本人は認めてなかったし(訴訟も辞さずと言っていたでしょ当初)、大臣もかばっていたのだから、辞表を受け取ったのはおかしいし、退職金の返還も確か500万円ぐらいだったはずなので、いろいろまずい。
辞表を保留しつつ調査を行い、調査結果が出た時点で人事判断をする、というプロセスであれば、だれからも責められることはなかっただろうね。でも、福田は(おそらく経歴への傷を心配したのと5000万円以上の退職金が欲しくて)辞表を出したし、麻生はあいまいに決着させたかった(辞任の理由は、セクハラはしてないけど政権運営を混乱させたからという理由だった)から受け入れた「あいまいな」処分でしかなかった。