ウチ(某国立大)の場合、鉄道はどういう買い方をしようと、定価で計算して、..

ウチ(某国立大)の場合、鉄道はどういう買い方をしようと、定価で計算して、事後清算です。エクスプレス予約とか回数券とかを使った場合でも、定価で計算して清算されます。

航空券の場合は、半券を提示して実費額の清算です(裁判員制度のページでも、要半券となっていますね。施設利用料が支払われないのは、どうかと思いますが)。

というわけで、現実的には＋にも－にも差額は発生しています。