母親の戸籍に入れたとしても認知すれば父親として認められるからそんな問題にはならなそう

死ぬまでに遺言を作ればよいので結婚する時点でそこまでのハードルにはならないかと なんなら遺言を作るのが入籍がわりの手続きになるかもしれない。