2021-06-04

デルタ株、そんなに増えてはいいかもだけど

いま東京で週に100人くらい。・・・たぶん。

いま、L452R変異株がどれだけ増えているかを考える の続き。

先週の記事で、~5月23日までの東京のL452R変異株の感染者について、「ひかえめに見ても週に100人程度はいるはずだ」と表現したが、これは少し下方修正し、「~5月23日までの週や~5月30日までの週で50人から100人くらい、今週なら100人くらい」を可能性の高そうな予測としたい。これは単純にここ1週間のうちに新しく公開された検査データの反映でもあるが、もうひとつ、L452R変異株の感染力についての可能性をひとつ見落としていたせいでもある。

というのも、L452R変異株は「インドで広まった感染力の強い変異株」として認知されていると思うが、より正確には B.1.617.1 や B.1.617.2 といった複数の系統が存在していて、前者は新しい呼称でカッパ株となり、後者こそがインドやイギリスで猛威を振るっているデルタ株となる。

呼称 アルファ株 カッパ株 デルタ株
系統 B.1.1.7 B.1.617.1 B.1.617.2
変異 N501Yなど L452RなどL452Rなど
感染力 (基準) 1.29倍1.92倍
海外 イギリスで流行 インドの流行初期に増加 インドの感染爆発の主因
イギリスでも急増中
日本 4月ごろから
全国に拡大
5月10日までに、
デルタより先に
4例の市中感染
5月14日に1例目
感染力の強さから、
いずれ主流か

※ 感染力は、アルファ株(N501Y変異株)を基準とした「前週比」換算。


いずれも日本ではこれまで「インド株」として一緒くたにされてほとんど区別されていなかったし、やがてはデルタ株が主流になると見られることから、L452R変異株と言えばデルタ株とみなしても差し支えないとは言える。しかし、こと感染拡大の初期に限っては、日本の最初の市中感染例が、デルタ株に比べて感染力の弱いカッパ株だったこともあって、L452R変異株というくくりで見たときに、「思ったほど、急速には増えない」という結果をもたらす。東京の感染者の予想を下方修正することになったのは、そういう理由でもある。



変異株への対応、日本は大丈夫?

いま現在の日本でカッパ株とデルタ株がどのくらいの比率になっているのかは、不明である。日本ではゲノム解析が「遅い」「少ない」「データ公開時にカッパとデルタを区別していない」という三重苦であるため、まともに統計値として扱えるのは、東京都などが公開している、カッパとデルタの区別が付かない「L452R変異のPCR検査結果」しかないのだ。都や府が公開しているL452R感染者の増加傾向から、東京ではなんとなくカッパが多く、大阪ではデルタが多いようにも見えるが、推計するにはデータが圧倒的に不足している。また、まだ感染者の絶対数が少ないために、運良く収束したり、運悪く一気に増えたり、予測するにはバラツキが激しいという側面もある。(6月4日追記: 本日公開の資料によると、東京都は独自にカッパ株とデルタ株の判別をしており、これまでカッパ4例、デルタ11例とのこと。ただしカッパの4例はいずれも5月2日以前)

なお、次の表に掲げるように、日本ではまだ検査体制が整っていないので、今後とも、少なくともしばらくは、デルタ株の推計はむずかしい。

イギリス 日本 日本
調査手法 ゲノム解析 変異株PCR検査 ゲノム解析
結果の判明 7日程度 5-10日程度 2-5週間
感染者全体に
対する調査量
4月以降は
50-60%程度
まだN501Yの検査が大半で40%程度
L452Rは5月の東京で2-5%程度
5-10%程度
データ公開 国が生データ公開
(毎日)
自治体ごと
または厚労省のエクセル
(毎週)
厚労省のプレゼン資料
(毎週)
変異株の系統の確定 可能 不可能
(カッパとデルタは区別できない)
※東京都は独自に追加検査して判別
可能
未知の変異株の発見 50-60%の網にかかれば
7日程度で可能
不可能 5-10%の網にかかれば
2-5週間後に可能
新しい変異株への対応 いつでも可能 N501YやL452Rなど、
新たな変異ごとに検査キットの
開発と準備が数週間かかる
いつでも可能
備考 統計よりも濃厚接触者の追跡などの
調査に比重が置かれる場合があり、
統計上の誤差が生じやすい
公開資料では
カッパとデルタを
区別していない

神戸市など、独自に全数のゲノム解析に取り組んでいる自治体もあるが、あくまで独自の取り組みに過ぎない。この表をよくよく見ていただければ、日本の変異株への対応力がイギリスに大きく劣ることがわかっていただけると思う。



