http://trackback.blogsys.jp/livedoor/ld_directors/51785527
Smart Pricing対策として「CTRの低い広告ユニットを削除する」という施策は間違っているかと。Googleの公式ペルプにも書いてありますが、「クリックがビジネスの成果につながる可能性が低いと判断された場合は、そのページでの入札単価が引き下げられます。」という解説なので、CTRは関係なく、クリック後を判断しているはずです。
Smart Pricing とは http://support.google.com/adwords/answer/2604607?hl=ja