PCR検査を理解する(IT系)

2021-01-07

日本人はPCR 検査について、どうも間違った知識の方が未だに多いと思われる。

（高名な感染症医が間違った事を言って、訂正していないため）

自分の理解をプログラム等で例えて書いてみる。

PCR 検査は解析で分かってるゲノム配列との「部分一致」で判定する。

以下等に新型コロナの配列は公開されている。

配列が一致した時だけピカーと光る薬剤を混ぜて、温めるだけ。

温めるとウイルスが増幅されて、より光る反応が増える。

何回かループ(40回など)を繰り返して、光の反応の増え方で判定する。

rubyで書くとこんな感じと思われる。

for i in 0 .. 40
  if input =~ /LVATAEAELAKNVSLDNVLSTFISAARQGFV/
    flag = 陽性
  else
    flag = 陰性
  end
end

ここで重要なのは、（部分）一致判定という事。

つまり「ウイルスが存在するか？」なだけの2値的な判定。

ゲノム配列は初期の中国製薬剤には他のウイルスに反応するものもあったが、

PCRの判定自体（採取は除く）は特異度、感度共に100％と（日本以外では）されており、

「ウイルスがある事」を確実に判定できる検査。

こういった原理から考えると、検査精度的な偽陽性は発生しない事がわかると思う。

（ウイルスがいないと反応するわけがないため）

検体採取だけの問題で、ウイルスが上手く取れれば100％反応するし、取れないときは反応しない。

検査自体は正しいが、再判定
- 過去の記事例で「体操内村が偽陽性」とあったが、コンタミ等の報告がない
- 後日再採取なので、検査自体は正しく、単に治りかけ等だったと思われる。
- （本当に検査が偽陽性だったら、世界的ニュースで論文が書けると思う）

「ベイズ推定で偽陽性」というデマの流行
- Buzzfeed、尾身さん、岩田先生、忽那先生などが流行らせてしまった
- まさかの感染症医が嘘を言うという状況、PCRのプロの遺伝子系や生物系の方が否定している
- 原理から考えると、事前確率に全く関係ない検査だと理解出来ると思う
- （しいて言えば、検査する人の能力パラメータが発生確率になる）

上記などによる、PCR検査は信頼できないという洗脳
- 裁判証拠にも使う「DNA鑑定」とPCRは同じだが、言い換えるだけで急に信頼出来ないと思う人が多そう
- 採取も含めた精度でも、唾液PCR 検査は北海道大学により感度9割以上と既に証明されており、知識を更新して欲しい