で、イギリスはいまどうなってんの。

最後に、イギリスの変異株の増減の最新データを、ワクチンの2回接種率と合わせて載せておきたい。

イギリス2回接種アルファデルタ行動制限など
~3月27日 6.7 % 17517 2
~4月03日 10.2% 12618 18 3月29日 行動制限の緩和
~4月10日 14.2% 8440 61
~4月17日 18.9% 7471 l 171 4月12日 飲食店や一般店舗の営業緩和
~4月24日 24.0% 7101 llll 439 4月23日 インドから入国後10日間の指定ホテル待機
~5月01日 29.1% 6137 llllllll 837
~5月08日 33.5% 5114 lllllllllllllll 1599
~5月15日 38.2% 4525 lllllllllllllllllllllllllllll 2963
~5月22日 43.0% 3825 llllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllll 5600 5月17日 行動制限のさらなる緩和

※ この数値は変異株の解析対象になった上で判明した人数であって、実際の感染者数はもっと多い。また、本当は時系列での増減にも解析比率によるブレがある。しかし変異株別の増減の比較には有効である。


イギリスでは高いワクチン接種率に支えられて、これだけ毎週アルファ株を減らしていながら、デルタ株の急増が続いている。なお、デルタ株に対するワクチンの効果は、アルファ株に比べて 15-20% 低下するとの報告もあるが、まだ検証段階である。

しかしアルファ株の減り方については、日本はワクチン接種が遅れているにもかかわらずイギリスと同じ程度の割合で減らしているところでもあり、希望的に見れば、ワクチンの接種が進めば、日本はデルタ株さえも抑え込むことができるかもしれない。東京の2回接種率は、5月30日現在で 2.3% である。ワクチンの普及まで、デルタ株をいかに抑え込み続けられるか、時間を争う勝負だと言える。





イギリス資料: Investigation of SARS-CoV-2 variants of concern: technical briefings

https://www.gov.uk/government/publications/investigation-of-novel-sars-cov-2-variant-variant-of-concern-20201201

イギリス資料: COG-UK/Mutation Explorer

http://sars2.cvr.gla.ac.uk/cog-uk/

東京都資料: 都内変異株スクリーニング実施状況

https://www.bousai.metro.tokyo.lg.jp/taisaku/saigai/1013388/index.html

厚労省資料: 新型コロナウイルス感染症(変異株)への対応等

https://www.mhlw.go.jp/stf/seisakunitsuite/bunya/0000121431_00256.html


いま、L452R変異株がどれだけ増えているかを考える

https://anond.hatelabo.jp/20210528174058



記事への反応 -
  • 日経平均見てみたら?

  • 全国と人口500万人以上の都道府県について、厚労省と東京都のデータに基づいてN501Y変異株の実数推計をまとめた。 変異株の拡大は、比率ではなく実数で見るべきだという記事 N501Y変異...

    • どこもかしこも変異株の「割合」ばかり気にしてるけどさ、ウイルスたちはお互いに連絡を取り合ってるわけじゃないので、変異株に感染したある一人の人間が、何人に感染させて、そ...

      • 増田はそんなに賢いのにチャンネルが増田しかないの?

        • 増田には増田から出られない電子生命体が一定数おるんやで

          • あらての(?)異世界転生

          • セーラームーンの敵(なんとかファイブ)みたい

          • それは生きているというのだろうか? 増田に限らず、電子生命体ってどういうことをもって「生命」というのか、わからない。 繁殖するのか?

          • デジモンマスダーズ

        • 何故増田でしかこれ言ってないってわかるの?

        • 匿名じゃないと発信できない事情があるんやで

          • ここが匿名だなんて信じてたの? 表示されないだけでログにIP全部のこってるし通報うけて垢消しされたやつもおるで

            • じゃあ開示請求すれば?やらんでしょ。どのレベルで話してるのかよく考えてね

      • 大本営発表と右翼におびえる忖度学者のコメンテータとこういう匿名の自称専門家がいるだけなのが自民党政権下の日本

      • 強毒化したら文明社会が傾くことは本当にあり得るだろうな。 今人類がやるべきことは変異種向けワクチン開発製造のさらなる高速化だ。

        • 日本では軍事研究につながらない研究には予算が出ない つまりコロナウイルスは予算が下りない

      • すまん 乳酸菌に見えた 感染対策を怠らない それは約束する 時間のようだ では

      • 死亡者率は減ってるな やっぱり感染強化弱毒化してんのか

      • N501Y変異株は空気感染するし高齢者じゃなくても重症化するって話だけど実際はどうなんだろう。 自分が、もし東京か関西在住なら引越しを考える。 でも、自分が仮に地方在住なら、そ...

