→後継機種であり,1文目はB→A,3文目はA→Bになっている。
この「置き換わる問題」はあまり話題にはなっていないものの,同じ疑問を感じる人もいるようである。
「AがBに置き換わる」は2つの意味にとれませんか? - 授業で、骨の発生に... - Yahoo!知恵袋
今ある仕事の半分がAIに置き換わるなどと言われていますが,むしろ人がAIに置き換わってやるんだという気持ちで頑張りましょう。