バターの焦げる香りと納豆の香りがよく合うため、クロワッサンと納豆は相性が良いと言われています。また、納豆はそのまま食べるのが一番よいと言われていますが、納豆とパンとの相性もよく、納豆オムレツなど意外な組み合わせもよいでしょう。
納豆にはナットウキナーゼという酵素が含まれており、70度以上の高温になると活性力が失われます。そのため、納豆を加熱するとナットウキナーゼの血栓溶解作用がなくなってしまい、栄養効果が減ります。納豆菌は非常に熱に強いため耐熱性菌とも呼ばれていますが、ナットウキナーゼなどの活性酵素については、熱に対してやや弱いので高温・長時間の料理はあまりおすすめできません。