        • 実際どうなんだろ、って実際20台も感染しとるしマスク対策して帰宅後即洗濯と風呂入ってた奴も感染しとったし対象年齢広めで感染力強くなってて重体化になってるべ

      • コロナ → コロナラ なんてどう? https://anond.hatelabo.jp/20210502201619

      • 報道機関が最たるもんだけども、日本を運営している人たちは統計とかデータリテラシーってのが弱い。 感覚として察知する力は合っても他人に伝えたり、適切な分析で裏付けるという...

        • そもそも文系だから数学あんまりやらなくていいみたいな謎の風潮がクソなんだよな。 全員数3・Cまでやらせれば解決。 その辺やらないで経済学部とか行っても楽単で埋めてとりあえず...

          • 数Ⅲ・Cやらせても楽単でパラダイス経済学部だからなぁ。 最低限、t検定を理解して、2要因分散分析を活用できることを基礎教養にすべき。

      • 本来は変異種として別な名前(例えばSARS3とか)をつけて警戒するべきところを 変異種どころか変異株でちょっと違うだけ、特別備える必要はないというメッセージを出した結果がコレだよ...

      • N501Yとインドの変コロはまた別モンなの?

      • SARS-CoV-2ウイルスのスパイクを構成するタンパク質の501番目のアミノ酸がN(アスパラギン)からY(チロシン)に置き換わった変異。 イギリス株、南アフリカ株、ブラジル/日本株においてこの...

      • インフルのように毎年とかのスパンで変異株が発生するとしたら もうコロナ禍って終わらない気がする

        • コロナ終息はないぞ。コロナ騒動の終わりならあるけど。

          • 騒動の終わりって、コロナとの付き合い方を学習した時って意味だよね? 変異株にワクチンが効かないとしたら、一生引きこもるしかなくなるような…

      • >>ウイルスたちはお互いに連絡を取り合ってるわけじゃないので なんでこれがわかるのかな 科学的な態度ではないね

      • リンク 2021年度 匿名ダイアリーTOP250 2021年度 匿名ダイアリーTOP251-500 ランキング 順位 ブクマ タイトル 1 2558 当たり屋対策の集合知 2 2336 洪水被害にあったらやる...

    • それで、何人死んだの?

    • 聞いてほしい。 イギリスで広まったN501Y変異株が、いま、日本中で猛威を振るっています。感染拡大を防ぐ手段は、大きく分けて水際対策、感染対策、ワクチン接種の3つ。このうち感染...

      • ここ10日ほどの増減では、バングラデシュの感染減少が鈍化しているのがわかる。 増減率グラフから脳内近似曲線で単純に外挿すると来週には増加に転じてしまう。 不吉な予感しかな...

        • インドを筆頭に、南アジアの感染急上昇が続いている。 パキスタン、ネパール、バングラデシュ、スリランカ。 そのなかで、ベンガル株とも呼ばれる今のインド株の影響をもっとも直撃...

          • 続報楽しみにしてる。

          • 森かけ北方領土献上イラク日報隠蔽政権が嘘ばっかりだからだろ 何が真実で何が真実でないか不明 政治家の言うことが二転三転 公務員や学者や医師免許持ってるやつももれなく嘘つき...

          • 神の力やで。 アッラアクバル。

          • 衛生仮説ってやつね。 貧乏な家の子どもは病気になりにくいというやつ。 中国旅行で集団食中毒になった時、金持ちの子息だけバタバタ倒れていって、 庶民的な学生はピンピンしてた...

          • インド、バングラデシュ、いずれの国も年明けに感染拡大の兆しが現れ、3月頃から急上昇した。 インドは4月22日現在、一日平均26万人(直近7日間)。 NHK-BS国際報道を見る限り、病院は...

            • インドはカースト制を絶賛推進中の国ですから。

            • 家畜ではないのでコントロールできません(アメリカ)

            • バングラデシュのコロナ対策がすごい https://anond.hatelabo.jp/20210422213855 で書いた。

            • さすがに酒禁止には出来ないから酒税を3倍にしようぜ

          • これはいい増田

          • しかも土足だし、食事は手で掬って食べるし、不衛生極まりないんだよ。 ガンジス河で沐浴だけが不潔なわけじゃない。 何から何まで不潔なんだよ。 そんな国でウイルス拡散!? 重症...

