2万行あって20重にネストしてる教授の書いたソースコードをメンテさせられたことあるけど。 クラスに分割して整理したら教授に激怒されましたよ。

自分しか保守しないならそれでいいんじゃない？

コードレベルのことなんて一々考えん ブラックボックスでいい イン・アウトがわかっていればそれで使える

適切な粒度で関数を分割しとけば生産性上がるけどね。 module_name.pyみたいなモジュールごとにファイル分割して、インターフェイスだけ公開してその他はdef _funcみたいにprotected(or private)...