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国としては資金を出さない方針だが、都道府県が独自に出すことは違法でないというのが実際のようだ
日本政府は1949年10月12日に「朝鮮人の設置する学校の経営などは自らの負担によっておこなわれるべきで、国や地方自治体が運営資金を助成する必要は当然にない。」とする「朝鮮人学校処置方針」に関する閣議決定を行っているが[34]、2009年（平成21年）度予算では全国の自治体が総額8億円以上の補助金を支給し、2014年（平成26年）度予算でも全国の18の道府県と114の市区町の計132の地方自治体が総額3億7200万円の補助金を朝鮮学校に支給した[35]。
2016年（平成28年）度予算案でも全国117の自治体で総額3億円超の補助金が計上されている[35]。しかし北朝鮮からの支援の滞りによって朝鮮学校は資金難に陥っており、朝鮮学校関係者は地方自治体や日本政府にさらなる資金援助を強く求めている。2009年の事例では、埼玉県深谷市が市の財政悪化を理由として朝鮮学校への教育助成金の支出を中止していたが、朝鮮学校関係者の強い要請によって方針を撤回し最大で2倍になる教育助成金を朝鮮学校に支給することになったという経緯もある[36]。
地方自治体の補助金は、神奈川県のように教育を受ける在日朝鮮人本人またはその家族に対する支援として支出する場合[37]と、福岡県のように朝鮮学校を設置する学校法人に対して助成金を支出する場合[38][36]がある。補助金の支給に対しては日本国憲法第89条の解釈問題（私学助成に関して「公の支配に属」することを緩やかに解しない立場）等から問題視する意見もあるが、判例上は違法とされていない[39]。同時に、補助金の公布要件を新規に設けて支給を停止する地方自治体の決定についても、2017年時点の判例では「行政の裁量の範囲内」として認められている[40]。
また、朝鮮総連は、外国人学校（民族学校）に対する寄付金を税制上損金扱いとしないことに異議を唱えているが、外国人学校を設置しているかどうかを問わず、学校法人に対する寄付について損金扱いが認められるためには、一定の手続きが必要とされている[41]。
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