            • 日本だって大阪多いしな。

            • 一週間以上前の記事に丁寧なリンクつけてテンション高めで言及できるのすごい。 何が増田をそこまで駆り立てるのか。インド愛か?

        • バングラデシュ続報。 本日6月28日の新規感染者数が一気に8千人を超え、陽性率も24%と過去最高水準となった。 こうしたなか、首都ダッカでは行動規制を強化。 【スリナガル(...

      • 内容がだらだら長い上に賛同も得られなかったのかもしれないけど、日曜の深夜25時に投稿したのもまずかったかもしれない・・・。 こうなるともう2度と新着とか人気エントリーには上...

      • #わかるコロナ とかいうやつのこれ、たった3人から、蔓延防止や緊急事態宣言があった中でさえこれだけ短い期間にこれだけ増えるということは、 たったの一人も漏らさないような水...

    • 増えるか、減るか。 コロナ禍でいちばん大事な、実効再生産数の話をしよう。 増減なんて、見りゃわかるって? その意気込みで付いてきて。 実効再生産数。目にしたことはあるでしょ...

      • アップル文体を名乗るには冗長すぎ やりなおし

      • 俺はアップルが、PowerPC時代にはアップル文体でIntelチップはクソだとこき下ろし、 Intelに移行したら、手のひらクルッで革新的なパフォーマンスの向上みたいにまたアップル文体で書く...

      • センスないな

      • https://www.m3.com/open/iryoIshin/article/908496/ 変異株は若者も感染しやすい!自粛して!とか言うけどさ、確かに感染しやすくはなってるものの、重症化率は1%もないじゃん。 自分のことだけ考...

        • 感染増えたらもっと死ぬ人も増えるだけやぞ

        • 騙されてはいけない。 現場で起きているのは、CTではコロナ感染があきらかなのに、PCR検査で陰性になったため、コロナ患者とすら認められない若者が、 重症化しても入院できずに死ん...

      • 「自衛隊」の明記と「自衛の措置」の言及。 災害救助。海外派遣。 自衛隊の献身的な活動は多くの国民に支持されます。 違憲だという人もいますが、私達は合憲だと考えます。 でもや...

    • 全然誰も聞いてないんやな 壁打ちやな

    • 緊急事態宣言都市住まいの親だけど 子供の学校が登校させる。今週12日以降も登校だったし来週はネット授業だが再来週は登校。 こういうのどこにチクったらやめさせられますか?

    • なんでロックダウンしないんだろうな。特にオオサカ。

    • 本題から逸れるので、トラバで追記。 本来、変異株の実態を正しく把握するためには、人口の少ない県においては可能な範囲でコロナ陽性者に対して変異株の全数検査を行うべきだが、...

    • 新規感染者が、前の週と比べてどれだけ増えたのか、または、減ったのか。これを実効再生産数といいますが、ひらたく言えば、前週比です。前週よりも増えていれば 1 を上回り、減っ...

      • 自分でblog作って書けよ。

      • なまけてすみません。仕事、辞めて、死ねばよかったですね。すみません。すみません。すみません。 職失ったので、自粛できますよ。でも、だめですね、ちゃんと死なないとね

        • 今のところコロナに罹ってるのって全員自業自得だからなあ AIDSとかもそうだけど、結局本人が対策してないだけだから他人事だよね

      • 東京五輪を行えばコロナに打ち勝てるんだから自粛なんかしなくてもいいんだぞ。 知らなかったのか?

      • 何度でも言うが、自粛しろと言われて自粛という言葉の意味を理解して、何をしてはいけないか考えられる人は社会の一握りの人だけなんだよ。 大抵の人は自粛という言葉の意味がわか...

      • メディアになっちゃった

      • インド株も出てきたし楽しい限り

      • anond:20210514200401

      • ねぇムーミンみたいなノリでねぇ都民って書いてるの、ちょっと面白かった 誰も反応してないってことはよくあるネタなのかな

      • 賢いつもりのバカが頑張って分析しました的な。 こんなのより厚労省のアドバイザリーリポートの方がよっぽど「分かる」わ。

    • インドで広まったL452R変異株について、統計的な視点からの考察。やわらかいのは、見出しだけ。長い。 イギリスではいま、どうなってんの? まずはイギリスの変異株別の増減傾向を...

      • それはてな記法に書き起こすの面倒じゃない?暇なん?ちゅーか何故そんな心血注いで増田に書くんだnoteにでも書けよ

        • noteは見ないけど増田は見る派に訴えたいんだろ 増田にnoteのリンク貼ると警戒されるし

          • 社会と人間の最底辺を兼ねてしまった日本の肥溜め(ルビ:増田)に住み着いてるヤツに訴えるの...?

