「リボソームが粉々」の件

はてな匿名ダイアリー

2009-09-04

■「リボソームが粉々」の件

自分も気になった（意味がよくわからなかった）ので、ざっくりと論文を読んでみたまとめ。

はてなブックマーク - ミツバチ大失踪はウイルス　米大学が原因究明 (1/2ページ) - MSN産経ニュース

http://b.hatena.ne.jp/entry/sankei.jp.msn.com/economy/business/090903/biz0909031508015-n1.htm

ミツバチ大失踪はウイルス　米大学が原因究明 (1/2ページ) - MSN産経ニュース

http://sankei.jp.msn.com/economy/business/090903/biz0909031508015-n1.htm

実験内容はマイクロ アレイのみ。

アメリカ東部、西部、それぞれの地域からCCDが顕著になった2007年以降のミツバチをサンプリング。CCDの状況がsevereなコロニーとmildなコロニーに分類して比較。対照区として2006年当時の健康なミツバチのサンプルを使用。マイクロアレイでCCDのコロニーと健康なコロニー間の遺伝子発現の変化を比較しようというオーソドックスなアプローチ。

マイクロアレイのプロトコールは以下の通り。

List of Protocol objects

ArrayExpress Home

http://www.ebi.ac.uk/microarray-as/ae/

（E-MEXP-2292でsearch)

リボソームが粉々という話がなぜ出てきたのか。

Oligo dTをプライマーにしているので、原理的には（正常な）rRNAシークエンスは検出されないはず。なのに、なぜか検出された（severeとmildのグループ間でも正の相関あり）。

可能性として、次のようなことが考えられた。

rRNA分解過程でrRNAにPolyA付加されるケースが報告されている。
- Polyadenylation of ribosomal RNA in human cells -- Slomovic et al. 34 (10): 2966 -- Nucleic Acids Research (http://nar.oxfordjou rnals.org/cgi/content/full/34/10/2966)
mRNA中にrRNA様配列が存在している（これを介してリボソームへの取り込みを制御している）
- The ribosome filter hypothesis — PNAS (http://www.pnas.org/content/99/19/12031.full)

1と仮定すると、rRNAが検出されたのは、rRNAの分解（断片化）が促進されているからではなかろうか。

2の方、該当するようなmRNAはミツバチの遺伝子では確認されていない。一方、ウィルスはこのような仕組みを利用している可能性が高い（cap 構造を持たない、IRES型翻訳システムを利用するので、リボソームタンパク質に親和性を高める仕組みがあるかもしれない）。

後、当然、検出されるウィルス／病原菌（由来の遺伝子）量も増加している。

論文ではこれ以上のことは不明。筆者らの主張も、

8/25/2009: Drs. Reed Johnson, May Berenbaum, and Gene Robinson identify a new marker for colony collapse disorder and a potential cause- (PNAS, Time).
Department of Entomology - University of Illinois　http://www.life.illinois.edu/entomology/

ということで、現時点ではCCD検出用マーカーとしての利用可能性というところまでかなという印象。

とりあえず、リボソーム崩壊の電顕写真でも撮るなり、もっと単純にサンプルRNAでノーザンブロットでもかけてみるなり、rRNA 断片化を示すルーチンな実験が利用できそうなので、これが本当に原因になっているのであれば、わりとすぐに追試のデータが発表されるのではないだろうか。

2009-09-04