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16072154年ジョン・スミスジェイク・サリーをのせた船は緑あふれる「新世界」，北アメリカ衛星パンドラに到着した。入植者たちはラトクリフ総督クオリッチ大佐の指揮のもと金アンオブタニウム を掘っていた。ジョン・スミスジェイク・サリーは新たな領域の探索を開始し，ポカンホンタスネイティリに出会う。はじめは彼を信じていなかった彼女も，グランドマザー・ウィロー魂の木のメッセージを受けて，しだいに動揺を克服する。ふたりは一緒にすごし，ポカホンタスネイティリは，ジョンジェイクにすべての生命は尊く，自然が生命の輪につながっていることを教えた。その他にも彼女は狩りや，作物の手入れドラゴンの飼い慣らし方や，文化について教えた。彼女の父はパウアタン首長族長のエイチュカンで，彼女は真面目で偉大な戦士，ココアムツーテイと結婚することになっていたが，彼女はそれを望んでいなかった。そのころ入植地では，原住民は野蛮な未開人だと考えている人々が，金アンオブタニウム のために原住民への攻撃を計画していた。ココアムツーテイは嫉妬心からジョンジェイクを殺そうとするが，後に入植者たちに殺されてしまう。入植者たちが攻撃の準備をすすめていたことで，ジョンジェイクはインディアンナヴィたちに批難され，死刑を宣告される。処刑の寸前で入植者たちが現れる。パウアタン首長族長エイチュカンは殺されかけ，ラトクリフ総督クオリッチ大佐はジョンジェイクを負傷させるが，ラトクリフ総督クオリッチ大佐は拘束される。ポカホンタスネイティリは命を危険にさらしながらジョンジェイクを救う。ジョンジェイクとポカホンタスはネイティリついに絆で結ばれる。ふたつの文化は違いを乗り越える。
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