        • エディタ使えば記法なんかどうでもええんやで

        • noteは金儲けの道具だろ…

      • Apple構文やめーや

      • ワイ沖縄、医療従事者の接種もおわらんうちに感染爆発してて、本当に来週再来週にはスーパーにも行けなくなるんじゃないかと怯えてる。 唯一のストロングポイントは米軍基地。 去年...

        • オファーを出した時点でポリシーの敗北を認めることになるのでやらんだろう

      • こういう人がちゃんと行政の中にいるべきなんだよな

      • L452Rってボタン電池っぽいよな

      • この人の自己満オナニー日記、まだ続いているのか。 そんなに承認欲求を満たしたいなら自分でブログを持てばいいのに、いい加減な内容だと自身でも思っているせいか批判が怖くてで...

      • だったら、とっくの昔に東京が滅んでる なぜ1年間 約50週にわたって、この推移だったのか? というのがあって 普通は 東京の医療機関がいまの貿易体制を維持した場合というプ...

        • 不思議だよね 1年間に渡って、防疫し続けたのに なぜか突然 防疫ができなくなって、パンデミックが起きるというプランが現れる まぁなくはないけど 医療体制がなぜか、急激に崩壊...

          • このまま、医療体制が踏ん張り続ける、というのは暴論かもしれないが ある日突然、医療体制がなかったことになって、パンデミックが起きるというのも暴論だろ アメリカですら、かな...

      •  Lカゼイ・シロタ株「せやな」

      • 33週目には60億人超える! こわい!

    • 全国と人口500万人以上の都道府県について、厚労省と東京都のデータに基づいてL452R変異株(主にデルタ株)の実数推計をまとめた。 変異株の拡大は、比率ではなく実数で見るべきだとい...

    • 6月21日版(anond:20210621175921) から 12月14日版(anond:20211214171150) に至る記事の続き。※ 都医学研の人流データが5週連続で火曜更新になっているので、今後も予測は月曜ではなく火曜更新にな...

  • ヤクルトの話かと思ったらちがった

  • ワクチンとデルタ株、どっちが速いの? デルタ株、そんなに増えてはいないかもだけど の続き。 感染者数の今後の推移を予測する場合、市中に複数の変異株が混在している状況では、...

    • あなたの感想ですよね?  ”大阪や兵庫にいたっては、目下のところデルタ株さえもほとんど増えていないかもしれないレベルの自粛度を実現している。”

      • 「都民全体の自粛度は、~6月13日の週の暫定推計値、アルファ株の前週比 85% レベルをずっと保つ」などなど、記事内の自粛度は基本的にアルファ株の前週比で語っています。 で、大阪...

        • やっぱり 「ぼくのかんがえたじしゅくど」か。 ”感染者数の前週比”は 「自粛度」ではないわな

        • ご自分で仰ってることの相対的異常さにお気づきでないようなのでコメントさせていただきます。 ・従来のインフルエンザは乾燥した空気が良くないので加湿器を使って室内の湿度を上...

          • 自粛や気の緩みという言葉が、時に不当に批判的な意味を持ってしまうのは、確かにその通りだと思います。わたしも、以前の記事では感染者数の前週比のことを「緊張のバロメーター...

            • ”わたし自身、あくまで理想論ですが、マスクの着用と適切な消毒、黙食の3点さえ100%徹底できれば、そのほかの日常生活や外出、娯楽(カラオケなどの例外を除く)や旅行に何の制限もい...

        • 人流も計算に入れるようになった https://anond.hatelabo.jp/20210612082721

    • デルタ航空の株価じゃないんかい

  • なんで厚労省や菅政権をわたしがかばわなあかんねん。 ・・・と思って書き始めたけど、やっぱり批判されるべきなのでは?という結論になったので報告。 まず大前提として、7月20日...

    • はてブで書けないからって増田で書かなくても...(困惑

    • マジかよコーセル使うわ

    • しっちゃかめっちゃかではないよ。 極めてフェアなエントリでした。

    • 発表しろよ、とは思うけど国際機関に登録してて、フォーブスなんかは7月時点で記事(https://forbesjapan.com/articles/detail/42581)にしてるわけで隠匿っていうのはなんか違う気がする。 しいて...

    • 本当に死んでくれとおもう。 改革じゃない意見が違憲である。

    • オリンピックやパラリンピックが、コロナ禍に与えた影響について。 複数の論点があるという大前提が忘れられていたり、網羅されていない議論が見受けられるので、ここで整理してお...

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