鉄道事業法第23条の2を使えば、国土交通大臣なら出来るんじゃない?
「輸送の安全、利用者の利便その他公共の利益を阻害している」に該当していると判断すればいい。
第二十三条 国土交通大臣は、鉄道事業者の事業について輸送の安全、利用者の利便その他公共の利益を阻害している事実があると認めるときは、鉄道事業者に対し、次に掲げる事項を命ずることができる。
https://elaws.e-gov.go.jp/search/elawsSearch/elaws_search/lsg0500/detail?lawId=361AC0000000092#173
ただ、これは事業改善命令の規定であって、鉄道を止めるための条文ではないことは明らか。
を根拠に、SARS-COV-2に対する貨客の完全な防護措置を執れるなら運行を認めるが、それが不可能なら(事実上不可能だが)、