返すのにペナルティがないなら、そこそこ返すと思うよ。
たとえば、今年A・B・C(各30万)をやるとするじゃん。
そしたら、Bで意外な結果が出て、CよりD(20万円)が必要になった。残金10万円。
で、たとえば10万円返したとするじゃないですか。
来年はC'・E・F(各30万)の実験をやります、だから今年と同じ予算で、と申請を出したときに、
「あなたんとこ今年10万あまりましたよね? そんなに余裕があるんだからあげないよ」
と予算を10万削られちゃうんです。それなら、無理してでも使い切ったほうがいいじゃないですか。
それなりに補助が出てやってるところもあるから、またややこしいんだよね。
補助を先に使い切って学費を余らせるというのも本末転倒だし。