まず説明不足に関してですが、
直説顔を会わせた時点で、
理由として、
他の綾波レイの正体を空白の14年間にヴィレ側が情報共有しており、
シンジに対する「(私たちの知っている)綾波レイは死んだ。」発言から、
空白の14年の間の対ネルフ戦で、旧型タイプの綾波や劇中では現れていない新型の綾波?と戦っていたことが読み取れます。
しかし、破のラストで綾波の巨体が、初号機と融合しているのは、
で、詳しくはこれも説明されていませんが、
それも踏まえて考えてみると、
とりあえずシンジ君を助けて見たけれど、
容姿だけでは、中身(魂)の核心にはならない。
じゃあ今助けた目の前のシンジ君は何?中身も信頼出来る?
とのことから、
及びミサトの第一声「シンジ君、よね?」の確認口調が出てきたと思われます。