>総監督である庵野さんから観客へのメッセージとしか思えないのですが。
違います。あのメッセージは誰が言ったものですか? 牧吾郎さんですね。
ここで牧吾郎さんの写真に注目してください。あのお爺さんは誰ですか? 故岡本喜八監督ですね。
故岡本喜八監督と言えば、庵野監督が最も尊敬する人で、その作品が『シン・ゴジラ』にも多大な影響を与えていることが多方面から指摘されています。
つまりあのメッセージは岡本喜八監督からの、庵野監督に対するメッセージです。
その上で、作中「好き」という言葉があと2回出てきます。それが岡本喜八監督に対する庵野監督の返答です。もう1回観てみてください。
さらにその上で、エヴァンゲリオンTV版最終話と、フェデリコ・フェリーニ『8 1/2』を観ると、今回やりたかったテーマがよく分かると思います。