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①身内の裁判であるため「仲間かばい」や「組織防衛」（すなわち上部の保身）が露骨に反映され、国民の不信を招く
②兵卒や叩き上げの下士官など下級者には厳格だが、高級将校の責任は不問となる例が多く、規律の乱れの元となる
③軍法会議を開けば世間に事実が知れて軍の威信を損なったり、監督責任が問われるような場合、捜査も憲兵隊（自衛隊では警務隊）が行うからもみ消しが横行する
④被告の同期生や、思想に同調する将校らが救援活動を行い、集団で軍上層部や軍法会議に圧力をかけたり、法廷で上官である判事に暴言を浴びせるなど下剋上の風潮が生じる
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