http://d.hatena.ne.jp/keyword/%a5%cd%a5%af%a5%e9 の2番が一般的な意味じゃないの?

「根から暗い」の意味で使う人と「根は陰湿で暗い」の意味で使う人がおり、どちらが正しいとも言い難い。元は後者だが。