そのbyはby more thanっていうセットフレーズの一部
https://eow.alc.co.jp/search?q=by+more+than
もっと詳しく言うなら
https://en.oxforddictionaries.com/definition/by
3 Indicating the amount or size of a margin.
そのbyはby more thanっていうセットフレーズの一部 これは間違い。more than が有っても無くても良い。 cut the budget by 10% も cut the budget by more than 10% もOK。(当然意味は変わる)