ラスボスは男だと思わせて、実は女という作品もあった。 ネタバレになるから作品名はいわんけど。

NARUTOの大筒木カグヤ

紅白歌合戦。

うしおととらの白面の者 性別は明示されてないが、声優が林原めぐみだったり女性っぽさがある

藤崎竜の封神演義の女媧

ゲーム・オブ・スローンズのサーセイ/デナーリス

ディアブロ4のリリス

Vガンダム

クロノトリガー

小山ゆう「愛がゆく」

ときめきメモリアルの藤崎詩織

勇者と魔王

エイリアン

銀河鉄道999もそうかなあ

ピグマリオ 少女漫画はそこそこあるんじゃね レイアースも第一部はそう ある意味ではガラスの仮面もか？

△△△＜教えてあげないよ！ジャン♪という話

FF8

鉄血、水星の魔女

白雪姫、ラプンツェル、アリエル、シンデレラ、、女の敵は女だ

Fateシリーズには結構いる

パラサイト・イヴ 厳密にはネオミトコンドリアだから違うか、、

バーチャファイター（女性ではなく「女性型」だけど）

エターニア

MGS3

ダクソ2 デュナシャンドラ

グレートマザーからの独立パターンとメンヘラ女わからせパターンがありそう

フジリュー封神演義

ゲーム・オブ・スローンズ

女が主人公のスポ根って、ラスボスは大抵女じゃね？ 個人的にはHappy！が好きですた。

アルトネリコ

セーラームーン

悲劇の元凶となる最強外道ラスボス女王は民の為に尽くします。

FF3 くらやみのくも FFT 聖天使アルテマ こういう明らかに女性フォルムだけど人外なのは女性とはカウントされるべきではない？

FF3とFF8

FF3の「くらやみのくも」。 あれに性別があるのかどうかはわからんが見た目は女だった。