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セカンド世界大戦から70年、日本は驚異的な復興を遂げた。しかし、正体不明の巨大政治兵器群「首相」が要塞都市東京都に突如襲来する。
首相が戦犯自衛隊の防衛網を突破して東京都地下のセントラル靖国を参拝すると、サード世界大戦が起きて日本は滅びると言われている。そのため、学習院に通う代々選ばれしチルドレンが汎用人型決戦兵器「カンムゲリオン」に搭乗し、首相退陣を試みる。
しかし実は、首相退陣は預言書「裏ポーツマス条約」に書かれているシナリオ「国家補完計画」の一部に過ぎなかった。30人の首相を退陣させた後、カンムゲリオンでセントラル靖国を参拝させれば、サード世界大戦を意図的に惹き起こせる。そうして、欠けた憲法を埋め日本を一つにできる。それが国家補完計画だ。秘密組織ジミンは、その神のような計画を実現するために、チルドレンを集め、カンムゲリオンで首相を退陣させていたのだった。
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