１，０００円だけ返すのもなんだか微妙だよね。 ぜんぜん微妙じゃねーよ。 そんなの返すのが当然。 適当な封筒に金入れて、「先月30分早く終わった日の分が引かれてませんでした」...

30分云々は複雑なので、事情は手紙に書いて、 お金と一緒に封筒に入れた上で、 「先月のお月謝ですが、多かったのでお返しします」 と言って渡すといいんじゃないかな。