■ImageJ pluginの書き方　備忘録

ImageJ用のプラグインを書くために、デバッガを設定してコンパイルする方法まとめ。

大部分はtotobookさんのブログを参考にしたけど、３年半経つと変わっているところも増えるらしく、ちょこちょこ必要なステップが増えていた。

totobookさんのブログ: http://d.hatena.ne.jp/totobook/

ちなみに、書いたプラグインはITCNという自動細胞計測プラグインを拡張し、作業フォルダ内の画像をROIごとに全自動で計測し、結果をテキストファイル保存するというもの。

ITCN: http://www.bioimage.ucsb.edu/downloads/automatic-nuclei-counter-plug-in-for-imagej

NetBeansのインストールと設定

(ア) http://d.hatena.ne.jp/totobook/20101028/1288277567

(イ) http://d.hatena.ne.jp/totobook/20101030/1288468881

１行目の package plugins; を削除

(ア) これをしないとjava.lang.ClassNotFoundExceptionが出てくる

(イ) NetBeansになんか言われるけど無視。コンパイルは通る。

NetBeansのjavaバージョンを下げる

(ア) Java1.6をダウンロードしてインストール

① http://support.apple.com/kb/dl1572

(イ) ツール＞Javaプラットフォーム　から、プラットフォームの追加でJava1.6を追加する。フォルダは探してください。

(ウ) プロジェクトの一番上（今回はImageJ）を右クリック＞プロパティ＞Javaソースのクラスパス　Javaプラットフォームを、JDK1.6にする。

書く

(ア) 以下のサイトにImageJで実装されているクラスの詳細が書いてある。けど、Google検索から探すのが手っ取り早い。

(イ) http://rsbweb.nih.gov/ij/developer/api/ij/ImageJ.html

コンパイル

(ア) http://d.hatena.ne.jp/totobook/20101030/1288468881

ImageJフォルダ以下のpluginフォルダにコンパイル済みファイルを移動してImageJを実行。

トラブルシューティング

(ア) java.lang.ClassNotFoundException

① ソースファイル１行目のpackages plugins;　を削除する。

② jar cvf などのコマンドでコンパイル済みファイルを圧縮すると何故か出てくる。圧縮せず使いましょう。

(イ) ImageJ「Java ver1.7が必要やで。」

① ImageJのJavaをver1.7にする方法が見つからなかったので、NetBeansのJavaを1.6にする。詳しくは上に書いた。

Permalink | 記事への反応(0) | 11:54

ツイートシェア